钦差协办大学士陕甘总督办理将军事务公福康安、领侍卫内大臣参赞公海兰察、成都将军参赞鄂辉奏：『贼首逃入内山，经臣等节次分派官兵堵截要隘，于正月初一日拏获假扮林爽文之赖达；据供林爽文自狮子头社痛剿后，即从打铁寮一带山沟内藏匿。当派官兵等由虾骨社、合欢社追捕，直至炭窑地方。查炭窑与南港仔山口相通，出山即系海岸；恐其潜向海口逃逸，复派各营官兵由后垄至中港、又自竹堑至桃仔园，沿山密布。臣等亦各分隘口，四面围截。又恐逆首惊惧自戕，不能生获；因拣巴图鲁侍卫二十员，贵州、广东、屯练兵数百名扮作民人，同淡水义民、差役及社丁、通事等分投搜缉。旋于初四日，在老衢崎地方，将逆首林爽文、贼目陈传、何有志、林琴、吴万宗、赖其垄等一同擒获。现在搜查余匪；并令入山各兵休息数日，即行统率大兵肃清南路。至县丞洪智陷贼拘禁，自刎两次，均被贼目将刀夺去，手上现有伤痕。但身系职官，究属偷生无耻；应请即行正法』。谕曰：『福康安等自鹿仔港进兵后，督率将弁奋勇攻剿，连次克捷；前于嘉义县破贼解围，业经降旨将福康安、海兰察晋封公爵，赏给红宝石顶、四团龙褂以示优奖。今逆首林爽文经福康安等设法生擒，办理周妥，实属可嘉；特亲解御用佩囊二个，分赐福康安、海兰察，用昭恩眷。所有在事出力之将弁等，并着福康安查明咨部议叙；其随征兵丁，并着福康安分别奖赏。至办理此事，朕先事运筹，决机发策。自逆匪滋事以来，大学士阿桂留京办事，续又差往河工及江南勘河，本未承办书谕；大学士和珅始终承旨书谕，于一切清、汉事件巨细无遗，懋着勤劳，自应特加优赏。和珅本系一等男爵，着照从前大学士张廷玉之例，晋封为三等伯。大学士阿桂、王杰、尚书福长安、董诰，夙兴夜寐，一体宣勤；俱着交部议叙。其满、汉军机章京，并着军机大臣查明实在出力者，交部分别议叙。至此次办理军务，孙士毅以邻省总督，一闻逆匪滋事之信，即亲赴潮州驻札；节次调派兵丁，拨运军饷、火药、铅丸等项，源源接济，迅速周妥，甚为出力。孙士毅业经锡予官衔，并赏戴双眼花翎；仍着照从前大学士蒋廷锡之例，赏给轻车都尉世职，以示嘉奖。李侍尧自调任闽浙总督后，于照料过兵及运送粮饷等事亦尚妥速，本欲俟蒇功之日，将伊原袭伯爵给还。但李侍尧前抵闽省已及一年，于柴大纪在总兵任内骫法营私、废弛营伍种种贪劣款迹，自已早有见闻；乃竟缄默不言，并不及早据实参奏，经朕节次降旨询问，李侍尧始行具折陈奏，明系有心徇隐，岂可再膺懋赏。且伊业经赏戴双眼花翎、晋加宫衔，毋庸复行给还伯爵；仍着交部照例议叙。至柴大纪前因其固守嘉义、不肯出城一节，念其勤苦出力，是以特封为义勇伯。今据福康安、李侍尧等先后遵旨查奏柴大纪在总兵任内贪劣各款俱已确实，并守城亦非其功；其前奏忍饥固守之处，竟系义民等不肯放出，伊转捏词欺饰。已明降谕旨革职拏问，交福康安逐款审明治罪矣。至兵部承办军报之员外郎盛保，在良乡县驻守，迎候驰递，尚为奋勉；本日擒渠捷报，即系该员亲自赍递。着加恩赏戴花翎。并在京捷报处各员，俱着交部议叙。又，此次军报往来，直隶、山东、江苏、浙江、福建沿途各驿站驰递并无贻误，所有沿途督、抚，办理一切军需均属出力；及驿站递送文报之文武员弁，并着查明交部，分别议叙。其驿站兵丁，亦着酌量给赏』。
谕军机大臣曰：『福康安等统率大兵分驻各隘口，严密堵截搜拏，使首逆无从远窜；复恐林爽文见官兵势盛、惊恐自戕，随派巴图鲁侍卫及贵州、广东、屯练兵丁改装易服，同差役、社丁、通事等分投搜缉，将逆首生获：办理妥协、用心周到，甚属可嘉！至林爽文逃匿后，固须多派兵民分头搜捕，而当其搜获之时必有最为出力、首先下手之人；其人应优加奖赏。着福康安将林爽文究系何人首先擒获？查明名数，据实具奏，候朕另降恩旨。至洪智身为职官，被贼拘禁，不能捐躯尽节，固属罪有应得。但念该犯曾两次自刎，为贼匪刘怀清将刀夺去，手有夺刀伤痕可据，与腼颜从贼偷生者有间；着加恩恕其一死，发往伊犁充当苦差。又，前奏贼目陈泮投出后，将其家属扣留，仍令伊入山勒限擒献；林爽文系被官兵搜获，而陈泮作何下落？未据奏及。该犯既不能将林爽文擒献，自未便因其曾行投出稍从末减。此外尚有吴领等，亦系有名头目，均难宽从。并着福康安迅速按名查拏，解京审办，毋令远扬漏网』。
又谕：『据台湾解到匪犯刘怀清、林茂等供：「刘怀清在大里杙随同林爽文之伪军师董喜办事，一切听其调度，众人称为董仙。林茂，系董喜纠同入伙」。又据供：「贼人头目林水素为林爽文信用，诸事皆其主谋；现封提督，将来欲封作宗人府。伊二人，俱随林爽文逃入内山」等语。董喜为贼匪军师，林水亦系林爽文信用、伪封提督，虽非庄大田之著名者可比，但系助恶为首之犯；未便任其潜逃漏网。现在首逆林爽文已经拏获，董喜、林水二人系随同逃窜之人；如业经就获，自已随同解京。倘尚未拏获，着福康安务将该二犯严密搜查务获。若台湾查无踪啧，计该犯等非逃入福建内地潜匿，即由海道窜入粤省；并着李侍尧、孙士毅一体饬属严拏，以期必获、解京审办，毋任其兔脱稽诛。再，此等党恶要犯，如本日解到之蒋挺、刘怀清、林茂、何从龙四犯及供出之董喜、林水俱系为贼主谋，并得受伪职，罪恶甚重，其家属俱应缘坐；着福康安、李侍尧等即行遵照查明办理。将来拏获各犯，有似此情节重大者，俱着照此查办。再，柴大纪、蔡攀龙二人，前据福康安奏，于抵嘉义县杀贼解围后，即留柴大纪、蔡攀龙在县城防守；伊二人俱受厚恩，如果思出力自效，自应恳求福康安随同带兵打仗。乃本日询问押解匪犯到京之侍卫额勒登保，据称：「柴大纪、蔡攀龙二人并未恳求一同带兵前往剿贼」；似此腼颜安处、全不思奋勉出力并恳求虚词而无之，伊等畏惧懦怯、全无人心，已可概见。又，蔡攀龙经福康安派令招致李七，乃蔡攀龙并未能设法招致；可见坐办之事尚不认真，安望其能随营打仗、奋勇杀贼。着福康安即传旨询问蔡攀龙，令其自行据实明白回奏。至柴大纪于福康安自嘉义进兵时并未恳请前往一节，亦着福康安一并严切讯明，据实覆奏』。
初二日（乙未），谕曰：『吏部奏：「上年福建省甄别教职，核之额缺数目不及百之二、三；请将该督、抚、学政照例议处」。但念该督、抚均有承办兵差及料理军饷等事，此次无暇甄别教职，未能照例核办，尚属有因；李侍尧、徐嗣曾着从宽免其交部。至学政陆锡熊，考核教职是其专职，军务又非其承办；乃甄别不及百之二、三，咎实难办。陆锡熊着交部议处』。
又谕曰：『黄仕简、任承恩上年朝审勾到，并经格外加恩免其一死；现在大功已届蒇事，所有黄仕简、任承恩二犯俱着加恩释放。但伊二人身获重愆，经朕曲加矜宥，全其躯命；若仍腼颜安居辇毂之地，有何面目对人。俱着勒回原籍，闭户静居思过』。
又谕：『此次台湾逆匪滋事、劫县戕官，肆行不法至一年之久。福康安等带兵渡洋，旬月之间，即将贼匪痛加歼戮，捣穴擒渠，各村庄得以安堵如旧。该处地隔重洋、五方杂处，风俗素称刁悍；经此一番惩创，若不明示武威，恐民人等事过即忘，不足令其怵目儆心、常思安分畏法。将来事竣后，如福康安、海兰察及鄂辉、普尔普、舒亮之勇略最著者，应于台湾郡及嘉义两处共建生祠、塑立像貌，俾该处民人望而生惕，日久不忘』。
谕军机大臣等：『前因黄仕简带兵渡洋并不奋勇剿贼，惟安坐郡城因循株守，以致逆匪蔓延日久；曾经谕令李侍尧等将来事竣时，所有多延时日糜费军需银两，应于黄仕简名下责令分赔，以示惩儆。李侍尧何以尚未覆奏？现在逆首林爽文业已生擒，剿捕事务即日蒇功。黄仕简释放回籍，既邀格外宽宥，而台湾逆匪滋事年余一切军饷费用不赀，皆黄仕简因循贻误所致；若复令坐拥丰饶，无以示惩。着李侍尧于黄仕简名下罚令缴出银二十万两，以备赔补军需之用。至昨据福康安奏：「讯据林爽文之父林劝供称：伊祖父坟墓系在义冢地内埋葬，并无木版，难以辨认」等语。该犯祖墓虽埋葬义冢，自可查访而知。着李侍尧于林爽文本籍漳州一带严密查访，不可稍涉纷扰，致伊支族惊疑；更不可因匪犯捏饰，竟置之不办，徒事颟顸』。
初四日（丁酉），谕曰：『柴大纪既贪纵酿变于前，复狡诈欺罔于后。其前此接奉谕旨不肯出城一节，自系因郝壮猷前在凤山弃城逃回，即于军营正法，柴大纪心怀畏惧，恐罹重辟，是以不敢轻离该处。设非朕严申军纪，于凤山失事时即将郝壮猷按律办理，则柴大纪深染绿营习气、怯懦畏葸，未必不为郝壮猷之续。今既查明种种劣迹，自应彻底严办。昨已明降谕旨，将伊革职拏问，交福康安严行定拟具奏矣。朕于臣下功罪，惟视其人之自取，一秉大公至正；而于用兵之际，有功即赏、有罪即罚，尤务严明，从不丝毫假借。至办理军务，宵旰焦劳。从前平定准部、回部、大小金川，无不炳烛几先，豫操成算。此次林爽文等纠众滋事，虽系么囗〈麻上骨下〉草窃，亦并不存心忽视，一本敬天凝命之意，孜孜勿懈；是以仰邀昊眷，克期奏绩，逆首生擒。即如恒瑞妄请添兵数万一折，设不断以干纲，如宋、明庸主遇事辄令廷臣聚议，众论纷纷迄无定见，征调纷烦缓不济急。宁不如金世宗所云「南朝集议既成，北兵已可渡河」之语；其何以握胜算而奏鸿捷耶！着将前后办理缘由，通谕中外知之』。
初五日（戊戌），谕：『此次福康安等统率官兵前往台湾剿捕贼匪，未及两月即将首逆林爽文生擒解京，大功指日告竣；固由福康安等调度有方、所向克捷，而将弁兵丁等随同剿捕亦俱争先效命，用能扫逆擒渠、妥速集事，殊属可嘉！前已有旨，令福康安查明咨部议叙。本日据福康安奏：「请将出力之侍卫章京将弁等，分别赏给巴图鲁名号、加升职衔翎顶，均照所请行。其余将领等仍着福康安查明咨部一并议叙，兵丁等优加赏赉，以示朕奖励戎行至意』。
又谕：『向来官兵巡洋遇风淹毙，俱照阵亡例议恤。今都司朱化英、千总陈汝志随行兵丁等调赴台湾征剿逆匪，渡洋遇风，以致淹毙多人，尤堪悯恻！着交部俱照阵亡例，从优议恤。其扶板得生之外委顾大成、胡天祥以及兵丁等，并着福康安照落水得生之例从优给赏，以示轸恤』。
