二十三日（甲申），谕军机大臣等：『各省地方官建立生祠，非违道干誉、即倚势力贿求，最为陋习；必应饬禁。此次特令建立建勋诸臣之生祠，乃因台湾地隔重洋、民风剽悍，逆匪等纠众滋事、肆行不法，福康安等带兵前往剿捕，未及三月即已擒渠蒇事。该处民人经此一番惩创，暂知敛戢；第恐日久复忘，是以许在彼建立福康安等生祠，明示武威，使之怵目儆心，望而生惕。此为绥靖海隅，因地制宜起见。但福康安办理善后各事宜完竣即须回京，且伊亦无自办生祠之理，自应该督等承办；何以未据李侍尧、徐嗣曾奏及？着再传谕该督等止须遵照前旨，于台湾郡城、嘉义县两处建立生祠。至此次带兵大臣内，惟福康安、海兰察、鄂辉、普尔普、舒亮功绩较着，职分亦大，应行入祠；祠内设立木牌，书写伊五人官阶。其余各员威望俱轻，未便一体列入。徐嗣曾现在台湾，此事即交与该抚妥办。从前该省耿藩肆逆时，范承谟效忠殉节，曾饬建祠宇，非同创设；该抚可仿照办理』。
闽浙总督李侍尧奏：『拏获张破脸狗，供有广东大埔县人赵明德、陈丕、陈栋至福建诏安县云霄地方劝令入会，现已飞咨两广督臣孙士毅查缉』。得旨：『天地会究系起自广东传至福建，张破脸狗供出之赵明德等三犯为首，先在闽传教之人；着孙士毅即速饬属严密查拏，按名务获，勿任免脱漏网』。
二十九日（庚寅），谕：『据福康安、徐嗣曾奏「审讯骫法营私之革职总兵柴大纪及有心徇隐之道员永福分别定拟」并「请将得受陋规及逢迎馈送之文武员弁分别革职治罪」各折，已交军机大臣会同大学士九卿法司核议具奏矣。台湾地隔重洋，文武各员自应各矢洁清，力图整顿；乃不肖员弁竟敢需索陋规、废弛营伍，甚至纵令兵丁等包赌窝娼、从中染指，以致酿成巨案。此而不严加惩创，何以儆官邪而靖海疆！至柴大纪身系台湾总兵，于每次出巡时不但令各营伍备办供给，且折收夫价银两，赃私累累。国家设给养廉，于大员特加丰厚，原以备伊等因公之用；若巡阅营伍时，仍须该管弁兵代办夫马饮食一切，则内地之督、抚、学政、提、镇于出巡按试时，途次夫马等项亦必令地方官代为置办，又安用优给养廉为耶！嗣后督、抚、提、镇及学政等凡遇巡查、出考，途次所需夫马等项，均着自行备用，毋得令经过各员代办。并令文武互相纠察，如有仍前需索扰累者，即各行据实参奏，从重治罪；如或徇隐不奏，别经发觉，朕亦必将徇隐之员一并治罪，决不姑贷，勿谓朕不教不诫也。将此通谕知之』。
谕军机大臣曰：『徐嗣曾系本省巡抚在任有年，武职营伍尚可委之总督，而文职内有收受陋规、营私贪黩等弊，即应随时查访，据实参奏；非如福康安系特旨简派发往台湾专办剿捕逆匪者可比。总督李侍尧到任未久，随驻札厦门料理一切军务，未暇查办及此；魁麟亦系新任将军：徐嗣曾皆非其比。乃徐嗣曾竟若忘其自为巡抚，置身局外耶！其于杨廷理收受陋规之事，平日既漫无觉察，不行查参；经福康安彻底查奏，又复腼颜一同列衔而折内竟无一语引咎之处，殊不可解。着徐嗣曾将因何不早行参奏及会衔具奏又不自引咎之处，明白回奏』。
钦差协办大学士陕甘总督办理将军事务公福康安奏：『熟番募补屯丁事宜：一、全郡熟番九十三社，约可挑壮丁四千名。请分为大屯四处、每屯安设四百人，小屯八处、每屯安设三百人，作为额缺；即令在本社防守。户小之社或数村归并，或附入大社。其立屯之地应酌量地势，按照番社多寡，与营汛官兵声息联络。一、屯弁照四川屯练之例，南、北两路额设屯千总二员，统领番众；屯把总四员，分管各屯。每屯设屯外委一员，即在番社头目内择其曾经出力及素所信服者，由总兵拣选充补，详明督、抚给与札付，报部存案。一、番界内山现有未垦及入官埔地八千八百余甲，请将屯丁每名拨给二甲、外委每员三甲、把总每员五甲、千总每员十甲，自行垦种，免其纳赋。一、埔地民番界址混淆，现在丈出已垦一万一千二百余甲内民买番地业经抽有番租，请照同安县下沙科则按亩纳银，免其输粟。其集集埔、虎仔坑、三貂、琅峤等处民人私垦尤多，亦准一例升科。自此次清查后，立石定界，永禁偷越。一、屯丁习用器械，应呈报总兵逐加印烙，于每年巡查时点验一次。一、番民既挑补兵丁，应将一切徭役概免承应』。下军机大臣议行。
是月，钦差协办大学士陕甘总督办理将军事务公福康安、福建巡抚徐嗣曾奏：『台湾难民内有茕独残疾及极贫者，查明大口共十四万一千九百六十八口、小口共八万六千九百七十二口，展赈一月口粮并给银苫盖草寮共九万八千五十间』。得旨：『览奏俱悉。所全活难民不少矣』。又奏：『南、北两路投出余匪甚多，除陈泮一犯仍解京审解外，酌将出力者解赴内地安插，余俱发遣他省』。下部知之。
——以上见「大清高宗纯皇帝实录」卷一千三百五。
六月初三日（甲午），谕军机大臣等：『从前平定伊犁、回部、大小金川，皆于太学立碑，以示武功。台湾不过乱民聚众，海岛一隅，虽不值刊碑太学；而此次办理迅速，首伙生擒，亦不可无纪实之作。朕现在驻跸热河，欲将此次平定台湾事迹，御制碑文于热河文庙大成门庑内嵌石刊刻，俾振武敷文盛轨，永昭上塞。俟碑文制就，当一并发与福康安等在台湾、厦门等处配建碑亭勒石。所有前次发去之纪事文二篇，着福康安等暂缓镌刻；俟此次御制碑文发往后，一同敬谨摹勒：庶规模丈尺咸归画一，足以壮观瞻而垂久远』。
初六日（丁酉），谕曰：『福康安等奏「清查台湾积弊，酌筹善后事宜」一折，已令大学士九卿议奏矣。内称：「向来台湾各营自总兵至守备衙门，皆有兵丁听候差遣；分为旗牌、伴当、内丁、管班四项名目，各有目兵管领。总兵署内多至三百人，副将以至守备依次递减，至少有三十余人。请嗣后将四项名目全行禁革，各署内酌留该班兵丁轮流亲自上班」等语。额设兵丁，原以备差操、防守之用。乃台湾镇将各署内竟设有旗牌、伴当等四项名目管领额兵，总兵署内至有三百余人之多，以致各该兵丁分班轮值；其余俱在外自谋生理，甚至有挂名在内、贴钱包差代班差操等弊，实属不成事体，不可不严加禁革！披阅之下，殊为骇异。但台湾既有此等情弊，恐别省提、镇将弁各署亦有似此者；着各省督、抚即行详悉严查，毋许各提、镇将弁设立旗牌等名目，私令所辖兵丁在署差用。设或署中需人差遣，原不妨酌留数人听用。如有仍前设立名目任意役使兵丁至如许之多者，即将该提、镇将弁严参治罪；务令额兵一体照常操演，毋许藉端旷伍，致滋他弊。至台湾镇、道各员恃有重洋间阻，督、抚耳目难周，无不通同徇隐，尤为恶习。前已降旨，令将军、督、抚、提督大员分年巡察。第恐日久因循，不能认真整饬。嗣后该将军等于每年轮往查察，即将镇将及道、府、厅、县各员通行查核，出具考语具奏；其备弁佐杂各员应行考察咨部者，亦一体留心查核，一面报部、一面据实具奏。务宜实力整顿，秉公办理，毋得稍有徇隐袒庇情事。倘在台各员有贪纵殃民款迹，别经发觉，即将未经参效之人从重治罪。再，台湾远在海外，如遇有紧要案件，该处道员虽原准与总兵会衔具奏；但镇、道本不相统辖，若必得会衔，易启扶同瞻徇之弊。且海洋风信靡常，往来商办，动稽时日，亦多未便。前将万锺杰补放台湾道时，特令加按察使衔；原欲令该员遇有应奏事宜，得以自行陈奏。嗣后凡遇有被放台湾道员者，俱着加按察使衔，俾得自行奏事。该道膺兹重任，倍当激发天良、尽心办理，实力整顿，方为不负任使』。
又谕：『据福康安等查奏「台湾地方各官平日官声及被害情形，分别请旨」一折，内除孙景燧、刘亨基、董启埏、唐镒、程峻等声名狼籍、玩纵废弛，业经降旨停给恤典，其声名尚好并无劣迹之长庚、汤大奎、王隽三员亦早经降旨交部议恤外，所有县丞周大纶、陈圣传、教谕叶梦苓、训导陈龙池、巡检渠永湜、张芝馨、典史冯启宗、锺燕启、史谦，平时尚皆循分供职；及贼匪滋事又能以身殉难，殊堪悯恻！俱着交部照例议恤，以示奖劝。又据福康安等另折奏称：「淡水厅幕友寿同春年已七十余岁，当同知程峻被害时，招集义民恢复堑城，擒获贼目四名，深入贼庄；及被擒后，百方劝诱，以骂贼不屈，被贼支解。又监生李乔基，当林爽文倡乱时，首先倡义，捐赀招募民番，分拨义勇协守海口，杀贼甚多；迨被擒追降，不屈磔死。又刘亨基之女满姑，当刘亨基被害时，奔投屋后水池，痛骂贼匪；被遭杀害」等语。寿同春、李乔基俱着赏给知县职衔；并着该督、抚等查明伊二人子嗣内可以造就者，送部引见，候朕酌量加恩。刘亨基之女满姑，虽伊父居官玩纵，以致酿成事端；而其女抗节捐躯，亦不忍令其淹没。着交部照例旌表，并入该处烈女祠，以昭褒奖忠节、不遗微末之意』。
又谕：『台湾军营出力人员，历经降旨令福康安查明交部议叙。兹据奏：「军营出力之侍卫章京官员、将弁等，现经秉公查核，分别等第造册咨部。其应行议恤之官弁、兵丁等，亦一并造册送部」等语。着该部即照福康安咨到各册，详加核对；业经给予议叙、恤典者毋庸再行议给外，其余俱着照福康安册内所开，照例议叙、议恤。又据福康安另片奏称：「贼匪滋扰嘉义时，教谕江浩、巡检吴元、典史李尔和等俱各遇贼守御，身受重伤」等语。江浩、吴元、李尔和，亦着该部一体照例议叙，以示奖励』。
钦差协办大学士陕甘总督办理将军事务公福康安奏：『入官叛产，遵旨拨给戍兵。但戍兵有操防之责，往返更替，不能自行耕种；应将查出地亩交地方官经理收租，会同营员散给。请每名先借银二两，拨产后征收归款』。得旨：『如所议行。该部知道』。又奏：『内山生番咸知慕义，因遣熟悉番情之人前往晓谕，酌令头目数人于秋凉后，抚臣派员带领入京瞻觐』。得旨：『好；知道了』。又奏：『臣于五月初九日由鹿耳门登舟，途经黑水洋，风浪大作；幸船樯安稳，行程甚速。十四日，已抵厦门。其巴图鲁侍卫及随征官员，亦俱陆续登岸』。得旨：『海洋风信靡常，五月间向已多风。福康安此次凯旋内渡，虽遇风浪，即获安稳，行程顺速；其余巴图鲁侍卫人等俱陆续登岸：朕心甚为欣慰！着赏给玉如意、大小荷包，以示优眷』。
十二日（癸卯），谕军机大臣等：『前因台湾兵丁籍漳、泉者居多，令于分班轮换时将漳、泉兵丁分驻防守，以便彼此互相纠察；而他府之兵与之错处，于抚绥、防范俱有裨益。嗣据福康安奏：「已于挑补班兵时通盘布置，令漳、泉及他府兵丁易地驻守；并妥定章程，交普吉保照此密办」。又据福康安等奏：「新添戍兵一千二百名，于内地督、提二标及福宁、海坛、汀州、金门、建宁五镇标酌量抽拨；将来台湾之兵籍隶漳、泉者较前渐少，自更易于查察」。但恐日久废弛，不能遵照妥办；着责成每年前往巡查之将军、督、抚、提督等实力稽查，勿任漳、泉之兵仍在原籍各村庄一带防守聚处，弊混滋事』。
钦差协办大学士陕甘总督办理将军事务公福康安奏：『军营存剩火药、铅弹，现建火药局酌留应用；余俱运回内地。至闽省豫用磺觔，经李侍尧查明上杭县郭车乡矿产尽足敷用，已将淡水磺山封闭』。得旨：『所办均为妥协，即照所奏办理。其磺觔一项，既查明上杭县地方所产已敷各营军火之用，则台湾淡水磺山自不必复行开采。现福康安等严行封禁，但恐该处仍有私行偷采及官吏等庇纵透漏情事；并责成巡查之将军、督、抚等一体严查，如有似此情弊，即行参奏治罪』。
十三日（甲辰），谕曰：『福康安奏：「此次带兵巴图鲁侍卫章京内核其劳绩，有博斌、阿木勒塔等八员打仗杀贼尤为出力。又，特尔敦辙屡经出兵打仗，此次带兵剿贼最为得力；于回京途次患病身故。均请恳恩赏给世职」等语。博斌等随福康安剿捕逆匪，俱能奋勇出力；或于北路堵截擒杀匪众、或于南路搜拏首逆，各着劳积，甚属可嘉！博斌、阿木勒塔、哲克、翁果尔海、德楞泰、萨克丹布、塞凌额、西津泰、特尔敦辙俱着加恩交该部查核伊等所得功牌，酌予世职。又，官兵直抵琅峤时，乌什哈达带领水师兵丁顺风连樯而至，四面合围、水陆并进，俾庄大田得以实时擒获，亦属勇往可嘉；且前在云南打仗时，甚为奋勉。乌什哈达，亦着一并交部查照功牌，议给世职』。
谕军机大臣等：『满兵于一切攻战，理应奋勉，以为绿营表率。从前出师满兵，尚能出力；此次福州满兵自到台湾，不过逐队行走，毫无奋勉，殊属可耻！此皆外省安逸年久，该将军、副都统等平日又不能尽心训练，置技艺于不问之故。着传谕奎林：伊到任时，悉心教养兵丁，务使技艺精熟，不可仍前疏懈』。
——以上见「大清高宗纯皇帝实录」卷一千三百六。
