光绪二年，沉幼丹星使奏请：以巡抚来台，应归巡抚主政，并于台北府地方，捐建考棚；奉旨交部议准。十二年，御史陈琇莹奏：台湾考试，宜添设学政，以专责成，或令福建学政乘轮东渡，按试台属；经杨石泉制帅、刘省三爵帅、陈桂生学使，会商妥议，谓台属考试，仅祇三棚，而中路应试之士子，仍即嘉、彰、新竹等县之人，近虽划为三府，为数并不加多，专设学政一员，经费尚属有限，而事太简略，如由福建学政渡台考试，而台洋系属横流，如遇风涛海雾，轮船每多阻滞，仍援二年之案，奏准暂归巡抚兼摄。其考试，向分闽、粤二籍士子，闽居其八，粤居其二，番籍系土著，应考初无多人。自开办招垦抚番，人文亦日盛也。原设二府九学，向分两棚考试；分省后，改设郡县两学教官，并奏明恒春仍附凤山并考。其基隆厅及新设各州县，或附或分，随时察看议办。
巡抚
光绪元年，经沉制军、王中丞会筹巡抚有全省地方之责，自难常川驻台，而台湾海外孤悬，又非内地所能遥制，且饷源人才，必须在省豫为筹商，临时呼应不灵；筹画兼顾，除省、台有紧要事宜随时往返不计外，二年起，福建巡抚冬春驻台，夏秋驻省。盖以内地秋审奏销并各属案犯解勘，率在夏秋；而台地夏秋，山溪水涨，道路往往阻滞，巡查又宜冬夏故也。其出省后，抚署紧要折件，仍于行署核办。寻常之题、奏、咨各案，由总督代为办理。所有日行事件，并委藩司代印、代行。题、奏、咨有关考核者，于回省时补办。
十一年，将福建巡抚改为台湾巡抚，常川驻札；福建巡抚，即着闽浙总督兼管；奏颁台湾巡抚关防，以重信守。凡司道以下各官，考核大计，闽省由总督主政，台湾由巡抚主政，照旧会衔。所有抚标、左右两营兵丁，初因省垣未定，无处安置，遇有空额，无须募补，仍暂留归闽省总督兼管，兵饷照旧由闽支发；俟台湾巡抚移住中路，再行全数调归台湾。其台湾镇总兵，销去「挂印」字样，与新调澎湖镇总兵，统归巡抚节制。抚辕原设经制书吏十二名，各有清书、帮书；自福建巡抚事归总督兼管，议留经制书吏六名，酌用帮、清各书，在督署办公。尚有经制书吏六名，酌带帮书赴台湾供役。所有抚辕档案，造册、登记，关涉内地者，留督辕核办；关（涉）台地者，还台备查。
藩司
一省大政，不外钱榖.台湾物产丰腴，每岁所入，约可得银百一、二十万两；视贵州、广西、甘肃，奚啻倍之。如果屯垦、矿务办成，利益尤多。经杨制帅奏请添设藩司一员，综核钱粮、兵马，整顿厅县交代；并设布库大使一员，兼理台湾额征人丁、饷税等款。向照福建内地例，限分上下忙开征；藩司将征收数目，核明分数，详请奏报，并造具清册送部。其经征本年钱粮未完一分以上各员清单，并年终奏销，向由台湾道汇齐造送，由部归入来年兵饷案内支拨，由福建藩司在于台湾征入收拨款内划抵拨解，年终造册题销，历久遵循办理在案。今添设藩司，经吏部议准所有各属经征人丁饷税及各营官兵等项一切钱粮事件，统归台湾藩司案照福建旧制核明详办，内地藩司无庸会衔。
台湾道
康熙二十三年，改福建巡海道为台厦兵备道，兼学政事。六十年，改台厦兵备道为台厦道。六十一年，添改满、汉巡台御史二员，亦驻城中，每年一易，间有留住一年者。雍正五年，以学政归汉御史。六年，改台厦道为台湾道。干隆十七年，定御史三年巡视一次，事竣，即回。学政仍归台湾道兼理。三十二年，仍加台湾道兵备衔。四十七年，停巡台御吏。五十二年，台湾道着加按察使衔，自行奏事。所有岁、科两试，归道考校；其达部事件，呈福建学使转咨。因澎湖居台、厦之中，为台、厦门口，去台湾为近，特归台湾道控制，故台湾道曰台澎道。
光绪十二年，刘宫保奏准学政改归巡抚兼管，全台刑名仍归台湾道管理；添设司狱，作为按察使司狱。
台湾府
台湾分省，以中路之桥孜图地方为省会；设首府，曰台湾府，即台中府。首县，曰台湾县；划嘉义、彰化辖地。就林圯埔，设云林县；分新竹辖地。就苗栗街，设苗栗县。改埔里社为抚民通判。分征钱粮，均经划清地界，将缺目、烦简及存留、坐支等项，详申刘省三中丞，奏咨议准。
其彰化县，改隶台中。
台南府
台南府，本郑氏承天府地，总名东都，成功子经改称东宁者；设台湾府，隶福建布政使司。
自分省后，改为台南府；附府治，旧为台湾县，现改安平县。南曰凤山；北曰诸罗，今名嘉义。
同治十三年，沉幼丹星使奏请于南路之猴洞设恒春县。
康熙二十三年，于澎湖设巡检一员驻守。雍正五年，裁巡检，改设通判一员，兼海防事，即大山屿之妈澳为厅，今隶安平县。
台北府
查艋舺当鸡笼、龟仑两大山之间，沃壤平原，两溪环抱，村落衢市，蔚成大观；现院司驻此。西至海口三十里，直达八里坌、沪尾两口，并有观音山、大屯山以为屏障；且与闽省五虎门遥对。非特淡、兰扼要之区，实全台北门之管（钥）。
光绪元年，沉幼丹制帅奏准于艋舺设台北府，自彰化以北，直达后山，胥归控制；仍隶于台湾道。其附府一县，南划中坜以上至头重溪为界，北划远望坑为界，名曰淡水县。自头重溪南至彰化界，至大甲溪止，其间之竹堑，即淡水厅旧治也；裁淡水同知，改设一县，名之曰新竹县。自远望坑迤北而东，仍噶玛兰厅旧治疆域，设一县，名曰宜兰县。惟鸡笼一区，以建县治，则其所辖之地不足；而通商以后，竟成都会，且煤务方兴，末技之民四集，海防既重，讼事尤烦。该处尚未设官，亦非佐杂微员所能镇压。遂改噶玛兰通判为台北府分防通判，移驻鸡笼以治之；名曰鸡笼厅。台北府系属新设，事极难，准作为冲繁难题调要缺。淡水县系属附郭，准作为冲繁难要缺。新竹、宜兰事务较简，准作为疲难中缺。台北府分驻基隆通判，有稽查海口、兼管矿务之责，准作为烦难要缺。其距艋舺十二里新庄地方，原有县丞一员，现艋舺既设府县，新庄县丞准即裁撤，改为台北府经历，兼管司狱事务。淡水县添设典史一员。新竹县准将竹堑巡检改为新竹县典史。宜兰县即将噶玛兰罗东巡检改为宜兰县典史。基隆通判续于分省案内奏改为抚民同知。
台东直隶州
光绪十四年，奏准于后山地方，将埤南同知裁撤，改设直隶州知州一员，驻札中权扼要之地水尾；将埤南旧治添设直隶州州同一员。水尾迤北为花莲港，添设直隶州州判一员。其台东直隶（州）统辖后山事务，按年在盐余项下，提给银七千两，以资办公。其旧治埤南同知所有口费，改归安平县管理。
查台东为台极东，倚山沿海，内防生番，外控日本诸夷。城署未成，农商少聚，现台东直隶州仍驻埤南。
台湾镇
台湾镇一员，雍正十一年，议准照山、陕沿边之例，为「挂印」总兵，带方印，驻台湾府城。标下中左右三营游击各一员，中军、守备各一员，千总五员，把总九员，分防南北中三路。今销去「挂印」，归台抚节制，改设城守营参将一员、左军千总一员、右军守备一员、镇中营游击一员、安平游击一员。
澎湖镇
澎湖为闽、台门户，须设重镇，以资守御。奏准将澎湖副将，与海坛镇对调。嗣后澎湖镇总兵缺出，照例恭候简放。海坛副将，仍作为外海水师题补之缺，以符旧制。
查澎湖镇系属新设，缺分之瘠苦如前，而官职较崇，费用尤钜，自不能不优予津贴。光绪十三年，由善后局详准：将澎湖盐务归镇管理，按年于盐余项下提给办公经费。新议平番三千两，遇闰匀给，以资办公。
凤山县
凤邑纵横百余里，本城道路适中；前弃旧城而移此，必非无意。北六十里至大湖，西二十里至旗后，南三十里至东港，再六十里至生番境，各处村庄疏远，零星聚居多，大乡大族尚少。惟东至下淡水，直趋内山一带数十里中，人烟稠密，土田沃饶，俗善战斗。其尤富足而强悍者，则为粤庄；与闽庄素不相能，无和睦之谊。
彰化县
彰邑地处中权，旧有十五堡，分庄一千有余。自分治后，幅〈巾员〉尚广。滨临海口者，民情稍觉循良；偪近内山者，著名犷悍。路通南北，其不逞之徒，以内山为逋逃渊薮。匪类据险要为巢穴，平日厚固竹围，高筑铳柜，明为防敌，实则拒官，素称难治。
嘉义县
嘉邑居中扼，靠山、面海。近山则有南路之茅港尾、下加冬、东南之店仔口，北路则有他里雾、大莆村、打猫街、东北之斗六门等处；近海则有布袋嘴、盐水港、北埔、笨港等处，均属通津要冲。斗六、盐水港、笨港，尤为水陆阨要之区。匪徒出没啸集，则莫如东南之店仔口、北路之打猫街。故盗寇之为患，不急于海而迫于山。
北埔之吴姓不下数万丁；次则下双溪之侯姓、蒜头之黄姓、湾内庄之陈姓、笨港之蔡、许、杨、陈，皆系聚族而居。素恃丁强，每行不义（现他里雾、北埔、笨港、斗六等处划归云林）。
苗栗县
苗栗系新竹划分，设县城于梦花庄，承买民地，种竹为城，背山面海。北邻新竹，南接台、彰，民以闽、粤分籍，而社番亦逼处其间。民情最为强悍。
鹿港同知
彰化县属鹿港，原有中路同知一缺。光绪十四年，台湾分设郡县后，经台抚刘省帅会同杨石帅，将划清县境所辖情形，具折陈奏，请将鹿港同知裁撤。嗣龙丞吉铭，查明鹿港究为中路最要口岸，沿海一带，人烟稠密，商贾辐辏，民情浮动，时虞滋生事端；而距彰化县城多至二十里，有鞭长莫及之势，请将南投县城移驻鹿港，以资弹压。鹿港沿海一带之马芝、二林、深耕、线西四堡，归为分防地段；其余仍由彰化县典史专管。南、北投两堡，与鹿港界不毗连，复归台湾县典史管辖，各专责成。由邵筱帅据情奏准，颁换印信。其廉俸役食等项，悉各于原款内开支，名为彰化县鹿港分防县丞。
。通商
铁路
淡属水转脚召洋匠创开铁路，径达基隆。狮球岭山洞亦已凿穿，两边峭壁间，多煤苗沙穴，一遇风雨，时虞坍御。由铭军三营队伍修筑，已成坦途。间有低洼数处，均经填实。
中路工程，开抵新竹县界。七堵为淡水至基隆铁路必由之处，前建桥梁屡坍，嗣贾道之协戎督工改造。五、六堵亦由党幼虞刺史改建长桥，另由高楚珩军门派队按段修竣。目下火车由水转脚驶行，直达坡角，往来迅速，商民利便。设有票房五所，统归本地商人承办。
刘宫保拟由台北接开直达台南，惟有大甲之阻。林时甫星使曾带中西工匠，绕溪巡视。拟起建铁桥，以资利涉，而迅流湍急，桥亦不能站柱。绕溪有两道可通：一土地平衍，惟稍窵远；一路径较近。以是，论者各执一见。惟邵筱帅洞悉情形，力阻其议，不独为撙节财用起见，而谋虑固深且远矣。
开山
同治十三年，沉幼丹制军渡台，督率文武，次第开辟山路。南路由内埔、昆仑、诸也葛，大猫厘等处，而入埤南。北路由苏澳、大南澳、三层城、马邻溪、鲤浪港等处，而抵加礼宛、秀姑峦。中路由大坪顶、大水窟、凤凰山、茅埔等处，而抵霜山。计三路开地各数百里、百余里不等，均系束马悬车，缒幽凿险，随时创碉设堡，甚费经营。
车票
台湾铁路，自大稻埕以迄基隆、新庄诸处，共设票房数处。去冬由粤商包办，获利无几，办理亦不妥善，仍改由党幼虞直刺经理。嗣以铁路四通八达，火车来往，多有假公济私及所载货物、并非官用、而隐戤官场者，若不严定章程，恐于商务终无裨益。遂酌定一切，禀明刘宫保批由善后总局出示照办。其略云：十七年三月二十二日，奉爵抚批：本总局详据铁路商务局党委员遵札核议俸公人等官用对象装载火车收费定章，缮折据情请示各缘由：奉批所拟奉公人等及官物饷械分别买票收费章程三条，准即照办。嗣后，搭坐火车及装载官用货物，均须照章买票。计粘单一纸，计开：
㈠署、局、营、关奉公人等，各有差费、饭食，应请通饬一律买票搭车，不得借口奉差，致坏商务。惟遇有更调兵勇，请抚辕中军先期移知卑局，以便分饬票房火车各司事，遵照办理。
㈠官用货物，似宜免给载费。特恐一出免单，势必纷纷舛错，莫可究诘，转于商务有碍。应请通饬：无论何项货物，均须照章买票装车，以希划一。
㈠饷银军械等项，凡有宪局提到大批银两及由外洋购来机器、军火，应请饬支应所、军械所分给凭移，以便照办。其余慨不得免给载费，以重商务。
台湾铁路章程
全台商务总局，为出示晓谕事：照得台湾奏办铁路商务，原为通商便民起见。惟山路崎岖，工程浩大，必须分段兴工，方期早日蒇事。现已逐渐告成。查大稻埕至锡口一带，火车早经通行。现奉爵抚宪谕：大工未竣，本不便遽行搭载，然念该处为行人必经之道，既由外洋购到货、客各车，自当先行试办，以便商民。大稻埕、锡口附近车路地方，各设票房，按名取值，以便该商民买票搭车。除择于十六日开办外，合行出示晓谕。为此，示仰往来商民一体知悉：如欲乘坐火车以及货物搭载，即向各票房按照定价买票，以便登车。倘有额外索费等弊，准该商民投局禀揭，以凭究办。切切。特示。计开章程：
㈠台北至锡口，搭客一等座，洋三角；二等座，洋二角；三等座，洋一角。
㈠小孩五岁以内，不出车价，五岁外至十岁减半。
㈠台北至锡口，客货行囊每石洋一角；五十斤减半，多寡照算。
㈠搭客车内，不准携带对象，致占地步。
