然芝龙自遣芝燕去后，偶闲谈间，见南风大盛，屈指芝燕到日本矣。旁有日本旧唐者到芝龙面前言曰：『到，谅到矣，恐国王未必允从』。芝龙曰：『汝何所见』？旧唐者曰：『日本从来未有妇人入我中国，国王焉肯特破此例。必用一计服他，然后可』。芝龙猛省：『尔言有理。可觅画师画我形图，驾统无数艨艟，旌旗飞扬，军威雄壮。令芝鹗带好汉六十名，新盔亮甲，器械坚利，乘此南风尾过去。声言若不依允，即欲兴师前来』。鹗领命行，八昼夜到日本。芝鹗入港，将旗帜器械摆列整齐，金鼓喧天。一时日本骇然，恐是侵犯之船，炮台预放，以观动静。迨至落椗，其疑方释。芝鹗上山，将画图送入。国王收阅，集诸文武会议曰：『郑芝龙连发两书，遣人前来，未知作何发付』？辅国将军（日本之权，全在辅国）启曰：『迩闻郑芝龙兵船甚盛。今连发两书前来，欲依他，从无此例；若不依他，恐一旦加兵，亦是费事。以臣管见，不如将儿子送还他，其妇女说从无此例，则一举可以两得矣』。国王大喜曰：『此议甚当』。立传翁翊皇面谕。皇领命回家，与燕、鹗及女儿说知。
九月北风起，国王回郑芝龙书，送其子交芝燕、芝鹗载归。翁氏临别之际，悲喜交集（喜者，喜其父子相会；悲者，悲未得见夫君，今反失其子），牵衣恸泣。芝燕、芝鹗共慰之，劝曰：『归去商量，自当设法再来迎接』。随解缆。顺风十月到安海。芝龙望见其子仪容雄伟，声音洪亮，屈指已七岁矣。追忆生时奇兆，甚喜。延师肄业，取名森，字大木，读书颖敏。但每夜必翘首东向，咨嗟太息，而望其母（日本在东）。森之诸季父兄弟辈数窘之；独叔父郑鸿逵甚器重焉（逵字圣仪，别号羽公，庚戌进士）。每摩其顶曰：『此吾家千里驹也』！有相士见之曰：『郎君英物，骨格非常』！对芝龙称贺。芝龙谢曰：『余武夫也，此儿倘能博一科目，为门第增光，则幸甚矣』。相者曰：『实济世雄才，非止科甲中人』。性喜「春秋」，兼爱「孙吴」。制艺之外，则舞剑驰射；楚楚章句，特余事耳。事其继母颜氏最孝。于十一岁时，书斋课文，偶以小学「洒扫应对」为题，森后幅束股有『汤、武之征诛，一洒扫也；尧、舜之揖让，一进退应对也』。先生惊其用意新奇。
崇祯六年癸酉冬十一月，刘香老焚劫小埕，芝龙统船击之。香败，遁粤东。时诸贼咸称其「香老」。姓刘，漳之海澄人，五短身材，性极骁勇。勾引无赖，驾小船出金门，劫掠商舡。突起猖獗，聚众数千，有船大小百余号，杀伤官军，横行粤东、碣石、南澳一带地方。
崇祯七年甲戌夏五月，熊文灿擢两广总督。十二月，文灿檄惠、潮分守道洪云蒸、巡道康承祖、参将夏之木、张一杰，亲到香船招安，被香留困。
崇祯八年乙亥春三月，文灿会同闽抚邹维琏檄郑芝龙，统所辖船收刘香老。芝龙将新旧船只分为三程：第一程芝虎、芝豹为先锋，领船十只，快哨四只；第二程中军坐驾芝龙同卢毓英、芝鹏、芝蛟等，亦领船十只；第三程芝彪、芝凤、芝麟、芝豸、芝鹤、芝鹗、芝獬、芝鸾等，各领船一只为援剿。择日祭江出师。
四月，南风已发，芝虎等船不顺，行稍缓。刘香在甲子，闻芝龙奉两广令牌，统船会粤师，不日即到。刘香大怒曰：『一样皮毛，素无仇敌，何苦为人作鹰犬也！他见我们前岁小埕之役稍避其锋锐，彼就洋洋得意。吾誓必擒此，方快我愿』。即令李虎三、杨韬、陈玉、林武带船前去田尾洋防御。又令其弟金同康钟、李飞熊、张斌带船来往救援，自领大队胁洪云蒸共船迎敌。
芝虎船行至十日，方到田尾洋，与李虎三相遇。自巳至申，互相冲击，军士各损伤，而未分胜负，遂两收金。次日又战，适香督船至，合击，芝豹、芝虎受困几危，幸芝鹏、芝豸、芝麟、芝燕船到，冲〈舟宗〉救出，退十里停泊。是晚芝龙大队到，询问情由。天明，芝龙率诸船列阵分击。香出洪云蒸退敌，云蒸大呼曰：『吾矢死报国，亟击勿失！亟击勿失』！香大怒，立刃云蒸。各飘扬互攻终日，会天晚罢战。
芝龙大队泊赤湖，谓诸弟曰：『今晚我们船泊在下风，半夜水转，刘香必乘潮水冲来。芝豹汝可带船往来飘驶，以防不测。芝虎汝可带船五只，在前椗寄椗。如遇有警，可放起连珠火箭，以便前来接应』。又发令：『凡有船只浮水寄椗，头帆勿落，火炮预备，军士衣甲在身』。刘香船仍收田尾，虎三过船见香曰：『郑芝龙恃强，不识水性，今晚在赤湖。主公可点齐船只，多设火器，俟夜半水起乘潮顺风冲去，芝龙可擒』。香曰：『此计甚妙』。遂各预备。至二更时分，潮起，风果微来，香加额曰：『此天助我诛此狂奴』！即统全队行。甫至半途，忽前队了望报曰：『前面一派黑影，恐是船来』。虎三曰：『他船泊在赤湖港，何得此处有船？令各船提防，听我炮响一声，齐赴杀进』！芝彪见水涨二分，即令椗起浮水，徐行而进。远望前面摇动似船，乃曰：『不出所料，今果来矣。椗帆俱起，安炮守候。听吾掌号，一面攻打。一面放起连珠火箭』。虎三一船先到，即喝：『前面何船』？芝彪不应。令掌开炮，直冲过去。芝虎、芝豹望见火箭连起，炮声轰天，随督轰前来。刘香大队亦至。浑杀至日午，稍停战。芝龙曰：『刘香调度有法，虎三真个勇猛』！芝虎听见，大喊曰：『此贼有甚难破？俟吾擒他』；一船破〈舟宗〉直入。手执藤牌，口含大刀，爬在船末。望香船将近，一跃过去乱砍。香即接战，众又合鬪。龙遥见，忙督船往救。芝鹄一船从横冲去，被香横身熕发出，裂开沈下。芝蟒船逼进，踮在斗头上，抛过火罐，香船着火。虎三见香船发火，急来救时，不防芝豹从后赶来，发一门斗炮，竟穿虎三船尾楼，打死舵公，透入官厅碍火桶而药发，直从桅边斗头出，其船亦发火。虎三救不及，情急抱铳沈于海底。芝虎与刘香见火炽，难以脱身，互相乱砍，一并焚死。芝豹、芝彪又连击沈船数只，方挥招旗招降，遂鸣金收其部众，仅走刘金三船投琼州去。送康承祖、夏之木、张一杰等回粤，并发还掳掠妇女，具文申报。大痛哭芝虎、芝鹄身亡，令人广捞尸首，五日不可得。停甲子所，延僧建七昼夜梁皇宝忏，祭奠二人暨阵亡诸将士，然后班师。刘香既灭，海波不兴，鲸鲵屏迹，实赖芝龙之威制（附记：芝虎，龙胞弟，胆略猛勇，浑名「蟒二」。因听龙夸刘香、虎三好汉，心忿跳船，并香同死。常显圣零丁洋；今粤东虎门外，群奉祀之，甚然灵感）。
崇祯十一年戊寅五月，郑森进南安学弟子员。
崇祯十二年己卯夏六月，荷兰国郎必即哩哥驾大夹板船九只，犯闽、浙地方。郎必即哩哥者，荷兰国之健将也，力能举鼎，兼精剑术。其国之人，白面红须，鹰鼻猫眼。原无船只。因永乐差太监王三宝下西洋，偏历诸国，声言取宝，实侦建文。船到其国，国人恳求船式。三宝虑其有船，则可渡海，骚扰边疆；故意持一管坏笔，画一个扁圈，中间首尾直竖二、三节，将笔毛刷开，乱画几画，与他。岂知荷兰人性乖巧，就画样打造，所有笔毛，一画安绳一条，为船中索路（俗云：夹板船索路多也），造成船只驾驶，比中国船加倍坚牢，且火器甚精。屡到中国，带哔吱、哆罗呢等货物贸易。回则停舟海中，一人坐在桅斗上，持千里镜，四方遥观。有商艘，则将所佩小船五、六只放下，每船坐六、七人，俟船将到，围笼。如我们伸头御敌，他将鸟铳吹打，一枪一个并无虚发。是以海上最畏遇他，所谓「来商去盗」，明季之「防猫儿眼」，即此。是岁统夹板船九只，犯闽、浙地方，官军屡为所败；军门仍檄郑芝龙平复。芝龙接文叹曰：『卢宁侯毓英惜已死矣！使其今日若在，则破此易易耳』（毓英于十一年死，曾平倭，故云）。遂着芝豹、芝彪为先锋，芝凤、芝蟒为左右援，自领芝麟、芝燕、陈秀、郭仪、陈霸等居中调度。临时又叮彪、豹曰：『夹板利害，非比我们的船。凡事当先觑方便，可战则战，勿得恃勇；徒自损灭耳』。豹领令去。至湄洲外洋相遇，互相攻击。将及申时，芝龙船到，环围迫战。奈夹板船只高大，两边遮盖坚固，火炮利害，无计可施。反失芝蟒、芝鹤二船，伤者甚众，方鸣金收军，入泊枫亭港口。即唤芝豹、芝彪等，嘱咐曰：『夹板坚牢难破，须用火攻，方得取胜。汝可选带惯水者五、六十人，小渔船七、八只，将大竹锯筒，每人腰间带两个，船中麻棕灌油，并硝磺引火之物，船头以铁链带钉。他船高炮远，渔船小而撑快，直冲到彼船边，将斧钉住发火，人跳下水，浮漾走回』。二人随选惯水好汉，备办起火诸物暨小船停当。龙即整师出敌，往来攻打。芝豹即发小船依计而行。果夹板船高炮远，小船撑快如飞，到即钉住发火。悉跳下水，或沈、或浮走回。芝彪又令快哨捞救，连烧夹板船五只，余败遁去。
