迨三十年二月，皇太子婚礼甫成，帝忽有疾。急召诸大臣至仁德门，俄独命一贯入启祥宫后殿暖西阁。皇后、贵妃以疾不侍侧，皇太后南面立稍北，帝稍东，冠服席地坐，亦南面，太子、诸王跪于前。一贯叩头起居讫，帝曰：“先生前。
朕病日笃矣，享国已久，何憾。佳儿佳妇付与先生，惟辅之为贤君。矿税事，朕因殿工未竣，权宜采取，今可与江南织造、江西陶器俱止勿行，所遣内监皆令还京。法司释久系罪囚，建言得罪诸臣咸复其官，给事中、御史即如所请补用。朕见先生止此矣。”言已就卧。一贯哭，太后、太子、诸王皆哭。一贯复奏：“今尚书求去者三，请定去留。”帝留户部陈渠、兵部田乐，而以祖陵冲决，削工部杨一魁籍。一贯复叩首，出拟旨以进。是夕，阁臣九卿俱直宿朝房。漏三鼓，中使捧谕至，具如帝语一贯者。诸大臣咸喜。翼日，帝疾，廖悔之。中使二十辈至阁中取前谕，言矿税不可罢，释囚、录直臣惟卿所裁。一贯欲不予，中使辄搏颡几流血，一贯惶遽缴入。时吏部尚书李戴、左都御史温纯期即日奉行，颁示天下，刑部尚书萧大亨则谓弛狱须再请。无何，事变。太仆卿南企仲劾戴、大亨不即奉帝谕，起废释囚。帝怒，并二事寝不行。当帝欲追还成命，司礼太监田义力争。
帝怒，欲手刃之。义言愈力，而中使已持一贯所缴前谕至。后义见一贯唾曰：“相公稍持之，矿税撤矣，何怯也！”自是大臣言官疏请者日相继，皆不复听。矿税之害，遂终神宗世。
帝自疾瘳以后，政益废弛。税监王朝、梁永、高淮等所至横暴，奸人乘机虐民者愈众。一贯与鲤、赓共著论以风，又尝因事屡争，且揭陈用人行政诸事。帝不省。顾遇一贯厚，尝特赐敕奖之。一贯素忌鲤，鲤亦自以讲筵受主眷，非由一贯进，不为下，二人渐不相能。礼部侍郎郭正域以文章气节著，鲤甚重之。都御史温纯、吏部侍郎杨时乔皆以清严自持相标置，一贯不善也。会正域议夺吕本谥，一贯、赓与本同乡，寝其议。由是益恶正域，并恶鲤及纯、时乔等，而党论渐兴。
浙人与公论忤，由一贯始。
三十一年，楚府镇国将军华勣讦楚王华奎为假王。一贯纳王重贿，令通政司格其疏月余，先上华奎劾华勣欺罔四罪疏。正域，楚人，颇闻假王事有状，请行勘虚实以定罪案。一贯持之。正域以楚王馈遗书上，帝不省。及抚按臣会勘并廷臣集议疏入，一贯力右王，嗾给事中钱梦皋、杨应文劾正域，勒归听勘，华勣等皆得罪。正域甫登舟，未行，而“妖书”事起。一贯方衔正域与鲤，其党康丕扬、钱梦皋等遂捕僧达观、医生沈令誉等下狱，穷治之。一贯从中主其事，令锦衣帅王之祯与丕扬大索鲤私第三日，发卒围正域舟，执掠其婢仆乳媪，皆无所得。乃以皦生光具狱。二事错见正域及楚王传中。
始，都御史纯劾御史于永清及给事中姚文蔚，语稍涉一贯。给事中钟兆斗为一贯论纯，御史汤兆京复劾兆斗而直纯。纯十七疏求去，一贯佯揭留纯。至岁乙巳，大察京朝官。纯与时乔主其事，梦皋、兆斗皆在黜中。一贯怒，言于帝，以京察疏留。久之，乃尽留给事、御史之被察者，且许纯致仕去。于是主事刘元珍、庞时雍、南京御史朱吾弼力争之，谓二百余年计典无特留者。时南察疏亦留中，后迫众议始下。一贯自是积不为公论所与，弹劾日众，因谢病不出。三十上四年七月，给事中陈嘉训、御史孙居相复连章劾其奸。一贯愤，益求去。帝为黜嘉训，夺居相俸，允一贯归，鲤亦同时罢。而一贯独得温旨，虽赓右之，论者益訾其有内援焉。
一贯之入阁也，为锡爵、志皋所荐。辅政十有三年，当国者四年。枝拄清议，好同恶异，与前后诸臣同。至楚宗、妖书、京察三事，独犯不韪，论者丑之，虽其党不能解免也。一贯归，言者追劾之不已，其乡人亦多受世诋諆云。一贯在位，累加少傅兼太子太傅、吏部尚书、建极殿大学士。家居十年卒。赠太傅，谥文恭。
方从哲，字中涵，其先德清人。隶籍锦衣卫，家京师。从哲登万历十一年进士，授庶吉士，屡迁国子祭酒。请告家居，久不出，时颇称其恬雅。大学士叶向高请用为礼部右侍郎，不报。中旨起吏部左侍郎。为给事中李成名所劾，求罢，不允。
四十一年，拜礼部尚书兼东阁大学士，与吴道南并命。时道南在籍，向高为首辅，政事多决于向高。向高去国，从哲遂独相。请召还旧辅沈鲤，不允。御史钱春劾其容悦，从哲乞罢。帝优旨慰留。未几，道南至。会张差梃击事起，刑部以疯癫蔽狱。王之寀钩得其情，庞保、刘成等迹始露。从哲偕道南斥之寀言谬妄，帝纳之。道南为言路所诋，求去者经岁，以母忧归。从哲复独相，即疏请推补阁臣。自后每月必请。帝以一人足办，迄不增置。
从哲性柔懦，不能任大事。时东宫久辍讲，瑞王婚礼逾期，惠王、桂王未择配，福府庄田遣中使督赋，又议令鬻盐，中旨命吕贵督织造，驸马王昺以救刘光复褫冠带，山东盗起，灾异数见，言官翟凤翀、郭尚宾以直言贬，帝遣中使令工部侍郎林如楚缮修咸安营，宣府缺饷数月，从哲皆上疏力言，帝多不听。而从哲有内援，以名争而已，实将顺帝意，无所匡正。
向高秉政时，党论鼎沸。言路交通铨部，指清流为东林，逐之殆尽。及从哲秉政，言路已无正人，党论渐息。丁巳京察，尽斥东林，且及林居者。齐、楚、浙三党鼎立，务搏击清流。齐人亓诗教，从哲门生，势尤张。从哲昵群小，而帝怠荒亦益甚。畿辅、山东、山西、河南、江西及大江南北相继告灾，疏皆不发。
旧制，给事中五十余员，御史百余员。至是六科止四人，而五科印无所属；十三道止五人，一人领数职。在外巡按率不得代。六部堂上官仅四五人，都御史数年空署，督抚监司亦屡缺不补。文武大选、急选官及四方教职，积数千人，以吏、兵二科缺掌印不画凭，久滞都下，时攀执政舆哀诉。诏狱囚以理刑无人不决遣，家属聚号长安门。职业尽弛，上下解体。
四十六年四月，大清兵克抚顺，朝野震惊。帝初颇忧惧，章奏时下，不数月泄泄如故。从哲子世鸿杀人，巡城御史劾之。从哲乞罢，不允。长星见东南，长二丈，广尺余，十有九日而灭。是日京师地震。从哲言：“妖象怪徵，层见叠出，除臣奉职无状痛自修省外，望陛下大奋乾纲，与天下更始。”朝士杂然笑之。帝亦不省。御史熊化以时事多艰、佐理无效劾从哲，乞用灾异策免。从哲恳求罢，坚卧四十余日，阁中虚无人。帝慰留再三，乃起视事。明年二月，杨镐四路出师，兵科给事中赵兴邦用红旗督战，师大败。礼部主事夏嘉遇谓辽事之坏，由兴邦及从哲庇李维翰所致，两疏劾之。众哲求罢，不敢入阁，视事于朝房。帝优旨恳留，乃复故，而反擢兴邦为太常少卿。未几，大清兵连克开原、铁岭。廷臣于文华门拜疏，立请批发，又候旨思善门，皆不报。从哲乃叩首仁德门跪俟俞旨，帝终不报。俄请帝出御文华殿，召见群臣，面商战守方略。亦不报。请补阁臣疏十上，情极哀，始命廷推。及推上，又不用。从哲复连请，乃简用史继偕、沈纮，疏仍留中，终帝世寝不下。御史张新诏劾从哲诸所疏揭，委罪群父，诳言欺人，祖宗二百年金瓯坏从哲手。御史萧毅中、刘蔚、周方鉴、杨春茂、王尊德、左光斗，山西参政徐如翰亦交章击之。从哲连疏自明，且乞罢。帝皆不问。自刘光复系狱，从哲论救数十疏。帝特释为民，而用人行政诸章奏终不发。帝有疾数月。会皇后崩，从哲哭临毕，请至榻前起居。召见弘德殿，跪语良久，因请补阁臣，用大僚，下台谏命。帝许之，乃叩头出。帝素恶言官，前此考选除授者，率候命二三年，及是候八年。从哲请至数十疏，竟不下。帝自以海宇承平，官不必备，有意损之。
