弘光元年春正月己酉朔，大雪，免百官朝贺。以殿工成，加应熊太子太保，可法太保兼太子太师、进建极殿大学士，士英少师兼太子太师、进中极殿大学士，铎少保兼太子太保、进武英殿大学士，各赐蟒衣一袭、荫一子尚宝寺丞，以士英掌文渊阁印充首辅办事；可法辞太保，许之。以吏部左侍郎蔡奕琛为礼部尚书兼文渊阁大学士，入阁办事。癸巳，命得功、良佐率兵进屯颍、毫；二人受命不行。许定国阴送款于清。杰至睢州，乙未定国伏兵享杰于城中，杀之。明日，杰部将攻睢州，定国引兵走考城；围之，定国走降于清。壬寅，命在京诸臣自陈。保国公朱国弼及御史张孙振劾刑部尚书解学龙卖法庇贼。丙午，夺学龙职。丁未，召前都察院左都御史唐世济复官。壬子，加衙允文兵部右侍郎，总督兴平标下镇将兵马、经略开归防剿军务。是月，清入西安府，李自成走襄阳。
二月甲寅朔，命于嘉兴、绍兴二府选淑女。左良玉荐太仆寺卿王骥可任巡抚。丙辰，以骥为都察院右副都御史，巡抚湖广，提督军务兼理粮储。命高斗枢回京另用。己未，以阮大铖为兵部尚书兼都察院左副都御史，协理部事；仍管巡阅江防事务。以工部左侍郎高倬为刑部尚书。人有上书言广信、建宁、衢州之间有云雾山为先朝封禁，开之可以助国；命太监李国辅往视之。甲子，谥皇太子曰「献愍」、定王曰「哀」、永王曰「悼」。乙丑，命于苏州制造大婚冠服。丁卯，礼部尚书顾锡畴免官。荫方孝孺裔孙树节为翰林院五经博士。
高杰妻邢氏有子元爵，尚幼，在扬州；可法请以标下囗囗囗囗李本深提督军马，与诸裨将分屯梁、宋间。上曰：『兴平创立军府，以忠死事；身肉末寒，兼有嗣子，朕岂忍以其兵马、信地遽授他人？可令其妻邢氏同元爵照旧统辖。元爵年幼，督师辅臣代为料理，示朕不忘忠臣至意。李本深仍领前锋，俟有功优叙』。良佐上书追论杰罪，请别委一人统其众；不许。又言『本深庸弁，耻与为伍』。朝廷亦以提督体统尊，难之。已而邢氏上书请以本深为提督，允文亦具疏如邢氏言；从之，命未下。先是，四镇之南来也，以扬州富实，各思据之；杰兵先至，扬州人不纳，遂围之。得功引兵至天长，欲争扬州；朝廷遣万元吉谕之，得功奉诏。可法至扬州，为杰所要，奏许其家属居扬州。而得功在庐州，山瘠又新破，尝怏怏不平；闻杰死，又引兵向扬州。士英以闻；上曰：『大臣当先国事而后私仇。黄得功若向扬州，使高营兵将弃信东顾，狡虏蹑之而南，谁执其咎？朕于诸藩镇恩礼有加，诸藩亦当恪守臣节，无得轻举以误国家』。可法在徐州安插高兵，闻之驰还。会上遣太监卢九德、高起潜、李应升谕得功；得功奉诏。李本深等闻得功向扬州，弃信引兵还。上命起潜驻扬州，安抚将士。
乙亥，追封皇弟由榘为颍王，谥曰「冲」。礼部请朝日，命待南郊礼成行之。丙子，更上先帝庙号曰「毅宗」。封慈爚为崇王，命于福州府居住。时廷论多及先朝旧事，欲追罪当日建言三案之人并及门户诸人，上优容不许；而科道交章引绳批根，日益深切，群臣多不自安。袁继咸以总督在九江，疏言「三朝要典」为先帝所焚之书，不宜存。已而，左良玉亦上疏论之。上曰：『此朕家事；列圣父子兄弟之间，数十年无纤毫闲言。当日诸臣妄兴诬构，卿一细阅，亦当倍增悲愤。但造祸之臣物故几尽，与见在廷臣功罪无关。朕已悉从宽宥，不必疑猜』。黄澍之被收也，倚良玉不至；继咸为之请，许回籍听勘。御史左光先被收，亦奔良玉，与吕大器皆不至。御史袁弘勋劾继咸庇护三案，继咸疏辨；上曰：『袁继咸身任封疆，自有本等职业。贼信方急，当一心料理军务，不得借题寻衅』。然自是失职之臣，骎骎有挟藩镇以抗朝廷之意矣。兵部职方司主事彭遇颽召对，中旨改御史，巡按浙江；以家丁数百人行。至杭州不戢，杭人蹋署门逐之；改巡按淮阳。
己卯，续封张承志惠安伯。礼部右侍郎管绍宁署部印，失之；士英为之请，尽易南京各衙门印，去「南京」二字。
癸未，大悲弃市。鸿胪寺少卿高梦箕奏，先帝皇太子自北来，今往杭州；上遣内臣踪迹，至钱塘江上得之。三月甲申朔，至京都。人传言太子至，人人色喜；又言上未有子，且以为子：京城内外，一日中告语几遍。太子在兴善寺中，发勇卫营兵五百人守之。夜五鼓，传上旨，移太子至锦衣卫掌卫事后军都督府都督同知冯可宗邸舍。乙酉，上御武英殿，命府部九卿科道官及左春坊左中允刘正宗、右春坊右中允李景廉、前詹事府少詹事方拱干等审视（正宗等皆前东宫讲官）。于是百官公服；独拱干有罪，便服趋上。太子曰：『方先生』。及问正宗等，皆不识。又问讲书何地？讲何书？习何字？答多不符。兵科给事中戴英进曰：『先帝十六年冬御中左门亲鞫吴昌时，太子侍旁，忆之乎』？不对。群臣环诘之，遂供出姓名王之明，为故驸马都尉王昺之侄孙，曾侍卫东宫，家破南奔，遇梦箕家丁穆虎声，乃诈称太子，拱干则于侍卫日识之也。奏上。丙戌，下之明中城兵马司狱。以礼部尚书兼翰林院学士钱谦益掌部事。丁亥，复故少师兼中极殿大学士温体仁谥。戊子，命司礼监随堂内官监太监乔尚总监两淮盐课，严察兵马粮饷。命督师大学士应熊兼制云南、贵州、湖广、广西、郧阳、偏沅各督抚；应熊劾马干淫掠不法，夺官下督抚逮讯。壬辰，命百官会审王之明于午门外。河南有妇人童氏，自称上藩邸时元妃，巡按御史陈潜夫信之，具仪从送至京；上大怒，下童氏锦衣卫狱，并逮潜夫至京讯之。以耿廷箓为都察院右佥都御史，巡抚四川，提督军务兼理粮饷。癸巳，遥祭诸陵。戊戌，以黄斌卿充总兵官挂征蛮将军印，镇守广西。三法司以王之明狱上；上曰：『此必奸人密谋授意，图为不轨；非高梦箕一人可办。法司其严行究讯两月以来往来踪迹及主使之人』。于是人情益惧。民间流言，指马士英、王铎共谋戕害太子。黄得功上疏言：『先帝之子即皇上之子，真伪未辨，乞多方保留。若骤处死，即果诈伪，天下必以为真东宫矣』。上乃命养之狱中，勿遽加刑；俟布告天下，愚夫愚妇皆已明白，然后申法。而刘良佐上疏，并言太子、童氏二事，谓上为群臣所欺，将使天伦绝灭。上曰：『朕元妃黄氏，先朝册封，不幸夭逝。继妃李氏，又已殉难。登极之初，即追封后号，诏示海内。卿为大臣，岂不闻知？童氏不知何处妖妇，诈冒朕妃。朕初为郡王，有何东、西二宫？据供是邵陵王宫人，尚未悉真伪。王之明是驸马王昺之侄孙，避难南来，高梦箕家丁穆虎声令冒认东宫，正在严究。若果真实，朕于夫妻伯侄之间，岂无天性？况宫媵相从患难者颇多。朕于先帝无纤介之嫌，因宗社无主，不得已从群臣之请，勉承重寄，岂有利天下之心，忍加毒害于其血脉？至于举朝文武，无非先帝旧臣，宁不如卿；肯昧本心，害其元子？朕夫妻之情，又岂群臣所能欺蔽？但太祖之天潢、先帝之遗体，不可以异姓顽童淆乱宗祏；宫围风化所关，岂容妖妇阑入？国有大纲、法有常刑，卿不得妄听妖讹，猥生疑义』。因命法司先将二案审明情节传示中外，以释群疑。然而流言日甚。
己亥，上懿安皇后谥曰「孝哀慈靖、恭惠温贞、偕天协圣悊皇后」，更上皇考谥曰「孝皇帝」。壬寅，先帝忌日，上于宫中举哀，百官于太平门外设坛遥祭。甲辰，封囗囗囗囗囗囗黄九鼎为雒中伯。己巳，以殿工成，加可法太师，士英太保，铎少保，弘图、曰广各太子太傅。李际遇、许定国既降于清，清尽得河南开封之地，引兵南下；王之纲走宿州。是日，清陷归德府。巡按御史凌駉死之。丙午，罢安庆巡抚。以兵部右侍郎朱大典为兵部尚书兼都察院右副都御史，提督广昌、靖南、池皖等镇军务，巡抚应天、安庆等处地方，总理粮储兼督上江漕粮。丁未，命后军都督府右都督总兵官方国安挂镇南将军印，驻防池口。己酉，以光禄寺少卿钱继登为都察院右佥都御史，总理两淮盐法兼理江防军务。赠高杰太子太保，荫一子锦衣卫百户世袭。
左良玉在先帝时已拥兵跋扈，及上即位，数上书侵挠朝政。闻有太子事，具疏言大臣蔽主，危害皇储。时良玉且病，其子挂平贼将军印总兵官中军都督府右都督梦庚性凶狡，一时失职诸臣在军中者，又为「春秋」「与赵鞅」之说以赞成之，遂举兵反，以奉太子密旨诛奸臣马士英为名。壬子，加李本深太子太保、囗军都督府左都督，提督兴平标下兵马。
夏四月丙辰，良玉陷九江府。丁巳，追恤三案诸臣刘廷元等二十人并复原官，仍各赠荫有差。良玉兵自九江而下，所至焚掠；乙未，陷东流。京师戒严，以公侯分守长安等门及都城十三门，征靖南、广昌、东平三镇兵入卫，命可法至江北调度，命阮大铖率兵巡防上江。上谕三法司：『附逆一案，日久不结，殊非法纪。朕新政之初，姑从宽贷。光时亨力阻南迁，致先帝蒙难；周锺以词臣降贼，乘马不下梓宫；武愫为贼伪官任事：三人即便会官处决。其余拟斩者发云南金齿等卫永远充军，拟绞者发广西地面充军终身，责令地方抚按官拘解。军罪以下，并宥为民，永不叙用。周镳、雷演祚结党乱政，招引外兵，图为不轨；于狱中勒令自尽。此外当日有挟持异议者，都与大赦。朕为天子，岂计匹夫夙嫌？并案内曾得罪皇祖妣、皇考者俱勿问。文武诸臣不许再提往事，屡污奏章；违者冶罪』。是日戮时亨、锺、愫于市，镳、演祚自尽。以光禄寺卿祁逢吉为兵部右侍郎兼都察院右佥都御史，总督仓场。续封刘允柱为宁晋伯。庚申，续封张国材为安乡伯。是日，良玉陷安庆府。
初，兴平所将皆秦人，于四镇中最强，朝廷以冲地委之。自李本深等引兵还，囗自大梁以南，如入无人之境；而提督之命久不下，将士无固志，因留扬州不进。于是清自归德分两道，一趋毫州，一趋砀山、徐州。李成栋奔扬州。壬戌，封常澄为襄王，命于汀州府居住。是日，都督黄斌卿等与良玉兵战于铜陵之灰河，败之。明日复战，沉其船三十艘；上命赍银币至军中劳诸将。是时勤王之兵四集，军势稍振。良王寻死于九江；然淮南单弱，清自此益进而南，事不可为矣。己丑，清陷泗州；丙寅，渡淮。丁卯，选淑女于元辉殿。潞王在杭州上尽，请移僻静一郡；戊辰，命移于湖州府，赐敕奖谕。且命移周、鲁二王于江西、广东。时河南尽入于清，独刘洪起尚在光、黄之间；己巳，以洪起为提督汝、宁、开封等处援剿总兵官。庚午，命王永吉总督防河兼巡抚凤、淮、庐三府，钱继登兼巡抚扬州一府，召田仰回部；继登辞，命永吉并抚扬州。时上流梗塞，王骥未行；而言者以湖南多警，命杨鹗仍为巡抚，驻常德、澧州。于是兴平兵尽弃信还，挈其家眷至瓜洲，掠民舟欲渡江。有旨令郑鸿逵扼守京口，敢有一兵渡江者，以大炮击之，日有斩获报捷；而清遂长驱南下。辛未，清围扬州。甲戌，加得功左柱国，荫一子锦衣术指挥佥事世袭。丙子，以御史霍达为都察院右佥都御史，巡抚苏、松、常、镇四府，提督军务兼理粮储。丁丑，清陷扬州，屠之；督师太傅兼太子太师兵部尚书兼建极殿大学士史可法不知所在。戊寅，追封于谦为临安伯。
五月壬午朔，以山东布政使司右参议李彬为都察院右佥都御史，巡抚河南。癸未，命移惠王于嘉兴府。得功率兵进击梦庚，败之。丙戌，进封得功靖国公世袭，加大银、大典太子太保荫一子锦衣卫千户，诸将各升荫有差；遣司礼监太监王肇基赍银币往劳。丁亥，封郑鸿逵靖虏伯。分苏松、常镇为二巡抚；以兵部职方司郎中杨文骢为都察院右佥都御史巡抚常、镇二府兼辖沿海杨州等处地方，提督军务兼理粮储。己丑夜，清以小舟自七里江渡；庚寅旦，抵南岸，鸿逵以水师奔福建。清陷镇江府。辛卯夜二鼓，上出通济门，幸太平。壬辰未明，士英奉皇太后如杭州。日晡，已有百姓数百人破中城兵马司狱，出王之明称皇太子，奉入宫；宫中金帛器玩，抢夺一空。吏部尚书张捷、刑部尚书高倬、户部江西司郎中刘成治、山西司主事吴嘉允、中书科中书舍人龚廷祥、钦天监博士陈于阶、国子监监生吴可基皆死之。癸巳，上至芜湖，命大典、大铖东阁大学士督师，以扬州府同知李继晟为都察院右佥都御史巡抚安庆；时无纸，亦不及用宝，各以一幅纸书其官衔姓名。京城百姓，相聚搜杀士英故所部黔兵及其姻党，破人家、劫财物；总督京营戎政少保兼太子太保忻城伯赵之龙捕斩数十人，闭城门，遣人具启于清。清兵自丹阳趋句容；乙未夜，前队至郊坛门。丙申，豫王至，营于郊坛北；之龙及诸勋戚文武大臣皆迎降，清执之。明广昌伯刘良佐率兵入援，次上新河，降于清。己亥，豫王入南京。上将幸杭州，命大典、国安以所部兵先发，都督杜弘域扈从，得功率兵断后；未行。癸卯，良佐率兵犯驾，左柱国太师靖国公黄得功死之，其将田雄等奉上如营。丙午，上至南京。九月甲寅，上北狩。
