丙子（十三日），将军嘉勇公福康安统领大兵南下。先是普尔普领兵由嘉义至郡城，道经湾里溪、铁线桥，贼众闻风敛迹，皆走匿大武陇山内。至林爽文被擒，大武陇贼目许大花等闻之，挈党投出。而林爽文之弟林勇，先在大武陇与庄大田协力窥郡城，既闻大兵已定北路，党羽皆涣散，乃罄其所掠财物，纠集余党据大武陇隘口。北路贼目蔡福及叶省妻黄玉娘等亦逃走南路，与之合力，思阻险自固。丁丑（十四日），将军福康安分兵三路南下：普尔普由大排竹进山趋大武陇北面，鄂辉、许世亨由哆啰嘓、洗布埤迤西沿山搜捕，将军福康安、参赞海兰察统领大兵由湾里溪、铁线桥进兵。防守盐水港总兵梁朝桂亦随大兵南下。己卯（十六日），师次牛庄，贼目苏魁、陈献瑞率众阻官兵。官兵射苏魁杀之，生擒陈献瑞等，戮于军。
壬午（十九日），将军福康安、参赞海兰察直抵南潭。福州将军常青、江宁将军永庆、广州副都统博清额、南澳总兵陆廷柱，皆领兵自关帝厅来会。而湖南总兵尹德禧、副将伊常阿、参将张宜淑、游击王希章、都司王朝佐、守备尹尚荣、陈纶、田武、千总以下二十六人，兵千名，亦由鹿港登岸陆续至军。
初，常青闻将军福康安东渡，自陈无功，请去将军名号，以一事权。上以常青驻南路久，而福康安方经营北路，不欲遽加贬削。至是北路大定，福州将军恒瑞坐逗留盐水港革职，乃责授常青福州将军，摘去双眼花翎。
将军福康安之定北路也，南路贼目皆气沮。有民人数十至关帝厅请常青用兵。时关帝厅军营兵不过三千，常青犹豫不能决。会总督李侍尧遣连江游击梁上抡、兴化都司谭纶邦带兵千人至营，常青致书将军福康安，请带兵二千人靖南路。将军福康安以南路兵日久力疲，恐不得当，损威望，乃覆书令其审度形势，毋轻进。会上亦严谕常青防海口，不责以兵事，常青南下之议遂止。
将军福康安既至南潭，与常青晤，仍以府城委之防守。檄令江宁将军永庆、广州副都统博清额、总兵陆廷柱分守打鼓港、竹枝港。
有义民首郑其仁者，先随丁朝雄收复东港，擒贼目吴豹送郡城伏法，奉旨赏守备职衔。至是遣人至军前，报收复枋寮捷音。将军福康安遣台湾府知府杨廷理驰往枋寮抚慰新附，并遣张芝元、许廷进带广东兵五百人随往。
癸未（二十日），大兵发南潭，参赞鄂辉以兵来会。初，鄂辉与普尔普分路搜剿大武陇贼巢。鄂辉攻本县庄，克头社，转战皆捷，至大武陇河。普尔普亦克大武陇隘口。贼目庄大田、蔡福等由内山南走水底寮。普尔普复自大武陇北面深入内山搜剿余匪。将军福康安即令留守大武陇。鄂辉亦自大武陇南面入山，沿山搜捕，至大林庄出山，与大兵会。戊子（二十五日），大兵次下埤头。
先是知府杨廷理奉令招抚枋寮，既至，乡民皆出庄迎谒，意甚恭。杨廷理遍加慰劳，并令侦庄大田踪迹，立功自效。于是杨廷理留宿庄中。夜半，枋寮贼陈昆、叶娥等复劫庄众谋拒官兵。杨廷理闻变，单骑驰出庄，得免。有把总严廷选者，带兵百人随往，遇变皆死之。义民首郑其仁亦死于乱。
参赞海兰察既至下埤头，闻之大怒，即率侍卫巴图鲁直抵枋寮，与贼遇，横冲贼阵，贼不能当，射贼目陈建平杀之，贼皆溃走。官兵乘胜追之，斩首数千级，挤于海死者不可胜计，生擒贼目蓝九荣等，戮于军。贼目庄大田在水底寮，闻之，窜走琅峤。琅峤在凤山极南，边海，内通傀儡番社，山峻林密，道路险恶。
二月丁酉（初四日），大兵次风港。将军福康安重赏琅峤各社番众，令其堵缉内山隘口。戊戌（初五日），大兵发风港，穿林越箐，自黎明至日午，行三十里。凡遇隘口，皆留兵守之。贼众伏密箐内，见官兵至，自山涧内突出，殊死拒。前锋侍卫博斌、副将岱德、参将张朝龙等迎击之，贼却，官兵乘胜追之。至柴城，官兵四面围逼，贼众往来冲突，不能脱。知事急，皆相率投海。
初，将军福康安遣侍卫乌作哈达领水师兵由海上抵琅峤。至是齐至，遇贼投水者，放鎗炮击之，贼尸浮海面者无算。贼目庄大田知不可脱，率众贼弃械窜伏山谷。官兵分途搜缉，生擒贼目庄大田、大田之弟大韭、许光来、许尚、简天德、并大田之母黄氏。其义民、番众擒献者，林汉、陈才等又数百人。将军福康安遣总兵袁国璜槛送庄大田等至府城，遣乌什哈达沿海搜查逸匪。乙巳（十二日），大兵凯旋，至东港。丁未（十四日），至山猪毛。
初，山猪毛义民团结乡众拒贼，上嘉其义勇，御赐褒忠扁额，乡民建亭奉之。将军福康安亲至亭下招义民首慰劳之。
庚戌（十七日），至府城。府城绅民皆至三十里外设香案迎大兵，夹道欢呼。人人自庆。
将军福康安既至府城，戮贼目张邦光等四百余人于市。令普尔普械送庄大田之弟大韭、大麦、伪副元帅许光来、伪参军简天德、伪靖海侯许尚、伪先锋陈牙、伪左将军林汉至京伏法。惟庄大田伤重垂毙，僇于市，以首送京师。又擒林勇于大武陇，擒蔡福并庄大田之子天义、天勇、孙阿莫、婿杨由、并其妻女于灰窑。贼目刘升、陈秀英、郑记、陈天送、严烟等皆先后就擒解京伏法。叶省妻黄玉娘亦就擒，戳于台湾市。大田幼子天畏逃至嘉义，至六月内，效用知府钱受椿访获之，械送内地。林爽文、庄大田党羽尽矣。其投诚贼目陶乌等几百人，奉旨贳其死，分各省安插。惟董喜随林爽文逃至番界，或云已为生番所戳云。
南路捷闻，上大喜，赏擒庄大田之功，六十七、德成、额岱德、王宣、王德俊皆赏号巴图鲁，加赏银百两。
三月乙丑（初三日），奉旨逮问陆路提督兼台湾镇总兵柴大纪于京师。柴大纪自守嘉义以来，上念其守城之功，眷顾优隆。既闻其在总兵任内，婪脏负职，多劣迹，不称任，而工部侍郎德成亦上言柴大纪营私玩寇。维时革职提督任承恩在刑部狱，上诏问之，其对如德成言。上知大纪所犯皆实，乃诏总督李侍尧、将军福康安查明指参，以高廉总兵梁朝桂为陆路提督，转汀州总兵普吉保为台湾总兵。旨下，将军福康安方统兵在凤山，遣郎中长龄至嘉义逮大纪至郡。至凯旋郡城，同成都将军鄂辉等以所犯面鞫之。大纪不能隐。又问大纪之弟大经，并经其家人林道清、巡捕官郑名邦等皆言大纪纵兵市易，废弛营伍。又挑补兵弁，皆以利进，及林爽文将作乱，畏贼回郡城各情，皆有征。狱具，上闻。于是籍没其家，逮大纪于京师，伏法。福州将军常青坐不能纠举，革职回京听旨。
将军福康安以台湾大定，撤回防守南北两路各征兵，凯旋内渡。参赞超勇公海兰察率巴图鲁侍卫先由鹿仔港内渡。又分派诸军，以次渡海。由鹿耳门配渡者，广州驻防兵为第一起，都统博清额领之；次杭乍驻防兵，将军永庆领之；次贵州兵，总兵许世亨领之；次广西兵，副将巴尔布领之；次广东兵，总兵陆廷柱领之。由鹿仔港配渡者，四川屯番兵为第一起，总兵穆克登阿领之；次湖南兵，总兵尹德禧领之；次福州驻防兵，协领海兴阿领之；次浙江兵，副将詹殿擢领之。其在北路凯旋广东官兵，则总兵李化龙领之。而福建水陆各官兵，除挑留戍兵外，分四起内渡。惟留广东兵千人，命总兵张朝龙领之，镇抚地方。至五月，内渡官兵以次凯旋。
