圣祖康熙元年（永历一六年、一六六二），鲁王在金门（海东逸史）。
正月初八日，匡城外屋，王令要六千间。水部门城边起至路通桥共一千三百间，内空地千余间；不足。二十日，复匡荷宅、柳宅、金墩下、郑道窟、打铁墩等处复千余间；又不足。将村边田园百余亩尽填作地起盖，又不足。复自半洋起至东门河港浦下止，洋中之田量二百余亩作地起盖。所匡屋给银大间八两、中间六两、小间四两，每亩三两。即日逐民离屋别住，与左右两镇兵住。城内住兵名曰「包」，城外住兵名曰「镇」。经院巷与妓女住，开元寺前戏子住，龙山巷与打花鼓人住，各千余人。
王兵家眷搬至本年正月未尽；盖实兵有六千人，而门下作买卖者十余万，往来船只，民间寸步难行。复于各乡取正舵工；乡间人未必能使船，每名折银五两（以上榕城纪闻）。
四月，福建总督李率泰奏：定海小埕贼众盘踞，臣密会靖藩各调官兵击走之。又万安所先经迁毁，续被伪镇杨宣等筑垒新踞。臣复密会提臣马得功调发官兵夹剿，贼不能支，扬帆远遁（东华录）。
五月八日，明招讨大将军延平王郑成功薨于东宁。初，后提督万礼密约黄梧，欲据思明州以叛，后随征南京死，已祀忠臣祠矣；事泄，撤其木主。守铜山将蔡禄、郭义，其党也，胁忠匡伯张进叛。进诈许，置酒请会，欲发火药与之俱焚。蔡、郭知之，不赴，进遂放火自焚。清兵入铜山，洪旭会南澳忠勇侯陈豹败之，清兵退。成功拔翁天佑镇守铜山，而厚恤张进之家。豹守南澳近二十年，许龙、苏利皆畏之，骄傲专恣，数违成功令。周全斌以铜山、思明州兵取南澳，豹不敢迎战，扬帆入广东投诚，封为慕化伯；未几，病疫死。成功严谕搬眷，而郑泰、洪旭、黄廷等皆不欲行，于是不发一船至台湾，而差船来调监纪洪初辟等十人分管番社，皆留住不遣，岛上信息隔绝。四月，成功遣兵官杨都事奉令箭到思明州杀董氏及其长子经，以与乳母生子之故。洪旭等不肯奉令，杀杨都事；而讹传周全斌奉密谕欲杀诸将十余人，于是人人自危。旭使全斌回厦门港，即执而拘之，黄昌劝郑泰遂杀之；全斌求救于董氏，洪旭亦依违，乃得免。至是，成功疾革，犹日强起登将台，持千里镜望澎湖诸岛。是日登台，罢冠带，请太祖训出，坐胡床进酒；读至第二帙，叹曰：『我有何面目见先帝于地下也』？两手掩面而逝。计成功自隆武丙戌起兵，经营海外十余载，进取之志卒未能达；及退据台湾，越年竟殁，春秋三十有九。提督马信及诸镇将黄昭等议以其弟世袭护理大将军印。未几，马信以哭成功过哀病故。世袭以黄昭、萧拱宸为腹心，刘国轩管镇事，谋自立。报至思明州，郑泰、洪旭、黄廷、工官冯澄世、参军蔡鸣雷等立长子经为嗣，称世子，发丧即位。是年，永历帝已先一日被难，而经犹奉其正朔（海上见闻录、小腆纪年、清史纪事本末）。
海上诸臣议复奉鲁王监国（海东逸史）。
平南王尚可喜奏：总兵官许龙擒郑成功之弟郑成赐于厦门。得旨嘉奖，下部议叙。
六月，谕兵部：福建水师应设提督一员、总兵二员。此水师官兵应驻何处、每处应设官兵船若干？尔部会同大学士苏纳海、尚书车克速议奏闻。
七月，靖南王耿继茂奏：漳州水师经制兵三千，原设游击二，分为二营；恐兵多不便约束，请增游击一，改为中、左、右三营。从之。
增福建长乐营游击一（以上东华录）。
十月（小腆纪年作十一月事），洪旭、郑泰以兵千余人送世子经台湾，周全斌为五军，冯锡范（澄世子）为侍卫，陈永华为咨议参军。至澎湖，其将李思忠船飘至台湾，知诸将有谋，逃回。经因乘风入鹿耳门登岸，全斌令连夜伐木为栅扎营。次早，黄昭会诸将出兵，值大雾，昼冥，跬步不可视，诸将多迷误失期；惟黄昭兵先至攻其前，刘国轩兵至攻其后，破营而入。经兵却，复挤而前，黄昭攀木为梯，为流矢所中坠下；全斌斩其首，大呼示众，军士皆迎降。大雾忽晴，日已向午。经入安平镇，请世袭待之如初。世袭委罪于其仆蔡云，云自缢。收杀萧拱宸、李应情、曾从龙等，余不问；诸将营兵守汛地如故。时靖南王耿继茂移镇福建，与总督李率泰遣中军李有功等至思明州。郑泰等议照朝鲜国例复耿、李，使疏请。泰遣中军杨来嘉入京待命，不报。来嘉回，京中遣户部郎中贲岱、兵部郎中金世德入闽招抚，凡海上文武官投诚者照品级补用（海上见闻录）。
十一月，经率周金斌等同其叔世袭回思明州。后世袭入京归命，授精奇尼哈番。颜氏、芝豹自戍所发回，准在京同住（同上）。
二十三日，鲁王殂于台湾（海东逸史、小腆纪年）。
靖南王耿继茂奏：伪镇威将军左都督杨学皋率所属官兵三千余名、人民家口三万有余投诚，请从优议叙。得旨：归顺人民听其自便安插。寻授学皋左都督，加太子太保，给三等阿思哈尼哈番。
十二月，耿继茂奏：总兵官吴万福奉命招抚伪总兵王士鳌等归诚。
耿继茂奏：自顺治十八年九月起、至康熙元年七月止，陆续招抚伪将军、都督、总兵并副、参、游、守、千、把总等官共二百九十员，兵共四千三百三十四名，家口共四百六十七名，请敕部酌议各官给与衔俸，兵丁入伍支粮。
命福建水师提督带兵四千驻扎海澄县，左路水师总兵官带兵三千驻扎闽安县，右路水师总兵官带兵三千驻扎同安县。
裁福建海澄总兵官（以上东华录）。
二年（永历一七年、一六六三），永明王讣至，郑经犹称永历年号（三藩纪事本末）。
三月，荷兰国遣出海王统领兵船至福建闽安镇助剿郑氏（东华录）。
郑经使洪旭守思明州、郑泰守金门、黄廷守铜山。而经得泰与黄昭往来书，欲袭取之；泰不自安，称病不来见。四月，参军陈永华谋以经将回东宁，调泰为居守户官，统辖诸镇；铸居守户官印，遣协理吴慎赍至金门。泰遣弟鸣骏入谢，经慰谕之；见陈永华，情款甚密。鸣骏回，力劝其行；泰遂于六月六日带兵船并饷银十万至思明州。经以通书黄昭事面质之，遂交与洪旭监留。周全斌率兵并其船，独蔡璋一船走脱。天未明，至金门。鸣骏仓卒与泰子缵绪率诸将及兵丁眷口下船，入泉州港，向总督李率泰投诚；船二百余号，兵八千余人。全斌等追之不及。泰见子弟家眷兵众皆入泉州港，遂自尽而死（海上见闻录、小腆纪年）。
七月，以黄而辉（黄廷子）为思明知州（海上见闻录）。
八月，黄廷自铜山入见，经慰谕之。右武卫杨富、左武卫何义、礼官都事陈彭等皆先后内渡投诚（同上）。
靖南王耿继茂奏：伪尚书参知军政事蔡雷鸣密令其子伪侍郎蔡协吉、伪通政蔡源等携眷来归，应请叙录。
投诚同安伯郑鸣骏奏报：伊兄郑泰遗命子郑缵绪统所部文武各官四百余员、水陆兵丁七千三百余名各带家眷，驾舟舰一百八十余号，直抵泉郡港口投诚，并缴伪敕印等件。授福建投诚同安伯郑鸣骏为遵义侯、永成伯郑缵绪为慕恩伯。
九月，耿继茂奏：伪庆都伯王秀奇投诚。
福建总督李率泰奏：伪忠靖（一作精忠）伯陈辉率文武伪官一百三十三员、兵一千六百名、家口八百余名投诚。管理福建安辑投诚事务郎中贲岱奏：伪统领挂宁南将军印左都督陈舜穆率辖下总兵二员、副总兵六员、参将二十员、游击十九员、都司三员、守备一员、兵部主事一员、工部郎中一员、监纪推官二员、兵丁一千名投诚（以上东华录）。
荷兰集夹版船十六只、兵数千人，会约靖南王总督同攻金、厦两岛，事定之日，欲求浯屿筑城贸易，如广东香山澳例，复准纳贡互市（海上见闻录）。
十月，陆路提督马得功督郑鸣骏以船数百号出泉州港，水师提督施琅同黄梧出海澄港，靖南王耿继茂同荷兰兵札营同安刘五店，约期渡海。
李率泰奏：伪总兵魏明等率众来归，请从优录叙。
李率泰奏：延、建等处皆高山峻岭，贼首王铁佛等倚险结巢；建宁、延平、邵武将弁统兵克期夹剿，三路齐进，奋勇力战，杀贼一百一十七人、生擒王铁佛等六十八人正法。又奏：郑锦遣伪副将林维等率舟师由海门欲乘风直入海澄，烧新造战船。提臣施琅密遣守备王明等统水师，夜半直抵海门；贼囗〈舟宗〉前来拒敌，我兵奋勇，阵杀伪副将林维等，生擒贼将兵丁共一百二十五名，夺获船只、器械。
十一月，李率泰奏：海寇五百余人由梁山侵犯海疆，总兵官王进功、参将折光秋夹击，大败之，杀贼一百六十余人、生擒九人。
耿继茂奏：郑芝龙子郑世袭素蓄归顺之心，缘郑成功携往台湾。及成功暴亡，复被逆孽郑经带回厦门，脱身无术。至是，乘间率伪文武官二百二十四员、水陆兵一百二十名家口、船只、盔甲、器械等物投诚。又伪都督郑赓系同安伯郑鸣骏之弟，携带官兵共三百一十五员名、家属共三百四十二名口投诚。
耿继茂奏：伪都督佥事陈宗等文武官二百三员、兵丁三千二百二十五名并战舰、盔甲器械等物投诚（以上东华录）。
郑经率黄廷、周全斌等会于金门。全斌曰：『海澄之师猝未敢前，惟泉州会合红夷夹板而来，其势甚锐；破之，则各港气夺，不战自退矣』。洪旭曰：『先王破达素，悉空厦门，背城一战』。乃出眷口暨流寓之宗室、绅兵寄椗各屿，而列舟师于大担，以为全斌援。荷兰船高而且大，一船有大小熕铳千余号，横截中流，为清船藩蔽。是日，炮声自辰至酉，相续不绝，一似霹雳。经见荷兰船炮多，众寡不敌，乘潮渐渐退出浯屿。全斌等十三号船在后，迫于潮长不得出，直绕荷兰船之后，冲囗〈舟宗〉大而入。荷兰船发熕齐击，无一中者。马得功坐鸣骏中军船，全斌误以为鸣骏，直前攻之。黄廷中军将吴朝宰、经亲军将萧乘龙前后夹攻，挥兵过船。得功亲随铁甲精兵三百人皆被杀，得功顿足，自投水而死。全斌讯降卒知之，叹曰：『吾欲擒獐，乃中一虎，岂是贼未合死邪』？再遇杨富船，全斌喝曰：『叛贼！今日是汝死日』！冲入逼之，富投水，遇小艇救之得免。已而守高崎将陈升密款于官军，漳州军施琅、黄梧乘潮落援之，耿继茂、李率泰亦各济师，经众寡不敌，退守铜山。黄廷议欲再守数日，全斌以为船多损坏，不可；遂弃两岛而去。官军入，堕其城，收其宝货妇女而北。梧劝率泰乘胜逼铜山。率泰曰：『穷寇勿追，急之则逸，入台湾后难图矣。乘彼人心未定，招抚以散其党羽，计之上也』。乃遣使至铜山，宣布朝廷德意，密通诸将，许生擒郑经者封同安侯，镇守泉州如海澄公例。惟洪旭笑而却之。先是，李率泰给示，准岛中百姓过界。思明州知州黄而辉请准岛民渡海，令下三日，永华复复经禁之。至是清民入岛，遗民尚数十万，多遭兵刃，男妇系累、童稚成群，若驱犬羊，连日不绝。而投诚兵搜掠财物，发掘冢墓，至剖郑彩之棺而残其尸；堕城焚屋，斩刈树木，遂空其地，「嘉禾断人种」之谶应焉（海上见闻录、小腆纪年）。
十二月，耿继茂、李率泰等奏：臣等统率大军，渡海攻克厦门，贼众惊溃登舟；水师提督施琅会荷兰国夹板船邀击之，斩首千余级，乘胜取浯屿、金门二岛。郑锦、周全斌等势穷宵遁（东华录）。
案此次战事，官军实大败，大将马得功至投水死，乃掩败为胜如此；则经自弃两岛，而官军得以为功耳。
耿继茂等奏：十月二十八日，郑锦等遣兵五千人突犯云霄；右路总兵官王进功率官兵逆击之，斩杀过半，余众尽赴水死（东华录）。
总督赵廷臣阅界（福州府志）。
三年（永历十八年、一六六四）正月，管理福建安辑投诚事务户部郎中贲岱奏：郑芝豹生母黄氏率子侄眷属等赴闽投诚。
李率泰奏：原任提督马得功攻取厦门、金门二岛，力战死。得旨：从优议恤。
靖南王耿继茂奏：年虽未迈，疾病相仍，子精忠未谙军旅，恳赐遣归，俾臣力疾教之，训以备驱策；允之。
授福建投诚伪伯陈辉为慕仁伯。
二月，耿继茂等奏：福宁总兵官吴万福招抚伪镇林国梁投诚，随遣游击李应先等协同攻克长腰、东蚶二岛，寇巢破灭，阮春雷、张煌言仅以身免。得旨：从优议叙（以上东华录）。
郑经驻铜山，诸军乏粮。周全斌欲袭洪旭而并其船，旭亦防之；值海风大作，船各飘开，全斌遂率其众入漳投诚。旭以杜辉守南澳，辉亦掠其辎重投诚。林顺亦自镇海投诚。旭谓经曰：『金、厦新破，差官仆仆前来，非为招抚，实窥探以散人心；当速过台湾，迟则变生肘腋矣』。三月，经乃同冯锡范、陈永华等悉众东徙，命黄廷断后。工官冯澄世一船为其家丁所迫，自投海中死。旭以二十舟候黄廷同行；廷部兵将多不愿，适黄梧遣陈克竣来招降，廷遂入漳投诚。旭自往东宁。过澎湖，设重镇守之。改东都为东宁，天兴、万年二县为州。分诸将耕屯荒地，造京馆以处宗室遗老之相从者。度曲征歌，示无西意，以与民休息焉。李率泰尽徙诸岛遗民于内地，开界沟、筑界墙，五里设炮台、烟墩，二十里设营将守之。弁兵得贿，纵出入；或睢眦杀人。失业流离之状，不可言矣（海上见闻录、小腆纪年、皇朝年表）。
耿继茂奏：伪将张灿、吴盛等率领兵民渡海投诚，群贼分囗〈舟宗〉来追，意欲乘机入犯内地；总兵官王进功统兵驰剿，歼贼众于陆鳌、破贼巢于下蔡，斩首千余级，接应投诚人等入界。
