菌肥是微生物肥料的俗称，它是一种带活菌体的辅助性肥料。
土壤中存在着大量的微生物（包括细菌、真菌、放线菌），一般每克土含有几亿至几十亿个微生物。有些对植物生长发育有益，有些则有害。人们用科学的方法从土壤中分离、选育有益微生物，经过培养、繁殖、制成菌剂，将这些菌剂应用于农业，使植物增产，称为菌肥，又叫做微生物肥料。目前我国生产和应用的菌肥主要有根瘤菌、固氮菌、磷细菌、钾细菌、抗生菌肥料等。
菌肥是通过有益微生物的生命活动，拮抗有害微生物，促进土壤中养分的转化，提高土壤养分的有效性，改善植物营养条件，增加土壤肥力。
施用菌肥有菌液叶面喷施、菌液种子喷施、拌种和固体菌剂与种子拌和作为菌肥等。
1.根瘤菌的施用条件和方法
根瘤菌是一类好气的革兰氏阴性细菌，它通过豆科植物的根毛，从土壤侵入根内，形成根瘤。豆科植物为根瘤含菌组织，提供生活和固氮作用所必需的能量和矿物营养，这就是根瘤菌的共生固氮作用。因为各种根瘤菌一般有它自己各自相适应的豆科植物，表现了根瘤菌的专一性，一定的根瘤菌只能在一定的植物上结瘤固氮。但这种专性感染亦非绝对，它们之间的交叉感染，甚至与非豆科植物的感染，仍然存在，这对根瘤菌的使用意义更大。
目前根瘤菌大面积作为肥料，还只在豆科植物上，其他植物还处在研究阶段。在过去未种过豆科植物的地区，接种根瘤菌十分重要。如过去未种过紫云英的地区，不进行根瘤菌接种不结根瘤，鲜草产量极低。对种过某些豆科植物的田块，接种强种的根瘤也能增加产量。根据浙江、江西和湖南等地的资料，接种根瘤菌可以增加绿肥产量10％～100％，豆科种子增产10％～20％。
目前，我国的根瘤菌菌剂，要求每克菌肥含活菌3亿，杂菌含量不超过1％，一般每15千克可拌6～10公顷地的种子。拌种时要在阴凉处进行，当天拌种，当天种完。拌种的方法可用直接拌种或拌肥播种，直接法如花生根瘤菌肥，可用100克菌种加凉水拌匀，当天播种。如拌苕子，则种子可先用水浸6～12小时，用箩筐等滤干，然后将根瘤菌剂调成糨糊状，洒在摊在地上的种子上，拌匀，晾干2小时左右即可播种，也可把糨糊状的菌剂对水，用干净的喷雾器喷洒，晾干后播种。拌肥盖种，即把菌剂对水后喷在肥土上作盖种肥用。
为了提高根瘤菌的增产效果，要注意下列问题：
（1）选配高效共生固氮组合。在选育高效固氮菌株时，必须进行亲和性、结瘤性测定。
（2）严格把好菌肥生产质量关，保证菌剂有足够的含氮量，控制含杂量，含水量控制在30％以下，室温下贮存，有效期3个月。
（3）掌握接种技术。按照每1500克接种1公顷地用种的要求，可以达到美国根瘤菌公司提出的参考标准，即小粒种每粒接种菌103～105个，大粒种每粒接种菌106～108个。种植豆科植物的老区还要加大些剂量，以确保接种优势。根据各地栽培条件，适当增加钙镁磷肥、碳酸钙或硼、钼等元素，最好在菌肥前后施用，有利于提高菌的成活率和种子发芽率。
（4）控制接种时的土壤水分。根据试验，主、侧根的感菌一般在接后10天内最高，所以在这段时间内要求土壤水分在田间持水量达40％～80％，以利根瘤菌侵染。
（5）加强管理，以利豆科植物和根瘤菌生长的共生固氮作用。
2.固氮菌的使用条件和方法
固氮菌，又叫自生固氮菌。它能利用土壤中有机碳化物为能源，独立地将空气中的分子态氮转化为有机态氮，增加土壤中的氮素含量，为植物生长提供氮素营养。同时，其代谢产物含有维生素类物质，可以促进植物生长。
固氮菌是一种好气、腐生的中温型细菌，在不同环境中固氮效率不同。它生长的最适pH值为7.4～7.6，最适温度为25～30℃。我国在固氮菌剂推广阶段，采用的多为圆褐固氮菌剂和棕色固氮菌剂，固氮效率较高。一般每消耗1克葡萄糖，固氮量分别为5～18毫克。瘦田土壤中分离的固氮菌剂效率高，但如转移代数过多，菌种退化，固氮效率下降。
固氮菌肥对棉花、水稻、小麦、花生、油菜、玉米、高粱、马铃薯、烟草、甘蔗以及各种蔬菜都有一定增产作用。
其施用方式如下：
（1）基施：和有机肥料拌匀，随耕地时翻入土中。
（2）追施：和湿肥土混合均匀，堆放三五天，加稀粪水拌和，开沟浇在植物根部后盖土。
（3）拌种：将菌剂加入到一定量种子内拌和，在阴凉处晾干后播种。
近年来，河北省推广小麦根际联合固氮菌，经试验，不但当季小麦可增产10％左右，而且对后作玉米还有一定的增产作用。其使用方法为每千克菌剂加500毫升清洁水化开，加入小麦种20千克左右，充分拌匀，晾干后播种。注意在晾干时防止阳光直射，并且不能和杀菌剂农药一起拌用。
3.磷细菌的使用条件和方法
磷细菌是指具有强烈分解含磷有机物或无机物，或促进磷素有效化作用的细菌，主要有两种：一种是有机磷细菌，在相应酶的参与下，能使土壤中的有机磷水解，转变为植物可利用的形态；另一种是无机磷细菌，它能利用生命活动产生的CO2及各种有机酸，将土壤中一些难溶性的矿质态磷酸盐溶解成为植物可利用的速效磷。磷细菌在生命的活动中除具有解磷的特性外，尚能形成维生素、异生长素和类赤霉素一类的刺激性物质，对植物的生长有刺激作用。有一类磷细菌在溶解无机磷的同时可固定氮气。有资料报道，经过磷细菌活动，可使1克磷矿石放出3～5毫克水溶性磷。
磷细菌属好气性细菌。菌肥中的有机磷细菌是巨大芽孢杆菌，有芽孢，细胞大小为2.6～6.0微米×1.5～2.0微米，芽孢大小为1.1～1.2微米×0.7～1.7微米，而无机磷细菌则为短而小的无芽孢杆菌，磷细菌要求的适宜温度为30～37℃，适宜pH值为7.0～7.5，因此，磷细菌肥料应使用于土壤通气良好，水分适当，温度适宜（25～37℃），pH值6～8条件下的富含有机质的土壤，在酸瘠土壤中施用，必须配合施用大量有机肥料和石灰。
磷细菌的施用方法以种肥为主，也可拌种、浸种、蘸根。也有作基肥、追肥用的。一般每公顷用量30亿个／克的菌剂37.5千克左右，就可取得较好的增产效果。
在使用时要注意三点：①磷细菌贮存时不能暴晒，应放于阴凉干燥处。拌种时应随用随拌，暂时不播，放在阴凉处覆盖好再用。②磷细菌不能和农药及生理酸性肥料（如硫酸铵）同时施用。③磷细菌与农家肥料、固氮菌肥、抗生菌肥配合施用效果更好。
4.钾细菌的使用条件和方法
钾细菌又称硅酸盐细菌，是指能分解长石、云母等矿物，使其中的难溶性矿物中的钾，转化为植物能吸收利用的有效钾的一类芽孢细菌，这类细菌往往能同时分解磷矿石中的磷，使其成为有效态磷。
试验证明，施用钾细菌，可改善植物的营养条件，土壤中磷、钾、硅等营养元素的水溶性增加了，有利于植物健壮生长和提高抗病能力。
钾细菌在农植物的根际成活率高，施用量可比其他菌肥少一些。它可作基肥、追肥，也可蘸秧根、拌种，使用方法与其他菌肥相似。
5.抗生菌肥料的施用
抗生菌肥料是一种好气性放线菌制成的微生物制品。它能分泌有机酸、生理活性物质和抗菌素，还参与土壤中氮、磷等化合物的转化，同时具有促生作用、抗病作用和肥效作用。
我国前些年推广使用的“5406”和“增产菌”都属于此类菌肥。
抗生菌肥料可作基肥、追肥、浸种、拌种及盖籽肥等多种方法施用。据各地试验结果，一般对旱植物能增产8％～10％；对薯类植物和蔬菜能增产20％～30％；水稻秧田作盖籽肥也有较好的效果。
