《抱扑子内篇》是第一部全面论述道教宗旨、哲理、仪式、道术的著作。它论述了道教宗旨、哲理，论证了神仙的存在、俗人成仙的可能性，叙述了行气、导引、炼丹、斋醮、仪式等道术。它初步摆脱了巫术的原始形态，具备了一定的哲理性，还力图把老、庄、列、文的理论与道教区分开来。葛洪在《抱朴子·释滞》中说过：“至于文子、庄子、关令尹喜之徒，其属文笔，虽祖属黄老，宪章玄虚，但演其大旨，永无至言。或复齐死生谓无异，以存活为徭役，以殂殁为休息，其去神仙，已千亿里，岂足耽玩哉？”葛洪认为，文子、庄子、关尹这些人的思想不是不对，但太玄虚，落不到实处，庄子的齐死生的论调与神仙道教追求长生不死的目标背道而驰。葛洪改先秦道家的消极无为为积极有为。有人把这作为道教迈向成熟的信号。
与《抱朴子内篇》不同，葛洪的《抱朴子外篇》则主要是阐述王道政治之术，在他看来是儒家的思想。之所以作出这样的安排，是因为葛洪主张：“夫道者，内以治身，外以为国”（《抱朴子·明本》）。具体说来，“夫道者，其为也，善自修以成务；其居也，善取人所不争；其治也，善绝祸于未起；其施也，善济物而不德；其动也，善观民以用心；其静也，善居慎而无闷。此所以为百家之君长，仁义之祖宗也。”这说明他所指的道家是黄老道家。本着这种认识，他认为，儒家与道家的关系是：“道者，儒之本也；儒者，道之末也。”（《抱朴子·道意》）儒家面对的是现实的社会生活，而修道要在现实社会中进行，所以要“道术儒修”。正是因为这一点，他对民间道教的活动深恶痛绝，大肆咒骂。葛洪的这些思想，开启了改造道教成为官方宗教的端倪。
《抱扑子》对道教的影响非常深远。首先，它开创了道教的道与术结合的传统。虽然在葛洪之前的《太平经》、《周易参同契》也有这样的思想萌芽或做法，但只是到了葛洪才上升到理论自觉的程度。葛洪不仅论述了道与术的关系，而且以金丹术为中心，以其它小术、近术为辅佐或台阶，组成了一个修炼之术的比较完整的体系。就以烧炼金丹而言，虽然《周易参同契》已经有很多理论分析，但没有具体的烧炼程序、方法。葛洪则介绍了多种炼丹方法。葛洪之前的很多炼丹文献，多数已经失传，《抱扑子》的记载，弥补了《周易参同契》的不足，为后人研究提供了很有价值的史料。《抱扑子》所开创的金丹道派对以后外丹道教的影响很大，它促使后人也广泛研究各种药物，收集各种药方，对药物的性能、配伍、炮制、服食进行详细的研究。其次，葛洪还开创了道教的经典之术。葛洪很重视道经的传习、搜集、整理和传播。目前的《道藏》的三洞四辅分类法虽然是在陆修静之后形成的，但根据陈国符的考证，三洞中的洞神、洞玄部最初的经书、四辅中的太清部最初的经书，其授受都曾经经过葛玄、葛洪，而葛玄的著作和思想，如果没有葛洪的《抱扑子》，则其流传于后世为人所知晓的可能性基本上是不存在的。例如，最初的洞神经为《小有三皇文》，郑隐得到后曾传授给葛洪。葛洪的妻子鲍靓也得到了《大有三皇文》，后传授给了葛洪的子孙。后来陆修静得此经而传授给孙游岳，孙游岳再传陶弘景。陶弘景推步本经，分别仪式，合为十四卷，成为《洞神三皇文》，后人正是在《三皇文》的基础上增益推衍而编成洞神经的。再次，葛洪强调老子不是自然神灵，而是积学所得，这就否定了那种把老子看作天生神灵的观点，对增强人们修道的信心和扩展道教的影响起了很大的作用。后世道教的神仙，三清是道的化身，但除元始之外，太上道君、太上老君都是元始天尊的后学，其余的神仙也是经累劫修炼，或服了奇方灵药才登正果。这一思想不能不说是葛洪开了先河。此外，通过葛洪，道教的基本义理大体上完成了从“致太平”到“求成仙”，从“救世”到“度世”的过渡。道教追求得道而肉体飞升、不死成仙的基本特征大体上形成了。
葛洪还著有《神仙传》，这也是他“抄集古之仙者见于仙经、服食方及百家之书”（《神仙传序》）揉合而成的。其中描绘了各行各业的人得道成仙的事迹，葛洪作这部书的目的是弘彰神仙，诱惑社会上的一切人都信仰道教，修炼道术。
本着以医术救己救人，辅助修仙的思想，葛洪对医药也多所钻研。他的《肘后备急方》有关于天花病、结核性传染病、免役方法的记载，这些都是医学史上的重大成就，早于西方甚至一千多年。
葛洪是一个博学多才的人。他早年学过射箭和刀术。在《抱扑子·杂应》中，他悟出了直升飞机和螺旋桨的原理。在天文学方面，他著有《浑天论》；在潮汐方面，他著有《潮说》；在军事方面，他曾经带兵打仗，立下了很大的功勋，还撰写了《抱扑子军术》等军事方面的著作。
葛洪可谓是严格意义上的第一个道教理论家。
上清经与上清派
魏晋时期，道教经书的造作很兴盛。葛洪写成《抱扑子》（317年）之后大约半个世纪，一组被后人称为上清经的道经出现了。
《上清大洞真经三十九章》简称《大洞真经》，是古上清经中最重要的经典。该经据说隐含有天上上清境内三十九位帝皇道君的名纬和符咒，修道者只要诵经思神，佩符念咒，上皇真气就会从泥丸宫进人而充盈全身，镇神固精，解除胞胎死结，开生门，塞死户，使自身与神合一，性命长存，“七祖同欢，俱升上清”。
上清经中对后世影响最大的是《黄庭经》，包括《黄庭内景经》、《黄庭外景经》和《黄庭中景经》。《黄庭内景经》由魏华存（209～290年）
于魏废帝嘉平四年（288年）撰成定本。《黄庭外景经》出现于晋成帝咸和九年（334年），与天师道有关。《中景经》晚出，故通常不列于《黄庭经》之内。《外景经》已初步具有内丹术的雏形。《内景经》虽然早出，但由于作者不同的缘故，它的内容比《外景经》完备。《内景经》阐述了人身五脏和胆腑的生理功能，把这作为修炼的依据，倡导修道者存思身中诸神，积精累气。经中也有持六甲六丁等神灵的符图和念诵咒语的方法。
它以中医的脏腑学说为理论基础，认为人体百脉关窍都有主神，需要用存思的方法来守住身中诸神。为此，它系统地提出了三丹田、八景二十四真理论和相应的存真修炼方法。《内景经》中所说的功效虽然多有夸大不实之辞，但以身内诸神、身外诸物作为意念集中的对象，进而达到精神内守、神不外弛的目的，体现了上清经法的根本，因而对上清派的形成起了比较大的推动作用。《内景经》是上清派的基本经典。书中的部分内容比《大洞真经》更加接近唐宋内丹术，所以后世内丹家多奉它为内丹要籍。
总的看来，上清经多注重个人精气神的修炼，让人存思天地中的神仙和身内诸神，结合服气、服符、诵咒等，祈求诸神保佑，除罪消灾，长生成仙。上清派的术以存想为主，并用诵经、符咒之术。总体来说，比较适合知识分子的口吻，所以上清派的信仰者也多为士族知识分子。这个特点也决定了上清派能够比较容易地得到士大夫和统治者的理解、支持。上清派这样的术的组合系统决定了他们的理论比较关注人身中的心、神、性、情、命等问题，对外在世界不太关注，这对唐代中晚期内丹术的兴盛和内丹学的形成作了一些铺垫。
上清派的早期开创者，有一些是天师道的信徒。在这个意义上说，它是从天师道中分化出来的。尊崇上清经的道士们经过几代人的不懈努力，形成了上清派。上清派尊元始虚皇天尊、太上玉晨大道君、太微天帝大道君、后圣玄元上道君、上相青童道君、上宰总真道君、小有清虚道君为“上清经箓圣师七传真系之谱”。上清派奉魏华存为开派祖师，称为太师。
以下奉杨羲为第二代玄师，许穆为第三代真师，许岁羽为第四代宗师，马郎、马罕为第五代宗师，陆修静为第七代宗师，孙游岳为第八代宗师，陶弘景为第九代宗师。陶弘景之后，上清派转为茅山宗。
灵宝经与灵宝派
葛洪的祖父葛玄与古灵宝经的授受有关。有史可考的灵宝经的传授首先是由葛玄开始的。葛玄所传授给人的就是目前人们所知道的最早的灵宝派经典——《太上灵宝五符》。葛洪的从孙葛巢甫也重视灵宝经的传授，并自己构造新灵宝经，即《度人经》。晋末至南朝刘宋时期出现的许多灵宝经，往往托称元始天尊所说，以太极左仙公葛玄“语禀”、“请问”的形式进行叙述。这些说明，葛玄、葛洪家族与灵宝派的产生有不解之缘。
灵宝派的经典早期出现的是《灵宝五符》三卷。该经上卷的内容主要是存神服气之术，中卷主要是服食草木药方，下卷主要是符、箓、辟邪祈禳、尸解成仙之术。它的道术系统总体来看是以符咒为主，兼顾医术和长生术。《灵宝五符》受汉代纬书的宇宙五行模式影响，以五帝、五神、五色、五星等等依四时五行的运转次序配置于五方，构成五方帝君的神灵信仰体系。召日、月、星之神是《灵宝五符》的道术的比较独特的功效。在《灵宝五符》、之后，出现了《真文赤书》、《人鸟五符》等，同样是以五行模式来构造道教方术。灵宝派后期还出现了《度人经》、《智慧本愿大戒上品妙经》、《太上洞玄灵宝智慧定志通微妙经》、《九天生神章经》、《升玄内教经》、《诸天内音经》、《九幽玉匮明真科经》、《太极左仙公请问经》等等。这些道经往往受佛教影响比较大，在思想上比较强调三世轮回、因缘果报，在修炼之术上强调行善守戒，损己利人。在这些灵宝经中，道术的侧重点已经由金丹修炼和符篆巫术转向斋醮科仪和劝善度人等教团之术，从而正式形成灵宝派。这几部经典之中，对后世影响比较大的是《度人经》即《灵宝经》，全称是《灵宝无量度人上品妙经》或《元始无量度人上品妙经》，其中心思想是强调济度不分天地神仙，贫富贵贱、阴间阳世。劝善度人，斋戒诵经，是灵宝派道术的重要内容。《度人经》对此阐述比较多。《度人经》也讲存思的方法。道教的三十二天说也首见于此经。
《度人经》中有“叙玄章”、“重玄章”、“赞玄章”、“玄局章”、“升玄章”、“契玄章”等，表明它已自觉地吸收魏晋玄学思想来建构自己的理论。《度人经》对后世道教影响比较大，被称为万法之宗，群经之首，解注者络绎不绝。《度人经》也成了道士必修的经典。
“灵宝”有三层含义，精气、神灵、文诰，这三层含义大体上已经点出了灵宝派的道术系统的内容。即服气和符箓斋醮，以后者为主。不过，灵宝派的道术系统中的符篆斋醮与旧天师道的“驱鬼降魔”、“祈福禳灾##不完全相同，它更加重视斋仪。灵宝派的符箓斋醮还具有上通天神，使修道者名登仙籍的功能。灵宝派很重视斋戒，把它视为求道的根本。受上清派的影响，灵宝派也讲思神、服气、诵经、叩齿、咽液。在某些方面还进行了理论探讨的尝试，如《灵宝内象丹旨》说：“人之一？往来者，呼吸是也。夫人一呼一吸而为一息，一息之间则分阴阳”（《元始无量度人上品经法》卷一注引（《道藏辑要》亢集七册））。这是用阴阳学说来解释呼吸，是把行气理论化的尝试。强调劝善而尽度一切人，而不只是治病解厄，这是灵宝派有别于天师派和上清派的最有特色的地方。这样的道术系统在修炼上比较简便易行，比较适合中上层社会人士的胃口，所以在南北朝时期发展很快。同上清派一样，灵宝派也摆脱了民间道教的特点，转化为能够为统治者容纳并服务于统治者的上层道教。
陆修静为灵宝派的发展做了不少工作，主要是对灵宝派的经书进行了系统的整理，编出了《灵宝经目》（现已佚失），对《真文赤书》（即《五篇真文》）、《人鸟五符》进行了阐释，扩大了它们的传播范围。陆修静还系统地整理了灵宝派的斋醮科仪，创建了不少新的斋仪，撰写了《升玄步虚章》、《灵宝步虚章》、《步虚洞章》等多种斋醮乐章，使得道教的斋醮仪式形成了一个大体上完整的体系。经过陆修静的工作，道教依靠斋醮法事在民间的影响得到了空前的扩大，也使得灵宝派的势力得到了很大的发展。不过，陆修静本人主要钟情于上清派，陆修静的弟子中也未见有传承灵宝经法者。灵宝派在陆修静之后的情况也不见于史书记载，直到北宋初期，才见灵宝派的传承者在江西清江县阁皂山形成传授灵宝经篆的中心，被称为阁皂宗，灵宝派得以续传。与上清派相比，灵宝派的道术系统以符箓斋醮为中心，而符篆斋醮主要是按部就班的实践操作，近似于歌舞表演，不需要作多少理论解释，在一定程度上说也是无法给予理论解释的。
这极大地制约了它的发展的活力，这也是它在此后道教宗派中的地位只能屈居第二的原因。
寇谦之对道教的贡献
及其政教合一的努力
