整个明王朝研究的重心集中在它的税赋问题，也就是为什么明初进行各项建设和军事行动都不成问题，而明末组织一场大的军事行动都显得费劲。现在我们知道明朝的灭亡跟元朝一样都是亡于财政破产，也就是财富日益向少数人手上集中，由于皇帝失去话语权，导致征税日益困难，这是历史发展的惯性，历代封建王朝大多如此。
洪武朝天下拟定的纳税田亩数为八百万亩，田赋为2700万担，之后基本上将此作为纳税的标准确定下来了，但随着时代的发展，军屯被破坏，政府雇员增加，人口的增长，这些都使得开支变得巨大，而税赋却由于洪武成制而无大的增长，加上天下积习已久，抵制变革的力量强大，明王朝只有晃荡着前行。
但到了16世纪，随着商业经济的发展，大量的人口转成商业人口，商业占国民经济的比重开始上升，而大明王朝的官僚也大多出身于商人或者士绅。由于传统重农抑商政策的影响，抑或者文官集团出于自身利益的保护，商业税率却无法提高，千分之三的税率几乎等于没有，征税的关卡也只限于运河和北京的崇文门，所以从嘉靖朝以后，大的商帮动耶动用超过百万两资金的现象已经成为平常。官绅一体、官商一体，只能将负担压在小民头上。
大约从正德年间开始，随着宫女和宦官人数增长，明王朝宫廷开支出现了困难，正德皇帝常常感到手头紧蹙，他时常向户部讨要银两，而且在一些大的开支上拒绝动用宫里的钱。到了万历年间，虽然有张居正留下的几百万两国库存银，但在后来的万历三大征中耗费将尽，而且皇帝还从宫里拿出不少钱贴补军费，最重要的是他还要面对两宫三殿在火灾之后的修复工作，这些都缺乏财政的支持，在这种情况下神宗只好另辟财源。
万历二十七年，神宗在跟首辅沈一贯讨论矿监税使的时候，神宗说道：“朕以连年征讨，库藏匮竭，且殿工典礼方殷，若非设处财用，安忍加派小民。”
皇帝的想法是绕过户部，直接派宦官去各地开矿，将收取的矿税直接入宫中的内承运库，这样既解决了宫中的开支，余者还可以补贴国库，两难自解。
帝国实行的一直是禁矿的策略，因为对于一个农耕国家来说，开矿和商业一样都会干扰这个国本，在利润的刺激下，大量的人口会蜂拥至这个行业，而且官营的开矿还会刺激民营开矿的兴起，聚集在一起的矿工将会成为社会的不安定因素，成化年间的叶宗留造反就是例证。从洪武矿禁以后，直到成化年间，因为财政困难才复而开矿，很快又禁，到了嘉靖年间，又因财政困难，复而又开，再开再禁，所以，当万历皇帝提出开矿后，自然遭到了文官们的激烈反对。
万历二十四年（1596年）六月，皇帝派出了第一拨采矿的太监，御马监的鲁坤带着户部郎中戴绍科、锦衣卫杨金吾前往河南开矿，又派承运库太监王亮同锦衣卫官员张懋中前往北直隶的真定、保定、蓟州、永平开矿，从此皇帝从皇宫大内陆续向全国各地派出矿监。
昌平有王忠，保定有王虎，昌黎有田进，河南有鲁坤，山东有陈增，山西有张忠，江苏有刘朝用，湖广有陈奉，浙江有曹金，陕西有赵钦，四川有丘乘云，辽东有高淮，广东有李敬，广西有沈永寿，江西有潘相，福建有高寀，云南有杨荣。
从万历二十五年开始，各地的矿监便陆续给大内进贡银子，或几百两、或几千两，这些往往能解燃眉之急，所以无论多少都能令神宗满意，但由于地方官吏一意阻挠，开矿的收益并不大，征税的目标从矿藏转向商业已成了必然。很快，在派出矿监的同时，皇帝又向各地派出税监，而且是一人身兼两职。皇帝是个明白人，在“安忍加派小民”的思维下，他终于懂得向蓬勃发展的商业出手了。
此举自然引起帝国官僚集团的强烈反弹，我们知道文人们没有一定的物质做后盾是无法从科举中拼出来的，自小的教育费用就是一大笔开销，还有家族精神力量的传承，所以，这些从科举中胜出来的士大夫们大多出身于商人或缙绅家庭，他们进入仕途后也往往依附于原先的阶层，无论从利益上还是情感上都会做出有利于本阶层的决策。
从张家湾、卢沟桥到京杭运河，以及长江沿线布满了面对商人征收商业税的税使，商人的生活从来没有像这般尴尬。很快，帝国的官僚们摇动了笔杆子，他们极尽一切之能事来妖魔化征收商业税，围绕着征税问题，在17世纪前后的中国，一场资产阶级革命正式爆发。
高攀龙在《上罢商税揭》中说道：“商税非困商也，困民也。商也贵买，绝不贱卖，民间物物皆贵，皆由商算税钱。夺民之财，非生财之道也；生财之道，生之，节之，两端而已。”
高攀龙的话完全是夸大其词、危言耸听，其辩解也是无力的，按照他的说法，政府根本就不应该征收商业税，让商人都将钱赚走，政府也压根就不应该征税，只要节约钱便来了。如果政府没有充足的财源，面对外敌入侵的时候，谁来抵御？面对滔滔黄河水，谁来治理？面对天下灾民，谁来赈济？难道要靠商人出钱吗？
而李三才的上疏更加措辞激烈，他在万历二十八年（1600年）上的《请停矿税疏》中说道：“陛下为斯民主，不惟不衣之，且并其衣而夺之；不惟不食之，且并其食而夺之。皇上爱珠玉，人亦爱温饱；皇上爱万世，人亦恋妻帑。奈何皇上欲黄金高于北斗，而不使百姓有糠粃升斗之储？皇上欲为子孙千万年，而不使百姓有一朝一夕？”
李三才极尽夸大之能事，将一个区区商业税说的有如天崩地裂一般，其实质问题仍是他们背后所代表的利益集团。高攀龙祖上世居无锡，从他的高祖起家中就有田三百亩，而其祖父高材则是亦官亦商，其父高梦龙则经营放贷行业。
而另一名上疏的李三才，其家族本就是北京通州张家湾的商人，而此次增加商业税收，张家湾本就是个重点，加上李三才总督漕运，一旦由宦官在运河沿岸收税，那么由其漕运衙门征收的税额只能减少而不会增加，所以，此次万历派出税使征税还涉及一个中央和地方利益关系问题。
田口宏二朗在《畿辅矿税初探——帝室财政、户部财政、州县财政》一文中指出：
“明初以来，在全国府州县城、镇市里设有税课局，经过这些地点的客商们，必须得缴纳商税才能获准通过。然后，从16世纪初开始，伴随着宝钞的贬值，各地陆续关闭了许多税课局，不久，折银交纳商税，牙行承包征税的现象逐渐普及起来。随着上述趋势的盛行，商税在州县等地方机关里渐渐成为重要的财源，各个牙行承包征收商税业务以后，各地争先恐后滥立牙行。地方官们付给他们牙帖，以他们所交纳的商税来填充地方政府的经费。并且，16世纪开始折银交纳商税的现象普及以后，地方官们又都把这项收入编入了定额条鞭，这更加减少了这项税目的伸缩性。”
田口的这篇论文解释了两个存在的问题，一个是商业税收从16世纪开始便成为地方政府财政的来源，二是地方政府征收的商业税收是定额，一旦皇帝派宦官加征的话，势必减少他们所征收的额度。
除此之外，李三才在朝中向来是以擅长捕风捉影、造谣中伤来博取美名而闻名，其本人平日里生活奢侈无度，缺乏检点。李三才曾对顾宪成说过，他自己“耻效俗人饰边幅，装格套于青天白日之下，作鬼魅技耳”，他也在给皇帝的奏疏中说，“用人不必择贤者，有才即可”，一次顾宪成路过凤阳的时候去拜访他，头一日饭食简便，第二日饭食豪华，宪成不解，他笑道：“今日从漕运上收了点小钱”。
正是三才平日里豪放不羁，不注意言行，才导致不断有御史抓住三才把柄对他进行弹劾。大明宫室里所用的皇木大都取自贵州，沿沅江流入长江，然后再沿京杭运河运到京里来，而皇木卸下来的终点就是北京通州的张家湾，而李三才身为漕运总督，其家又在张家湾，这都给他偷盗皇木提供了有利条件。
万历四十二年（1614年），御史刘光复劾李三才偷盗皇木，用于营建私宅，而工部侍郎林如楚也指出皇木的确有丢失情况，在这种情况下，皇帝便派林如楚会同科道官员前往三才位于张家湾的家中查看。查看结果令人结舌，三才家中瑰丽神奇、崔巍广大、势甚铺张，有一座花园，前后半里，乃是当年皇厂的地基，而大门与二门之间又为原来户部仓库地基，三才不仅侵占皇产，而且侵占官产。我们知道通州乃是运河的终点，从南方运来的木材和粮食都在这里卸载，所以这里通常都建有皇厂和粮库。不仅如此，三才家中所用木材都是南方杉木，而且“出卖无主，报税无票”，工部官员既然查勘属实，三才自然难逃罪责。
此时，三才已于万历三十九年辞去职务，闲居家中，所以，神宗最终也是给三才免去“士”的身份，削为民了事。
既然李三才身上有这么些不检点之处，那么其奏疏的份量就可想而知。面对群臣反对商业税的奏疏，皇帝一概留中，不予理睬，在这种情况下，士大夫自然不会善罢甘休，他们便煽动市民暴动。
万历二十七年（1599年）四月二十四日，山东省临清三四千脚夫包围了临清税使马堂的衙门，从衙门里冲出来的兵丁将外面带头的抓了几个进去，这时候外面有人带头高呼：“里面杀人了！”在此人的吆喝下，外面的人一起冲了进去，将税厂焚烧，殴打、踩踏死了四十几人。
同年七月，御马监太监陈奉在湖广荆州遭到数千市民投掷石块，随后陈奉在沙市、黄州又遭到市民驱逐。不久，武昌、汉阳万余人包围了陈奉的税厂，众人向里面扔石、放火，好在巡抚带兵火速驱赶了这些围攻的市民。
武昌兵备佥事冯应京弹劾陈奉九大罪状，神宗接到奏疏革去冯应京官职，接着，湖广的一些地方官也上疏弹劾陈奉，皇帝将这些上疏的官员全部免职。当锦衣卫抵达武昌宣布冯应京等人罪状的时候，武昌数万市民发动暴动，再次包围了税厂，陈奉逃到楚王府里一个月不敢露面，市民们焚烧了税厂，并将税厂里的六名办公人员打死投入长江。
而万历三十四年（1606年）正月的云南民变则使反抗矿税的斗争达到了最高峰，当月，地方卫所的指挥贺世勋、韩光大率领市民万余人冲进税厂，将税监杨荣打死投入火中，并打死杨荣随从二百多人，消息传来，神宗几天吃不下饭。而凤阳的李三才更是匪夷所思，他买通牢狱里的死囚，这些死囚纷纷将山东税监陈增的爪牙们咬为幕后主使，结果，三才将陈增的爪牙一一捕杀。
从上述一系列因为征税而引发的民变中可以窥见一些复杂的社会矛盾，以及17世纪的中国所产生的一些裂变。
首先，皇帝征收商业税引发了代表资产阶级利益的文官集团集体反弹；其次，由于商业税已成为地方政府财政的来源，故而他们会在这个过程中一意阻挠，乃至阳奉阴违，而税监为了完成任务，会跟他们发生冲突，当矛盾积累到一定程度，动乱将会成为帝国必然的选项；第三，从这几例事件来看，如此大规模的暴动集中爆发，一定是有组织、有预谋的，而这些民乱无疑受到地方政府的默许、纵容，乃至煽动；最后，也是最重要一点，发生于17世纪初叶市民阶层反抗税监的这场运动充分表明了随着商品经济的发展，纺与耕的分离，一个新兴的阶层开始兴起，他们有了独立的财源来对抗统治阶级，而其背后是在君主权威被矮化情况下，整个万历朝非君浪潮的兴起。而万历二十九年五月发生于苏州的纺织工人暴动，因为暴动的主体是雇佣工人，而非前面的商民，所以这次民变已经标志着无产阶级工人运动正式在帝国发端。
