被杨嗣昌寄以厚望的熊文灿上来就跟杨嗣昌对着干，在洪承畴、孙传庭、左良玉对农民军的进剿过程中，他却打起了招抚大旗，也许他仍是那么认为，天下的农民军是剿不尽的。在庐山的时候，熊文灿拜会了一位名僧，请求指点迷津。名僧说道：“吾料公必抚，然流寇非倭寇比，公宜慎之。”
崇祯十年十月，李自成进逼成都，洪承畴亲率大军入川进剿。崇祯十一年，洪承畴在潼关包围李自成部，李自成仅率十八人突围出去。与此同时，左良玉在南阳会战中击败张献忠，张献忠败退谷城。崇祯十一年四月，张献忠在谷城投降，十一月，罗汝才在均州投降，这意味着从崇祯四年神一魁二次反叛以来朝廷历经七年对农民军的围剿终于取得阶段性成功，天天吃不好饭，睡不好觉的朱由检似乎可以松口气了。
虽然杨嗣昌最初也不同意熊文灿的主抚，但自己既然已经夸下“三月平贼”的海口，如今三月之期早就过了，杨嗣昌为了兑现当初的诺言，也就不管是剿还是抚了。对于崇祯来说，他也乐于见到这个局面，只要天下安定，他是不管采取何种措施，但招抚之路，崇祯四年已经走过，这已经证明不是一条解决问题的道路，因为朝廷无法给叛军提供令他们满意的生活待遇，这些饥民一旦走上反叛、劫掠的道路，他们也无法再停止下来。
正当局势看起来稍稍安定之际，由于以黄道周为代表的儒臣强烈反对跟清廷议和，崇祯十一年九月，清军再次破关南下，攻入京畿之地。朝廷又急调参与平叛的陕西总督洪承畴、陕西巡抚孙传庭往辽东、保定，洪承畴随即发动锦州会战。
在此期间，杨嗣昌又提出以九边为主练兵七十三万的计划，为此再加派练饷七百三十万，到了如今，人们已经觉得杨嗣昌脑子是不是进水了，这七百三十万两的加派能收的上来吗？而令人匪夷所思的是崇祯皇帝居然答应了。
崇祯十二年五月张献忠重举反叛大旗，这无疑惊醒了杨嗣昌、熊文灿，或许此时的朱由检对此已经麻木了。再次反叛的张献忠将进军目标锁定在官军统治力量薄弱的四川，张献忠在房县大败左良玉大军。八月，崇祯再次任命杨嗣昌为平叛总督，挂尚方宝剑南下平叛。
崇祯十三年二月，左良玉、贺人龙于四川万源的玛瑙山大破张献忠，接着杨嗣昌移师重庆。由于农民军作战的流动性，官军常常找不到农民军的踪迹，加上四川境内多山谷，所以常常搞的官军疲惫不堪。由于官军已经进川，张献忠便开始率部出川。
崇祯十四年（1641年）正月开县一战，农民军大败追击的左良玉，接着打下襄阳城，杀襄阳王朱翊铭。而在明军主力入川作战后，李自成也没有闲着，他从陕西进入河南，攻下洛阳，杀福王朱常洵，并打出“均田免粮”的口号，而张献忠部在南方也打出免征三年钱粮的口号，自此农民军已经具备了革命纲领，应者云集也就是这个时候的事情。
崇祯十四年是那场农民起义的转折点，从此义军完全占据了中原战略据点，开始转向了反攻。二月三十日，杨嗣昌在湖北沙市徐园病死，随着杨嗣昌的合眼，“十面张网”计划，中原围剿，四川追击都已经成了梦中之梦。
崇祯十一年无疑是这场平叛战争的转折点，在这一年，帝国第一次陷入两线作战的窘地。虽然“攘外必先安内”是至理明言，但“攘内必先安外”同样是至理明言，但是明王朝从上到下都没能放下高姿态跟外藩议和。当陈新甲跟满清议和泄密后，换来了举国的骂声，在这种情况下，连皇帝都被这种舆情所绑架，所有的决策一开始都是建立在不利的环境以及偏激与冲动的情绪下。
杨嗣昌的“十面张网”政策无疑超越了明廷的物力、人力、财力，在他自知难以奏效的情况下，竟然重新举起招抚大旗。朝廷政策的失败绝不应该归结于招抚政策，我们对于问题的看法不应该看其本身，而是应该追其原因，朝廷之所以一而再、再而三地提出招抚政策，正是在围剿难以奏效的情况下应对财政匮乏的无奈之举，无论是主抚还是主剿，在这种财政疲乏状况下都是收效不大，也许唯一的办法就是将河南、陕西让出来，实行割据，然后再凭借重要的据点固守，待朝廷恢复元气。
崇祯十四年洛阳、襄阳的失守基本上定义了明廷十四年来平叛战争的失败，经历了十四年的战争，农民运动早就已经成型，在这场旷日持久的围堵中，帝国已经耗费最后一抹资源，从此不再是官剿民，而是民剿官，帝国已经是无兵可派，无饷可发，只是依靠开封严防死守。
崇祯十四年二月，李自成第一次围了开封，在开封就藩的周王朱恭枵拿出五十万两银子助饷，加上其他地方的援军渐至，李自成遂撤了开封之围。李自成攻不下开封，又调转马头于十一月份攻下南阳，杀唐王朱聿镆、总兵猛如虎。打下南阳后，李自成于崇祯十四年十二月份第二次包围了开封。眼见开封城第二次被围，周王朱恭枵又发钱自救，由于开封作为宋金曾经的首都，故而其坚固程度比北京城尤甚，李自成二攻开封仍没得手便包围了偃师的左良玉。
农民军经过浴血奋战，逐渐扫清了开封的外围，于崇祯十五年四月第三次包围了开封。从李自成在河南两年来的表现我们可以看出，官兵根本不敢迎其锋芒，完全是官军跟在农民军后面疲于奔命，双方力量对比已经出现了转折，崇祯先后派出的傅宗龙、汪乔年皆败于李自成之手，所以当朱由检任用侯恂为平叛总督的时候，侯恂就建议道：“如今中原已成糜破之区，失地十之七八，如今之计不如放弃河南，以保定巡抚杨进、山东巡抚王永吉防守黄河以北；凤阳巡抚马士英、淮徐巡抚史可法防守江淮；陕西总督孙传庭防守潼关；臣和左良玉防守荆襄，困死李自成。”
应该说侯恂是个明白人，也许他所说的是唯一能抵制农民军的方法，但朱由检不听这些，他所想的就是如何尽快将农民军剿灭，他就像一个偏执而任性的孩子，全然不顾双方的实力对比。
接着，各路平叛官军跟闯军在朱仙镇展开崇祯十四年以来最大规模的一次主力会战，官军再次大败，左良玉只带了几个人逃了出来，其他各路平叛总兵也都纷纷溃逃。朱仙镇会战的失败说明开封已经无力再救，此时开封已经被围三个月，城内粮食殆尽，居民开始吃树皮、草根，或者捞河中小虫、小鱼，甚至开始食人。此时城内官军和黄河以北的守军共同制定一个决策那就是掘开黄河大堤，水淹城外农民军。六月底开封城北的黄河口被挖开，但是水量不大，只是沿着黄河泛滥的故道将护城河填满了，反而阻挡了义军对开封城的攻打。
开封作为老首都，这里的居民世代都有皇都气质，此次李闯围攻，此地居民和守军誓不投降，在这点上跟洛阳形成鲜明对比，故而李自成三围开封而不破。到了九月中旬，黄河发生秋汛，滚滚黄水直向开封奔来，首先从西北门冲入，接着从东南门冲出，连带下游的江苏和安徽也被水淹。城内一片汪洋，只剩钟、鼓两楼，相国寺、延庆观及周王府的屋脊在水中可见。盘踞在城西北的农民军当场被冲死一万多人，城内30万居民只余2万多人。由于开封被大水淹没，此时攻打开封已经没有意义，李自成遂向大本营南阳撤退，在郏县大败出潼关前来围剿的孙传庭部。
孙传庭遵朱由检旨意刚出潼关就遭到大败，只好又退回关内，此时，河南境内只剩保定总督杨文岳镇守的汝宁，李自成打下汝宁后接着南下进攻退守襄阳的左良玉部，然后又陆续打下荆州、钟祥县，而左良玉带兵顺江南下守南京去了。
在如此形势下，思宗为了边疆安全考虑，依然不愿意抽调边军，只是依靠着各省七拼八凑的军队来平叛，此时中原几省能打的只剩下陕西的孙传庭了。崇祯十六年，皇帝任命孙传庭为七省平叛总督，出潼关向河南进发，另外命左良玉从九江往河南夹击。
崇祯十六年九月，孙传庭出潼关的大军在唐县战败，随后又返回潼关。此时，李自成已经不想再在河南、湖北跟官军纠缠了，因为这个地方毕竟处在官军四处包围之中，不利于建立稳固的根据地，李自成想打回陕西去，再从陕西经山西直接进攻北京。十月份，李自成手下大将刘宗敏进攻潼关，孙传庭战死。
潼关一失，全陕再也无险可守。崇祯十七年（1644年）正月，李自成改西安为长安，建立大顺政权，建元永昌，自称大顺王，与此同时，张献忠在四川成都建立大西政权。二月份，李自成率十几万大顺军开始向北京挺进，一路由自己率领，经大同、宣化、居庸关进攻北京；另一路由偏师刘芳亮率领经真定、保定进攻北京。此时崇祯还是死守面子，既不南迁也不让宁远总兵吴三桂放弃宁远带兵入关。
从二月份到三月份，沿途总镇总兵、监军太监纷纷投降。北京城内一片光怪陆离，上至高官，下至百姓都已经做好了开城请降的准备。十七日，大顺军兵临城下，李自成让投降太监带进来让朱由检让位的书。十八日大军开始攻城，太监曹化淳打开彰义门，十九日清晨，兵部尚书张缙彦打开正阳门，自此农民军蜂拥而入。
在这一天，崇祯逼迫皇后、嫔妃上吊，杀死了自己的女儿，接着对天启张皇后说道：“你也死去。”
随后崇祯跟宦官王承恩赶到故宫北面的景山自缢身亡，临行前皇帝写下：“朕凉德藐躬，上干天咎，然皆诸臣误联，朕死无面目见祖宗，自去冠冕，以发覆面，任贼分裂，无伤百姓一人”话语。
虽然京城内的官僚、百姓都打开城门，喜洋洋的迎闯王，但事情往往不是人们所想那样。此时，李自成的队伍面临跟官军一样的问题，那就是军饷。在皇宫里并没有搜到预想的军饷，李自成便把目标对准京城的官僚、缙绅，接连不断的拷问和斩杀让人们对这个新政权失去信心，这个时候，帝国的精英集团已经跟这个新政权决裂。一个既没有决然的手腕，又不懂得如何跟士绅合作的政权是没有生命力的。
二十日，吴三桂带领他的四万关宁军抵达京城附近，但此时京城已经陷落。早在元月份，崇祯就命吴三桂弃守宁远，带领他的关宁军进京勤王，但内阁辅臣不愿意承担弃地责任，他们不愿意拟票，崇祯又不愿意绕过内阁乾坤独断，导致机会一再错失。等到吴三桂三月十六日抵达山海关的时候，离京城陷落仅剩三天了。
李自成自率七万大军出城迎战吴三桂，吴三桂见占不着便宜便回到山海关搬来了清廷救师。四月二十二日，双方于山海关外爆发石河大战，农民军失利，李自成被迫撤出北京城，退往陕西，自此清廷开始了进鼎中原的历程。
当这些明朝官僚投降了清廷后，他们发现投降这个政权是对的。此时的满清政权已经是在关外成熟运作三十年的政权，他们懂得如何与上层官僚阶层合作，以换取士绅们的支持，而农民军还没有从战争的惯性中脱离出来，这正是吴三桂没有选择投降大顺政权的原因，因为他知道自己一旦投降面临的将会是跟他的同僚们一样的下场。
令人无奈的崇祯王朝终于过去，但留给人们的思索却总也不会停止，僵硬的政策、对峙的君臣、连绵的灾害、自私的人群都会将这个王朝推向不归路。
