这种制度在宋代遭到理学家的抨击和社会各阶层的抵触。如程颐就认为，不准官民祭祀五代祖先不仅不合宗法和情理，也不利于孝道伦理的推行和孝治天下的贯彻。民间违制私祭先祖的情况相当普遍，甚至出现祭祀始祖的僭礼行为。宋徽宗时不得不徇流俗之情，放松祭祖方面的有关规定。明朝初年规定，官僚贵族可以设立家庙，祭祀高、曾、祖、祢四代先人，士庶人只能祭祖、父两代。嘉庆时又扩展为士庶人也可以祭四代祖先，同时允许官民于冬至日祭祀始祖。
至于祭祖的办法，二程有详尽的描绘：“设席坐位皆如事生。……太祖之设，其主皆刻木牌，……每月告朔，茶酒。四时：春以寒食，夏以端午，秋以重阳，冬以长至，此时祭也。”时祭中，民间最重视的是清明和冬至两次家族祭祀。其他各种形式的特殊祭奠，如科举题名、升官进爵时都要去祠堂行礼等，就不一而足了。
一般地说，木主（又称神主、牌位、木牌、神牌等）和画像作为祭祀对象的化身象征，被恭奉在祠堂正中接受子孙的膜拜。至今有些家族仍然保留和供奉着先人的牌位，许多流传下来的宗谱前面也可见先人逼真的画像。至于祭祖的参与者以及供品、程序、礼仪等，也都有严格的规定。
其三，与从观念上突破大小宗法制对官民祭祖的限制相应，宗族祠堂始现于宋元，昌盛于明清，成为封建社会后期，特别是明清时期一个可观的社会现象。
唐末五代动乱之后，以前用于祭祀的家庙也随着士族的消失而几尽毁绝，四时的祭祀只能在宅内进行，这远远不能适应日益扩展和越来越频繁的祭祖活动的需要，于是宋元出现了居于庙祭与寝祭之间的过渡形态的家族祠堂。祠堂本是族人祭祀祖先的地方，到了明清时期，它还兼成为族长施政、族人集体活动的主要场所。所以，凡是有经济力量的宗族，都设有宗祠。尤其到了清代中期以后，祠堂普及到社会各个阶层，即所谓“族必有祠，合姓祖先统萃于此”，以至市镇乡村祠堂林立。如乾隆时福建、江西、湖南人“皆聚族居，族皆有祠”；浙江奉化人也“多聚族而居，每族多建族祠以供主”；广东番禺“每千人之族，祠数十所；小姓单宗，族人不满百户者，亦有祠数所。”有些地方甚至把祠堂看得比自家房屋还重要，如广东潮州人“营宫室，必先祠堂，明宗法，继绝嗣，重祀田”，福建莆田人也是“营室先营宗庙，盖其俗然也”，以至莆田县城内五分之一的地方被宗祠占据了。祠堂的兴盛是宗族规模扩大的表现，“祠堂的功能是对祖先作季节性的祭祀，并对族中的重大事件作自治的决定，其对子孙们的行为，特别是对孝行的监督，自然是主要的作用之一。祠堂及其功能的出现，保证孝道实践的贯彻。”
其四，私修谱牒活动兴起。
谱牒是宗族活动的文字记录，兴修族谱与宗族活动的兴盛是一致的。唐代以前，主要是官修族谱，即由政府指定史官或专人治谱，体例上以世系为主，分列宗族渊源、世系、地望、代表人物传记等等，其时的族谱主要表达宗族的政治和社会地位，具有强烈的政治功能。
宋以后私家撰谱盛行，且体例、内容方面也由简约而渐趋完整乃至繁杂，如北宋欧阳修修撰的《欧阳氏谱图》和苏洵修撰的《苏氏族谱》都完好地留传下来，中有序、跋、世系图、世系表、传记等，成为后世修谱的范本。明清时代谱例大发展，类目众多，祠堂、坟茔、族规、祠产、画像、文书等，都各以专类进入谱书。私修族谱所包含的宗族史和宗法伦理的内容，既可以增强宗族凝聚力，防止异姓乱宗，又可以激发族人效法先人，光宗耀祖，特别是孝道方面的内容，“被宗族上层用作对族人进行思想伦理教育的教材，也是个人修养的工具，起着维系和强化作为社会群体的家族和家庭的作用，也就是说这时族谱主要能够发挥社会功能。当然，家谱维护族权，进而维护政权，从这个角度看，近古族谱也有着某种政治功能。”目前保存的种类繁多的族谱，是研究我国传统社会、传统文化的珍贵遗产。
总之，无论是宗族的组建、宗族活动的开展，还是祭祖范围的扩大、方式的增多，乃至祠堂的兴建，族谱的修撰，都是宗法制兴盛的表现形式，是平民家族制度过程的完成。宗法精神以全社会规模的重新高涨，既是封建社会后期孝道“变本加厉”、空前昌盛的体现，又是传播孝道理论和促进孝道实践的得力工具，并成为封建社会后期孝道历史发展的重要特点。
同时，为维护宗法统治，维护大家族的团结，五花八门的家范、家书、家礼、家训等也竞相问世，泛滥成风。明清以后，几乎所有的大户人家都有自己的家法、家规。保留至今的清代家训仍然汗牛充栋。
二、愚孝的泛滥
随着理学正统地位的日趋巩固，孝道被极端异化，愚孝之风愈煽愈烈，并成为封建社会后期孝道的一个重要特征。主要表现在两个方面：
其一，孝的专一性、绝对性、约束性进一步增强，对父母无条件的顺从已经成为孝道的基本要求。这既是极端专制集权在道德领域的体现，也是张载、程朱等理学家赤裸裸地鼓吹愚孝的结果。
理学家当中，以张载对孝道的论述最少，却最带有“愚孝”的性质。他强调对父母之命要无原则、无条件地顺从，“聚百顺以事君亲，故日‘孝者畜也’，又日‘畜君者好君也’。事父母‘先意承志，，故能辨志意之异，然后能教人。”他举例说：“无所逃而待烹，申生其恭也；体其受而归全者，参乎！勇于从而顺令者，伯奇也。”顺从父命自缢而死的申生，尊亲保身的曾参，被父驱逐而无怨的伯奇，张载列举的都是些宁肯自己受委屈而死，也不对父母申辩、不校君亲之命的孝子，其旨就在于要人们服服帖帖地顺从君亲之命，而不管父母的意志是否正确合理。张载还把这种“孝顺”的原则加以推广‘，认为人们安于天地父母的安排，逆来顺受而不加反抗，就是“纯乎孝者也”：“富贵福泽，将厚吾之生也；贫贱忧戚，庸玉女于成也。
存，吾顺事；没，吾宁也。”天下无不是的父母，父母之意志、命令总是最合理的，贫贱富贵都是天地父母对人的恩泽，人只有感恩戴德，顺从天命，恬然处世。
理学家认为，孝是人子的本分，纯孝的人不问父母是否慈爱，只须对所应尽孝的对象尽孝悌之道，即使不能博得父母的慈爱欢心，也丝毫不应有怨怼不平之情。所以，当“人不幸处继母兄弟不相容，当如何”这样的问题摆在朱熹面前时，他随手拈起“以父顽母嚣而克谐以孝”的舜为例子答日：“从古来自有这样子。公看舜如伺。。后来此样事多有。只是‘为人子，止于孝。’”二程对“事兄尽礼，不得兄之欢心，奈何？”的回答也是：“但当起敬起孝，尽至诚，不求伸己可也。”更何况历史上许多卓越的孝子，其孝行都是通过父母的拂逆意识而愈益彰著的。因而，“为人子不幸而事难事之亲，则于舜与薛苞事，可不勉而师之乎？”子的义务就是父母的权利，而父母的权利是可以无限制地膨胀的。所以，朱熹甚至把万章的问题拿来设问道：“且如父母使之完廪，待上去，又捐阶焚廪，到得免死下来，当如何？父母教他去下井，待他下去，又从而掩之，到得免死出来，又当如何？”朱子认为，即使父母真的这样做了，也不能怨忿不满，而是应该象舜那样，“一心所慕，惟知有亲”，老老实实地尽为子的孝道。这分明是在公开地大肆宣扬“父要子亡，子不得不亡”，而且还要对父母无怨无尤、感激涕零。
个人的身体不属于自己，个人的意志当然更是属于父母、家庭、家族的。个人的理想、追求、一切行为都应该以家庭利益，以孝道为中心，不可违逆父母之心。比如，理学家虽然明知“科举累人不浅，人多为此所夺”，但又认为个人必须为践履孝道而牺牲自己：
家贫亲老，仰事俯育，或先祖遗愿，父母责望，“故不可不勉尔。”若是“硬要拂父之命，如此则两败，父子相夷矣，何以为学！读书是读甚底？”
不过，程朱与张载还是有所区别的，程朱不是以百依百顺的曾子或待烹的申生作为行孝的典范，而是处处把舜当成孝子的榜样。
有问：“曾子之孝与舜之孝，优劣如何？”程颐日：“家语载耘瓜事……孔子闻而怒。曾子至孝如此，亦有些失处。若是舜，百事从父母，只杀他不得。”有问：“如申生待烹之事，如何？”答日：“此只是恭也。若舜，须逃也。”可见，程朱对张载所主张的走向极端的孝行，即“愚孝”，还是稍有修正的。这与程朱的“贵权”原则是一致的。
无论如何，宋代以后，在统治者的褒奖和理学家的倡导下，封建孝道作为纲常礼教的核心，已经暴露出其钳制人性的一面。“盖父母者，子之天地也”，若违背或怠慢天地的意愿，则必有“雷霆之诛”、“幽明之谴”，所以，对父母的任何无理要求，人子都只有俯首贴耳，垂目而受。“母虽不慈，子不可以不尽子道，……母生之身而母杀之死者，且不敢怨……孝子之于亲，纵受其虐，不敢疾怨。”封建社会后期，“天下无不是底父母，父有不慈而子不可以不孝”成为世人的普遍观念，并被列入《幼学琼林》等蒙学教材中。子女完全丧失了独立的自我，沦为父家长的奴隶：“子之于父，弟之于兄，犹卒伍之于将帅，胥吏之于官曹，奴婢之于雇主，不可相视为朋辈，事事欲论曲直。……若以曲理而加之子弟，尤当顺受而不当辩。”；封建孝道完全堕落为“父要子亡，子不得不亡”的蒙昧主义：
“子弟受长上诃责，不论是非，但当俯首默受，毋得分理”，“父母即欲以非礼杀子，子不当怨。盖我本无身，因父母而后有，杀之，不过与未生一样。”甚至连黄宗羲也说：“故父行未必尽是道，在孝子看来，则尽是道，所谓‘天下无不是底父母’，实实如此。就如世俗之父母，嘻嘻嚆嚆，非是望我太切，则是虑患太深，原无有不是处。未有舍父母而别求所谓圣贤者。从来弑父与君，只见得君父不是，遂至于此。”这是封建孝道理论和孝道实践发展的必然，是封建孝道走向没落的表现，也是封建制度行将就木的预兆。
其二，造端于唐代的割股疗亲的愚孝之风到宋元时代越刮越剧，而且花样翻新。失去了理智的孝子们把孝道作为自己生命的精神支柱，对行孝表现出一种宗教信仰式的狂热，如同宗教徒为证明自己对造物主的崇敬而斋戒、禁欲一样，自伤、自残、自戕以全孝心、成孝道，遂为屡见不鲜之事。从这个意义上讲，孝道，尤其是封建社会后期的孝道，在世俗社会的确具有宗教的功能。孝道被异化到面目全非、登峰造极的地步。
传统儒家孝道认为，身体发肤，皆是父母所遗，毁伤乃是不孝的行为，因而才有乐正子春伤足不出、自怜涕泣的故事。粗略地翻检前代史书，也没发现有以自己体肉为父母药饵的记载。唐代以．后，随着三教合流趋势的明朗化，随着佛教对孝道宣传力度的加大，佛教传说中舍身供养、以血肉疗病的习俗也随之而脍炙人口．并导致中土民众的由信仰而仿效。佛经里有许多以己身布施众生的本生故事，如“萨埵舍身”、“尸毗割股”、“割肉贸鸽”等。据《弥勒菩萨所问本愿经》载：“有王太子，……道见一人，得疾困笃，见已有哀伤之心。问于病人：以何等药，得疗即痊？病人答曰：唯王身血，得疗我病。尔时太子，即以利刃刺身出血，以与病者。至心施与，竞无悔恨。”重庆宝顶山大佛湾所见的《大方便报恩经变相》中，有忍辱太子剜眼出髓医父王疾病的故事画，图中所刻经文日：“释迦因地行孝，剜眼出髓为药。大藏佛言：忍辱太子知其父身婴重病，……太子问日：药是何物？大臣答言：是不嗔人眼睛及其骨髓。
若得此药，病可得救。”也许是在此类传说影响下，唐人遂以为人肉可以疗痼疾。更兼“唐时陈藏器著《本草拾遗》，谓人肉治赢疾，自是民间以父母疾，多到股肉而进。”盛行于封建社会后期的割肉疗亲的愚孝行为由此而滥觞、蔓延。
《新唐书？孝友传》中列举了“京兆张阿九、赵言，奉天赵正言、滑清泌”等共29位割肉疗亲的孝子。“孝友传”中也有数例此类孝行记载。如池州何澄粹，“亲病日锢，俗尚鬼，病者不进药。澄粹剔股肉进，亲疾为疗。”安丰李兴，“父披恶疾，岁月就亟，兴自刃股肉，假托馈献，父老病已不能啖”。后来柳宗元为之作《孝门铭》。
涪城章全益，“少孤，为兄全启所鞠。母病，全启到股膳母而愈。及全启亡，全益服斩衰，断手一指以报。”
