在过去的研究中，学者们往往把燕大学术化与国际化的宗旨分开叙述，这种剥离，固然可以令燕大的特色在叙述中更为清晰，但实际上，在燕大的发展过程中，学术化和国际化是密不可分的一个有机整体。
尽管在之前已经零星叙述到了盔甲厂时代的状况，但还是有必要对那一时期的学术水平做一个简要的回顾，以便我们对燕大的发展有更为清晰的认识。之前的叙述已经可以让我们得到这样的认识：那一时期的办学条件很差。一位燕大早期毕业的学生更详尽地为我们描绘了盔甲厂时期的燕大状况：
盔甲厂在哈德门之东的那个城墙旮旯，那时燕大称有九院，但除一、二院为一座小洋楼划分为两半外，其余不过是能住几十人或几百人的平房而已。其中最大的要算第四院，是学校的大本营。后面三排房子是男生宿舍。前面大门左右墙各有一排房子，每间大致是两丈见方。左边的第一间是门房，第二间是庶务处，第三间是储藏室兼体育部。右边第一间是会计处，第二间是校长办公室，三、四两间打通是文理科科长办公室兼注册部，末一间再小些是女生休息室。女生每天从灯市口走来上课，中午回去吃饭，下午再来。大家全是走路。
由于校园狭小，运动场地不足，以至《燕大周刊》如此描述道：“宿舍与办公室的窗上除了用纸糊好，另外还像耗子笼似的用铁丝网罩住，因为窗前有三块全校仅有的网球场，窗子若不网住就有中流弹之虞。”“到了星期日是西部前线平静无事，因为要守安息日，照例禁止打球。宿舍西头还有几间课室，相当于今天的楼，因前面有一个台阶、几棵槐树、几株月月红，因此又兼有今日贝公楼前的胜景，凡是艺术拍照或临别留影都忘不了这个所在。课堂后是食堂，食堂（由）学生管理，自己买菜，自己称，一次有位同学报了十几块钱花账，立即被开除学籍。每餐食无兼味，人各一盘，高汤随意。每顿饭都有人跳在椅子上拍拍手报告事情。”
在学校学习与生活，“最怕的是下雨，有一回还下了几天雨，把食堂电线漏湿了，忽然间起了火，灯头烧断，一直打落（到）食桌上，全堂食客各奔出了门，才意识到是怎么一回事，以后一到吃饭便怀戒心。住房遇到下雨的时候，更是美靓，这时所有雨伞、雨布、脸盆、漱口杯都用得着，因为别的地方不管，床上和书籍是不能容它滴滴答答的。可是有时雨伞、脸盆也没有用处，因为整个房顶会塌下来”。
学校旁边是城根下的泡子河，“这块公地无形中成了学校的一部分，泡子河载着东城一带沟渠的臭水，水面上浮着一层油绿的色彩，微风吹过，有一股腥气”。在泡子河畔有差不多与城墙一般高的垃圾堆，这是北京城各路垃圾车倾倒垃圾的场所。当时燕大的学生每天都可以看到这样的场景-“每有一辆车来，后面便有许多老妇人、小孩子和狗飞奔而来，有些气力大点的不等车停妥就跳上去抢，为这事往往同赶车的打起架来。他们所争夺的宠物是已经烧过的煤球、秽布、破铜烂铁、鸡毛、骨肉，或是三两根不曾用过的 ‘取灯儿’，这样就养活着这一群人和狗。因此，我为这垃圾堆冠以嘉名-‘黄金堆’”。
在这样的条件下，一切避繁就简。在20世纪20年代初，燕大的课程设置主要分为以下几组：
（一）语言文学组：包括国文系、欧洲语言文学系、日文系。
（二）社会科学组：其中有经济系、教育学系、历史及政治学系、哲学心理系、宗教学系。
（三）自然科学组：包括生物学、化学、地理和地质学、算学及天文学、物理学等系。
（四）职业教育组：最初只有速写书记班，以后又新开设了畜牧、制革等专业。
燕京大学并非一开始就是传说中那样的贵族学校。相反，在盔甲厂时代，司徒雷登在燕大课程设置上的努力主要集中在开设实用型和职业技术型的专业和课程，以此来加强教会学校与中国社会生活实际的联系，缓和中国各界对于教会学校的批评。在1922年提交给托事部的年度报告中，司徒雷登提出：教会学校不能采取美国传统文科教育的模式，因为对中国来说，这种教育太奢侈了。他建议四年制的教会大学前两年进行普通教育，后两年进行专业教育。
1920年，燕大建立起畜牧专业，以后这一专业扩大为农学系，讲授农艺学、畜牧学、家禽饲养、乳制品制造、园艺等多种学科。20年代末，根据在华教会学校联合办学计划，这个系转到金陵大学农学院。同一年开设的还有工业制革专业，曾长期在厦门从事制革工作的长老会传教士文森德（H. W. Vincent）被专门请来负责。在1926年之前，这个专业办得相当红火，为北方地区制革工业培养了大批骨干力量。1926年之后，制革专业并入化学系。1923年，燕大在教会学校中率先开设了家政专业，其目标是培养社会工作者、教师以及受过良好教育的家庭主妇，课程如育儿、营养学、卫生学、持家等都是根据中国的实际生活需求设置，这个专业与护士专业一起为燕大吸引了不少漂亮的女学生。
1927年至1928年是燕大职业技术型课程发展的高峰，这些课程容纳了全校26%的学生。此后，由于各种原因，尤其是燕大逐渐贵族化的趋势使职业教育课程比例大幅度下降，十年以后，燕大学习职业技术型课程的学生只占学生总数的1%。不过那时，燕大的文史专业已经发展起来，并且为学校赢得了新的声誉。
燕大这样一种课程设置上的转变，是基于司徒雷登对中国局势的认识。1920年，在给纽约托事部关于燕大第一年度的报告中，司徒雷登这样写道：“中国的虚弱状况和它在世界事务中的新地位，使造就一批管理国家、发展工业、改革社会和推进教育的人才成为当务之急；中国急剧变化的形势也使培养能够主持教会工作的中国牧师变得刻不容缓；新思潮与新文化的蓬勃发展使北京成为与其政治地位相配的中国知识分子的中心，在这种形势下，新近合并而成的燕京大学开始了它的新里程。”正是在这样的思路下，社会学系在1922年创办起来，备受瞩目的新闻系也是在那一时期发展起来的-作为毫无争议的“亚洲第一所完全的新闻系”，其创建时间是在盔甲厂时代的1924年。
虽然早期的教会学校大多是依靠传授西方自然科学知识起家，但是盔甲厂时代的简陋条件限制了燕大的这一先天优势。为了解决这一问题，燕大在20世纪20年代初与协和医学院达成协议，使燕大生物学、化学、物理学系的学生可以到协和医学院预科学校选课，并利用那里的实验室进行各种实验。这一合作大大促进了燕大自然科学教学工作的发展。1926年，协和医学院正式把医预学校交给燕大办理，这一合并不仅使燕大获得了当时教会学校中屈指可数的最好的自然科学实验设备，而且为燕大带来了数目可观的洛克菲勒基金会的资助。到20年代末，燕大的自然科学教育在教会大学中已经处于领先地位。
在笔者进行燕大人物口述时，众多燕京老人都曾经说起燕大对于学业要求的严格，这主要体现在学校所采用的选课和学分制上，这种要求原本是美国大学通用的原则，自燕京大学组建之时便在学校开始执行。最初的时候，全校课程分为三大类：公共必修课、专业必修课和选修课。
为了贯彻培养目标上广博与专门相结合的原则，燕大根据自己文、理、法学院的专业特点，将课程按学科性质分为三大类：人文科学、自然科学、社会科学，并且规定学社会科学的学生至少要读人文科学和自然科学的入门课程各一门，而且可以在这个基础上自愿选读别门科学的高级课程，以扩大知识面，在此基础上才可以用更多的时间学习专业课程。以经济系的学生为例，一般所选课程要包括下列内容：（一）公共必修课：汉语、英语；（二）专业必修课：经济学原理、初级会计学、初级统计学、财政学、货币银行学、国际贸易、经济史、经济思想史、毕业论文。此外，还必须学习一门法科其他学系的入门课（如社会学原理或政治学原理），一门文科的入门课（如中国通史、教育学原理、心理学原理或其他）以及一门自然科学（如生物学概论、物理学概论、化学概论或地理、地质学概论等）。
为了保证学生选课的科学性，学校每年出版一本《课程一览》，介绍每门课程的内容、上课时数和学分。同时还会列出选读高级课程所需的预修课的内容，比如社会学系的“社会学方法”课，只有修完“社会学原理”的学生才可以选读，经济系的财政学、会计学等课程也必须以经济学原理为预修课。学生在参考《课程一览》初步撰写自己本年度或本学期所要学习的课程后，要面见系主任，由其审查批准，以避免选课的盲目性和随意性。
与选课制紧密联系的是学分制。学分是计算学生完成学习任务的单位，比如一门课程每周上课三小时，学生在一个学期内按规定要求学完这门课程并且考试及格，就算完成了3个学分，如果该门课程需要一个学年才能读完，则算6个学分。燕大规定学生在本科四年中必须修满140~146个学分的课程才能毕业，在20年代初期还曾经一度要求学生必须修满148个学分才可以毕业。尤为严格的是考核制度，在燕大最早的考核体系中，每门课程的评分标准分为六个等级：优秀、良好、中等、及格、可参加补考的不及格和不可参加补考的不及格。之后不可参加补考的不及格这一等级被删除，评分标准也随之变为五级。但其严格标准并未下降，仅1937年，就有43人因考试不合格而退学。至今，很多燕京老人对于燕京的淘汰制依然记忆犹新。
这种严格的绩点制，正是由洪业在燕大一手建立起来的。关于这一点，吴其玉在晚年回忆道：
在洪先生未到校之前，教务长一席是由W. W. Davis担任的。这时学分制及选课制虽已实行，但绩点制尚未采用。这就产生了一些不良的结果。因为它使学生的学习质量难于及时检查，对于学习成绩差的学生不能及时剔除或改正提高。往往有的学生一直混到四年级快毕业时，才发现质量很低，不予毕业，或马马虎虎勉强地毕业，这样的质量就难以保证。在洪先生任教务长之后，他引进了一些新制度或新办法，其中之一为学号制度。最初学号仅按注册次序排列，后来到海淀之后，则改为按入学年度安排，然后再按注册次序排列。如32334学号，32就代表1932年，334就代表注册的次序。这对学生的注册存档及学生年代分类等，都提供了一定的方便。其次，更为重要的就是绩点制度，英文原名为Merit Point System，即学生入燕京学习，在一定时间内，成绩必须达到一定的绩点方能继续留校，否则将予辞退。绩点是依成绩计算的。成绩采取五分制，五分为最高分100分，以下四、三、二、一依次每等递减10分。英文用E（Excellent）、G（Good）、M（Medium）、P（Pass）、F（Failure）表示五等。对一个学生的要求，依我所能记忆的，第一学期成绩必须平均在2以上，第一年在2.5以上，第二年在3.5以上。如不能达到这要求，则自动退学，不能留校继续学习。这样，不合格的、成绩较差的学生，可以及时剔除，不必等到第三、四年已经接近毕业时，才发现他们达不到毕业的标准。这对提高燕京学生质量无疑是起过很大的作用的。但由于以前并未实行此种制度，洪先生初次推行它时是遇到一些困难的，并且引起不少怨声，因为许多学生因实行这个制度而被辞退。我是亲眼见到这一情况的。大约是在1925-1926年的春季注册时，在寒冷的气候中，我见到许多学生不能注册，侍立在教务长办公室门外，设法向教务长请求照顾。这种情况不免有几分可悯，但洪先生是很有魄力的，他铁面无私地坚决执行这一制度。这样，在很短的时间之内，燕京学生的质量就大大地提高了。这不能不归功于洪先生的毅力与远见。
洪业初到北京时，燕大还在建造西郊的新校舍。“课堂分布在城里盔甲厂的几栋旧楼里，全校有336个男生，94个女生，教员中52个是外国传教士，其余28个是中国人”，那时的燕大，只不过是一个名不见经传的教会大学。后来洪业出任燕大教务长，背后又有挚友刘廷芳的支持，为了提高燕大的学术水平，洪业不得不大施辣手，先是在很短的时间内取消了预科，然后又替文理科创办了研究院，之后又辞掉了几个教中文的“懵懂”的教师。绩点制就是在这一时期确立的，《洪业传》中说“实施第一年400多个学生中有93个被迫退学”，就连与司徒雷登形影不离、对其帮助甚大的傅泾波在违反这一规定时，也被洪业不留情面地辞退。打那之后，“入学竞争非常激烈”。在晚年，洪业以自嘲的口气谈到这一制度的建立：“我定了规矩说平均成绩不够乙等的话就得退学，便有许多人来替子女求情？？”由于洪业的“无情”，这让他当时在学校成为一个不是广得学生爱戴的教务长，“他们说我是冒牌华人，在我背后说我行的打分主义，又叫大粪主义”。
但在燕京大学仅有的33年历史中，在培养学生的绝对数量并不是很多（只有6000~7000名）的情况下，其中绝大多数成为国家的栋梁之才，或是各研究领域内的领军人物，除了名师荟萃和自由的学术环境之外，这种严格的考评机制所起的作用也实在不可小视。另外可以佐证的则是，1928年，国民政府教育部举行14个私立大学的特别考试，两个燕大的学生得了最高分，而学校一、二年级水平和不及格人数与其他大学相比较，燕大也处于最好的水平。
不过，洪业也有“看错”的时候。王世襄先生在世时，曾经向笔者讲述过这样一则洪业的故事：
燕京有一个哈佛燕京学社，每年派学生去哈佛念博士，齐思和、周一良、翁独健等都是这样去的。1941年我快毕业时，课分不错。讨论时，有人提议要我去，因为燕京没有艺术系，难得有一个学生研究艺术，可以派他去。历史系主任洪业（煨莲）先生是福建人，他也是哈佛燕京学社负责人，和我们家很熟。他说我精力过人，但不务正业，这两年稍微好一点儿。如果真正用功，以后会有成就。他认为我是个未知数。奖学金有限，不能押在一个未知数上。他这一说，别人也就不提了。后来有一天他碰到我，把我叫过去说：“学校开会讨论去哈佛留学的人选，有人提到你，让我给否了。”父亲是洪先生的朋友，母亲又与洪夫人很熟，我回家后就把这件事情告诉了父母，父母说：“洪先生这样做是对的，你这样贪玩，原本不该奢望被送出去。”
