在西藏和平解放的过程中，习仲勋与十世班禅相识，并建立了深厚的友谊。在以后近四十年的交往中，他们肝胆相照，友谊历久弥坚。
二十世纪六十年代初期，习仲勋等因支持十世班禅《七万言书》的意见遭到批判。一九六二年五月，十世班禅向周恩来报送了《关于西藏和其他藏族地区群众的疾苦和对今后工作的建议》，共八部分，约七万字，故称《七万言书》。《七万言书》系统批评了西藏和其他藏区工作中“左”的错误，提出了如何纠正错误，正确执行党的民族宗教政策，大力发展农牧业生产，改善群众生活的建议。周恩来要习仲勋研究后，向他汇报。
习仲勋认真阅读了《七万言书》，认为大部分意见和建议是好的，但其中一些言词比较激烈。周恩来听取习仲勋的汇报后，委托他与十世班禅谈心，沟通思想。习仲勋充分肯定了十世班禅直言不讳地向党提出建议的精神，同时劝他不要动气，不要说气话。十世班禅对习仲勋说，你讲的我接受，你看着我从小长大，从一开始就帮助我，你是代表党的。作为个人我们又是朋友，你是为了我好，我今后注意就是了。但我说明，我是真心为党好的。后来，周恩来和有关领导在人民大会堂接见了十世班禅，听取了他的意见。后来在毛泽东和周恩来的直接关怀下，按照班禅的意见形成了一系列纠“左”防急的文件，很好地解决了西藏工作中存在的问题。
但时隔不久，在北戴河召开的中央政治局扩大会议上，毛泽东重提阶级斗争。一九六二年九月召开的中共八届十中全会，严厉批评李维汉一味迁就十世班禅和喜饶嘉措等人，妥协退让，不抓阶级斗争，搞投降主义；批评习仲勋在《七万言书》问题上采取迁就、放任的态度。李维汉、习仲勋、十世班禅和喜饶嘉措因此受到批判、审查。一九六四年九月，西藏自治区筹委会第七次扩大会议对十世班禅再次进行批判，年底解除了一切职务。“文化大革命”中，习仲勋和十世班禅都受到红卫兵的揪斗，被长期审查，直到中共十一届三中全会以后，他们的错案才得以彻底平反。老友重逢，感慨万端。十世班禅对习仲勋说，我的《七万言书》把你连累了，真是对不起。习仲勋说，这都是“左”倾错误的恶果，不是谁连累谁的问题，我们都受到了锻炼和考验，增长了见识，党对你是了解信任的。
一九八二年三月十一日，已经担任全国人大常委会副委员长的十世班禅，致信习仲勋并转胡耀邦，希望在适当的时候去西藏和甘肃、四川、云南的一些藏区视察。由于他一九八○年回藏区考察进行佛事活动时发生过意外，以后两年多再没有去藏区。习仲勋看了信后即转呈胡耀邦阅示。次日，胡耀邦同意班禅的要求，批示“请仲勋、兰夫、彭冲同志商定”。经过慎重研究，中央同意班禅这年回西藏视察。十世班禅临行前，几位中央领导一起与他谈话，告诫要按中央要求做好工作。习仲勋一方面提出要求，一方面叮嘱他要注意的问题。
五月二十六日，习仲勋与乌兰夫、杨静仁在人民大会堂福建厅约见十世班禅。一见面，习仲勋高兴地说，我们认识三十一年了，过去是好朋友，中间经过“文化大革命”，现在我们既是朋友，又是同志，今天谈话可以随便一点，畅快一些。十世班禅非常高兴，感谢几位领导的关心和爱护。
习仲勋说，你要去西藏的心情可以理解。你去不去西藏，什么时候去好，中央要有个全面的考虑。这两年没让你去，我看是对的，因为你的身份不同，你的行动，不只是你一个人的问题，还要考虑到对达赖集团的政策，这是一个敏感的政治问题，不能把自己单纯地看成只是藏族的精神领袖。你现在是又自由又不自由，当了副委员长，就不能那么自由。犹如我们共产党员，党叫干啥就干啥，决不可自由行动，就是要讲党性，守纪律。我们之间的区别，只不过你不是共产党员罢了，其他都一样，同是干革命。你是大师，又是副委员长，也要求你同我们一样遵守这条准则，这也是为祖国的统一着想，为全国各民族人民的利益着想。如果不这样来要求你，那就是另眼看待你了。前年，邓小平副主席同你谈话，对你的评价很高，他从不随便讲话，应该说对你是一次很诚恳很亲切的谈话。现在是八十年代，不同于四十年代，我们希望你做一位社会主义的班禅，做一位革命的班禅，争当革命的政治家，要有政治家的见识，气量要大，不要感情用事。
习仲勋传达了中央对十世班禅去西藏的决定。他对十世班禅说：“几天前中央郑重研究了你去西藏的问题，决定你今年可以去西藏。”他还推心置腹地说：你是双重身份，在思想上要把副委员长放在第一位，宗教领袖放在第二位。一言一行要从国家领导人的角度考虑问题。宗教活动不是不可以搞，但不宜多，多了会影响当地群众的生产和生活；要尊重地方党委及地方政府，尊重地方党政领导同志。对“文化大革命”中的问题“宜粗不宜细”。要正确对待下面的同志，要团结起来向前看，不要翻历史旧账，对反对过你的人，要特别注意团结。达赖要搞大藏族自治区，在西藏安了不少钉子，在国外又搞了不少名堂。你这次去可以了解点情况，多做些工作，宣传民族大团结，宣传走社会主义道路，宣传祖国统一。既然回西藏，能去的地方都可以去。
十世班禅感谢中央批准他去西藏，感谢十一届三中全会使他获得了第二次政治生命，表示相信党中央，愿意在藏区发挥一些特殊作用。
为了安排好十世班禅在西藏的行程，五月三十一日，习仲勋与乌兰夫在北京专门约谈中共西藏自治区党委第一书记阴法唐，就十世班禅回西藏事宜作出安排。习仲勋说，中央同意班禅今年去西藏。班禅同达赖有原则的区别，是两个完全不同而在西藏都有影响的人物。达赖叛国，现在还要搞什么大藏区。班禅一贯爱国，拥护党，热爱社会主义祖国。小平同志对班禅有明确肯定的评价。班禅回去，西藏自治区要热情、诚恳、礼貌，体现政策，各方面工作都要做好，帮助班禅解决好视察工作中的一些具体问题。
一九八二年夏天，十世班禅回到西藏，得到西藏自治区的妥善安排和热情接待，视察进行得很顺利。七月十日，十世班禅在拉萨干部大会上说，我从幼年起就是在中国共产党和老一辈无产阶级革命家的教育培养和关怀下长大成人的。“我的一切同党的关怀是无法分开的，我对党、对老一辈无产阶级革命家怀有特殊深厚的感情。三十年来，我遵照党的教导，在主观上总是要求自己对西藏的革命和建设事业，对加强汉藏民族的兄弟情谊，对维护祖国的统一做一些有益的事情。”
十世班禅是这么说的，也是这么做的。在西藏期间，他按中央要求和习仲勋等中央领导的嘱咐，多次讲话宣传西藏从来是中国领土的一部分，坚决维护汉藏民族的团结。
习仲勋关注着十世班禅回藏的情况，连新华社关于十世班禅回藏的报道稿也要亲自审阅，并作出批示。
一九八六年二月，十世班禅准备去西藏拉萨参加“传召”活动。二月五日下午，习仲勋约请十世班禅到中央统战部，就“传召”的有关问题与十世班禅交谈。习仲勋对“传召”活动考虑得很仔细，关切地说，这次你去拉萨主持祈祷大法会，这台戏你是主角，搞好搞不好，要看你了。这个法会二十年没搞了，今年开始恢复，意义很大。搞好了，对外影响更大。你去之前，要做好充分准备，把问题考虑周到些，对每件事的处理要尽量慎重点，安排妥当，时间短一点，规模小一点，尽量不要发生问题，通过这次活动扩大政治影响。习仲勋特别叮嘱说，大师千万要记住，你是全国人大常委会副委员长，处理任何事情，都要考虑可能产生的政治影响。并关照说，西藏情况很复杂，你要注意安全，确保不出事。
一九八九年一月二十八日凌晨，十世班禅在西藏扎什伦布寺主持第五世至第九世班禅合葬灵塔祀殿——班禅东陵扎什南捷开光典礼后，因操劳过度，心脏病突发，抢救无效，英年早逝，终年五十一岁。噩耗传来，习仲勋十分震惊和悲痛。就在不久前十世班禅五十寿辰时，习仲勋还为之作“知天命之年”的祝贺，祝愿他为祖国为民族作出更辉煌的贡献。然而未料此次赴藏竟成不归。习仲勋痛心疾首地说，这个损失真是难以弥补啊！
二月二十日，习仲勋在《人民日报》著文，深切悼念十世班禅。文章深情地写道：
四十年来，我和大师建立了深厚的友情。就在这次他去西藏主持班禅东陵扎什南捷开光典礼前，还在百忙中来向我告别并献了哈达。出门要告别，回来要谈心，这是他长期同我交往的一个老习惯了。我了解他的性格，热情高，爱激动，工作起来控制不住自己。我对他说，这个季节西藏缺氧严重，你要注意自己的身体，不要性急，要劳逸结合。他说，这件事办完遂了我最大的心愿，就是死了也瞑目。我说，佛不要你走，马克思也不要你走。谁知大师一走，竟成永诀。我捧着他临行前赠我的洁白的哈达，遥望西天，悲恸万分。
班禅大师生前一再说，他从幼年起就热爱共产党，对党怀有深厚的感情。他说，没有中国共产党的领导，就没有今天的西藏。从我同他长期的交往中，深深感到，他的这种感情是非常诚挚的，他一生的实践也充分说明了这一点。
班禅大师作为藏民族的优秀代表和藏传佛教的杰出领袖，始终把藏民族的命运和前途同祖国的命运和前途联系在一起，同中国共产党的领导联系在一起。从中国人民解放战争取得胜利的前夜到新中国成立以来的各个历史时期，班禅大师都竭诚地拥护中国共产党在许多重大问题上的正确主张。
……
班禅大师作为我们党的忠诚朋友，突出地表现在能主动地向党提出中肯的意见、建议乃至尖锐的批评。他刚直、豪爽，知无不言，言无不尽。这一点我颇为了解，而且认为甚为难得。我总感到，能交上这样的诤友可谓幸事。由于有这样的了解，所以我对他也是以心换心，坦诚相见的。
……
党的十一届三中全会后，班禅大师坚决拥护党中央拨乱反正，不遗余力地协助党中央落实各项政策。党中央对班禅大师也给予充分的信任。一九八○年班禅大师去藏区视察前，小平同志约他到家里，亲切地对他说：“你是我们国家最好的爱国者”，“你自己的活动，可以放手，不要顾虑”，“你在这次下去的时候可以说：‘文化大革命’中那些事都错了。你不要怕，就说这是中央领导同志讲的。”班禅大师听后受到很大鼓舞，对党更加信赖。为了把失去的时间抢回来，他常常是夜以继日地工作和学习。
……
班禅大师作为国家领导人和宗教领袖，他在这个时期的任务更繁重，工作更繁忙。尽管如此，我们见面交往的时间并没有减少，我们坦诚相见的习惯一如既往。每当他视察、出国和进行其他重大活动时，我总是劝告他：一要注意身体、安全；二遇事要冷静、不要动气。他每次回来总是来找我谈谈心，什么话都谈。对他的每一次成功我都由衷地感到高兴，毫不含糊地给予支持。当然对我觉得他还不足的地方，我也是毫不客气地指出来，他认为我说的不对时也同我争辩，或表示保留自己的意见。
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班禅大师作为藏传佛教的杰出领袖，他热爱自己信仰的宗教；作为藏民族的优秀代表，他热爱自己的民族；作为伟大的爱国主义者，他热爱祖国；作为党的忠诚朋友，他热爱中国共产党。把爱教、爱民族和爱国、爱党完美地统一起来，这正是班禅大师一生的写照……
