东汉末年，黄巾起义失败，出现了地方豪强割据，经过长期混战，形成了魏、蜀、吴三国鼎立的局面。后来司马氏取魏，灭蜀、吴，建立了西晋王朝，实现了全国的统一。但是，不久西晋王朝被迫南迁，史称东晋，此后又出现南北朝分裂混战的局面。从东汉末年到隋统一全国，大约经历了长达390年的社会动荡。这种社会环境，给这一时期的哲学思想以深刻的影响。
魏晋南北朝是门阀士族地主阶级专政的时代。门阀士族地主是从东汉豪强地主演变过来的，占有大量的良田沃土，拥有大批的奴婢、佃客、部曲和家丁，享有经济、政治和文化等方面的各种特权。门阀士族地主阶级的利益和需要，制约着这一时期哲学思想的发展轨迹。
魏晋南北朝时代，社会物质生产和科学技术都有新的发展，北魏贾思勰著《齐民要术》，对我国古代农业生产经验进行了系统的总结。三国时刘徽作《九章算术》注解，推进了数学的发展。西晋时杨泉的《物理论》，总结和提高了对天体的认识。南北朝时祖冲之对圆周率的精确计算，代表当时世界上所能达到的最精密的水平。此外，这个时代对于医学理论的阐发也有重大的成就，科学技术的进步，加深了人们对自然界的认识，从而推动了哲学思想的不断前进。
东汉末年，原以儒家思想为正统的哲学越来越烦琐和荒诞，已是穷途末路。黄巾起义标志着汉代“独尊儒术”局面的结束。虽然，魏晋南北朝时代，在社会政治伦理领域，统治阶级仍然公认儒学为正统，但是在哲学领域，需要有一种新的理论为封建统治的合理性作论证。以富于抽象性、思辨性为特征的玄学思潮应运而生。玄学深入地探讨了宇宙本源问题，提出和阐述了一系列新的哲学问题，如名教和自然、本末、有无、言意之辨、才性之辨等问题，丰富和发展了中国哲学的概念和范畴。与此同时，佛教在依附玄学的情况下逐渐流传，后来又影响着玄学和其他哲学思想的发展，并与中国原有的唯物主义传统发生矛盾、斗争，其突出的表现就在形神问题上。还有，在这个时代，中国本民族的宗教——道教也有显著的发展，构成了自己的宗教神学的理论体系。由此可见，魏晋南北朝时代的哲学有四大系统：玄学（道、儒合一）、佛教、道教和无神论学说。这四个系统形成了魏晋南北朝时代哲学的整体结构。
