东京法庭的被告、证人是如此之多，光是检察方面的起诉及提出证据就延续到1947年2月。期间的唇枪舌剑，你来我往，辩论甚为激烈，场面也颇为精彩。日本各界人士竞相旁听审判，在审判中法庭从来就没有一个座位是空的。人们的热情是如此之高，以至于一时间军事法庭的旁听券竟然成为黑市炒作的对象，特别是东条英机受审的那些日子，法庭旁听券的黑市价格高达800日元一张，而当时一个普通日本人的月薪也不过500日元左右。
正式开庭后，法庭按照战犯名字的英文字母顺序，一一进行“认罪传讯”。第一个出场接受传讯的是荒木贞夫，他一共有4名辩护律师，分别是日本的菅原裕、莲冈高明、德冈二郎和美国律师麦克麦内斯。这个昔日的日本陆军大臣，在第一个来到法庭接受传讯时，早已经没有以往的骄狂，耷拉着脑袋站在被告席上。庭长讯问的第一句就是：“被告荒木贞夫，你承认自己是否有罪？”往日说话斩钉截铁的军队统帅面临这个简单的问题一时竟然不知道怎么回答，要求由他的律师代为回答。韦伯断然回绝了他的请求，命令必须由他本人回答。
这时，荒木才迟疑了片刻说道：“我已经阅读了起诉书，同时知道我是处于一个不利的位置，有关所涉及的第一个问题，对和平以及人性的犯罪，我在70年的生涯中就会变得毫无意义……”
荒木扯开了话题，丝毫没有承认自己罪行的意思，似乎还准备拉开架势进行一番长篇演说。中国法官梅汝立即要求韦伯制止荒木贞夫的“演说”，韦伯立即打断荒木的话：“现在不是你演说的时候，你要做的只有回答有罪或无罪。”
这时，荒木贞夫才从牙缝里蹦出一句话：“我不承认任何指控。我是无罪的。”
战犯中的首恶东条英机是第26个出场。他一站起来就说道：“我否认对我的全部指控，我认为我是无罪的。”
在法庭“认罪传讯”中，所有战犯无一例外的都声称自己无罪。
要想那些罪大恶极的人自己主动承认有罪，其难度应该不亚于让一条恶狼讲出一句人话。没有铁的证据和高度的智慧，这些顽劣之徒是不会认罪的。
战犯和他们的辩护团不仅不认罪，在认罪传讯一结束，他们的辩护团立即对法庭发动了攻击。他们辩称，1946年前的国际法准则中根本就没有“破坏和平罪”这一罪状，“个人不应该承担战争责任”。
对此，法庭首席检察官季南立即进行了回击。他义正词严地说道：“同盟国使用武力结束日本的侵略战争，日本无条件投降。日本是1919年《凡尔赛条约》的缔约国，在该条约中，明确规定了侵略战争构成对人类的国际犯罪。同盟国当然有资格对日本战犯进行指控并进行审判。1929年的《非战公约》更是明确将发动侵略战争列为罪行，‘破坏和平罪’和‘违反人道罪’早已提出，这是人类维系和平和生存秩序的客观需要，根据这些条约，这些发动侵略战争的日本战犯难逃罪责。”季南还补充说，如果辩护律师们还不清楚，那就回去好好读读《开罗宣言》和《波茨坦公告》，其中的精神或许对这些律师进行真正有效地辩护有好处。
5月6日，在法庭按照既定程序进行“认罪传讯”时，穿着日本军靴的日本辩护团副团长清濑一郎突然提出更换审判长韦伯的无理要求，理由是韦伯是澳大利亚最反日的法官，曾在新几内亚调查过日军暴行，连澳大利亚也有人提出异议，让韦伯任法庭庭长有欠公平，一些美国律师也随声附和。清濑一郎是一个着名的日本反动政客，在日本法西斯时期曾经充当一个重要帮凶角色，然而，这样一个罪大恶极的人竟然出现在法庭充当战犯的辩护律师，而且，在战后，他还担任了日本众议院议长。中国法官梅汝曾经评价道：这样一个人竟然被允许在远东国际法庭当辩护律师是令人惊讶的。这种事情在纽伦堡法庭是不可能发生的，纽伦堡法庭对辩护律师资格进行了严格审查。
韦伯打断了清濑一郎的发言，并宣布：“现在休庭，要是其他法官想听这种议论，休庭之后再来，我不来。”说完，火冒三丈地离开了法庭。法庭气氛顿时紧张了起来，经过紧张磋商，法官们认为，法官是由盟军最高统帅根据各国政府推荐任命的，法官们自然没有权力决定法官的回避或任免，当庭驳斥了清濑一郎的无理要求。事情决定后，法官们将结果通知了韦伯，并请他继续出席审判。法庭重新开庭时，韦伯回到庭长座位，继续主持审判。清濑一郎发起的恶意攻击被挫败了。
经过激烈交锋，到5月17日，辩护方面的观点和动议被法庭全部否决。
在法庭和战犯的交锋过程中，被告的日本律师和美国律师积极为战犯们开脱。尤其是那些美国律师，自恃美国在国际法庭的势力强大，在法庭上甚至不惜上演一些荒唐闹剧。
1946年5月14日，被告辩护方申请取消起诉书中第39条所控诉的罪行。该罪行指控日本偷袭珍珠港美国舰队，杀害美国海军季诺德少将及一大批美国海军官兵。美国律师布勒克内强辩说：“如果说季诺德少将在珍珠港被炸死是谋杀的话，那么我们就知道那个在长崎投下原子弹的人的名字，我们就知道制订这一作战计划的参谋总长，我们就知道对一切负责的总司令。”无疑，布勒克内在这里影射了美国总统杜鲁门，他也是美国三军总司令，正是他决定在广岛和长崎投掷原子弹的。
这些美国律师，有时候还表现得超乎想像的愚蠢。
国际检察处为了证明日本军国主义分子通过各级学校向日本青少年灌输军国主义思想，于1946年8月2日传唤了一名叫前田的教育家出庭作证。在前田做完陈述后，美国律师克莱曼立即进行反诘。
克莱曼问证人：“你说日本各个学校的校长在课程问题上受到日本陆军军官的指挥。请你告诉我，难道在小学课程里不教授日文吗？”
这个莫名其妙的问题引起全场的一阵哄笑。庭长韦伯插话说：“毫无道理！难道在日本学校里能不用日文授课？”
克莱曼似乎胸有成竹，不慌不忙地解释说：“如果法庭方便的话，我现在倒是想追寻两个月前便引起法庭注意的一个问题的答案，即：日本学校的课程究竟是些什么？但是，如果法庭不方便的话，我也可以放弃不提。”
韦伯当即表态：“我们不希望听取这个问题。”
克莱曼一点没有收嘴的意思，继续说道：“好……那，我就该问一个问题：学生们上不上数学课？”
面对这些与战犯审判毫无关系的问题一再提出，一向温文尔雅的庭长韦伯此时也难以压制自己的怒气，呵斥道：“真是岂有此理！须知道，克莱曼律师，你是站在国际军事法庭面前，这个法庭审判的是日本军国主义分子对人类所犯下的滔天罪行。”
此时克莱曼似乎很沉着，摆出一副死猪不怕开水烫的架势，依旧不慌不忙说道：“如果您同意的话，我认为在审讯的现阶段弄清这些课程问题很重要。”
见到这个家伙如此荒唐胡闹，韦伯反而压制了自己的怒火，干脆让这个无耻之徒将他的丑剧演下去，说道：“那就请你继续发问吧。”
克莱曼便继续向证人问道：“在这些学校里，有音乐、图画、手工、日本历史等课程吗？”
这个问题引起法庭听众更大的笑声。韦伯示意证人不必回答这种问题。
直到这个时候，克莱曼的丑剧演完了，见到他“精心准备”的问题在法庭并没有收到他想要的效果，他感到很无趣，耸耸肩说道：“我再也没有问题了。”
克莱曼的丑剧表演留给人们的只是笑柄而已，不！还有对法庭神圣性的亵渎！
起诉取证阶段，中国代表团的工作是艰难的，中国方面感到人手明显不够。
1946年深秋，向哲浚趁法庭进入太平洋战争阶段审理之际，回国述职。他一再向政府呼吁，请求派精兵强将支援审判。就在这时候，一个刚刚得到的消息让向哲浚喜出望外：他的老朋友倪征回来了。
倪征从海外学成归国后一直从事司法工作，1945年出国考察欧美司法制度，刚刚回国，向哲浚马上找到他。听了向哲浚的介绍，倪征知道审判进行得不顺利，对于中方来说，远东国际军事法庭审判之难，难在举证上。特别是像土肥原这样的战犯，他本来就是从事阴谋活动的，躲在幕后策划指挥，小心谨慎，知道不留证据和随时销毁证据，很难抓住他的什么重要把柄。忙于抗战的国民政府和各军队将领也没有心思注意收集战犯的罪证，国民政府军政部、司法部都找不到他的任何材料。
向哲浚和倪征商定组建一个“远东国际军事法庭中国检察官顾问组”，倪征担任顾问组组长。他们约定，向哲浚先回东京关照法庭上的事情，倪征等人在国内搜集证据。
为了收集证据，倪征和他的顾问组成员在国内四处奔波开了。他们去了北平监狱，讯问当时已被国内法庭判处死刑的伪满“立法院院长”赵欣伯、“华北临时政府”首脑王揖唐，以及南京“维新政府”首脑梁鸿志等，劝说这些垂死的老人写一些关于坂垣、土肥原罪行的书面材料，待有机会在东京审判中使用，也可能为这些卖国贼减轻罪责。当他们来到设在陶然亭附近的第一监狱，遇到的是梁鸿志和王揖唐都已“昏迷不省人事”，是真是假，亦难以辨别。惟有伪满“立法院院长”赵欣伯比较清醒，甚至精神矍铄，对答如流。他满口答应合作，并表示愿立即写书面材料。但没过多久，他又改变主意，将所写材料投入火炉烧掉。而促使他烧掉举证材料的原因更是荒唐透顶，他先是对写书面材料是否一定能减轻他的个人刑责将信将疑，后来又认为“第三次世界大战”中日本人将有“出头之日”，因此就不愿交出已初步写就的书面材料了。汉奸到什么时候都是汉奸，死到临头了都不敢相信自己的同胞和国家会有强大的一天，还在期待昔日主子“出头”为他们“作主”的那一天。这些汉奸的丑恶行径，更加剧了工作的难度。他们还访问了吴佩孚的遗孀张夫人，调查当时被称为“吴唐（唐绍仪）合作”的阴谋证据，作为土肥原、坂垣罪证的一部分。
经过艰苦的证据收集工作，倪征收集了必要的证据，在东京法庭梅汝和向哲浚的催促下，赶赴东京，开始与战犯的直接交锋。
这次审判于1946年5月开庭，历时两年半，其案情庞大、复杂及证人、证据之多，实属罕见。梅汝极力争取到由中国法官负责起草判决书中有关中国的部分。他与助手们全力以赴，在长达三百页的初稿上倾注了大量心血。关于审判的艰辛，梅汝曾经说：“我像书虫一样，整日在堆积如山的数万页法庭记录中钻来钻去。”
