伍廷芳、沈家本奏准停止刑讯逼供，改笞杖为罚金。修律大臣伍廷芳、沈家本奏陈，为了防止冤案的发生，必须停止刑讯逼供，体现朝廷的仁爱之心。以后除罪犯应死，证据确凿而不肯供认者外准其刑讯外，凡初次审讯及徒流以下罪名不准刑讯。笞杖等罪，仿照国外罚金的办法，凡律例内笞50以下的，改为罚银5钱以上2两5钱以下，杖60的，改为罚5两，每一等加2两5钱，依次递增，至杖100，改为罚15两而止。如果无力完纳罚金，则折为做工，应罚1两的，折做工4日，依次递增，至15两折做工60日而止。罚金折为做工之犯，应收入罪犯习艺所内做工，因此各省须迅速将罪犯习艺所建成。另外各府厅州县各衙门的监狱、羁押所条件太差，各省应设法筹款，将各监狱、羁押所大加修改，地面要宽敞，房屋要整洁，并加口粮及冬夏调理费用，以示体恤，并禁止虐待犯人。25日，清廷命各地方认真严格执行废除酷刑、停止刑讯的决定。
署两江总督周馥聘英国人蓝福洛为南洋顾问官。
沪宁铁路开工。1898年，淞沪铁路建成后，英国即向清廷提出沪宁铁路（上海至南京）建筑权的要求，同年签订了合同，后因八国联军入侵停议。1903年清廷批准盛宣怀与英商议定的借款合同，借款325万英镑，年息五厘，为期50年，以铁路及机厂作抵押。沪宁铁路全长311公里，1908年建成通车。
4月26日。锡良奏报四川镇压神拳教情况。四川总督锡良奏称，神拳教蔓延很广，且易习易散，习则为“匪”，散则为民，所以很难根除。本年正月，犍为县传习很盛，聚党众多，署知县李端率勇查拿，教众分股突起，开始托名仇教，继以附近教堂均已防护，无从进犯，遂指责各场新办小学堂为洋学，肆意捣毁，先将罗成场等处的学董师范生暨保正等杀害，又夺取精良枪炮。二月初四日（3月9日），乘靖川炮船途经县属石板溪，登船杀掳，该船众寡不敌，管驾史久预等死于此难。续备右军左营哨弁徐国桢、杨占元率兵来援，在牛心山将其击退。初六日（3月11日），教众数千人进攻犍为县城，幸管带朱登五已先到城，督队迎剿，战于城外凤凰山，轰毙教众400余人。此后余众占据铁山龟头寨等处。锡良派续备中军统领柴作舟、右军统领樊溥霖分道出击，初八到十四日（3月13日到19日），扫荡铁山，生擒首领王子田、蒋冥山等，余众溃散。至此剿平起义，教堂教士保护无恙。奏折提出对“出力员弁”给予奖励，清廷批准。
英国怡和公司的“元和”号轮船在通州（今南通）失火，焚溺死者百余人。
4月27日。清廷命署两江总督周馥往江北，筹划史治海防河工捕务。
4月28日。岑春煌奏准加强收缴会党藏匿枪支。两广总督岑春煊奏称，广西会党厉害全在于有枪，会党购枪，每支出价数十元至百余元，购弹每颗出价五六角至1元不等。利润很高，营团以及奸商往往私自出售。与官军接仗时，以10余人共护1枪，甲若被击毙，枪又归乙，因此枪不易失。一旦大败，官军搜捕时，则将枪全部埋于深山旷野中，留为以后用。所以官军获胜，抓人容易，夺枪很难。因此欲清除广西会党，夺枪比抓人更重要。有枪则民皆可“匪”，无枪则“匪”亦为民。现在全省会党全部荡平，应该趁此时机将会党隐匿及营团商民存储的枪支，分别查明收缴。并拟定夺枪奖赏章程17条，如蒙俞允，即当通饬各地认真遵守，查照办理。清廷批准。
4月29日。上海集成纱厂工人罢工。工人要求撤换工头，发足工资。集成纱厂分南北两厂，总办为陈云山。南厂工头经常殴打工人，名声甚劣。工人们一直强烈要求撤换该工头，但总办对此一直置之不理。本月27日，该工头强令南厂1名工人修理机器，工人以机器无损拒不修理，双方引起争吵。接着，南厂工人全体罢工。本日，该工头欲将北厂近一半的工人分到南厂，南厂工人得知后即赶到北厂，鼓动停工，并打伤了前来劝阻的工头。工人们砸毁了机器、电灯、窗玻璃等。总办劝阻无效，立即打电话通知巡捕房，派巡捕来镇压，结果有两名工人遭拘捕，罢工被镇压下去。
本月。《浙源汇报》在浙江金华创刊。其前身为《东浙杂志》，半月刊，而《东浙杂志》又由《萃新报》改易。《萃新报》由张恭等人创办，因鼓吹爱国救亡出版6期即被清廷查封。但由于张恭等人得知消息较早，所以待禁封令下，该报改名《东浙杂志》继续出版。《东浙杂志》出版五期又改名为《浙源汇报》。内容有社说、政法、学术、教育、实业、军事、历史、科学、女界、时论、小说等栏目，文章多选自当时各种报刊，是带有浓厚改良主义色彩的地方性刊物。该报继承了《萃新报》和《东浙杂志》的基本特色，把改良政治，改良教育，养成国民资格，实行君主立宪看成是救亡的根本，同时还把抵制帝国主义欲攫取浙江路矿等利权的宣传放在显著地位。鉴于《萃新报》遭受查封的事实，它在行文时注意避免过激的文字，力求内容平和。由于交通不便，又是木字印刷，故印数不多，流传不广，现仅见1～5期。
江南制造局分家。清廷决定把船坞从制造局划分出来，成立江南船坞。江南制造局创办于1865年，到1891年工厂增至13个，发展成为一个大型企业。本世纪初屡有迁厂内地的建议。1903年张之洞提出整顿旧厂、建造新厂的计划，未能实行。钦差大臣铁良南下考察后，决定采取船坞分家的方式，制造局仍归兵部，船坞改归海军部。派海军提督叶祖硅为督办，叶不久后病故，萨镇冰继任。吴应科为总办，德国人巴斯为总稽查，英国人毛根任总工程师。船坞采用商业化的经营方式，经费由修造轮船及机器的收入自行周转。江南船坞成立后，一改过去船坞长期荒废的局面，生产及业务渐有起色。
美国驻华公使康格卸任，柔克义接任。
5月
5月1日。周家纯在湖南长沙创办女子学堂。尽管清廷已于去年颁布《奏定学堂章程》，大倡兴学，但仍然禁立女子学堂，认为女子教育只能在家中进行。为此女子学堂不得不冠以“周氏女塾”的名义创办，而且为了防止官方借口干扰，男教师在授课时都要垂帘，不能与女学生直接见面。即使这样，学校方面也得整天提心吊胆，因为说不定哪一天清廷的学监就会来突然“视察”。直到1910年7月，周氏女塾才改名为女子师范学堂。
军机处命各省督抚查禁《新广东》、《新湖南》、《浙江湖》、《新民丛报》、《新小说》、《中国自由书》等革命书刊。
英国两艘军舰驶入鄱阳湖。
上海工部局在租界内禁用江苏所铸当五铜钱。
5月2日。上海道袁树勋照会领袖领事德国总领事克纳贝，要求从速停办轿捐。
1000余名俄国士兵自烟台乘轮船抵沪。
5月4日。清廷处分一批官员。翰林院代递编修赵炳麟、御史张世培所参道员黄锡铨等，清廷先后命岑春煊、李经羲查明，奏调广西候补道黄锡铨，因徇私舞弊被革职，仍留该省交李经羲详加查看，以观后效。试用知府程道元，贪污腐化，声名狼藉，苍梧县知县李日谦，信任匪人，均革职永不叙用。府经历职衔庐元溪，补用守备李振声，身为管带，纵兵骚扰，均革职，庐元溪情节尤重，立即正法，以昭炯戒，李振声从宽发往新疆，充当苦差，永不释回。
5月5日。俄舰队到达南洋，清廷命令两广总督岑春煊等通饬所属，预防内乱，并实力保护教堂洋人。
清廷下令严禁商人运煤接济俄舰。
刑部奏准各地死刑犯要先报后斩。刑部要求各省审办案件，除立即应恭请王命先行正法及强盗案内重犯，仍照章就地惩办外，其余斩绞人犯，无论监候、立决，都应按律例先议拟具奏，不得先行正法，避免产生冤案。如果有不先上奏自行斩决的，即由刑部照例参处。清廷批准。
上海高等实业学堂召开春季运动会。20世纪初新闻媒介常借体育锻炼来激发国人的尚武精神，中国在日本东京弘文学院的留学生最先举办学生运动会。此次上海高等实业学堂（原南洋公学）运动会是中国人自办的学校举行的第一次运动会。比赛项目有赛跑、掷球、竞走、跳高、跳远等。这次运动会筹备周密、准备充分，在半个月前筹办者就函告上海各学堂及报馆，并赠送了入场券，比赛时观众有2000余人。
5月6日。张人骏因管理粤海关税务受褒奖。张人骏接管粤海关税务后，能破除情面，锐意改革，清除积弊，约计每年可多收银40余万两，张人骏因此交部从优议叙。
吴荫培奏准在各府州县广设罪犯习艺所。翰林院修撰吴荫培奏称，习艺所前经刑部分咨各省，议令通设，近年各省情况不一，直隶在保定、天津各设1所，云南则在省城设1所，大都偏重于省城，限于经费，不能遍及。只有山东、河南两省，由府州县分设，因地制宜，一律开办。习艺所经费有两部分：开办经费和常年经费。直隶省的保定、天津两所习艺所，可容纳800人，需费太多。若把这800人分散于各府州县，每县多不过数十人，少则十数人，如本地原有官房或善堂，酌量扩充，很容易开办。常年经费，可仿照山东、直隶章程，按缺分优劣摊派，即以摊款作设所后的经费。请清廷命各督抚，责成所属府州县，限3年内各设习艺所。清廷批准。
清廷以举办警察为当务之急，命各省督抚认真办理。
5月7日。清廷调鹿传霖为吏部尚书，兼署工部尚书，调张百熙为户部尚书。任命赵尔巽为盛京将军。
吏部奏准裁汰书吏，提高办事效率6条办法。吏部在奏折中说：第1条裁汰书吏。书吏盘剥把持，以致权柄下移，弊端百出，不可不裁。今拟将吏部书吏裁去，一切事宜均由司员亲手经理。第2条书吏宜给予出路。今既永裁书吏，可略予从优，以示体恤。拟请择其谨慎无过当差最久的，以盐库各项大使注册，其资历稍浅的，以府经历县丞州吏目等项注册。第3条公罪宜宽免。吏部书吏有数百人，司员计100多人，其确能任事的不过数十人。以此数十人办数百人之事，甫经交替，端绪纷繁，恐有无心错误，偶尔疏漏之处。拟请宽免公罪处分6个月，文法既宽，临事自不致畏难却步。第4条赏罚宜明定。赏罚为鼓励人才的妙用，拟择司员中的勤能之人，每月酌给津贴银两。确有理繁制剧之才的，由吏部专折保奏，优给班次升阶。不堪造就的，分别以原官休致，或以他官降补。第5条缮写宜用士人。缮写折奏文移，登记号簿等事，尚需有人。吏部已于今年正月十七、十八两日（2月20、21日），将吏部笔帖式考试，择其字书端正的，派司学习，仍不敷用，拟再招考誊录，专用满汉举贡生员出身的，每月发给薪食，3年择优褒奖1次。大抵士人尚知廉耻，顾身名，而又有出路可望，不致有书吏招摇蒙混等弊端。第6条办事无需引案。吏部成案浩繁，今拟一切事宜均照吏部则例及奏定章程办理，以前成案，无需援引。遇有例章未涉及的事件，由吏部详细奏闻，请旨遵办。清廷批准。
5月8日。商约大臣吕海寰奏请博采欧美律例，更定中国律例，以收回治外法权。
两广总督岑春煊因病奏请开缺就医，清廷赏假两个月，但不准开缺。
5月11日。西班牙国使臣贾思理在皇极殿觐见慈禧太后、光绪皇帝，呈递恭贺慈禧太后万寿国书。
5月12日。广东寓沪绅商在广肇公所召开抵制美约大会，他们分别致电外务部、两江总督和出使美国大臣，要求政府拒绝与美续约。
5月13日。清廷命外务部向德使抗议德国兵舰擅自到海州测量。
大学士孙家鼐因假满病未痊愈请求开缺，清廷不允许开缺，再赏假1个月安心调理，一俟假满，即行销假。
“宁波”号轮船沉于甬江，死数百人。
5月14日。清廷命福州将军崇善，严守船政厂，以防俄舰侵犯。
福建寓沪绅商在泉漳会馆召开抵制美约大会。
5月15日。清廷电饬新疆、伊犁、吉林各将军巡抚，厚集兵力，严守中立。
中国自建京张铁路。清廷任命补用道陈昭常为总办、候选道詹天佑为会办兼总工程师，负责修筑京张铁路，开国人自办铁路之先。从北京丰台到张家口的这条铁路，全长201.2公里，从南口到岔道城一段叫“关沟段”，到处是崇山峻岭，施工难度极大。这条铁路是中国人自己兴办、自己筹款、自己勘测、设计、施工的第一条铁路，此前中国人还未自己修过如此难度大的铁路，因缺乏必要的经验，所以许多外国人都用怀疑的眼光注视这件事。而詹天佑却满怀豪情，浑身是胆，这位耶鲁大学土木工程专业的毕业生决心要修好这条铁路，用事实来回答外国人的嘲笑和蔑视，为祖国洗刷耻辱。
清廷下令认真办理卢汉铁路。清廷认为卢汉铁路致关紧要，命商部、袁世凯督饬盛宣怀认真整顿，妥定章程，剔除积弊，力祛浮滥。以后一切出入款项事宜，均责成商部严格稽查，务求核实，以重路政而裕利源。
5月16日。京师私立第一两等小学堂创办。清朝末年，清廷推行新政，大力倡办学校，私人办学也在鼓励之列。于是天津人臧佑宸本日在北京创办了京师私立第一两等小学堂，地址选在西单北大街路西的劈柴胡同。因“劈柴”与“辟才”宇音相近，臧佑宸很快就将这条胡同改名为辟才胡同，意为“开辟人才”，这所私立小学也一时变得小有名气。辛亥革命后，京师私立第一两等小学堂因故停办，而“辟才”之名仍被沿用。
前两广总督谭钟麟卒，清廷赐恤如例，予谥号文勤。
戊戌案内已革湖南巡抚陈宝箴开复原衔。
河南新野县民众抗纳学捐，拆毁县衙。
5月17日。萍乡煤矿工人反对外国工程师扣罚工资罢工。
5月18日。为严守中立，外务部制定江海关运煤出口办法。
5月19日。美国新任驻沪总领事罗志思由美抵沪。
5月21日。《中外日报》发表《论日胜为宪政之兆》的社论，指出日本能战胜俄国，与其立宪政体有关，主张中国速行立宪。
两总督岑春煊电请外务部力拒美国华工禁约。
曾铸与上海美国总领事会谈华工禁约事，美领事提出以6个月为限，6个月之后，美不改约，则听任中国抵制。曾铸不允，称只能限两个月。
