元朝覆亡后，经一段时间的纷乱，蒙古大汗达延汗第三子巴尔斯·博罗特的次子俺答被立为土默特部首领。土默特部是当时蒙古诸部中势力最强的。俺答为汗后，极力向西扩张。嘉靖三十八年（1559年），他率兵入据青海湖地区，万历元年（1573年），俺答汗再次运兵扩张其在青、甘、川藏族地区的势力，占据了包括今北到甘肃天祝，南达川藏交界，中居青海海北、海南这一大片地方。据《三世达赖喇嘛传》中记述，俺答汗从1571年（藏历铁羊年）开始信奉格鲁派，后经西藏僧人阿桑喇嘛向他讲述索南嘉措传奇般的身语意功德后，俺答汗便对索南嘉措产生了敬仰之心。万历二年（1574年），俺答汗首次派遣了以其大臣那则吾为首的使团进藏邀请索南嘉措。索南嘉措与那则吾使团详细商谈了赴青有关事宜，并派戒律师宗哲桑布先到青海，与俺答汗接头。万历四年（1576年），俺答汗再次遣使团进藏迎请索南嘉措。次年十一月，索南嘉措从哲蚌寺起程，于万历六年（1578年）进入青海境内，渡通天河到达年措，即今青海玉树藏族自治州，然后北上至今果洛藏族自治州，再经果洛到达今海南藏族自治州府所在地恰卜恰（一说“措卡”，即藏语湖滨之意）与俺答汗相会。索南嘉措在青海受到了土默特蒙古贵族最热烈的欢迎和最盛情的接待。同年五月十五日，索南嘉措在恰卜恰10万人之众的隆重集会上论经说法，做了重要演讲，赢得了土默特贵族和属地群众的热忱欢迎和支持。在大乘法轮洲寺（仰华寺）的开光典礼上，俺答汗当众焚烧了他所依止的翁公像，与索南嘉措互赠尊号，俺答汗赠索南嘉措“圣识一切瓦齐尔达喇达赖喇嘛”尊号（“瓦齐尔达喇”，梵文音译，是“金刚持”之意，“达赖”是蒙古语“海”的意思，“喇嘛”是藏文“上师”之意，“圣识一切”即“识一切”之意。整个尊号的意思是，金刚持海慧圣僧，即显密两宗造诣深广如海、超凡入圣的上师）。索南嘉措赠俺答汗“咱克喇瓦尔第彻辰汗”，意为聪慧睿智的转轮王。并向千余名信徒授戒，影响很大。索南嘉措的弘法传教活动，使格鲁派的势力在原有的基础上得到了新的发展。
因俺答汗拥兵青海湖南北广大地区，而且动辄进犯今河西走廊和西宁等地，明廷对此深感不安，视为心腹一患，悉索南嘉措在青海一带活动，并听说俺答汗对其非常敬重，言听计从，便于万历六年（1578年），命甘肃巡抚侯东莱差人到青海请索南嘉措到甘肃与侯会晤，并嘱索南嘉措劝说俺答汗率众回内蒙古。
是年五月，索南嘉措在仰华寺与俺答汗相会后，经今青海海北州去甘州（张掖），于该年冬与侯东莱晤谈。到达甘肃后，受到以侯东莱为首的甘肃地方官员的隆重欢迎和优厚礼遇。除与侯东莱会晤，还通过侯东莱致书明朝首辅大学士张居正，开始直接与明朝中央联系。信中反复表示，为“保佑皇上”、“祝赞天下太平”而“昼夜念经”。说“有阁下吩咐顺义王早早回家，我就吩咐他回去”。年底，索南嘉措返回今青海海南州恰卜恰。第二年夏天，俺答汗接受了索南嘉措的劝告，自己先回到了内蒙古土默特本土。为此，万历七年（1579年），“农历八月，明朝万历皇帝派三个大臣持‘所有地面的保佑者’的封诰印信来措卡拜见索南嘉措，献衣服三套及金银、绸缎、宫内用器等。信中说，‘朕所属蒙古四十部和甘州二唐诸臣悉得满足，甚好，朕将请足下到朝廷’。并封其襄佐（管家）为国师，亦赐印信”。
因索南嘉措根据明廷要求，解除了朝廷的一大忧患，得到了明朝皇帝的褒奖。
万历八年（1580年）五月，索南嘉措在西康主持建成理塘寺。同年年底去马尔康，次年从马尔康去今西藏昌都。万历十年（1582年），俺答汗去世，索南嘉措应邀从昌都启程再次取道青海，约于年底到达措卡（恰卜恰）。万历十一年（1583年）春，索南嘉措从措卡到宗喀巴大师的诞生地塔尔寺，从塔尔寺去青海化隆的夏琼寺、丹斗寺，经化隆到今青海省民和县弘化寺，从弘化寺到甘肃永靖县的炳灵寺，从炳灵寺到临洮。万历十二年（1584年），从临洮又到青海宗喀地区（今平安县、湟中县一带），一路风尘劳累，收徒建寺，讲经传法，调处民间矛盾。
万历十三年（1585年），索南嘉措从青海措卡出发赴内蒙古，于次年，抵达归化（呼和浩特），会见蒙古僧格都固棱汗，参加俺答汗遗体火化葬礼，举行了隆重的祈祷仪式，并在归化兴建了锡热图召寺。而后到蒙古察哈尔部，会见察哈尔、喀尔喀等部首领，在内蒙古东部一带传法收徒，宣传黄教。万历十六年（1588年）正月，明朝中央派专使去内蒙古册封索南嘉措为“朵尔只唱”（持金刚佛），并赐敕命、印信。据欧朝贵、其美编著的《西藏历代藏印》所载，这枚明廷颁授的“朵儿只唱”象牙封印至今仍保存完好。在敕封的同时，明朝中央召请索南嘉措进京谒见，索南嘉措欣然应召进京，不幸于万历十六年三月在进京途中，逝于内蒙古卡欧吐密地方，年仅46岁。索南嘉措虽英年早逝，但他的政教活动为格鲁派的振兴，为藏传佛教的发展，为达赖活佛转世系统的形成，为促进藏汉关系发展做出了杰出的贡献。
如前所述，万历六年（1578年），索南嘉措应俺答汗之邀首次来青海期间，与俺答汗在大乘法轮洲寺（仰华寺）互赠尊号，俺答汗赠索南嘉措“圣识一切瓦齐尔达喇达赖喇嘛”。这个尊号中的“达赖喇嘛”便是藏传佛教史上的首称，是“达赖喇嘛”这个称号的开端。1588年明朝中央接受俺答汗早在万历九年（1581年）五月提出的尊号，册封索南嘉措为“朵儿只唱”，“朵儿只唱”就是俺答汗赠予索南嘉措尊号中“瓦齐尔达喇”，即“金刚持”的藏语译音，这是明朝中央通过授封对达赖喇嘛的正式认可。自此，明代官方文件中便开始使用达赖（答赖）的称呼。
明朝中央封索南嘉措为“朵儿只唱”和正式认可达赖称号，后为清朝中央继承发展，形成了由中央政府册封达赖喇嘛的完整制度。
索南嘉措逝世后，格鲁派寺院集团追认根敦珠巴为第一世达赖喇嘛；追认根敦珠巴的门徒哲蚌寺住持根敦嘉措为第二世达赖喇嘛；索南嘉措是根敦嘉措的转世活佛，为第三世达赖喇嘛。万历十七年（1589年），正值索南嘉措逝世一周年，俺答汗的孙子降生，后被认定为三世达赖喇嘛索南嘉措的转世灵童。万历三十年（1602年），三世达赖喇嘛转世灵童云丹嘉措由西藏三大寺迎请人员和蒙古军队护送进入西藏。1616年，明神宗遣专使索南罗追等人进藏册封云丹嘉措为第四世达赖喇嘛。在此，特将历代达赖喇嘛世系列表如下：
二、“班禅额尔德尼”名号的由来
从1618年藏巴汗彭措南杰推翻一贯支持格鲁派的帕竹政权，到1642年蒙古和硕特部首领固始汗率军推翻藏巴汗政权的这20多年动乱期间，扎什伦布寺住持罗桑却吉坚赞为护教安民、稳定藏区、推翻藏巴汗政权做出了卓越贡献，成为一名关键人物。清顺治二年（1645年），固始汗赠予罗桑却吉坚赞“班禅博克多”尊号。“班”是梵文“班智达”，即对宗教学者的简称；“禅”是藏语大的意思。“班禅”就是大学者之意；“博克多”系蒙语，是对睿智英武人物的尊称。固始汗尊罗桑却吉坚赞为“班禅博克多”，是班禅名号的初始，是班禅名号的最早由来。罗桑却吉坚赞便是第四世班禅。以此前推，后人追认凯珠杰格勒贝桑为第一世班禅，索南乔朗为第二世班禅，恩萨巴·罗桑顿珠为第三世班禅。到了清康熙五十二年，清廷封五世班禅罗桑益西为“班禅额尔德尼”，赐金册金印。“额尔德尼”系满语“珍宝”之意。至此，由中央政府册封的班禅活佛转世制度正式形成。此处亦列历代班禅世系表如下：
第一世根敦珠巴后藏协多达错1391—147484
第二世根敦嘉措后藏达那塞米1475—154268
第三世索南嘉措西藏堆龙德泽噶康萨贡1543—158846
第四世云丹嘉措内蒙古土默特部1589—161628
第五世阿旺·罗桑嘉措琼结秦瓦达则1617—168266
第六世仓央嘉措门地沃域松1683—170624
第七世格桑嘉措四川理塘1708—175750
第八世强白嘉措藏堆托嘉拉日岗1758—180447
第九世隆朵嘉措多康丹却科1805—181511
第十世楚臣嘉措四川理塘1816—183722
第十一世克主嘉措多康木雅喀塔1838—185518
第十二世成烈嘉措娘布沃葛章细1856—187520
第十三世土登嘉措达布朗敦1876—193358
第十四世丹增嘉措青海平安1934—
【第五节】藏区与祖国内地的经济、文化交流
明代，西藏的封建庄园经济得到迅速发展。整个藏区的冶铁、锻铁技术、毛纺技术、手工业和农牧业发展很快。随着经济发展，藏区与祖国内地的经济、文化交流也进入了一个新的历史时期。
一、藏区与内地的茶马互市
明代藏区与内地的经济交往最主要的是“茶马互市”或称“茶马贸易”。这是一种用内地所产的茶叶交换藏区马匹的贸易制度。这种贸易始于唐代，明代发展到兴盛时期。
我国是世界上最早种茶、饮茶的国家。当饮茶风俗传入以牧为主的藏区之后，藏区与祖国内地的交流中，便逐渐形成了以马易茶、购买茶叶的交换活动，开创了茶马贸易的先河。到了明代，在“以茶驭番”的思想指导下，明王朝把茶法、马政当作军国要务，建立起了一套征收、加工、储运和以茶易马的制度机制。明代茶马互市的政策，根据不同时期，大致可分为3个阶段。
