朕闻兼善独善，开宗之义不同；世出世间，设教之途亦异。然而明心见性，淑世觉民，其归一也。兹尔罗布藏札卜素达赖喇嘛，襟怀贞朗，德量渊泓；定慧皆修，色空俱泯，以能宣扬释教，诲导愚蒙，因而化被西方，名驰东土。我皇考太宗文皇帝闻而欣尚，特遣使迎聘。尔早识天心，许以辰年来见。朕荷皇天眷命，抚有天下，果如期应聘而至。仪范可亲，语默有度，臻般若圆通之境，扩慈悲摄受至门，诚觉路梯航，禅林山斗，朕甚嘉焉。兹以金册印封尔为西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛。应劫现身，兴隆佛法，利济群生，不亦休哉。
代噶册封，标志达赖喇嘛的封号及其在西藏的宗教领袖地位正式被清朝中央政府确定，其后的历世达赖喇嘛都须经中央政府册封。
5月下旬，五世达赖喇嘛离代噶，在返藏途中，特上表奏谢顺治皇帝册封，并进贡马匹、琥珀等物品。其奏文是：
恭奏一统天下文殊菩萨圣主陛下：
窃蒙圣上赐金册、金印、尊贵之封号之鸿恩，实不胜欢忭。所奏往归土伯特一事，已蒙恩允，拟于六月初一日启程。圣谕曰：嗣后宜当弘扬释教，逸乐众生，礼治部众，善为调用，以良策辅佐帝业。小僧等恭祝圣上年富力强。随疏恭进哈达一方、佛一尊、瑚珀三十个、氆氇一袋、马一百匹。
五月二十五日奏顺治皇帝在册封五世达赖喇嘛的同时，遣大臣携带金册、金印赴西藏，册封当时掌管西藏军政大权的和硕特蒙古汗王固始汗为“遵行文义敏慧固始汗”，颁赐满汉蒙3种文字的金册、金印。其册文如下：
王经伦大业，务安劝庶邦，使德教加于四海。庶邦君长，能度势审时，归诚向化，朝廷必加旌异，以示怀柔。尔厄鲁特部固始汗，遵德乐善，秉义行仁，惠泽克敷，被于一境，殚乃精诚，倾心归顺，朕甚嘉焉。兹以金册印封尔为‘遵行文义敏慧固始汗’，尔尚益矢忠诚，广宣声教，作朕屏辅，辑乃封圻。如此，则带砺山河，永膺嘉祗。钦此。
1654年8月，固始汗上疏谢封，文曰：
宏福天命万民主宰皇帝陛下明鉴：
弘扬佛法、普济众生、护法荡魔之法师谨奏，恭请圣安。
皇上胜过缔造物之如意宝，布仁慈于四海之滨；扬善抑恶，以足众生之望。蒙天恩赏赐金册、金印，封为遵行文义敏慧固始汗，谨望阕跪接祗领，叩谢天恩。并献珊瑚念珠一、蓝宝石念珠一、瑚珀念珠一、毛青梭布五十、良马二十。
五世达赖喇嘛朝觐顺治皇帝，清廷册封五世达赖喇嘛和固始汗，是清王朝中央政权早期对西藏乃至整个藏区施政的重要举措，由此明确了清朝中央政府与西藏地方政教势力的领属关系。
【第三节】清廷册封“班禅额尔德尼”，西藏实行噶伦制
一、桑结嘉措与拉藏汗之争
顺治十二年（1655年），固始汗病逝，和硕特部蒙古贵族在西藏的势力急剧下降，格鲁派寺院集团权力日盛。五世达赖喇嘛以其在藏蒙地区的崇高声望和清廷的支持信任，实际上掌握了西藏地方的政教大权。康熙十八年（1679年），五世达赖喇嘛任命他亲手培养起来的桑结嘉措（1653—1705年）为第巴后，与和硕特汗王的矛盾日益尖锐和激化。
康熙二十一年（1682年），五世达赖喇嘛在拉萨圆寂，终年66岁。他自受封之后，凭其崇高威望和至高无上的宗教领袖地位，积极配合清朝政府为维护藏蒙地区的社会稳定发挥了其他力量所不能替代的积极作用，深得藏蒙地区民众的信赖和爱戴，亦深得清朝中央政府的信任。正如祈韵士在《皇朝藩部要略》第十七卷中所写，“达赖喇嘛存日，六十年来，塞外不生一事”。五世达赖喇嘛圆寂后，为了稳定局势、避免格鲁派寺院集团势力受损，也为了维护和巩固桑结嘉措自己的权势地位，桑结嘉措封闭消息，秘不发丧，对外宣布五世达赖喇嘛“入定”，除自己外不见任何人，一切事务委托他办理。诸事仍以五世达赖喇嘛名义发号施令，向朝廷奏报情况也以五世达赖喇嘛名义进行。同时，他还暗中与准噶尔的噶尔丹相通，借噶尔丹的力量打击、削弱固始汗继承者的力量，巩固其独揽西藏政教大权的地位。
准噶尔部是漠西厄鲁特蒙古四大部之一。1671年，噶尔丹夺取汗位后即行其扩张政策。1688年起，噶尔丹乘喀尔喀蒙古各部内讧，带兵东侵，占领了漠北。喀尔喀各部请求清廷保护。康熙皇帝赦谕五世达赖喇嘛派员调解。桑结嘉措便以五世达赖喇嘛名义派济隆出使，表面上遵谕劝噶尔丹罢战，暗地里怂恿其南下入侵漠南蒙古。由于漠南蒙区已属清朝政府统下，噶尔丹南侵便成以清廷为敌。康熙皇帝遂派大军征剿噶尔丹。在清军与噶尔丹军战斗之机，桑结嘉措借五世达赖喇嘛之名命青海厄鲁特蒙古部暗中给噶尔丹通风报信，并令青海和硕特部屯兵松潘、河州、西宁等地，意在必要时支援噶尔丹。清军击败噶尔丹后，桑结嘉措为了保全自己，于康熙三十二年（1693年），借五世达赖喇嘛之名上书康熙帝请封。因当时朝廷尚不知五世达赖喇嘛已经圆寂，考虑到这是五世达赖喇嘛的请封上书，康熙帝便赐桑结嘉措王爵、金印，封其为“掌瓦赤喇怛喇达赖喇嘛教弘宣佛法王布忒达阿白迪”，意思是专管达赖喇嘛宗教事务的法王。可见朝廷仍支持和硕特汗王主管西藏行政事务。
康熙三十五年（1696年），康熙帝亲率大军征讨噶尔丹，清军在昭莫多彻底击败噶尔丹军，噶尔丹在次年势穷病卒。康熙皇帝从俘虏口供中得知五世达赖喇嘛早已圆寂，是第巴桑结嘉措长期匿丧不报，并暗通噶尔丹等事。康熙帝闻之大为震怒，命大喇嘛晋巴扎木素、德木齐索诺木藏布、主事保柱等奉旨入藏严斥桑结嘉措，令其奏明五世达赖喇嘛圆寂始末；尊奉班禅呼图克图主持喇嘛教，并允其进京；执济隆呼图克图畀清；解青海博硕克图济农所娶噶尔丹之女，谕旨严斥警告桑结嘉措“不然，数者或缺其一，朕必问尔诡诈欺达赖喇嘛、班禅胡土克图，助噶尔丹之罪，发云南、四川、陕西等处大兵，如破噶尔丹之例，或朕亲行讨尔，或遣诸王大臣讨尔。尔向对朕使言四厄鲁特为尔护法之主、尔其召四厄鲁特助尔，朕将观其如何助尔也。尔其速办此事，及正月星速来奏，否则后悔无及矣。为此特遣使臣往谕，半发伴敕礼币六端”。
桑结嘉措接到谕旨后惶恐不安，即派尼麻唐呼图克图为首的使团持其奏书赴京奏报五世达赖喇嘛圆寂始末和匿丧缘由，并奏报1683年已于门地沃域松地方寻认到五世达赖喇嘛转世灵童仓央嘉措，请求准许仓央嘉措正式“坐床”。
康熙四十年（1701年），达赖汗去世，其子拉藏鲁贝继位。不久，拉藏鲁贝被其兄拉藏汗毒死，拉藏汗便成为和硕特蒙古在西藏的汗王。拉藏汗决心恢复固始汗在位时所拥有的一切权力，桑结嘉措虽已失去朝廷的信任，但决不愿将权力拱手交给拉藏汗。康熙四十二年（1703年），在拉萨传召法会上，双方发生冲突，经三大寺代表和嘉木样协巴等劝阻协调，事态得以缓和。康熙四十三年（1704年），桑结嘉措收买了拉藏汗的内侍，指示其在拉藏汗食物中投毒而被拉藏汗发觉。因此，拉藏汗与桑结嘉措间的矛盾斗争更加激化。1705年拉萨祈愿大法会期间，双方爆发了军事冲突。为避免流血事件，在五世达赖喇嘛灵塔前，由六世达赖喇嘛、三大寺代表、五世班禅代表和嘉木样协巴等调解达成协议：桑结嘉措退位，离开拉萨到贡噶生活；拉藏汗保持汗王头衔，但也要离开拉萨返回青海。拉藏汗离开拉萨经羊八井到那曲后，便不再前行，然后兵分三路向拉萨进发。桑结嘉措也在拉萨聚集力量严阵以待。同年6月，双方在拉萨激战，结果桑结嘉措一败涂地。7月，桑结嘉措被拉藏汗王妃追兵捕获并杀死。康熙四十六年（1707年）初，拉藏汗遣使赴京向康熙皇帝汇报了西藏事变的经过，并奏报仓央嘉措生活放荡、不守教规，是“假达赖”，请求朝廷“废黜”后另寻立五世达赖喇嘛的真正转世。康熙皇帝即派护军统领席柱、学士舒兰为使进藏，封拉藏汗为“翊法恭顺汗”，赐金印，以稳定西藏局势。同时，康熙皇帝召执仓央嘉措赴京。拉藏汗遵旨派人偕同朝廷遣使押送仓央嘉措进京，“行至西宁口外病故”。
二、清廷册封“班禅额尔德尼”
由于桑结嘉措对五世达赖喇嘛圆寂隐匿不报、暗中私通怂恿噶尔丹作乱以及桑结嘉措与拉藏汗的争权斗争危及清朝政府对西藏、青海甚至新疆的统治。康熙皇帝早在1695年（康熙三十四年）就决定召五世班禅罗桑益西（1663—1737年）入京朝觐，遣内齐陀音呼图克图和监察御史钟申保等奉旨往召，意在提高班禅的宗教地位和社会威望，让他管理黄教事务以遏制第巴专权。因五世班禅以未出痘为由，未能应召入京。1707年，废黜了仓央嘉措之后，拉藏汗便立益西嘉措为六世达赖喇嘛，并亲自到扎什伦布寺请求班禅为益西嘉措剃度、取法名、授沙弥戒。但是，拉藏汗拥立的六世达赖喇嘛益西嘉措既得不到三大寺为代表的格鲁派上层的认可，也得不到青海蒙古王公的拥护。青海诸台吉纷纷上书朝廷，奏呈益西嘉措是假达赖。清朝中央政府深知达赖喇嘛废立的重要，康熙帝遂派内阁学士拉都浑率青海众台吉的代表前往西藏查验。拉都浑等人在西藏同拉藏汗、五世班禅进行了会晤，详细了解了有关拉藏汗拥立益西嘉措之事，并听取了多方面的意见。回京后如实奏报。康熙帝听了众大臣的讨论，出自对青海、西藏社会安定的考虑，认可了益西嘉措为六世达赖喇嘛。康熙四十八年（1709年）三月，鉴于西藏、青海形势日趋不稳，“青海众台吉与拉藏不睦，西藏事务不便令拉藏独理”。于是派侍郎赫寿领“管理西藏事务”衔进藏，协同拉藏汗办理西藏事务。章嘉呼图克图和哲布尊丹巴呼图克图也派代表陪同赫寿进藏。赫寿在藏两年间，除协管西藏事务外，组织测绘人员奉旨绘制了西藏地方地图。赫寿进藏是清朝中央政府直接派员驻藏管理西藏事务的开端。赫寿本人也是绘制西藏地图的创始人。
赫寿入藏第二年，会同拉藏汗、五世班禅和部分寺院上层上奏朝廷，为益西嘉措为六世达赖喇嘛请封。康熙帝降旨正式册封益西嘉措为六世达赖喇嘛，并赐封印。但益西嘉措仍未能得到西藏、青海僧俗界的公认。几乎与此同时，由于仓央嘉措在进京途中病逝于青海境内后，三大寺上层便在暗中寻访其转世灵童。最后认定1708年出生于四川理塘的一个幼童为仓央嘉措的转世灵童，并立即得到了青海蒙古各台吉的响应。在这种情势下，康熙皇帝于1713年2月24日（康熙五十二年正月三十日）颁诏册封五世班禅罗桑益西为“班禅额尔德尼”；赐满、汉、藏3种文字的金册一份、金印一颗。其诏书为：
奉天承运皇帝敕曰：
朕抚临寰宇，慈爱众生。凡恪守戒律循规，为人安静、勤奋修道者，将颁赐封号，以示朕嘉奖之至意。尔班禅历辈遵奉教法，为人安静，熟谙经典，勤修贡职，初终不倦，致使佛教得以弘扬，甚属可嘉。尔出于心悦至诚，遣使前来请安进贡。故朕特赐尔赦谕，颁金册、金印，封赐班禅额尔德尼名号。札（扎）什伦布寺所属名寺、庄园为尔静养之地，他人不可借口滋事。尔应勤奋净修佛法，悉心教诲僧侣，修成正果。特谕。
从此班禅的宗教领袖地位得到清朝中央政府的进一步确认，历代班禅皆受中央政府册封遂成定制。
三、“平准安藏”，噶伦执政
1708年，当乃穹护法神宣布六世达赖喇嘛的转世灵童在理塘降生之后，三大寺上层和青海蒙古部众台吉一致拥护。拉藏汗看到问题的严重，先派戴本诺布俄柱等去理塘调查此事。戴本诺布俄柱等见到灵童并询问了许多情况。1714年，拉藏汗又令格敦等去理塘，在他们到达前，灵童父亲索南达结已将灵童转移到德格寺保护起来。1716年，康熙下令将理塘灵童格桑嘉措送到北京，后又同意送到青海塔尔寺居住，由清朝政府保护。围绕灵童一事，青海蒙古各部持不同意见者之间发生了激烈的冲突。察罕丹津和罗卜藏丹津计划先攻取与他们不同心的贝勒阿剌布坦鄂木齐等，然后护送灵童格桑嘉措进藏。面对这种形势，清朝政府对青海蒙古左右翼的首领进行了调整，罗卜藏丹津、察罕丹津、达颜管理右翼事务，额尔得尼尔厄尔克托克托那、阿剌布坦鄂木布管理左翼事务。此外又派公策旺诺尔布、侍卫布达理前往青海，召集诸蒙古首领会盟，令其和好。
1717年，准噶尔部首领策旺阿剌布坦派出两支部队，一支由其堂兄策零敦多布率军6000人进袭西藏，一支由300多人组成，前往青海塔尔寺，以劫持灵童格桑嘉措为目的。此次行动旨在击败拉藏汗，占领拉萨，废除益西嘉措，拥立格桑嘉措，进而统治西藏。但东进青海的小部队还未到达目的地就被清军消灭。策零敦多布率军6000，从和田出发，昼伏夜行，直插藏北。1717年8月抵藏北纳克产地方，随后横穿腾格里海地区至达木（当雄）。9月，准噶尔兵与拉藏汗的部队在达木多次交战。11月，拉藏汗兵败撤回拉萨，同时驰书奏报朝廷，请求朝廷派兵救援。
11月底，策零敦多布率军攻入拉萨，拉藏汗战死，拉藏汗拥立的六世达赖益西嘉措被囚禁于药王山。至此，和硕特蒙古汗王在西藏的统治结束。
策零敦多布部占领拉萨后，大肆抢掠，数百所寺院被洗劫，激起了西藏僧俗各界的强烈不满和反对。康熙五十七年（1718年）五月，清朝中央政府派侍卫色楞和总督额伦特率军从青海入藏。六月渡过木鲁乌苏河（即通天河）。九月，两军在喀喇乌苏河（那曲）北岸准备抢占狼拉岭。准噶尔军扼守喀喇乌苏河，前后夹击，致使清军粮草断绝，结果全军覆没，色楞、额伦特殉职。
康熙五十八年（1719年）一月，康熙帝命其第十四子允补题为抚远大将军，统领大军，征讨准噶尔军。以平逆将军延信率陕、甘官兵从西宁起兵进藏；由征西将军噶尔弼率四川、云南、湖北、浙江等地官兵从打箭炉（康定）进军西藏；派傅尔丹、富宁安分别由巴里坤、阿尔泰出兵抵乌鲁木齐一线，防止准噶尔增兵西藏。同时遣使宣谕青海诸蒙古首领和住在塔尔寺的灵童格桑嘉措，由清军护送进藏。
