1928年冬，西藏派驻五台山堪布罗桑巴桑奉十三世达赖喇嘛之命，赴南京谒见蒋介石，目的在于面陈藏事，探试国民政府对西藏特别是对达赖喇嘛的态度。蒋介石接见了罗桑巴桑，并致函十三世达赖喇嘛，函称“西藏为我中华民族之一，政府正督饬蒙藏委员会调查实际，用资建设”。指出十三世达赖喇嘛“深明大义，内向情殷，此后愈当并力一心，修内政而御外侮”。1928年2月，经南京国民政府批准，班禅驻南京办事处成立。1929年8月，西藏驻北京雍和宫堪布贡觉仲尼等人赴山西拜见蒙藏委员会委员长阎锡山，面陈十三世达赖喇嘛的三点声明：达赖并无联英之事，也并未与英国发生关系；因西藏与英（英印政府）相壤毗连，不能不与之略事敷衍；达赖仇华属误传，达赖、班禅感情素惬，因班禅属下之人行为不法，达赖逮捕数人，班禅惧而出走。同年9月，贡觉仲尼到南京，谒见蒋介石时，重复达赖不亲英，不背中央，欢迎九世班禅返藏的声明内容。此后，蒙藏委员会派员与贡觉仲尼商谈西藏事务，贡觉仲尼代表西藏方面一再表示“愿意输诚中央”，“诚意欢迎班禅大师回藏”。“将来西藏的行政、军事、外交等事务归中央管理”，同意“中央派出驻藏长官”等。
1929年12月，国民政府任命贡觉仲尼为“赴藏慰问委员”，执蒋介石给十三世达赖喇嘛和噶伦擦绒的信及蒙藏委员会解决西藏问题的8条意见入藏。到达拉萨时，受到了达赖喇嘛和西藏地方僧俗官员的高规格迎接。十三世达赖喇嘛对收到蒋介石的信函及礼品十分欣喜。对蒙藏委员会的8条意见，由噶厦作了具体答复，态度内容与以前的声明基本一致。惟九世班禅返藏一事，因英人唆使，隔阂尚存，提出了异议。1931年3月21日，经南京国民政府批准，西藏办事处正式成立，贡觉仲尼任办事处处长。
1929年，南京国民政府派文官处书记刘曼卿进藏，次年3月到达拉萨。刘曼卿通晓藏语，在拉萨各界广泛宣传国民政府的西藏政策，两次拜见十三世达赖喇嘛。达赖喇嘛说，“吾不敢背中央前已言之”，“吾所最希求者即中国之真正和平统一”，“英国人对吾确有诱惑之念，但吾知主权不可失”等，并捎书信致蒋介石。国民政府抓住贡觉仲尼、刘曼卿进藏效果显著，达赖喇嘛态度向内的时机，于1930年底又派蒙藏委员会官员谢国梁进藏，其主要任务是将国民政府解决西藏问题的11条意见（其基本内容与贡觉仲尼进藏所执的8条意见一致）传达给十三世达赖喇嘛和噶厦政府。但谢国梁不幸途中病故。
1931年5月，南京国民政府召开国民会议，贡觉仲尼、曲批图丹、巫明远、楚臣丹增、阿旺坚赞、降巴曲旺6人作为西藏地方代表出席会议；楚臣尼玛、罗桑桑杰、降巴年札3人为西藏地方列席代表参加会议。九世班禅应邀出席会议，并在会议上发表祝词。班禅方面出席会议的代表是罗桑楚臣、罗桑坚赞、罗桑昂嘉、王乐阶4人；列席代表是邵章、金孝志、白瑞麟、海涛、樊泽培5人。会议通过的《中华民国训政时期约法》，以国家法律形式确定了西藏是中国领土的一部分。此次会议以后的所有全国性会议，均有西藏代表参加。至此，西藏地方与中央政府的关系实现了全面恢复。
三、热振事件
1933年12月17日，十三世达赖喇嘛圆寂后，经当时的所谓“西藏国民大会”讨论，并报请南京国民政府批准，册封热振第五世活佛土登坚白益西·丹巴坚赞为摄政王，代行达赖喇嘛职权，并于1934年5月29日赐封为“辅国普化禅师”。
热振寺系噶当派的首寺，创立于11世纪中期。15世纪初，宗喀巴大师根据噶当派的教义，并融合其他教派教理创立了格鲁派。因此，格鲁派可说是噶当派的进一步发展。热振寺后来也改宗格鲁派。该寺热振活佛，为青海名僧、七世达赖的经师阿旺却丹的历辈转世，是一个有名的转世活佛系统。因该寺创建较早、影响较大，包括五世热振活佛，曾有两世热振活佛任摄政王，同时也发生了两次“热振事件”。
清道光二十六年（1846年），道光皇帝敕封热振呼图克图为西藏摄政王。清同治元年（1862年），当时已卸任的噶伦夏扎哇·旺曲结布欲夺摄政之职，贿赂收买了时为哲蚌寺堪布的杰巴等人，乘给热振活佛呈文，就哲蚌寺扎巴薪俸一事请示热振活佛发钱还是发物，热振活佛批示发物。杰巴便以热振活佛“克扣薪俸”大造舆论，煽动不明真相的僧众聚集在摄政府前闹事寻衅。驻藏大臣满庆等人也因收受了夏扎等人的贿赂，名为调节，实则偏袒杰巴等人，致使事态不断扩大。闹事僧众打开布达拉宫弹药库，取出武器，炮轰摄政府。热振活佛一面组织反击，一面向驻藏大臣报告，终因寡不敌众而逃出拉萨，取道青海赴北京向清廷陈述原委。次年在北京圆寂。因当时清廷外患频生，国内太平天国农民革命与之分庭对峙，无暇顾及西藏内部纷争。热振事件便不了了之。这次事件，史称第一次“热振事件”。热振活佛在任期间，维护清朝中央统治，重视藏内各方团结，因治藏有功，曾多次受到清廷褒奖。
1934年，五世热振摄政后，维护国家统一，服从中央政府领导，坚决反对英帝国主义分裂祖国、搞西藏独立的阴谋和打击藏内的亲英派势力，精心料理西藏事务，从而引起英帝国主义和西藏亲英势力的忌恨和反对，并开始在暗中策划迫使热振下台的阴谋。1940年初，拉萨市诽谤热振的流言四起，说热振活佛有“三年厄运”，需暂时辞职等。面对亲英势力日甚一日的反动气焰，热振活佛错误地采取了妥协让步，决定辞去为期3年的摄政，暂避一时，3年后复出理政，遂以回藏北“静养”为由，提出辞呈，推荐其经师达扎代理摄政，并与达扎商定“三年期满后仍将政权奉还”，遂于1941年初正式下野。由于热振活佛在位期间很快恢复了西藏地方与中央政府的关系，1940年2月，蒙藏委员会委员长吴忠信在进藏主持十四世达赖喇嘛坐床仪式期间，代表中央政府授予热振活佛“摄政经师热振阿齐图慧云呼图克图”金印。1945年国民党第六次全国代表大会上，热振活佛被选为国民党中央执行委员。
1944年，热振活佛为重掌政教大权来到拉萨，社会上要求热振复位的呼声也日益高涨。但达扎装聋作哑，根本无意还政于热振活佛，热振活佛愤然返回藏北，“热达”矛盾日益激化。1947年2月，英国驻拉萨代表理查逊借西藏代表赴南京参加国民大会一事，无中生有地挑拨热振与达扎之间业已十分尖锐的矛盾，说“国民党准备派大军入藏，支持热振活佛重任摄政，还决定派飞机轰炸拉萨”。4月13日，达扎召开紧急会议，派军队赶往热振寺，将热振活佛押回拉萨，关进布达拉宫孜夏监狱。热振活佛被关押后，以色拉寺为主的拉萨僧众强烈反对，达扎在理查逊的鼓动支持下，调集军队进行血腥镇压。热振活佛也以“亲汉”、“谋叛”等罪名被害死在狱中，不少与热振活佛有联系的人也受到株连。热振活佛被害后，热振寺僧众群起反抗，同样遭到了达扎所派藏军的残酷镇压，热振寺也被洗劫一空。同时，达扎一伙亲英势力，还煞有介事地在拉萨办了一个所谓“热振事件展览”，展出的大部分文档、实物都是伪造的。
这次事件，表面上是西藏摄政权力之争，实质是亲英派在英帝国主义支持下与西藏爱国派之间的斗争，是英帝国主义插手西藏事务、企图分裂中国的又一罪证。
四、十四世达赖喇嘛和十世班禅坐床
由中央政府批准认定达赖喇嘛和班禅额尔德尼转世灵童，决定进行“金瓶掣签”或“免于掣签”，并派员主持其坐床仪式，是中央政府对西藏地方行使主权的一个重要标志，也是达赖喇嘛、班禅额尔德尼具有合法地位的重要标志。1940年2月和1949年6月，南京国民政府分别批准认定十三世达赖喇嘛和九世班禅额尔德尼转世灵童，准其免于金瓶掣签，并派员主持十四世达赖喇嘛、十世班禅额尔德尼坐床仪式。
1933年12月17日，十三世达赖喇嘛圆寂。1934年初，热振活佛出任摄政。在热振的主持下，噶厦派出三路人马，分赴西藏、西康、青海等地寻访十三世达赖喇嘛转世灵童。1936年，除了西藏、西康寻得两名灵童，青海平安县祁却让之子拉木登珠亦被选为灵童。1938年底，西藏地方向南京国民政府报告，请求中央派员从3位灵童中通过金瓶掣签确认十三世达赖喇嘛转世灵童，并主持坐床仪式。国民政府决定“特派蒙藏委员会委员长吴忠信会同热振呼图克图主持第十四世达赖喇嘛转世事宜”。1940年1月，吴忠信抵达拉萨，受到西藏各界的盛大欢迎。1月31日，吴忠信亲自看视青海灵童拉木登珠。届时，西藏地方主张认定拉木登珠的意见趋于一致，要求免于金瓶掣签。鉴此，吴忠信报告国民政府免于掣签。2月5日，国民政府发布主席令，称“青海灵童拉木登珠慧性湛深，灵异特著，查系第十三世达赖喇嘛转世，就即免于抽签，特准继任为第十四世达赖喇嘛”。同时，决定坐床大典所需经费“着由行政院转饬财政部拨发四十万元”。1940年2月22日，十四世达赖喇嘛丹增嘉措坐床大典在布达拉宫隆重举行。3月8日，噶厦致电国民政府表示感谢，说：“承中央特派代表蒙藏委员会吴委员长亲临，并赠赐礼品，祥瑞十分，感戴无际。”
1937年12月，九世班禅额尔德尼圆寂。1941年5月，根据蒙藏委员会的意见，国民政府同意由堪布会议厅扎萨喇嘛罗桑坚赞办理九世班禅转世灵童寻访事宜，财政部拨付了专项经费。堪布厅随即组织人员，分十余路在青、甘、康、藏地区进行寻访。1942年3月，行政院通过《征认班禅呼毕勒罕办法》，要求：班禅转世灵童由班禅徒属寻访，班禅候选人在班禅徒属所报灵童中，由西藏宗教首领负责认定3人，然后由西藏政府上报中央政府，在拉萨大昭寺举行金瓶掣签，最后认定一名为“班禅呼毕勒罕”。1944年，堪布厅认定青海循化县文都乡宫保慈丹为九世班禅转世灵童，并将其迎到青海塔尔寺供养。1947年，噶厦称他们也寻得两名灵童，要堪布厅将宫保慈丹送到拉萨进行金瓶掣签。堪布厅确认宫保慈丹系九世班禅转世灵童，提出无须举行掣签。为此，中央政府对九世班禅转世灵童的确认、坐床事宜迟迟不能决定。1949年6月3日，国民政府代总统李宗仁颁发承认青海灵童、免于金瓶掣签的命令，命令称：“青海灵童宫保慈丹，慧性澄圆，灵异夙著，查系第九世班禅额尔德尼转世，应即免于掣签，特准继任为第十世班禅额尔德尼。”
6月18日，行政院发布十世班禅额尔德尼坐床典礼训令，令称：“准在青海塔尔寺先行坐床，由中央派员前往主持办理”。
特派蒙藏委员会委员长关吉玉为专使，前往青海塔尔寺主持十世班禅额尔德尼坐床大典。8月10日，十世班禅额尔德尼·确吉坚赞坐床大典在宗喀巴大师诞生地青海塔尔寺隆重举行。青海省官员、蒙藏地区大活佛和甘、青、康等地千户、头人及各界人士共5000余人参加。关吉玉宣读代总统李宗仁训令，并颁发金印、礼物。
