后来还是笛卡尔主动提出和解愿望。1644年11月，笛卡尔从法国重返荷兰，曾找到斯古克，希望与他结束争议，以便把更多的精力用到其哲学体系的创作上，这一倡议得到斯古克的响应。1645年，他又给乌特勒支地方行政长官写信，解释了事情的全过程，批评了沃埃特的行为，并向当局提供了沃埃特诽谤他的确凿证据。笛卡尔证明自己的人格，捍卫了自己的尊严。不过，他还是渴望和平，他不希望因这件事与人结仇记怨，过去的就让它过去，我们应以宽容的心容纳别人。他提醒人们记住：人们不应该在相互仇视和伤害中生活。对动物，哪怕是像蚂蚁那样小的动物，我们都不应该伤害它，更何况人。
这个持续了6年的争论，占去了笛卡尔许多宝贵的时间，也给他带来无尽的烦恼和恐惧。好在一切都过去了，还有更多的事在等待着笛卡尔去做。
一个人创造了思想，注定要为他的思想而斗争，无论这样的斗争在思想内部还是外部。想想吧，笛卡尔在那个冬天的小屋里，外面下着雪，他独自一人钻在“火炉子里”，忍受着灵魂的煎熬，最后他战胜了自己。多少年后，伴随着《沉思集》的完成，他又与他思想的敌人展开了一场大辩论这是他一手导演的。他要通过辩论，来检验自己思想的可靠性，结果，他对自己充满信心。与乌特勒支长达6年的持久战，是一场外围战。起因仍是他的思想，但战争的目的已涉及到他的人格、尊严乃至人身安全。这位法国骑士奋起反击，在神学卫道士们的重重包围中孤军奋战、左抵右挡，最后虽有些身心憔悴，但也没让对手逮着任何便宜，支撑他的依然还是他的思想和信念。不过他从此也变得聪明了许多，在与这些神学卫道士们的斗争中也学到了几招。这不，仍不甘失败的沃埃特诚心不想让笛卡尔有个喘息的机会，1647年5月，他秘密联合莱顿大学校长、神学教师勒维乌斯，在莱顿大学展开了对笛卡尔思想的批判。笛卡尔既不出面应战，也不希望他的门徒与对方辩论，他还是运用对付斯古克的办法请该校大学主管出面澄清事实，这招果然管用，虽没达到预期效果，但至少阻止了勒维乌斯的猖狂进攻。最后校方决定争论双方都不许再谈论笛卡尔的学说。笛卡尔虽然有些冤屈，但这个结果的取得要比上次容易得多，而且他又避免了一场无聊的纠纷，这对他来说就是胜利。其实连笛卡尔的论敌也明白，真正的思想是阻挡不住的，因为它代表着真理。
“野火烧不尽，春风吹又生。”
15年前，笛卡尔离开巴黎来到荷兰，就是为了寻找一个清静、幽雅的环境，以便更好地从事精神的思考和创作。那时他在荷兰不断地转换住址，就是为了给自己创造一个良好的思考环境。没想到，如今当他功成名就、名声斐然的时候，他不断地转换住址，仅仅是为了躲避迫害、寻找安全。想到这，他总是有些黯然伤神。15年了，他已经把自己融入了这个盛开郁金香的国度，他甚至把她当作自己生命的第二故乡。可是当沃埃特在大庭广众之下喊他“法国天主教徒”时，他从众人的情绪中明白了一自己的身份——我是法国人。所以每每危难当头，总是法国大使帮他化险为夷。
飘泊在外的游子，历经磨难、身心疲惫，他想到祖国——那是他生命的根。
1644年5至11月，笛卡尔先后两次往返于巴黎和埃格蒙德。那时他与沃埃特论辩正酣，他想暂时离开埃格蒙特这个是非之地，到法国一趟。5月，途径莱顿、海牙，绕道阿姆斯特丹，从阿姆斯特丹再南下，就到了法国。在多德雷赫特会见出版商贝弗尔罗维，他正在筹备出版笛卡尔的著作和书信。7月lO日离开巴黎，前往故乡布列塔尼，两月后返回。在埃格蒙特没呆多久，10月，再返巴黎，见到老朋友皮柯神父。一年前，他在恩德吉斯特避难时，正是皮柯神父全家陪伴他度过了一段美好的时光。他们经常驾车出游，在无垠的原野里享受着大自然赐予人的美好风光。，如今巴黎相聚，自然分外亲切。他这次在巴黎很匆忙，一个月后返回驻地埃格蒙特。
笛卡尔第二次回国是1647年6月，他刚刚从莱顿大学的纷争中摆脱出来。6月7日，他与皮柯神父结伴从海牙出发，一个月后，到达布列塔尼。一年前，曾传说法国国王有意赠给笛卡尔3000法郎的年金，笛卡尔此行也与此有关。在巴黎，他见到了老朋友麦尔塞纳和克莱尔色列等人，克莱尔色列病愈不久，正在忙着将《沉思集》翻译成法文。笛卡尔把译本寄给他在修道院的侄女卡特琳。
他此行办成的另一件事，就是国王答应从1647年9月6日开始，给笛卡尔发放3000法郎的年金，条件是他应该支持政府的工作。事实上，笛卡尔从来就没领到过这份年金。
笛卡尔这次见到的一位新朋友就是帕斯卡，他是冉森派最突出的理论代表、近代概率论的创始人，他的研究成果为计算机和微积分学奠定了基础。笛卡尔和帕斯卡的父亲是老朋友，帕斯卡是笛卡尔的小辈，不过两人却有许多相似之处。都是幼年丧母，都患的是肺病，而且自小体质都不好，但都绝顶聪明。两人对数学都有着特殊的爱好。帕斯卡并没接受学校教育，而是在父亲的指导下学习。笛卡尔在巴黎就想见到帕斯卡，但帕斯卡当时正在外地做实验。还是麦尔塞纳安排了两人的见面。9月23日，两人终于见面了，寒暄几句，就转向帕斯卡研究的真空问题上来了。两人在有关真空的本质上发生了分歧，笛卡尔认为并没什么真正的虚空，所谓的虚空其实都是些精微的物质，有广延性，它们的形状和大小不过更精微小巧而已。空中无物的说法是不可想像的。帕斯卡则认为，这其实不过是一个实验问题，我们只需要通过实验就能证明是否有真空存在，通过水泵把管中的水抽干，剩下的就是真空。这就说明空间就是空间，他不同于物质体。笛卡尔则反驳说，仅仅凭借空气的压力，我们根本解释不清楚水银流体的现象。笛卡尔虽没最终说服帕斯卡，但两人谈得很投机，真有相见恨晚的感觉。
第二天，他们再次相会，简单地谈了一些学术问题后，笛卡尔主要关注帕斯卡的身体。帕斯卡本来身体就很虚弱，再加之搞实验劳累过度，患肠结核，不能喝凉水，下肢麻痹，神经衰弱，有时还得拄着拐杖行走。笛卡尔利用自己的医学知识，对其病情进行了详细的诊断，并劝帕斯卡要注意调养身体，还把调养的细节和方法详细地告诉给帕斯卡，言语间体现出长辈对小辈的关怀和疼爱。回到荷兰后，也就是当年12月，笛卡尔还关心着帕斯卡的身体和实验，他曾写信告诉帕斯卡，在做水银实验时，应注意位置的选择，要先在山底下做，再到山顶上做，并注意将结果加以比较对照。他同时还给麦尔塞纳寄去一张刻有2．5英尺长的刻度纸，以便于度量水银的高度。帕斯卡真空实验成功后，笛卡尔随即给麦尔塞纳写信，专门谈他在这次实验中的功劳，也希望自己在科学史上能有优先发现权。
在巴黎，克莱尔色列把他的内弟夏纽介绍给笛卡尔。夏纽当时正在政府部门任职，担任税务大臣，后来担任法国驻瑞典女王宫廷的大使，正是通过他的介绍和推荐，笛卡尔才与瑞典女王建立了联系，并最终来到瑞典。可以说他是改变笛卡尔生活乃至命运的一个人。此时两人相见，就很投机。笛卡尔非常欣赏夏纽的干练、果断、以及献身于公共事业的崇高精神。而夏纽对哲学特别是伦理学很感兴趣，他在与笛卡尔的交流中得到很大的启示，笛卡尔在伦理学方面的思想也使他敬仰。两位在心灵上相通相知的人很快就成了知心朋友。这种关系一直维持到笛卡尔生命的最后一刻。
笛卡尔最后一次回国是1648年的5月，因为，这年3月，笛卡尔收到了法国政府的信函，除赞扬他在学术方面的突出贡献外，还决定在原来3000法郎年金的基础上，奖励他一栋房子，条件是他必须留居在法国。笛卡尔心里自然很满足，因为对一个思想家来说，这不单单是钱和物质财富问题，更是祖国对自己学术成就的承认和肯定。特别对他这么一个长期在国外居住的人来说，对于刚刚经历了风风雨雨的人来说，更是感慨万千。
笛卡尔对这次的巴黎之行很重视，他早早就差人到巴黎安排他的食宿，对房间的活动都有具体的要求。他写信给有关人士，希望自己回去后能受到与他的身份相符合的接待，有马车接送、有欢迎仪式，总之，他在做着衣锦还乡的梦。
5月，笛卡尔捧着盖有官方大印的信函来到了巴黎。迎接他的不是马车、人群，而只有一两个老朋友。笛卡尔心里凉了半截，这一切都不关笛卡尔的事，也不是朋友们的疏忽，因为他来的不是时候。
1642年12月，统治法国的黎世留去世后，法国政局一直不稳。路易十四继位时年龄尚小，实权就落在其母后奥地利的安娜和红衣主教马扎然的手里。马扎然原是意大利的冒险家，现在法国政权掌握在两个外国人手里，朝臣自然不服。由于连年战争和农业歉收，法国陷入严重的经济困境，全国性的不满情绪日益高涨。再加之马扎然在执政期间继续执行黎世留的加强中央集权反对外省的政策，引起各省贵族强烈不满，于是，国家四处起义不断，在这种情况下，马扎然哪有心思去管笛卡尔的事呢。
祖国又一次冷落了他，那一张盖着官方大印的信函连着那些承诺都一并化做烟尘飞走了。笛卡尔站在街头，看着一个个行人匆匆而过，心里有着说不出的苦涩、失望，或许就是因为你有太大的期望。笛卡尔木木地站着，真想一走了之，永不回头。可是，当他看见几位朋友尴尬地站在他的面前时，又有些不忍。是的，这不能怪朋友，他们的好意我应该领受，好在我有自己的收入，也有自己的朋友，公事不行就当作是私事吧。笛卡尔苦笑着自我解嘲，在朋友的簇拥下来到了自己的住处。
在巴黎住下后，或许是城市的风格，或许是由于时局的动荡，笛卡尔忽然觉得有些不适应。他觉得这个花花世界适合幻想但不适合思考，频繁的邀请、虚假的奉承、感性的刺激、浪漫的情调，笛卡尔忽然有一种逃跑的欲望。只是比年轻时有着更复杂的心情。后来在朋友的劝说下，他在法国住了3个月。
不过，笛卡尔在法国的3个月还是有一定的收获的。首先，在朋友的撮合下，他见到了昔日的辩论对手伽森狄。当年纸上论战对手，为争一理之短长，针锋相对、互不相让，如今突然站在一起，有些不自然，我们还记得笛卡尔当年曾预言，如果他与这些对手相见，一定会吵起来的。如今他们真的坐在一张桌子旁，也早没有当年的火气了。在朋友的鼓励下，笛卡尔与伽森狄握手言和，并互相拜访，表达了对对方的敬意。
但笛卡尔与阿尔诺的关系并没有实质性的好转。他们曾在麦尔塞纳家相聚，在谈到真空问题时，两人观点又是对立的。当谈到人的重要性时，阿尔诺又表现出了盛气凌人的样子，笛卡尔不耐烦地说，这样的辩论还是以书面形式最好。这样，两个人又围绕这个问题展开了又一场笔战。
8月，巴黎的形势日趋紧张，政府与反对派的战争一触即发。笛卡尔不得不离开这个混乱的城市，重新回到荷兰去。临行前，他怀着悲伤的心情看望自己的老朋友麦尔塞纳。麦尔塞纳春天时候就患了病，此时已病人膏肓。望着奄奄一息的朋友，笛卡尔心如刀绞、泪如泉涌，没想到一个身强力壮的人竟被疾病折磨成这样。他鼓励麦尔塞纳战胜疾病，并与他约好在沙龙见。笛卡尔万万没想到，这一别竟是他们的永诀。麦尔塞纳是9月1日去世的，他的死是医生的误诊和手术大出血造成的。
笛卡尔失去了他最好的朋友。麦尔塞纳无论在笛卡尔的学术生涯中，还是在巴黎的知识界都起着很重要的作用。他是沙龙的主持人，他家是知识分子的集聚地，他更是各种学术研究、学术辩论的策划者和组织者。在他的热情努力下，他建立了一个广泛的国际通信网，把各界知识分子联系起来。麦尔塞纳更是笛卡尔的密友，笛卡尔的有关学术活动几乎都与他有联系，有的更是他一手策划和组织的。他是笛卡尔在巴黎的通信中转站，笛卡尔的许多信件都是通过他转交给法国乃至国外的朋友们。麦尔塞纳去世后，他的遗物由数学家罗贝维清理，后转到拉伊格手里，现在大都保存在法国科学院。其中，与笛卡尔的信件就有上百封之多。麦尔塞纳去世后，克莱尔色列成了笛卡尔巴黎通信的代理人。
笛卡尔在他人生动荡的时刻，在比较短的时间里，三次回国。而每次回国，似乎都与政府的年金有关，我们可不能以为笛卡尔就是冲着那几个钱回去的。不是的，笛卡尔回国，是在试图结束他的流浪生活，到国内寻找适合自己的定居。他很在意政府的年金，因为那是对他学术成功的承认，拥有这笔年金，不仅仅是物质生活有所保障，（笛卡尔的家产足以使他过上独立的中上等生活），更主要的是，笛卡尔从此可得到政府的保护，避免再受荷兰的法庭之苦。第三次，当政府许诺让他过自由消闲的生活时，他似乎已经做好了回国定居的准备，可是遗憾的是巴黎又一次与他的优秀儿女擦肩而过，当她再次欢迎她的儿女归来时，笛卡尔已经是一堆尸骨。
他是伴着他的梦回来的。
