从微观领域看，他认为原子并不像德谟克利特所说的那样是不可分的，“宇宙中并不能有天然不可分的原子或物质部分的存在”。它们无论分到多么小的部分，都还是可以再分下去，世界上不存在不能再被分割的部分，就连上帝已经“把物质分子弄到极小的地步，因而不能再行分割，可是我们也不能因此就说他是不可分的”。笛卡尔坚定到连上帝的话都可以不听，连上帝的行为都可以冒犯，连上帝的能力都可以超越的地步——虽然他很快又用上帝消解了这个自己的想法。他最后的结论是：“最小的有广袤的分子永远是可分的，因为他的本性原来就是如此。”
从宏观领域看，“世界的广袤是无定量的”，“因为无论我们在什么地方立一个界限，我们不只可以想像在此界限以外还有广袤无定的许多空间。而且我们看到，那些空间是真正可以想像的，也就是说，事实上正如我们所想像它们的那样”。我们应该看到，如果真的如笛卡尔所说是无限的，那上帝该在哪儿呢？上帝不是物质，也不是空间，他没有广延性，但他的确存在着。他不可求证，但却可以信仰。既然是信仰，信其有就有，信其无也就无。因为他不存在于笛卡尔所谓的无限世界里。这样，笛卡尔就斩断了天体之外上帝的那只手，认为天体是由于物质的涡旋运动形成的，因而就生发出最初的发展观。
笛卡尔认为，运动“是指一个物体由此地到彼地的动作”，运动本身不是实体，它只是实体一个样态。“所谓运动乃是一个物质部分（或物体）由其紧相邻接的物体（或我们认为静止的物体），移近于别的物体的意思。”这里的运动仍然是机械位移，而且他认为这是物质运动的惟一方式。但他同时看到了运动自身所包含的矛盾，“一件事物在同时是被运动的，又是不被运动的”。这就是辩证法的思想。物质的运动是由一定的力引起的，一切现象都出自压力和冲力。这种外在的力来自何方？只能是上帝。上帝给予世界最初的动力，使所有物体都具有衡常的运动。整个世界的运动量是不变的，这是能量守衡理论的最初萌芽。他还探讨了运动与静止之间的辩证关系，看到整体运动与局部静止，看到运动过程中参照系的作用，他认为运动并不是物质的本质，而只是“可动的物质的一种情状”，同样，“安歇是静止的一种情状”，“任何事物，除了在我们思想中使之固定不变外，都没有衡常的位置”。运动使物质具有多样性情状。但由于上帝不变，物体世界的一切变化都必须遵循衡常的规律，即自然律。由此可见，笛卡尔运动观中包含着丰富的辩证法思想。
§§§第三章《论可见的世界》，写得比较简短，仅有3条。笛卡尔并没有直接谈论可见世界，而是更多地淡论上帝与人的关系。这章我们可视为是第二章和第四章的过渡部分，因为不论是在第二章论述物质事物的原理，还是理性思维的结果，都符合笛卡尔所确定的真理的条件。而到可见的感觉世界，人更多地受情绪、欲望的支配，这种东西的存在是必要的，但却不一定是符合理性的。笛卡尔历来认为人的现实生活和理性认知是有差距的。可行的并不一定都可见，可见的并不一定都可知，可知的并不一定都可信。笛卡尔在本章的意图是要用可信的上帝来限制人的感性活动，以便把人的生活更多地纳入理性认知的范围。
人的感性世界，受自由意志的支配。人的主要完美之点就在于能借意志自由行动，但如果自由意志超越了人的理智认知的范围，那它就要导致错误。人受意志支配，理智也难以约束意志，怎么办？那只能让赋予人的自由意志权力的上帝来干预人的这份自由。上帝的存在对人是一种威慑和警告，使人不敢随心所欲、为所欲为。笛卡尔指出，当我们从物质事物的原理“演绎出对自然中一切现象的说明”，探讨“全部可见世界的一般结构”。当我们的个别感觉与一般理性相互冲突时，我们就应该寻找上帝的支持，“我们不要害怕自己由于想像上帝的作品太伟大、太美丽、太完美，就会陷于错误。相反地，我们应该小心从事，免得对自己所不确知的作品假设一些限制，因而对上帝的权力不能表示应有的赞扬”。我们“不要自负太过”，依照自己的思想力“给自己立了一些界限”，或者认为“上帝创造一切事物都是为了我们”，凭自己的智力猜测上帝创世的宗旨，等等。笛卡尔认为这些都是过于自负的表现。笛卡尔在这里的意思是再明显不过了，他是要利用上帝来克服人类自身的缺陷，使人们能够在至善、至美的上帝面前得到警策和自省。从近代走到现代，看看人类当代所处的境况，环境污染、能源困乏、核武器的威胁，科技既是欲望的手段又是欲望的动力，人类在高效、高速、高期望中日益加快节奏、淡化过程、追求结果，从而使人失去了生存的意义和价值，人的尊严也由此而受到伤害。笛卡尔的理论使我们意识到，不在于是否有上帝的存在（他在信仰的层面上，当然是不可求证的），而在于上帝的存在是否对人类有价值和意义。
从道德学方面说，上帝为我们创造万物，使我们更加感谢上帝的赐予之恩，但我们不能由此就说：“上帝创造万物，只是为的我们，并无其他目的。”因为我们是不可能知道上帝的动机和目的的。现实中有很多东西在我们还未认识和利用前就已经消失了。难道上帝造这些东西没有其他的作用吗？
《哲学原理》的第四部分是讲地球，但他不是讲地理学意义上的地球，而是讲地球上的动物和人。笛卡尔在此更接近现实和具体，从而“解释自然中大多数的事物”。在这些具体科学的研究中，我们可以看到，笛卡尔并不排斥感性的观察，相反，笛卡尔非常重视实验和实验所提供的材料，他与经验主义不同的是，他只是不以单纯的观察为满足，而是要对这些材料进行理性的分析，把它们纳入理性的组织系统，从中发现共性的、本质的、必然的东西。
就现实性来说，动物是一架纯粹的机器，而人却不是纯粹的精神。人的灵魂必须和肉体相结合，这种结合在灵魂中所产生的骚动就是感觉、感情和欲望。灵魂遵循单一性原则，以不同的方式表现自己：同一个灵魂既能感觉，又能推理和有意志。笛卡尔在解释人的知觉运动过程时，比较客观地描述了人的心理运动过程。“人的灵魂虽与全身结合，可是它的主要位置仍在脑部；只有在脑部，它才不但进行理解、想像，而且还进行知觉活动。它的知觉是借神经为媒介的，至于神经，则如一套线索似的由脑起遍布于身体的其他一切部分。”
人的感觉分内感觉和外感觉，人有7种感觉，其中内在感觉有2种，外在感觉有5种。内在感觉包括如由胃、食管、咽喉等引起的感觉，又叫人的自然嗜欲和人心的一切情绪、情感和情欲。5种外在感觉分别是：触觉、味觉、嗅觉、听觉和视觉。
人的内在感觉与神经、血液及其它们的运动有关。外在感觉是由物体的运动对感官的刺激引起的，但心灵的知觉只能在脑中发生。
笛卡尔认为，虽然我们承认感觉的存在和作用，但绝不能夸大感觉的作用，更不能把感觉作为衡量万物存在的尺度，因为“可感的物体是由不可觉察的分子构成的”。如果我们仅以感觉为标准，必然不可能把握事物的真实。但我们又不能由此走向另一个极端，完全排斥感觉，我们应该充分运用自己的理性，“在判断它们时，只应以我们在可感现象方面所见的事实来类推”。我们通过理性的抽象和概括，结果发现，只有形象、体积、运动和一些几何、机械的规则是清晰明确的，至于我们感官所不能觉察的那些特征，我们只需知道它们存在就行了。确实的并不一定都能确知，但不能确知的却可以确信。这是生活的原则，因为面对生活中许多确实而不确定的东西，我们需要果断的行动。
这就是笛卡尔在《哲学原理》中要告诉我们的。
2.你听后人说
笛卡尔把人当作是思维的东西，而“人的精神或灵魂，按其能够被自然哲学所认识的程度来说，是不死的”。笛卡尔死了，死亡带走了他生命的一部分，有人因为他的不完整而哭泣，时间冲淡了人的感情，他以纯粹本质的形式存在于人们的心中，他的思想被更多的人们记忆着、欣赏着、应用着，并化作一股智慧的力量照亮了人们心灵的黑暗。
夏纽到皇宫把笛卡尔死亡的消息告诉了国王，克丽斯丁娜愣住了，她简直不相信这个一直在给她讲解养生之道和生命永恒的人就这么早早地离她而去，她就那么一动不动地呆坐在那里，两行眼泪断线似地从眼眶里流了出来，从脸上到腮下，然后又一颗一颗滴落在手里的文稿上。那是有关成立瑞典科学院的报告，女王刚在上面盖上了国玺，泪水滴在朱红的章印上，那红色的字迹就被稀释得有些模糊。夏纽过来轻轻地接过女王手中的报告，女王这才如梦初醒，禁不住失声呜呜地哭了起来。她失去了一个卓越的天才。
也不知是出于尊敬还是自责，女王想以最高的规格来埋葬笛卡尔。墓地选在皇家墓地，在墓前建一座纪念碑，女皇亲笔御书“伟大导师”4字，葬礼完全按照皇家最高规格。女王心想，我是以最隆重的仪式把他迎来的，我也要以最高贵的仪式送他而走，并希望能永久地把他的骨灰留在这块伟大的土地上。
夏纽理解女王的心思，但他比女王更了解笛卡尔。他替笛卡尔谢过女王的恩典，他告诉女王，笛卡尔一生淡泊名利、安逸自由，把毕生精力都用在对真理的追求和探索上，还是尊重笛卡尔生前的习惯吧。于是，他们就按照夏纽的意思把笛卡尔葬在孤儿院医院的墓地，那儿是天主教徒埋葬的地方。2月12日举办了一个俭朴的宗教埋葬仪式，由4位受过笛卡尔教导的年轻教徒抬着棺木，环环地走向墓地。在笛卡尔的墓前竖着一块墓碑，上面简述了他到瑞典的经历。瑞典政府于当年授予他荣誉勋章，上面镌刻着阳光普照大地的图案。
1663年，罗马教会把笛卡尔的著作列为禁书。笛卡尔的哲学思想遭到荷兰的耶稣会派和加尔文派的激烈反对，在法国和德国的大学中遭禁止。然而它却在荷兰的新大学和神学家那里赢得了支持，在法国天主教神父团体那儿也获得了一定的支持。
1666年，笛卡尔的朋友、时任瑞典公使的达利贝尔与瑞典政府反复交涉，最后终于自费将笛卡尔的遗骸迁移回法国。瑞典女王克丽斯丁娜于1654年正式退位，受笛卡尔的教诲，退位后的女王改信天主教。她旅行罗马，受到热烈欢迎。她后来移居到法国，并献身于教会的慈善事业，成为艺术的热心赞助人。克丽斯丁娜的改教行动，终于使教会同意于1667年6月25日将笛卡尔的遗骸迁到圣吉纳维夫教堂，并于1819年迁入圣日耳曼教堂。
从笛卡尔坟墓的迁徙过程就可以看出，笛卡尔思想的影响在不断地扩大。
1690年，雷吉评述笛卡尔哲学的专著《概论》正式出版，标志着笛卡尔的哲学已得到官方认可。
