到1607年，这所学校已增加到1500多名学生，学校当时开设了古典语言、修辞、诗学、数学、伦理学和哲学等课程。共设有5个专业，分别是：文法班、人文学科班、修辞学班、哲学班、伦理学班。笛卡尔在这所学校里共呆了8年半的时间。其中头5年主要学习人文科学，包括：古典文学、音乐、戏剧表演，还有作为绅士的基本训练：骑术和剑术；第六年学习亚里士多德的逻辑学和道德哲学；第七年学习物理学、数学和天文学；第八年学习形而上学，主要是托马斯·阿奎那的哲学和耶稣会士的注释。通过各阶段的学习，以及他对各门课程的态度，我们可以看出笛卡尔在这个阶段思想发展的轨迹。
对古典文学和历史，笛卡尔投注了很大的热情，而且成绩也很出色。他主修了希腊和拉丁语言文学，对古典修辞也很欣赏。他还对古诗有着浓厚的兴趣，常常为诗歌的美好意境而陶醉，有时还模仿一些诗歌来抒情言志，笛卡尔的这一爱好保持终生。据说他晚年还曾写过一本诗集，因失传而无据考察。不过，他后来写的《论音乐》、《论激情》等作品，都能证明他这方面的爱好。即便是比较抽象、难懂的哲学著作，在笛卡尔的手里也会变得清晰易懂，妙趣横生。
对哲学课，笛卡尔态度就有些矛盾。他是个爱思考的学生，而且又天资聪颖，哲学中的很多问题当然是他很关注的。但是当时的课程设置还是经院哲学的那一套，不仅教学方法落后、繁琐，而且教学内容也是被经院哲学教条化了的亚里士多德哲学和耶稣会士所注释的阿奎那的著作。这些理论不仅落后、繁琐、空洞、乏味，而且根本不能解决生活中的实际问题。尽管拉弗莱舍学院还是所较开明的学校，但老师的个人努力也不可能改变整个哲学的实际状况。我们从笛卡尔对老师的态度上也能看出这个问题。
笛卡尔在学校是个品学兼优的学生，他对老师一向是很敬重的，老师们也很关心这个高才生。但他敬重老师并不一定就喜欢老师教的哲学课，像许多年轻人一样，一旦学会了思考，他就会对自己所学的知识来一次清理。笛卡尔对其所学的哲学抱有怀疑态度，老师们起初对他的态度还能容忍，但到了后来，有几位老师便对他进行了猛烈的抨击和尖锐的批评，这使笛卡尔一生都感到很痛惜。
另外，对哲学的态度，还与笛卡尔的身体有一定的关系。笛卡尔自小身体一直就不很好，这并不符合当时上流社会对年轻男子的基本要求——高雅的仪表和健康的体魄。笛卡尔也没有追求时尚的兴趣，他并不想通过锻炼来改变自己的体魄，他只是把身体的健康寄希望于未来医学的发展，这也是他终生都对医学感兴趣的一个原因。笛卡尔在1637年曾写到：“拥有健康无疑是人生一切美好事物中最主要的和基础的东西……我确信，一旦我们得到关于疾病和衰老原因的知识，我们就会彻底摆脱身体和心灵中的无数疾病，也许会摆脱衰老的疾病。”
笛卡尔认为，如果我们对每一个哲学中的实质性问题都陷入空乏的、毫无意义的争论中，而且在教学中“过分追求过去时代事情的人，常常对现在的事情孤陋寡闻”。他不大喜欢当时已经过时的自然哲学，比较喜欢道德哲学，但他所说的“道德”，也不同于经院哲学中的道德，而是对世事人生的关注。他反对“学校里教授的思辨哲学”，渴望通过自己所设想的“实践哲学”来改造旧哲学。“通过这种实践哲学，我们可以知道火、水、空气、星星、天空和我们周围其他一切物体的威力和运动，他们于我们所知的工匠们的各种手工品截然不同；我们可以像工匠们使用他们的手工品那样使用这种知识——为了所有恰当的目的，因而使我们原本应当成为自然界的君主和主人。”笛卡尔对哲学的态度使我们想起早他之前的“奥康的剃刀”和弗兰西斯·培根所比喻的：不会生育的修女。笛卡尔在后来的《哲学研究》的序言中就明确指出：“要想证明亚里士多德的原理的虚妄性，最好的方法莫过于说，人们在许多年来，虽然研究它们，可是从未因此在知识方面有何进步。”
对旧哲学的失望使笛卡尔把注意力转向他最喜欢的数学上，他希望能在数学中通过简洁明了的概念和严谨缜密的推理找到那种自明的、无可怀疑的确实性，并以此为出发点，推演出确实的真理来。对于数学这门课，母校没让他失望，他在这里“打下的近代数学的根底，比当时在大多数大学里能够获得的根底似乎还强得多”。笛卡尔似乎找到了一种探讨真理的方法和评价真理的标准，他要用这种方法和标准对自己头脑中已有的知识进行一次彻底的清算。
1612年8月，笛卡尔8年的学习生涯行将结束，教师对他的评价是：“聪明，勤奋，品行端正，性格内向，争强好胜，对数学十分喜爱并具有这种能力。”这些评价是确切的，但它并没有描述这位“小哲学家”内心精神世界的另一面：他是怀着对母校那种正规教育的失望和对新知识的渴望离开学校的。
1612年8月，笛卡尔从拉弗莱舍学院毕业，回到他父亲定居的雷恩市。这位学校的高才生现在面临着一系列考验。
他首先得适应家庭和周围的环境。笛卡尔自幼丧母，童年多在姥姥家度过，因而对家庭一直很陌生。如今他回到家里，就得直接面对家中的亲人。他的父亲是位不得志的律师，常对世事人生发一些无谓的感叹；哥哥是个小官吏，成天为地方上的一些小事忙碌着，注重眼前的名利和小荣誉。尽管这种平庸的小市民的生活与笛卡尔的精神境界格格不入，但他还在尽力地适应着。毕业后的第一年，即1613年，他一直呆在家里，学做一些家务活，如学习驾驭、围栅栏等，但他终究不能融入这个大家庭中，而且这个家庭也不能给他什么特别的影响力。
在未来发展问题上，笛卡尔也面临一些难题。16岁，上学有点大，就业有些小。有人劝笛卡尔的父亲把他送到大学继续深造，可他又怕那里管理严格，笛卡尔自由散漫惯了，不适应学校的管理，最终也拿不到毕业证书。这个年龄正是参军的年龄，他还到一所骑士学校学习，以便能取得参军的资格。这段时间他还一度迷上了击剑，并专门写了《击剑术》。虽然这篇文章也没什么太高的学术价值，而且它也没让笛卡尔成为高明的击剑手，但笛卡尔对剑一直情有独钟，从此他便养成了佩剑出行的习惯。
他的父亲认为笛卡尔还不成熟，各方面都有待完善，军旅生涯对他也不合适。于是就想方设法把他送到巴黎，希望笛卡尔在巴黎这个大都市能够增长更多的见识。
巴黎是座美丽的城市，四季花开不谢，一年绿树常青。富丽堂皇的凡尔赛宫、枫丹白露等皇宫御苑是欧洲最具特色的建筑；巴黎大学是欧洲著名的古老学府之一，索邦神学院更是巴黎大学的核心，它们吸引了大批欧洲学子，对欧洲近代文化的发展起了非常大的推动作用；巴黎的沙龙是文学和社交的中心；巴黎还是世界上著名的享乐之都，“梦巴黎”、“巴黎之夜”、“浪漫巴黎”，表现了巴黎生活的另一面。在巴黎，你可以尽情地观景、抒怀，也可以拼命地挥霍、享受。1613年，17岁的笛卡尔就来到了这座伟大的城市。
一个年轻人初到大都市，经不住眼前花花绿绿世界的诱惑，年轻的笛卡尔曾一度沉迷于放浪的生活中：出入于各种娱乐场所，与人进行击剑比赛。不过，就是在娱乐消遣中，笛卡尔也没忘记发挥他的数学特长，在诸多的娱乐活动中，他最喜欢数字赌博。由于精于计算、料事如神，他曾多次使庄家倒庄。笛卡尔沉醉在娱乐和享受之中，似乎有些乐不思蜀，毕业时的志向和烦恼都被他抛在脑后。
一个偶然的机会，他与麦尔赛纳神父在巴黎邂逅相遇。麦是笛卡尔在拉弗莱舍学院的同学，高笛卡尔一级。此时，他已加入了小兄弟会，不久将派往里维尔，在教团中教哲学和神学。分别多年，相处异地，两人见了分外亲切，共叙同窗友谊，共话未来理想。这次相见，虽然时间短暂，但对笛卡尔影响甚大，又唤醒了他内心深处的对科学的思考和追求。而且这次相见，也奠定了他们未来深厚友谊的基础。多年后，当笛卡尔定居荷兰，麦尔赛纳神父就成了他联络荷兰和法国的信使和精神纽带。
笛卡尔在巴黎还结识了数学家米多热，两人出于对数学的共同爱好，在一起研究数学问题。
1614年，笛卡尔似乎已经厌倦了都市的尘嚣繁华，他需要换一个环境，以便为自己的思想寻找一个清静的场所。是他就在仆人的陪同下，到巴黎郊外的圣日耳曼定居下来，过起了离群索居的生活。这期间，他对音乐很感兴趣，学习研究音乐知识，并写下了他生平的第一本书《论音乐》。在这本书里，他似乎更关心音乐的节奏、和谐及其与数字的关系，他试图想通过音乐来发现数的本质。这使我们想起了古希腊的毕达格拉斯学派，他们就是要通过数的关系来揭示世界的本质。因此，我们不能简单地认为这只是笛卡尔的一时爱好而已，其实，这应该被看作是他哲学思想的一个有机环节，是他试图把数学与哲学结合的一种尝试。
1615年，笛卡尔遵照父亲的指令，来到普瓦蒂埃大学攻读法律学位。这所大学也是笛卡尔哥哥的母校，他在这里毕业后就到布列塔尼任法官。显然，父亲是希望笛卡尔也能像他的哥哥一样，子承父业，过一个稳定的、殷实的、上等人的生活。
以笛卡尔的聪明才智，在大学取个法学学位是绰绰有余的，他在大学的学习并没什么特别的举动，倒是还在时时关心着科学的进展和他的科学研究。1616年11月，两年的大学生活结束了，他轻松地获得了法学学位。但与此同时，意大利天文学家、物理学家伽利略在罗马宗教裁判所受审的消息却让笛卡尔不寒而栗。也就是在这一年，笛卡尔作出了两个决定，一是要放弃学校和书本知识的学习，要到欧洲各地旅游，用自己的切身感受去读世界这部大书；另一个决定，就是要对人类自身进行研究，以寻找确实而可靠的知识，从中甄别出真理和谬误。
对自己的学生时代，笛卡尔后来总结到：“我从孩提时代起就一直在学问的哺育下成长，因为人们让我相信，凭借学问我们清楚而又准确地知道一切人生有用的东西，所以我渴求获得教育。可是，一当我完成了全部学业，而人们在结束这学业后通常都被接纳进学者行列，我的见解却完全变了。因为我为这么多的怀疑和错误所困扰，以致我似乎觉得，我受教育的结果无非是越来越发现我的愚昧。”对所学的知识表示失望的同时，他还对学校死记硬背、缺少独立判断能力的教学方法表示强烈的不满，他说：“举例说来，即使我们能背记别人已经作出的所有证明，我们也不会成为数学家，除非我们的理智才能使我们能够解决这种困难。即使我们掌握了柏拉图和亚里士多德的全部论证，我们也不会成为哲学家，如果我们没有能力形成对这些问题的可靠判断的话。”
不满是奋斗的催生剂，如果我们在学校的书本上学不到新知识，那我们就到外面的世界中去寻找。笛卡尔就是抱着这样的信念离开校门的。
3.学校的青年走出去
中国人有句话叫“读万卷书，行万里路”，原意是指知与行、理论与实践相结合，这句话用在笛卡尔身上也不完全贴切。笛卡尔渎了很多的书，但他是在对书中的知识和学校的教学深深地失望的时候，才决定通过旅游读世界这本大书，并试图在对世界的观察中，发现新方法、掌握真知识、解决现实中的实际问题。
用什么方式来周游世界呢？笛卡尔选择了参军。
1617年5月，他来到荷兰的布雷达，以无薪俸的军官投身于奥伦治亲王、拿骚的莫里斯的麾下。奥伦治亲王的父亲威廉信仰新教，在他的领导下，推翻了西班牙菲力蒲二世的统治，使尼得兰得以独立。法国为支持反西班牙联盟，号召法国贵族子弟到荷兰等国参军。
笛卡尔为什么要选择军队呢？这可不是中国知识分子“投笔从戎”的那层含义。
首先，从法国国内形势看。笛卡尔自出生之日起，国内的战乱就一直不断，1562年至1598年36年间，内外战争遍及全国。天主教和新教首领到处起兵对抗，宗教战争触及每个村落。1589年，国王亨利四世施展其非凡的政治才能，恢复了和平，并赋予君主制以新鲜血液，即波旁王朝。1600年至1602年通过《巴黎条约》和《里昂条约》，他收复了法国一部分领土，并与瑞士和土耳其等周边国家修好关系。然而哈布斯堡王朝却对法国抱有敌意，因为亨利四世保护新教徒，并鼓励德国的新教徒成立一个与西班牙和奥地利的哈布斯堡的“新教同盟”。再加之法国国王亨利四世此时正爱着远在西尼德兰的孔代的妻子，战争一触即发。1610年5月14日，离出征还有两天，亨利四世在马车里被人刺死。按照国王的遗愿，他的心脏将被埋葬于拉弗莱舍教堂内。笛卡尔参加了那场隆重的心脏埋葬仪式，这对笛卡尔不能没有影响。亨利四世去世后，他的儿子路易十三继位，母后玛丽亚·美奇第（1573—1642）摄政，法国又陷入内乱之中。玛丽亚一方面镇压内乱以稳定局势，另一方面通过通婚的方式，秘密与西班牙和好。年轻的法王路易十三与西班牙公主结婚，人们纷纷走向大街一睹国王的风采和豪华的庆典，而笛卡尔却躲到自己的小屋里。多年来，他看够了战争、混乱、王朝联姻、宫廷阴谋、暗杀等的政治阴谋和伎俩，他只想避开硝烟尘世，过属于自己的、清静的、有价值的日子。1617年5月，他决定离开祖国，到布雷达去参军。
其次，笛卡尔参军还有他个人的原因。当时，参军是一个贵族子弟必要的补充，他们以在军队服过役和立过战功为荣。笛卡尔需要一个清静的环境，尽管他已躲到巴黎市郊，但经常还有人找上门来，打扰他的学习和思考。为躲避这些人的纠缠，笛卡尔只好到军队里去；还有，笛卡尔身体不好，又是贵族后裔，在军中享有许多特权，他可以不去前方厮杀，而只是作为一个文职官员在部队里当差。再加之他是一个志愿者，既不贪军功，也不希望得到提升，而且还是个不要薪俸和津贴的军官，生活自然安逸自由。
