倪用宾、薛尔张、丁紫洄等人就这样告状不成，自己反倒进了监狱。唯一让他们感到欣慰的，就是吴县知县任维初也象征性地陪同坐牢。之所以是象征性地陪同，是因为没过几天，任县长就恢复了自由身。本来抓他进去，也是为了掩人耳目。
吴县知县任维初之所以来了个监狱三日游，其中另有隐情。当时奉命审讯此案的道台王纪经过一番明察暗访，很快就查明了案件真相：吴县县令任维初素性贪酷，杖毙欠赋百姓，盗卖国库米粮，士子和百姓忍无可忍，才哭庙诉讼。
案情基本上搞清楚了，王纪就提审任维初，让他交代赃银的去向。任维初平日里整人整惯了，惧怕那些酷刑落在自己身上，只好原原本本交代出来：自己之所以胆敢盗卖常平仓的救灾米粮，是因为当今巡抚朱国治索贿，而且逼迫甚急，而自己刚刚上任囊中羞涩，无从得银，万不得已才冒死盗粮。
王纪见案子牵扯到顶头上司巡抚朱国治，大惊失色，急忙屁颠屁颠地跑到巡抚衙门，将审讯结果报告朱国治。
本来朱国治就准备将此次诸生哭庙事件上奏朝廷，请求朝廷下旨，严惩诸生，以儆效尤。哪里会料到，吴县知县任维初会在背后摆自己一道，居然将自己这个省长给供了出来。朱国治再也坐不住了，他必须有所行动，好在事情还在自己的掌控范围内。朱国治马上派人将王纪、任维初叫来，统一口径，拒不承认两人之间有索贿行贿之事，更不要承认有盗卖仓粮之事。
交代完之后，朱国治又连夜炮制了一道奏折，主要内容如下：
现在江南兵饷、赋税难以征收，是因为苏州一带百姓抗缴，其中尤以吴县最甚。新任县令任维初看到上任因未完成赋税而担心被降革，遂严刑考逼，以顾考成，引起吴县乡民愤恨，随意诽谤。诸生倪用宾、沈玥、顾伟业、张翰、来献琪、丁观生、朱时若、朱章培、周江、徐玠、叶琪等虽为士子，却形同败类。他们聚集千百不明真相之乡民，肆行无惮，冲入府堂，震动先帝灵位，罪大恶极，此罪一；知县官职虽小，但也属朝廷命官，诸生竟敢无视朝官之尊，大声叱责怒骂，目无朝廷，此罪二；，我朝严令禁止散发匿名揭帖，诸生身为青衿（学子），知法犯法，践踏律令，此罪三。更可恨者，案狱理应由道府公审，诸生纠集凶党数千人，群聚府学，鸣钟击鼓，意欲何为？况且对于诸生所控赃款之事，纯属捕风捉影，毫无证据。究其原因，则在吴县钱粮赋税常年拖欠，已成惯例，稍加严征，便激怒士民，纠党为乱，此次哭庙即由此发。请朝廷依法严处，将案犯绳之以法。不然，恐其他县邑纷纷效尤，此后钱粮之征更见艰难。
这样一份奏疏，完全掩盖了事情的真相，将任维初等人的罪行洗得一干二净，把诸生的哭庙归结为居心险恶的谋反行为。只要其中的任何一条成立，都会要人的命。
果然没过多长时间，朝廷的密令传达下来，被抓的十八名秀才全部处斩。朝廷要杀人，不需要什么理由，就连江南大才子金圣叹没有逃税，他同样也被牵扯进这桩莫名其妙的“哭庙案”。金圣叹被扯进这个大案，主要是因为他的同学倪用宾。也正是由于这个同学的关系，金圣叹不但被牵扯进了这桩政治大案，还成为了主犯。秀才们的妻子和家产，也都被藉没入官。县官任维初又威风八面地回到了吴县继续当他的“父母官”，并对手下的衙役说：“我今复任，诸事不理，惟催钱粮耳！”
倪用宾、薛尔张、丁紫洄等士子作为士绅阶层的一分子，算是地方权力的半个主导型力量。然而，历史的、经济的和血缘的瓜葛为他们扮演的角色注入了强烈的地方主义色彩。士绅阶层作为天然的地方利益集团，在官与民两大集团的利益博弈中，充当了一个搭桥和炸桥的角色。这一搭一炸，在时隐时现的“政权——绅权”二元对抗中时时有所体现。
从表面上看，士绅们是为老百姓的利益而战，而更深层的原因则是为维持儒学道统的需要，因为它是士绅阶层利益的基础。早期因为士绅的角色地位与国家的地方控制目标较为一致，所以其地方领袖的地位才能得到官府的支持。国家依赖士绅来控制和管理基层社会的同时，也给予他们各种优待和礼遇。比如拜会官员不必行下跪礼，有权参加文庙的官方典礼。而且士绅犯罪，不会上刑，士绅还可以免服徭役，免交人头税。属于“四民之首”。
然而，利益终归是士绅集团行为的出发点和归宿点，一般来说，朝廷和士绅的主要利益是一致的，并且为保持社会的正常运转而相互合作。但是当他们的利益相悖时，士绅则会批评甚至反对和抵制官府的政策。
朝廷之所以对这些读书人痛下杀手，并不是因为皇帝吃饱了撑的。如果说事件本身就是历史，那么这个事件的由头还是在纳税这件事上。
因为在此之前，皇帝便已经对各地纳税不积极表示过不满，在一份上谕中愤怒地表达了这样一层意思：税粮催讨不力者不准升迁，如果一旦发现，不仅本人要受处罚，上司也罪责难逃。
本来富饶的江南之地，是皇帝特地选中的宝地。他将振兴大清国力的重担都压在了江南，结果却令他大失所望。尤其是江南那些乡绅，平时的税赋来源大半得力于他们，如今却软磨硬抗，百般拖欠，每当在奏折中看到有江南乡绅拖欠钱粮的情形，皇帝就非常头痛，这样的奏折一多，皇帝心中的愤懑也日趋强烈。
朝廷与乡绅是既紧密联系又相互制约的两个利益集团，二者之间的冲突，在税赋这一焦点问题上表现得特别充分。
乡绅是乡村社会的精英，朝廷通过他们来管理乡村社会。乡绅的权力是一种社会性权力，是法理权威和个人魅力权威的两结合。地方乡绅既与官家的权力体系休戚与共，同时又与底层民众保持着密切联系。乡绅在这里扮演了很关键的角色，他是官与民之间的缓冲与中介。作为官家权力系统的触角的延伸，绅士配合官府向民众征收赋税，维持地方治安；与此同时，作为底层民众的代言人，绅士在一定程度上又摇身一变成了地方利益的代表，有时甚至会与损害地方利益的官府发生冲突。正是绅士在官民之间上下沟通，并形成一种良性互动关系，在一定程度上维持了传统国家与社会的整合。如今，江南乡绅带头拖欠粮税，对于官家集团来说，此风盛行，就会导致基层权力丧失殆尽。
朝廷与乡绅之间的矛盾，由于顺治皇帝的病逝迅速升级。康熙皇帝接过权柄后，任命以鳌拜为首的四位辅政大臣。鳌拜是个严酷的满清贵族，他早已从江南乡绅秀才们对待朝廷税赋的消极态度上隐隐闻到了异样的气味。在他上任没多久，就决定杀鸡儆猴，拿江南的乡绅秀才们开刀。正好在这个时候，江苏巡抚朱国治上了那个“莫须有”的奏折。听说江南的秀才想造反，鳌拜代表朝廷发出的上谕自然是杀无赦。
接到朝廷的上谕后，巡抚朱国治兴奋得像一个屠夫，面对满圈待宰的牛羊，眼睛发红。“哭庙”事件对他来说，意味着一次官场升迁的机会，决不能轻易放过。
这帮乡绅士子企图通过这个事件，使得官吏在征粮事务上的加害能力得到限制，让其利益蒙受损失。而破坏了胥役盘剥格局的倪用宾、薛尔张、丁紫洄等人，本以为会通过这样一件事能掌握对粮户的造福能力，在新的权力格局中确立他们的权威，结果却闹得自己身首异处，成了权力博弈的牺牲品。
那段日子朱巡抚表现得异常卖力，白天要到狱中亲自提审人犯，晚上则和几个幕僚商议如何给朝廷写奏折，同时还要处理与哭庙事件相关的公文材料，以及接下来江南催讨税粮的事务。
而在接二连三的事情中，最重要的是审讯人犯，继续扩大战果。在审讯中，犯人若不招供，可以动用刑罚逼问口供，谓之“刑讯”。清代法定的刑具有笞、杖、枷、扭、镣、讯仗、夹棍、拶子等，并且在《大清律例》中规定了这些刑具的尺寸和重量，在这些刑具面前，纵然是铮铮铁骨也得脱一层皮，何况关押在牢狱中的全是些文弱书生。
两个多月后，终于有一个人的牙关被撬动了。此人叫程邑，原是苏州府学教授。其实在哭庙事件中，程邑一直是个竭力鼓动者和积极参与者。后来他还是在高压政治和酷刑的夹击之下选择了屈服，他向巡抚朱国治提供了一份长长的名单。
巡抚朱国治所参报的对象就是抗粮乡绅，但究竟什么身份的人才符合条件呢？也就是说谁才是真正的乡绅？朱国治在造欠粮乡绅姓名册时，只是根据原有的册籍，匆匆开造，并没有经过认真的调查审核。他登记的那些乡绅，在实际查对中却不见踪迹。但是在对被参报的乡绅进行拟罪时，因为不同身份的人，往往给予的处分也不同。在这种情况下，清政府不得不对绅衿的范围进行限制。
早在顺治十八年七月，清政府就出台新的规定：明朝废绅不许冒称乡绅。同年十二月十一日，又再次重申：本朝出仕者方准称为乡绅，其明朝废绅系即民人，不许仍称乡绅。
清政府从法令上对“乡绅”的身份做出了新的界定，也就是说，新的统治集团对那些不与自己合作的前朝乡绅，要彻底与其划清界限，并取消他们的特权地位。同时在自己的权力结构中重新建立起符合自己利益需求的新特权阶层。同时，对于那些暂时投降而不是真心归顺的前朝官员，也给予一定的惩戒。正因为如此，此案发生后，吏部才按照户部出台的欠粮处分新条例，决定：将在籍乡绅革职提究，见任官员俱议降二级调用。
在实际执行中也可发现，清政府是严格执行这一标准的。据后任巡抚韩世琦所整理的《抚吴疏草》中记载，对现任官员确实是遵照“降二级调用”的规定进行处分的。但是这部分人相对于2171名欠粮乡绅，所占比例极少。由此可见，清初地方乡绅欠粮是很普遍的现象，这使得当时钱粮的征收更加困难。
并不是所有地方乡绅都会在高压政治下低头，即使身处乌云密布的江南之地。在成千上万戴上手铐脚镣绑赴刑场之时的人群中，仍然有不屈的反抗者。常州府教授郭士璟，关键时刻挺身而出，保护了数百名乡绅士子。巡抚朱国治整理出一份未按时缴纳税粮的人员名单，其中常州数百名乡绅士子全都罗织在案。郭士璟闻讯后去找朱国治说情，保证三天内缴纳税粮，并以性命担保。这数百名乡绅，因为郭士璟的保全而幸免于难。也有一些地方官吏，宁愿弃官不做，也不愿意跟着巡抚朱国治参与这场规模浩大的围剿。正因为如此，才出现了“当时良心未丧者，多不肯为县令，往往自请改教职以就闲散。”的局面
当灾难降临之际，有人反抗，有人屈服，有人逃避，也有人告密，其实，深入到历史的细节之中认真观察和思考，每个人在这样特定的时代背景下所作出的选择都是值得让人玩味的。
江南税案是由哭庙案发端，祸及乡绅士子多达一万三千五百余人，有的杀头，更多人坐牢，亲属也跟着遭殃。江南乡村社会的精英人物遭此一劫，元气大伤。在当时有一个影响深远的案例颇能说明问题：昆山士子叶方蔼，在顺治十六年（1659）的殿试中考取探花。叶探花因为税赋少缴纳了一文钱，居然沦为朝廷的通缉案犯。直到他按期补交后才为自己洗脱罪名，故有“探花不值一文钱”的说法。案件虽然了解，可他的官场仕途却受到很大的影响，堂堂探花后来获得的最高官职也只是翰林编修，和七品知县一个级别。江南税案波及的严重后果，由此可见一斑。
那么在这里我们不禁会产生这样的疑问：民间士绅的权力值究竟值几文？
士绅虽然身居民间，但是他的权力值并非来自于财富或土地，而是来自于他的社会身份——文化精英、四民之首、民之师表。这几顶大帽子赋予了他们“半官方”的社会地位，在这里“半官方”成为他们的行事标准，也可以说是他们行事的灰色地带。“半官方”，那么另一半就是“半民间”。这个分寸并不容易掌握，偏移一寸即有越轨之嫌。在官方，士绅不断地对官家权力结构进行渗透，进而影响到朝廷政策制定和法令施行。在民间，这些士绅享有“百姓之观瞻”、“庶民之坊表”的美誉。他们有知识、习礼法，很多时候民众往往会将他们推向“社会调停者”的角色位置。还有重要的一点，那就是这些士绅及其家族既有丰厚的资产，又具有官宦的权力背景，这就为他们在民间实现法律人角色提供了资本。士绅不仅自身享有特权和社会声望，其亲人也通过“封赠”、“荫袭”等方式分享权力值。士绅的地位越高，其家人的权力值也就越大。在民间社会，一个家族往往会将本族士绅视为全族的保护人，而士绅的活动也会受其家族的支配，士绅的荣辱即家族的荣辱。
经历了这样一场急风暴雨般的血色洗礼，江南乡村社会的乡绅们用了很长时间才恢复了元气。康熙皇帝亲政以后，对江南乡绅阶层逐渐采取了相对温和的态度。康熙六年（1667），朝廷颁布了“均田均役”的新赋税登录制，江南地方官府又依据土地占有状况重新组织里甲制，使赋役额与土地占有额相对应，并按标准单位划分土地以便籍记，以减轻那些没有乡绅特权的地主的负担。但新制度推行的过程非常缓慢，最初始于松江府，直至1674年平定三藩之乱后，才在江南各地逐步展开。渐渐地，一种新的土地籍记册制建立起来，土地登录严格，其可靠性直达各家各户。国家财政收入也显著增长。
在封建官家制度的权力背景下，皇帝常常通过自己掌控的皇亲贵族组建一套官僚机构来控制民间社会。他们没有想到，江南士绅集团会借着清欠赋税一案突然站出来造势，大有取代之势。他们轻易就越过了“半官方”的灰色地带，成为皇亲贵族们手中权力的主要竞争者。此案从表面上来看，是清理钱粮积欠。但是从官方出手之稳准狠来看，其目的不言而喻，就是为了打击对清朝统治素有反抗意识的江南士绅。在清政府严厉执行欠粮处分定例的威慑下，斯文扫地的清朝文人士子魂飞魄散，从而使明朝乡绅的豪迈风气由此消失殆尽。
