伊丽莎白女王去世后，詹姆士六世继位。培根为官之念未断，他不断给那些接近国王、能影响国王的人发信联络，请求帮助。他甚至写信给艾塞克斯案中艾塞克斯的同谋犯，这些人在詹姆士即位后立即被释放并任用。培根的作为让人稍许感到有些不自在，看起来的确有一些不择手段。但结果可能依然让他失望。
要不是的确有自己的学术研究工作，培根的有些行为的确很难得到辩护。也许，这正是培根要坚持世俗学术两相益所必须付出的代价。这种代价可能也太大了，以致一般人不敢也不愿去冒这种风险。
他直接给詹姆士写信，并把自己的《论学术的进展》一书题献给詹姆士。他的献词是逢迎献媚之佳篇。他写道：“说到陛下的智慧，同样是才学兼优、天禀资质、优美绝伦。我敢说，自基督降生以来，世上的君王，论文艺的优美，论学问的宏博，不论在神学方面还是在世俗学问方面都没有陛下精通。我相信我说的这些话并不是故意铺张、漫无根据。如果有谁对我的话有怀疑的话，他们可以仔细考察历代帝王，他们一定会看到我的判断实系至情、毫无矫饰。无论是神圣典籍、世俗学艺，陛下都博综明练、融会贯通。陛下有国王的权力与富贵，有僧侣的睿智与光辉，有哲人的博学与远见。陛下的这种特质，既禀天赋且是绝世，不独当代景仰，而且万世歌颂，更当有一种不朽的著述、千古的柱石，来表扬大王的权力，来铭刻大王的奇功。”
不过培根本人对于攀附权贵并不鄙弃责难，他曾经说过：“这种服从强权、委曲求全的办法，我们万不能深恶痛绝。因为表面看来，这种行为不免卑鄙，但是考之实际，我们应当看到他们是在服从情势，而不是在服从个人。”当时的宫廷风气也助长了这样一种处世态度，时人曾讽刺说：“诡诈、说谎、献媚与美貌，这是宫廷获宠的四大法宝，若不信这四者，就请回老家去吧。”培根也曾坦率地讲到仕途的卑污与辛酸：“要升到高位上，其过程是很艰难的，人们要吃许多苦，换来的却是更大的痛苦；要升到高位上，其经过有时是卑污的才能而人们往往正是借着卑污的手段才能达到尊严的地位。”
培根1607年被委任为副检查长，1613年荣升检查长，1617年继任掌玺大臣，1618年成为英格兰大法官，同时被封为维鲁兰男爵，1620年被封为圣阿本斯子爵。培根达到了权位的最高峰。
在升迁的过程中，培根的确做了许多言不由衷、违背良心的事情。时人说他是詹姆士王“最勤勉、最深情、最热诚、最殷勤、最忠实、最谦虚的仆人”。也许，官场的规则不应该拿民间的标准去判断，而官场的艰辛也只有仕途上的人才能加以同情和理解。本来官场就是一个处理俗务的大枢纽，要想让垃圾铲子时时保持白领般的洁净整齐，分明显得有些勉为其难。
官场真正的险恶还不在于适应溜须拍马之艰难，而是在于各种政治力量变化之不测。1621年，培根遭到议会反对派的弹劾。弹劾理由是，培根接受了诉讼当事人的礼物。在当时，收受礼物是司空见惯的事情。对于这样的常规行为紧抓不放，只能解释为培根在政治势力上不强，有了一个强大的实力团体可以压服他。就连詹姆士也觉得这未免有些小题大做。他亲自到议会去，要求议会停止对培根大法官的审理，或者希望能够影响审判团，建立一个经过挑选的委员会，但都遭到了拒绝。上议院强调他们有审判罪犯的权力。他们一心要把培根赶下台去。
培根承认自己收受了礼物，但却辩解说，这并没有影响判案的公正性。他把受贿分为两种情况：一种是收了贿赂，就颠倒正义进行判决。另一种虽然收了礼物，但判决结果与收取礼物没有任何关系。他认为自己属于后一种情况，自己并没有错。后来，他又说是仆人收的礼物，自己并不知情。
在各种影响与压力下，培根提交了“悔过与恳求信”，同意放弃所有权力，并且放弃辩护。他“谦恭地恳求各位贵族，以我的忏悔认过作为对我的判决，以交出国玺作为对我的惩处，而你们则不要对我作任何进一步的宣判了”。
1521年5月，上议院通过了对培根的宣判。从此后培根不得在宫廷行走，永远不得雇用，不得担任任何官职。培根表示：“我承认这个判决是公正的，为了改革，这是合适的。”并解嘲说，他是“自尼古拉·培根以来，已更迭五任的最公正的法官”。
培根在伦敦塔仅仅被关了两天，同时国王也豁免了对他的罚款。然而他的仕途生涯却从此结束了。
对于培根的政治生涯，历史上有很多不同的争论。德国哲学家费尔巴哈说：“如果培根没有把自己的生活分为两个部分，而像其他伟大的科学家那样全神贯注于科学，那他就不会只限于作为一些空洞的生命，只给科学大厦画一个漂亮的轮廓，而对科学的任何一个部门都没有作过深入探讨。那他就可以深入研究某些个别的课题，由于他掌握了大量的知识，进行过多次实验和观察，具有非凡的才能，他可能获得某些明确的成果，可能像伽利略和笛卡尔那样发现某些自然规律。他可能不仅用制订计划，而且用对局部问题作全面深入的考察，并从局部上升到一般来证明自己的才智具有普遍运用的能力，他可能对许多事物不会那样轻率仓促地作出判断——总而言之，他可能做出的成果比他实际做出的成果要多得多。”
到了晚年，培根终于对自己一生热衷于功名利禄感到后悔了。有一次在向神祷告时他曾说道：“我在您面前承认，我感谢您给我的才能，这个才能我既没有湮没，也没有如我所应做的付诸可能使它得到最大限度的利用，我把它误用在与我最不适宜的事物之上；所以我可以老实地说，我的灵魂在我的人生旅途上是一个陌生者。”
◎四假象说
培根的学术生涯与其政治生涯是同步的。
1597年，培根《论说文集》出版，首版时该书共有10篇，1612年再版时增加到38篇，1625年去世前印行时增加到58篇。该书文笔优美，论述深刻，涉及人生的方方面面。诗人雪莱曾这样评价培根的散文集：“他的文字有一种优美而庄严的韵律，给感情以动人的美感。他的论述中有超人的智慧和哲学，给理智以深刻的启迪。他的这部散文集，与蒙田的《随笔》、帕斯卡的《沉思录》被并称为近代欧洲哲理散文三大代表作。”1985年，这本散文集被选为美国公众最喜爱的十部著作之一。
黑格尔曾指出：“有很多有教养的人，对人们所关注的种种对象，如国事、人情、心灵、外界自然等，曾根据经验、根据一种有教养的阅历，发表过言论，进行过思考。培根就是这样一个有教养的阅世甚深的人。他见过大世面，处理过国务，亲手对付过现实问题，观察过各种人物、各种环境、各种关系，曾经影响过那些有教养的、深思的甚至研究哲学的人。”
“在我看来，这是培根的特色。他对人的研究要比对物的研究多得多。”“他的著作虽然充满着最美妙、最聪明的言论，但是要理解其中的智慧，通常只需要付出很少的理性努力。因此他的话常常被人拿来当做格言。”
1603年，培根写成了《时代的勇敢产儿》一书，明确提出：如不清除作伪的哲学家，让他们仍然在背诵那些我们宁愿他们湮没了的公式，或让他们继续鼓噪他们那些矛盾的推论，以赝品取代真实，败坏人的心智，人们就无法听到真理、接受真理、获得真理。为此。他逐个点名批评这样一些哲学家。亚里士多德、柏拉图、希波克拉斯等都受到了他的严厉批评。他将他们斥为“最坏的诡辩家”、“愚弄人的智者”。
1604年，他写了《论事物的本性》和《论人类的知识》。1605年，又写了《论学术的进展》一书。此书建立了科学知识体系的新结构，提供了科学百科知识的全图；它是近代科学分类的先驱，17世纪英国皇家学会的建立、18世纪法国百科全书的编纂都曾受到了它的激励和启迪。
1607年，培根写成了《几种想法与几条结论》与《各家哲学的批判》两书。这两本书的内容后来就构成培根《新工具》一书的内容。
在这些书中，培根提出了著名的“四假象说”。所谓假象，即一些错误的观念，它们盘踞在人们的头脑中，使人们不能正确地认识真理，严重地妨碍了科学的复兴。培根根据这些错误观念的不同来源，把这些假象分为四类：即族类的假象、洞穴的假象、市场的假象、剧场的假象。
族类假象的产生是因为人类在认识事物时，以自己的主观感觉和成见为尺度，而不是以宇宙事物本身为尺度，因而在对自然的认识中掺杂了许多主观的成分。洞穴的假象是由于每个人的心理和体质各有特点，所受的教育、所处的环境、阅读的书籍和崇拜的权威不同而产生的成见和偏见。市场假象是由于人们在相互交往过程中语词使用不当而产生的，要么有名无实，要么含义混乱、定义不当、演绎概括失真。而剧场假象则是由于各种各样的哲学体系和论证法则干扰了人们的判断。
培根认为，“我们必须以坚定的严肃的决心把所有这些东西都弃尽屏绝，使理解力得到彻底的解放和洗涤”。
1609年，《古人的智慧》一书出版。该书包含了培根对古希腊神话的深刻见解。他认为古人事实上是在运用神话寓言来传播哲学思想。“真理正是包含在某些寓言和故事的组织结构里。我发现它们与事物的意义的关联非常紧密明显”。
培根曾拿亚特兰特与希波曼尼斯赛跑进行分析。赛跑中，如果希波曼尼斯赢了则可以娶亚特兰特为妻，如果输了则要丧失生命。亚特兰特跑得飞快，已经有许多人死于她的手下。希波曼尼斯于是就拿了三个金苹果。每当亚特兰特跑到前边，希波曼尼斯就会把一个金苹果扔到前边。亚特兰特出于好奇和贪心，每次都俯身去拾苹果。结果，希波曼尼斯赢得了胜利。
培根认为，代表技艺的亚特兰特本来跑得很快，当障碍物搬开后，技艺能更好地发挥作用。然而，“技艺的这种特权和非凡效力却被某些金苹果所阻碍，从而给人类生活带来无限的损害。因为没有一种科学和技术能真正持久地坚持到底，它们经常会暂时中断，转而寻求一时的利益和方便，非常像亚特兰特。所以毫不奇怪，技艺不仅没有战胜自然，而且依照竞赛条件，反而要作为他的妻子，要服从于他”。
◎蜘蛛、蚂蚁和蜜蜂
1620年，培根出版了《伟大的复兴》一书，该书原有的构想分为六大部分：
1.科学的分类。概括人类现有知识；
2.“新工具”，引进一种解释自然的艺术，之所以命名为“新工具”，是针对亚里士多德的“工具论”而来的；
3.“宇宙现象”或“作为哲学基础的自然和实验的历史”。培根认为，要解释自然，就得到自然中去寻求材料；
4.“智力的阶梯”，是把新工具的方法扩大地运用；
5.“先驱者”或“新哲学的先锋”；
6.“新哲学”或“能动的科学”。
全书最后真正完成的只有“新工具”部分。
培根在《新工具》一书中，曾经举了一个“蜘蛛、蚂蚁和蜜蜂”的著名比喻，生动地概括了他对理性派和经验派的批判以及感性和理性联姻的重要主张。他写道：“历来处理科学的人，不是实验家，就是教条者。实验家像蚂蚁，只会采集和使用；推论家像蜘蛛，只凭自己的材料来织成丝网。而蜜蜂则采取中道，它在庭院里和田野里从花朵中采集材料，而用自己的能力加以变化和消化。哲学的真正任务正是这样，它既非完全或主要依靠心的能力，也非只把从自然历史和机械实验收来的材料原封不动，囫囵吞枣地累积于记忆当中，而是把他们变化过和消化过后放置在理解力之中。这样看来，要把这实验的和理性的这两种机能更紧密、更精纯地结合起来（这是迄今还未做到的），我们就可以有很多的希望。”
培根的科学归纳法具体地体现了他的经验和理性相结合的思想。科学归纳法由三大步骤组成：
第一步，收集材料。毫无疑问，收集材料应该在自然和实验中完成。
第二步，运用“三表法”整理材料。三表指“具有表”“接近中的缺乏表”和“程度表（即比较表）”，运用三表法是要考察属性的有无同异。
第三步，进行真正的归纳。通过排除得出正确结论，通过其他一些帮助校正失误，以求得到尽可能准确的结论。
培根的科学归纳法否定了中世纪脱离实际的抽象理论，标志着近代学术开始向应用技术方向发展。马克思称培根为“近代实验科学的真正始祖”。可以说，培根是英国实验主义和后来的英国实用主义的鼻祖。正因为如此，他才成为工业革命前夜领导思想潮流的先驱。而培根是自觉完成这一学术转变的。他曾经说过：
“千百年来的一切学问，是否曾因作出过一个小小的发明而使我们的福利得到增进呢？在这一点上，似乎学者的贡献还不如工匠的一些偶然的发明。”
“我们现在已不需要学术上的流氓。我们应当促进人类智慧与事物本性的结合。这种结合将产生非常美妙的结果。我们知道印刷术是一种粗浅的发明，火药枪炮是一种并不复杂的兵器，指南针是人所熟知的器具。但正是这三件发明，在我们的时代给世界带来了非同寻常的变化。一个在学术上，另一个在军事上，第三个是在贸易、商业和航海上。由此又引起了无数的变革。这种变革如此之大，以致没有一个宗教教派，没有一个显赫人物，能比这三种发明对人类的事业产生更持久的力量和影响。而这些发明，与其说是来自人类的智慧，不如说是得自偶然的机会。但它们证明了，人类统治万物的权力是深藏在知识和技术之中的。”
培根还指出，“人的知识和人的力量是合于一体的”与“人类统治万物的权力是深藏在知识和技术之中的”这句话一起被浓缩为人所共知的名言：“知识就是力量。”
培根就是在追求这种赋予人类力量的科学知识中结束其生命的。1626年3月，他想发明一种冷冻防腐的方法，不料在冰天雪地中受了伤寒感染，从此一病不起，于同年4月9日去世。
在纷纭的官场奔走争斗了一生，却在追求科学的实验中安详辞世，这就是弗兰西斯·培根——一个教给我们了很多东西，而自己至死仍在苦苦探索的哲人。他的一生，成功过，失败过，有过荣耀，受过耻辱，作过伟大的贡献，有过无尽的缺憾。一颗星，闪亮过，然后陨落了。
