于谦从派出间谍的嘴里得知明英宗朱祁镇已被也先转移走，不在德胜门外。于是，于镇马上令石亨等人高燃火把，以巨炮猛轰城门外悄悄卷帐拔寨的瓦剌军，一时间血肉模糊、鬼哭狼嚎，万余瓦剌军人变成肉块。
正是在于谦的指挥下，“傲如石亨，怯如孙镗，懦如王通，无不斩将搴旗，缘城血战，追奔逐北，所向披靡”。史称于谦“当军马倥偬，变在俄顷，（于）谦目视指屈，口具章奏，悉和机宜。僚吏受戒，相顾骇服。号令明审，虽勋臣宿将小不中律，即请旨切责。片纸行万里外，靡不惕息。其才略开敏，精神周至，一时无与比。至性过人，忧国忘身”。
国难当头，于谦主战不主和，使得也先奇货可居的愿望没有实现，维护了明朝的利益。于谦针对群臣各持议和的局面，力拂众议，表示“社稷为重，君为轻”，派人持书申诫边将，不要擅自与瓦剌讲和，不要擅自接受瓦剌人送来的信，甚至明英宗朱祁镇本人的亲笔信也不能收。如此，也为于谦本人日后的悲剧埋下了伏笔。
于谦为人太过正直，所以才触怒了后来阴谋陷害他的徐有贞、石亨这两个小人，非要置其死地不可。对徐有贞来讲，当初他首议南逃迁都，于谦带头叱责，已经让他对于谦恨之入骨。后来，于谦为人善良，徐有贞求于谦在明代宗朱祁钰面前说好话给自己升官，于谦果真一口答应。但是，明代宗朱祁钰坚持不答应升迁徐有贞。为此，徐有贞“以小人之心，度君子之腹”。至于石亨，北京保卫战之前，他从大同战场逃归，本来被夺职，正是于谦保荐，他才得重新启用，且一战成功。于谦不允许其子入京陛见皇帝，并斥责石亨不以公行事。这样一来，石亨大恨，与于谦结下了梁子。
明代宗景泰八年（1457年），景泰帝朱祁钰重病期间，五清侯石亨、徐有贞、宦官曹吉祥等人密谋帮助明英宗朱祁镇复辟。事有凑巧，当时北边传来了瓦剌骚扰边境的战报。于是，石亨借机以保护京城安全为名调兵进城。直奔南宫。石亨派人撞开了宫门，请明英宗朱祁镇登辇，众人的士气空前高涨，簇拥着明英宗直奔大内。守门的军卒本想阻拦，这时，明英宗朱祁镇站了出来，守门的兵卒傻了眼。众人兵不血刃进入了皇宫，朝皇帝举行朝会的奉天殿而来，并将明英宗朱祁镇扶上了宝座。这时已是天色微亮，众朝臣已经等在午门外准备朝见，听到钟鼓齐鸣，便按序走入奉天殿。不料，竟然发现宝座上的皇帝已经不是明代宗朱祁钰了，而是明英宗。正在众人犹豫之际，徐有贞站出来大喊“太上皇复辟了”。众朝臣见此，只好跪倒三呼万岁，明英宗朱祁镇就这样又重新取得了皇位。
明英宗朱祁镇复辟后，改元天顺，以谋逆罪冤杀了北京保卫战的功臣于谦。当徐有贞、石亨去抄家时，竟然发现于谦家里“家无余资”，令明英宗朱祁镇也大惊失色。多年以后，一次石亨的亲信陈汝言获罪被抄家，明英宗朱祁镇亲自监督，竟然发现陈汝言家私万贯，大为震怒，说：于谦掌管兵部多年，家无余资，而陈汝言只做了一年，居然能敛到这么多？据说于谦临刑的时候，日月无光，京城百姓，包括一部分曹吉祥的亲信都痛哭不已，甚至为于谦安葬。可见这公道自在人心，是杀戮所不能灭绝的，而明英宗朱祁镇冤杀于谦则无疑是把自己和杀害岳飞的宋高宗赵构以及后来杀害袁崇焕的崇祯皇帝朱由检划归为一类。
于谦诗文亦佳，《石灰吟》被认为是他人生的写照：
千锤万击出深山，烈火焚烧若等闲。
粉骨碎身全不怕，要留清白在人间。
于谦与王文被判极刑时，王文不停申辩自己无罪，于谦坦然，笑着说：“此必石亨等人主意，争辩又有何用！”怡然受刑。于谦的死刑处决方式极其残酷，先被剁去手脚，再被处死，几乎介于腰斩和凌迟之间。后世之所以很少有人知道于谦死状，是因为明英宗朱祁镇的儿子明孝宗朱见深替老子修实录时，为掩遮父过，让人删除了处死于谦的有关记述。当时，有兵将感于于谦的忠义，收取其遗骸殓之。一年后，于谦的尸身才得以归葬杭州。
设置西厂
东厂和西厂“为明代独有之弊政”。与东厂一样，西厂也是一个特务组织，始立于明宪宗成化十三年（1477年）。设立的地点就在西城灵济宫前面的一家灰厂内。明宪宗朱见深为什么要在东厂之外再设立西厂呢？据说是明宪宗朱见深觉得要知道外面的事情，单有一个东厂远远不够。
事情还得从明宪宗成化十二年（1476年）说起。这一年的七月，京师捕获“妖人”。有人说“妖人”名叫“李子龙”，借助宫内太监鲍石、郑忠的帮助进入内府，登万岁山观望，图谋不轨。
总之，“妖人”抓住后，皇帝朱见深派太监汪直在灰厂审讯此事，随后就干脆在灰厂新立了一个特务机关即西厂，由汪直提督厂事。汪直是很有点特务才能的，据说他能够化装成平民百姓往来于京城之间，“布衣小帽，时乘驴或骡，往来京城内外，人皆不之疑”。京城内外，大政小事、方言巷语，汪直都能一一向皇帝汇报。西厂正式成立后，汪直借用锦衣卫中的力量，在全国范围内展开了他的特务网络，据说“自诸王府、边镇及南北河道，所在校尉罗列”。西厂的特务人数，在当时比东厂要多出一倍。东厂的太监尚铭，也不得不俯首听命于汪直。
因此，西厂气焰非常嚣张，成立的当年就连兴大狱，逮捕了郎中武清、乐章、太医院院判蒋宗武、行人张廷纲、浙江布政使刘福、左通政方贤。明代各省的左、右布政使是从二品，品秩相当高。然而西厂却可以不经皇帝同意就擅自抄捕。
这种情形让当时的大学士商辂、兵部尚书项忠忍无可忍。商辂向明宪宗朱见深建议，撤销西厂，主要的理由就是擅抄没三品以上京官。其疏还有这么几句话，可以让我们想见当时西厂对正常的政治秩序的破坏：“自直用事，士大夫不安其职，商贾不安于途，庶民不安于业。”孟森曾说东厂、西厂这样的特务机关只是凌蔑贵显有力之家，尚未至得罪百姓。可是，《明史》中就提及汪直的西厂对于民间打架斗殴、鸡狗之类的小事，也处以极重的刑罚。
看来，商辂所说的“庶民不安于业”并非夸张。当然，皇帝朱见深有自己的看法。明宪宗朱见深接到商辂的奏疏，说：“用一个宦官，哪里就至于这样呀？”但终于拗不过商辂的坚持，加上兵部尚书项忠也上疏请求撤销西厂。因此，明宪宗成化十三年（1477年）五月，西厂撤销，汪直回御马监办事。
但是，同年六月，商辂和项忠就先后被罢免，西厂又恢复了。这一恢复，就一直到明宪宗成化十八年（1482年）汪直失宠以后撤销为止。总共计来，西厂在成化朝的历史上存在了五年多。
成化朝的西厂，一方面是扩大了明代特务的职能与侦察范围，侦察的地点不限于都城、地方，而遍及南北边腹各地，这是此前的东厂所没有的；另一方面，明宪宗朱见深之设西厂，无疑加强了皇帝对于特务组织的偏爱心理。后来的武宗，也就是宪宗的孙子，就效仿他祖父的做法，非但重建西厂，又增设了内行厂。特务组织的存在，使原本属于厮役之流的旗尉得以肆意凌辱大臣，也算是明代的创举了。
弘治中兴
明宪宗成化二十三年（1487年）九月初六，皇太子朱祐樘即位，是为明孝宗。次年，明孝宗朱祐樘改元为弘治。明孝宗朱祐樘颁布大赦天下的诏书，同时斥逐了佞幸李孜省、太监梁芳和外戚万喜等人。不到一个月，明孝宗朱祐樘有旨汰传奉官，于是罢黜右通政任杰、侍郎蒯钢、指挥佥事王荣等2000余人，又罢遣禅师、真人及西番法王、国师等1000多人。
李孜省本是布政司吏员，待选京职时贪赃事发，藏匿不归。李孜省得知明宪宗朱见深好方术，于是学道家五雷法，结交太监梁芳等人，以符箓求进，得到明宪宗朱见深宠幸，竟然官至礼部右侍郎，并掌通政使司之事。李孜省以扶鸾等手段迷惑明宪宗朱见深，日益作威福，搢绅进退，多出其口。加之执政大臣万安等人从而附丽，势焰更炽。
太监梁芳是个贪黩谀佞之辈，因谄事万贵妃为靠山，又与李孜省等勾结，共为奸利。梁芳取中旨授官，不由吏部，前后多达数千人，称为“传奉官”，一时诸杂流加侍郎、通政、太常、太仆、尚宝者，不可悉数。士论虽以此为耻，梁芳等人却将其作为把持朝政的基础。
万喜与万通、万达均万贵妃之兄弟，倚仗万贵妃的权势，又与太监梁芳、妖人李孜省勾结一气，大学士万安又附为同宗，沆瀣一气，朝臣为之侧目。
