由于争夺双方都握有重兵，一时间剑拔弩张，各不相让。但是双方又各有顾忌，一旦兵戎相见，谁也没有必胜的把握。
太宗皇太极死后第五天，睿亲王多尔衮来到三宫庙，召见内大臣索尼商议册立的事情。索尼对多尔衮说：“先帝有皇子在，继位者必从皇子中选出，不能立他人。”他看到索尼的态度十分肯定坚决，意识到问题不是那么简单，必须认真对待。
不久，在停放皇太极棺木的崇政殿召开诸王大臣议立嗣君会议。当天黎明，拥立豪格的大臣在大清门盟誓，派精锐部队包围宫殿，宫内气氛紧张。会议开始时，索尼和鳌拜提出册立皇子，被多尔衮喝退。接着，阿济格和多铎提出立多尔衮为帝，多尔衮不敢立刻答应。
后来，礼亲王代善发言说：“豪格是先帝长子，理当承大统。”接着郑亲王济尔哈朗也表示赞同，但这时，豪格却故意谦让说：“我福小德薄，难当重任。”会议陷入僵局。
拥立豪格的大臣们见他离开，全部佩剑上前，说：“我们受先帝皇恩，如果不立先帝之子为君，我们宁可一死，追随先帝于地下！”
他们想以武力立豪格。多尔衮为了摆脱困境，便对诸王说：“诸位王爷说得都有道理，但豪格情愿退出，没有继承大统的心愿，那么应该立先帝的第九子福临。但福临年岁幼稚，暂时由我和郑亲王左右辅政，年长之后，当即归政。”
这样，拥立豪格的大臣也无话可说，于是，诸王大臣形成了决议，共同立下誓书，对天宣誓。
就这样，年仅6岁的福临在沈阳正式被推上了皇位，是为清世祖，第二年改元顺治，史称顺治帝。同时，他也成为了清朝入主中原后的第一代皇帝。
拥立福临的风波平息之后，多尔衮很快成为掌握朝政实权的摄政王。顺治登基之初，名为皇帝，实则傀儡。他曾迫于形势，亲临摄政王府向多尔衮问安。
公元1650年12月，多尔衮病故，福临如释重负。1651年元月，14岁的福临举行亲政大典，接受诸王大臣的叩拜。八月，福临在北京紫禁城举行册立皇后大礼，皇后为蒙古亲王吴克善之女博尔济吉特氏。尽管他对此婚姻不满，却因孝庄太后与郑亲王等人的压力，只好屈从。
而此时，福临又面临着国库空虚，财政困难，战乱不断的严峻局面。为了解决困境，他采纳大学士范文程的建议，大兴军屯，以此缓解财政困难。同时，还惩治了一些贪官污吏，以安民心，取得了良好的效果。同时，在处理与周边藩属和沙皇俄国的关系上，福临也显示了其过人的手段。
但是，就在顺治帝意气风发，大展才华之时，年仅24岁的他却突然无故让位于康熙，本人则不知所终，成为历史上的一个未解之谜。
吴三桂借清兵
李自成举兵北伐时，清太宗皇太极逝世。其六岁皇子福临即位，多尔衮辅政后，密切注意明朝与大顺的动向。
李自成攻取北京后，义军将领迅速腐化，李自成对他们却不加约束。闯王命降将唐通带白银四万两，犒赏山海关的明朝部队。唐通见了山海关守将吴三桂，拿出他父亲吴襄写的劝降书，说道：“闯王礼贤下士，对待降将甚好。你若向他投诚，不会失去富贵。”
吴三桂的父亲吴襄在京城居住，府中有大笔财富。吴三桂为了保住亲人和财产，当然愿意归顺闯军。他将山海关的防务交给唐通，自己带领亲兵去北京，准备接受李自成的封赏。
可是，吴三桂刚走到滦州，就遇到从府中逃出的仆人。仆人告诉他，起义军已将他的家产抄没充公，并将吴氏满门扣押。更令他气愤的是，大顺将领刘宗敏竟抢走吴三桂的宠妾陈圆圆。吴三桂勃然大怒，决心和李自成对抗到底。
唐通接管山海关后，以为从此太平无事，没有想到吴三桂去而复返。吴三桂努力拼杀，将唐通赶走，重新掌握了山海关。唐通退至叫做一片石的地方，派人到北京，将吴三桂的情况向闯王报告。
吴三桂为了争取军心，在山海关内披麻戴孝，为崇祯皇帝摆设灵堂。他的实力不能与闯军相比，就派部将杨坤、郭云龙请清朝出兵相助。此时，清朝摄政王多尔衮已离开盛京，带兵南下。杨、郭二人在翁后（今辽宁北镇附近）拜见多尔衮，奉上吴三桂的求援书。
多尔衮意识到这是夺取中原的极好机会，决心趁乱进攻北京。他给吴三桂回了一封信，命郭云龙带到山海关。信上写道：“本王答应你的请求，愿意与你共同作战。但明朝已亡，我不会把中原让给他人。如果将军归顺我朝，必有王位之赏。”
过了几日，李自成、多尔衮各率精锐部队进抵山海关下。吴三桂对降清一事犹豫不决，一面派人与清军谈判，一面在一片石与闯王交战。可是，大顺军非常勇猛，吴三桂连连失利。他非常害怕，终于到清营拜见多尔衮，向清朝投降。
多尔衮对吴三桂说：“你即刻率军队与闯王交锋，你的士兵须肩系白布，作为标志。我军兵分三路入关，一定能将闯军打败。”第二天，吴三桂继续与李自成苦战。李自成站在高岗上指挥，大顺军士气高涨，接连取得胜利。
这时，一阵狂风袭来，使将士们看不清眼前的目标。等到狂风停止，多尔衮的两万清军已经来到战场。李自成大惊，说道：“真没想到清人能够进关！”他从高岗上下来，加入战斗，努力拼杀。
可是，大顺军已经拼杀了一天一夜，非常疲惫。清军不但以逸待劳，而且骁勇程度也高于闯军。在多尔衮、吴三桂的两面夹击下，大顺军吃了败仗，退往京城。吴三桂充当清人的先锋，紧紧追杀李自成，大顺军损失惨重。
多尔衮非常高兴，在山海关举行授爵仪式，封吴三桂为平西王。李自成对吴三桂非常痛恨，他走到永平范家庄时，将吴襄杀死。回到北京后，李自成将吴家满门抄斩，被杀者共有三十四人。他在北京即行登基大典，然后弃城而走。
其后，李自成一路溃败，在湖北连连失利，实力大为削弱。他退到九宫山（湖北通山境内）时，命令主力部队南下，自己率二十多名骑兵断后。当地的汉族地主武装对李闯王怀恨在心，发动突然袭击，闯王壮烈牺牲。
迁都北京
公元1644年，清军在明朝大将吴三桂投降后，进入山海关，以每日奔行一百二三十里的速度向北京推进。五月初，清军浩浩荡荡地开到了北京城下，途中没有遇到任何抵抗。
北京城里的明朝文官武将听到清军兵临城下的消息，连忙到北京城朝阳门外，以帝王之礼迎接清军统帅多尔衮。他们跪在大道两旁，不顾千军万马扬起的尘土，不住地磕着响头。多尔衮命令明朝官员在前面带路，从朝阳门经正阳门进入皇宫。此时，北京城内一片狼藉，有的地方连李自成撤出北京时放的火还没有扑灭。
进入北京之后，多尔衮的同母兄长、武英郡王阿济格就提出：“我军在辽东时，顾及民心而不让随便杀戮，因此被当地居民杀了很多士兵，现在应该乘乱大肆劫掠一番。”这个野蛮而愚蠢的建议遭到了多尔衮的严厉斥责。
在汉族大臣范文程、洪承畴的建议下，多尔衮采取了一系列稳定民心、笼络明朝士人的措施。一次，在武英殿升座。多尔衮看了一眼那些恭恭敬敬的明朝官员，说：“我和我们大清的军队是仁义之师，这次进关杀贼，是为了替你们报君父之仇。”
说罢，他又对身边的清朝王公大臣们说：“传我的命令，诸将进城，不许闯入民宅，对百姓要秋毫无犯，违令者严加惩办！”过了几天，多尔衮又下令为崇祯发丧三日，以皇帝礼仪安葬崇祯帝，表示自己不会跟明朝的官僚为敌。
接着，他又声称，明朝的旧臣只要前来报到，一律官复原职。对降官穿戴明朝衣冠也暂时不加以限制。
消息传开，那些为逃避农民军躲到城外的地主和明朝的官僚们也都高高兴兴地回到家里，按满族人的习惯剃了头发，留起辫子，迎接清军。
清军入关后，围绕清朝要不要建都北京，要不要统一中国等问题，满洲贵族内部发生了激烈的争论。
有一天，他们又在朝堂上发生了争论，一些留恋东北故土，反对迁都的大臣对多尔衮说：“王爷，不如留军队在这里驻守，大军还是班师凯旋吧！”但清军主帅多尔衮非常坚定，他驳斥道：“先皇（指皇太极）在世时曾经说过，如果得到北京，马上迁都，以图进取，况且现在人心未定，更不可有丝毫动摇。”几天以后，多尔衮明确宣布建都北京，并派人迎接幼主福临入京。
十月一日，顺治皇帝福临从盛京沈阳来到北京。随同顺治帝来北京的还有宗室、公主、太宗后妃、蒙古王爷等。多尔衮率诸王、群臣迎于通州。接着，福临在北京“定鼎登基”，“表正万邦”。从此，清朝从偏居东北的小朝廷，成为统治全国的大清帝国。
多尔衮在这件事上立了大功，被封为叔父摄政王，并为他树碑立传。阿济格、多铎等诸有功大臣也都一一受封。从此，清朝的统治中心从关外转移到关内，为统一全国迈出了坚实的一步。
史可法死守扬州
崇祯皇帝自尽后，镇守南京的官员决定扶立新君，对抗李自成。凤阳总督马士英主张立福王，兵部尚书史可法则主张立潞王。史可法说：“立君应立贤明之人。福王不尊重老人，不爱护晚辈，而且贪杯好色，这样的人当了皇帝，对国家没有好处！”
马士英坚持己见，他与福王到江北扎营，并取得部分将领的支持。史可法怕军队分裂，只得向马士英妥协。福王即位后，人们把南方的明室政权称为“南明”。福王整日沉湎于酒色，并削夺史可法的权力。史可法只得辞去职务，去扬州镇守。
史可法字宪之，原籍河南祥符（今开封），世居北京大兴县。他的祖父曾担任知州之职，可是到史可法这一辈时，家里非常贫困。史可法人穷志坚，好学不辍，曾在野寺苦读。他考中进士后，担任陕西西安府推官等职，以作战英勇、体恤士卒著称。
史可法到了扬州，招纳四方豪杰，一心扑在工作上。那时候，江北四镇的将领刁悍蛮横，矛盾重重。史可法为此忧心忡忡，多次劝说他们停止仇杀。四镇将领在史可法的劝说下终于悔悟，从此驻扎在扬州附近，帮助史可法守城。人们佩服史可法的才能，亲切地称他为“史督师”。
此时，马士英在朝中贪赃枉法，任意胡为。武昌总兵左良玉对此非常痛恨，于是率领军队东下，打出“清君侧”的旗号。而清朝豫亲王多铎已率领人马向扬州逼近。马士英传下命令，让史可法及江北四镇南下，抵挡左良玉。
史可法派人劝福王说：“左良玉只是对马士英不满，并不会侵犯朝廷。可是清兵南下，却是要灭亡我朝。您应当权衡其中的利弊，让我留在扬州。”福王对马士英说：“左良玉虽然起兵，但我看他的奏章，觉得他不会造反。”
马士英怒气冲冲地说：“清兵来了，我还能和他们讲和。左良玉如果掌权，决不会放过咱们。”福王不敢反驳。史可法无奈，只得带兵南下。走到半路上，他听说左良玉已经兵败，就迅速赶回扬州。
这时，泗州（今安徽泗县）守将李遇春献城降敌，导致江北军队无险可守。多铎率军来到扬州，将城池团团围住。他多次写信，劝史可法投降，史可法看也不看，就将书信投入火中。清军派李遇春来劝降，被史可法严厉地斥责了一顿。
史可法派人调集军队。可是各路将领只图自保，拒不听命。只有总兵刘肇基率领两千人赶到扬州。史可法提着宝剑，和刘肇基在城楼上指挥军队。老百姓也组织起来，有的登城守卫，有的为军人送饭。
多铎见扬州城墙坚固，就用大炮猛轰扬州，城内军民死伤者甚多。刘肇基对史可法说道：“城内地高，城外地低，不如决开淮河，水淹敌军。”史可法不同意，说道：“你的主意虽能使敌人受到损失，却会使淮南百姓流离失所。我怎么忍心这样做呢？”
虽然城中的粮食供应出现困难，但史可法把守西门，连连取胜，敌人的伤亡人数达到数千。清军遇到了南下以来最顽强的抵抗。扬州军民在史可法的率领下努力作战，将清军打退了数十次。
后来，清军大炮终于将城墙炸开一个缺口。清军拥进城里，见人就杀，刘肇基与敌人展开巷战，壮烈牺牲。史可法见扬州城已经失陷，拔出刀来想自尽。史可法的部将赶紧抱住他，将他手中的钢刀夺下。史可法与众将出东门而走，结果遇上清兵，被敌人俘获。
清兵将史可法带上城楼，向多铎报告。多铎敬佩史可法是个硬汉子，对他说道：“我再三致信，劝先生归顺，先生始终不允。现在先生对南明已经做到尽忠尽义，不如辅佐我收拾江南。我若亏待你，天地不容。”
史可法义正词严地答道：“我与扬州共存亡，如今城池陷落，只求速死。我的头可断，意志不可屈服！希望你不要滥杀无辜，伤害百姓。”多铎大怒，命人杀掉史可法。史可法从容不迫，在城下英勇就义。后人敬重史可法，在扬州城外梅花岭为他设立衣冠冢。
清军攻打扬州时受到很大损失，因此非常气愤。多铎看到扬州军民坚强不屈，决心杀一儆百，于是下达屠城的命令。清军十日不封刀，杀掉八十万百姓。整个扬州血流成河，尸骨如山。扬州屠城事件被人们称为“扬州十日”。
郑成功收复台湾
豫亲王多铎占领扬州后渡过长江，进逼南京。马士英手中有二十万军队，竟然不战而降。福王逃至芜湖，被清兵所擒。清兵将福王与马士英送至北京，一起处死。
公元1645年，明朝鲁王在浙江绍兴监国，唐王在福建福州称帝。这两个南明政权不相统辖，都把对方当成敌人。唐王派使者去见鲁王，被鲁王军队所杀。鲁王派使者去福州，也被唐王囚禁、处死。他们的矛盾使南方明军不能团结起来。
在唐王政权中，掌握实际权力的是平国公郑芝龙。一天，郑芝龙带着长子郑森去宫中见驾。唐王问郑森：“你知道怎样挽救国家吗？”
郑森答道：“岳飞曾说：‘文臣不爱钱，武臣不惜死，天下就能太平。’这是救国的良策。”唐王大喜，说道：“卿的话甚合朕意。朕没有儿女，就收你为义子吧！”于是，唐王赐郑森姓朱，改名为成功。从此郑森又名郑成功，老百姓都称他为“国姓爷”。
不久，清军给郑芝龙来了封信，劝他归顺清朝。郑芝龙贪图高官厚禄，竟将福建、浙江交界处的兵马撤走，为清军进攻福州提供方便。唐王觉察到郑芝龙怀有二心，急忙逃往汀州（今福建长汀）。清军攻入福建，擒获唐王，将他杀死。
郑成功对父亲说：“您当初立唐王为君，天下纷纷响应。如果您投降清朝，岂不成了明室的罪人？”郑芝龙仍然打定投降的主意。郑成功非常难过，只身跑到南澳岛，招募勇士，从清军手里夺取了泉州、同安。
后来，清军向浙东进兵，夺取绍兴。鲁王失去地盘，只得乘坐大船，在海上漂泊。幸好大将张煌言、张名振忠心耿耿，带残部保护鲁王，不肯离去。鲁王整天在船上商议国事，好不凄凉。
这时，台湾人何廷斌来到厦门，拜见郑成功。原来，荷兰殖民者在天启年间强占台湾，胡作非为。他们强迫台湾百姓服苦役，交纳各种苛捐杂税。老百姓恨透了这些侵略者，盼望明军早日收复台湾。
由于荷兰人干扰中国海外贸易，郑成功禁止大陆人去台湾做生意。荷兰人见岛内物资缺乏，就备了厚礼，命通事（翻译）何廷斌与明军讨论通商之事。何廷斌对荷兰人非常痛恨，请求明军赶走侵略者。他将自己绘制的台湾地图送给明军，还提供了荷兰军队的部署情况。
