东晋末年，孙恩四次从海上起兵为寇，自隆安二年至义煕七年（398—411年）历时十三年，人数达百万。横行于南海、东海，声威赫赫。孙恩发兵攻浙江临海，被太守辛景击败。仅剩数千人，孙恩投海死，余众数千推孙恩妹夫卢循为主帅。为避官兵剿伐，卢循遂率大批海盗浮海南下，经100多航行南海，次年攻占广州。义熙六年(公元410年)二月，卢循率海盗自广州经湘水入长江，百里之内，舟船不绝，戍卒十万，舳舻千计。晋军各地守军见海盗旌旗招展，船舰蔽天，声势浩大，纷纷望风而逃。
义煕七年，卢循率大批海盗气势汹汹，挺进交州。前九真太守李逊部属李奕、李脱组织五千官兵、乡团迎击。卢循被逼退至龙编（越南太原南）。此时，交州剌史杜慧度与杜章民两支官军左右夹攻，大败海盗。道光《廉州府志》卷二十一《纪事》说：“孙恩寇温、台。恩赴海死，众推卢循为主，从海道寇广州。此中原海寇之始也。”海盗在南海一带活动从未间断，流散各海湾的海盗队伍出入无常，使来往船只防不胜防。
宋代，由于航海业兴旺，海盗也更为猖獗，南海就更海无宁日了。海盗作乱，令航海者心惊胆颤。《宋会要辑稿》卷一万五千一百一十七《方域》十八之二，记“海贼冲犯，如蹈无人之境。”绍兴二十九年（1159年），海盗陈演添一支船队在南海作乱，以猛烈之势攻击廉州，使廉州陷入混乱和恐怖状态。时隔几天，陈演添将海盗船队开至高州、雷州海面，抢劫过往商船。南恩州林观乡兵前往拦击，在厮杀中陈演添被俘后被斩。
百年后的南宋，咸淳三年至十年（1267—1274年），海盗又大规模活动。据正德《琼台志》载，海盗陈明甫和陈公发率领海盗船队，占据崖州临川镇。他们控制五十余村税户，边从事海上贸易，边与朝廷作对，反抗官府。他们与陆上的起义军连结一起，作“山海之盟”。陈明甫和陈公发号称“三巴大王”，得到人民的拥护和支持。“倚强黎为党援，萃逋逃为渊薮”，一直活动了五、六十年。官府望而生畏，不敢过问，无力讨伐。邢梦《璜记》有详细记载：
咸淳三年，二凶盗陈明甫、陈公发窃据临川据之。前此所未敢为者，彼肆意为之。建屋于鹿回头胜地，自驾双龙头大船，衣服、器用肫法越制。走书文榜，自号三巴陈大王。此为何意？难贪虎暴，睥睨革印，敢于陵铄朝廷之州郡，系累军卒，追取州民栈粮，包占本军五十余村税户。自是，崖之民无宁岁，鲸吞鳍舞，出没海岸，敢于剽无朝廷之舶货，连年商贾能有几归舟？诸司舶务殆为虚嚣远而漳、潮、恩、广．近而钦、靡、雷、化为海岸居民，岁掠敷百人．八外番贸易……
后被官兵俘捕。五月，宋度宗诏令广右帅臣严刑处决俘虏，陈明甫儿孙及被俘部众“悉砧斧之”，而将陈明甫、陈公发“钓脊挂竿未众”，继而“悬髺、窒吭、穿足、钉手、炮烙其肤，脍镂其肉，运刀纷纭”。
官府使用了罕见的酷刑处死陈明甫和陈公发，目睹场面的人都惊骇不已。一时间，这一带南海海域风呼浪嚎，雾锁海天，有一种惨烈恐怖的气氛。
2、私船海盗船
大股海盗被消灭，小股海盗则在暗中活动，比海盗更狡猾的是官商的贪欲膨胀。南宋高宗时拜为枢密使，参与谋害岳飞，为后人唾骂的张俊。见海外贸易赚钱，便以权谋私，潜入海上丝路，从中牟利。以五十万緡巨资派一个闲眠无事的老卒，老卒即建造大船，广收绫绸、金银器皿。带了二百人冒充大宋贸易使者，竟计划周详地漂洋过海，前往那些与中国有朝贡关系的南洋各国，招摇撞骗，结果骗得当地国王的馈赠物品，获利几十倍。
罗大经《鹤林玉露》丙编卷二记云：
其人乃造巨舰，极其华丽。市美女能歌舞音乐者百馀人，广收绫锦奇玩、珍羞佳果及黄白之器；募紫衣吏轩昂闲雅若书司、客将者十数辈，卒徒百人。乐饮逾月，忽飘然浮海去，逾岁而归。珠犀香药之外，且得骏马，获利几十倍……
如张俊者，为数不少，殿中丞侍御史郑清之，竟“盗用朝廷钱帛，以易货国外”。广西提刑隺与之亦“三次般运铜钱下海，博易番货”。官吏到海外私营贸易达到无以复加地步，他们“以公侯之尊……发舶舟，招番贾，易宝货”。朱彧在《萍洲可谈》记述：
甲令海舶，大者数百人，小者百余人，以巨商为纲首，副纲首，杂事……船舶深阔各数十丈，商人分占贮货，人得数尺，许下以贮物孔府和卧其上。
广州这种大规模私人海外贸易，是宋代出口商品的主要渠道。当进出的商船在丝路穿行的时候，人们分不清哪是私船，哪是海盗船。大海茫茫，丝路漫漫，碧波中上演着金钱和血腥的剧情。海盗，也就堂而皇之地登场了。
南海大盗陈明甫、陈公发被处以极刑，死后九十年，即元至正九年（1349年）二月，海盗又以强悍之势出没于南海海面。
春天初临，海上冷风飒飒。一支海盗船队从交趾乘风破浪进攻合浦，再进逼琼山。广东宣慰司檄廉州、高州、琼州和化州的官兵联合起来，务必要围歼这股海盗。在澄迈石矍港大海上，官兵与海盗展开生死之战。
由乡民组成的官兵见海盗气势汹汹，临阵怯逃。海盗气焰更加嚣张，乘胜追杀。所有官军兵败如山倒，化州通判游宏道与先锋张友明、石湾主薄木叶飞、武德将军廉州路同知罗仕显等一败涂地，海盗船从此傲然横行穿梭于南海。
次年，海盗麦富福率领船队攻占高州府城，又进兵信宜。高州路同知黄子寿起兵抵御无果，眼睁睁看着麦福入城后“攘官印而去”。海盗船队再无遇到有力抗击，一直驶往吴川，紧接着扬帆攻占硇洲岛。海盗对商船的抢劫，对抗官府的特点，在某种意义上来说，是得到老百姓的拥护和支持。至正十五年，麦福联合内陆起义军抗击官兵时，在雷州半岛上便出现骤起的局面。朝廷甚为震惊，决不让“山海贼麦福、黄应宾、潘龙等聚徒，据雷州路”。至正十九年，朝廷令化州路枢密院同佥罗福领兵围攻麦福等部，麦福败走，罗福升为化州都元帅，管理这一带地方。至明洪武元年（1359年），罗福以高、雷二州归附明王朝。然而，麦福这股海盗跨越两朝，进行反乱朝廷活动。从不同的海域出击，凶悍无比。
明洪武六年，出现海盗张汝厚、林福，自称元帅，劫掠海上。他们的船队不但在内海活动，而且还沿着丝路向海外扩展，驾船载货到占城。
占城国王阿答阿者出兵攻袭张汝厚、林福船队。激战中，两人溺死大海。占城国王“获其船二十艘，苏木七万斤”。他向明太祖朱元璋报功、进贡，获朝廷嘉奖。但海盗仍此消彼长，如潮之起落，有的甚至延续数百年。
永乐七年（1409年），钦州海盗阮瑶日渐壮大。他率领的船队竟可攻长垫与林虚巡司，“焚廨舍，毁寨栅而去”。广东巡海副总兵李珪派遣雷州卫官兵出海攻剿，捕获海船二十七艘，俘获贼属男女一百六十人。然而阮瑶的影响相当深远，海盗作乱由此延续下去。“钦州海寇之乱”历时二百八十余年。
正当海盗猖獗之际，郑和，这位伟大的航海家昂然出海。旧港有陈祖义为首的海盗团伙，啸聚南海，据岛为王。闻说郑和船队载着大批财宝航经，便欲劫为己有。但慑于郑和船队庞大，兵众将广，不敢下手。于是设计逢迎，假意投降，伺机抢劫。郑和二万将士，将计就计。待深夜时分，海面上风平浪静，陈祖义率领一帮海盗，准备偷袭。只听得郑和座船一声火炮，周围大船驶拢过来，将海盗船团团围住。大船上的士兵丢下早已准备好的火把，烧毁了海盗船只十艘，俘获七艘。杀死海盗五千多人，陈祖义也成了瓮中之鳖，束手就擒。郑和把陈祖义捆绑了起来，押回京城，明成祖即命斩于午门。
1405—1433年，郑和七下西洋，航程达六千海浬，遍历东南亚、印度洋、红海、东非30多个国家和地区，写下海洋史最壮丽的的一页。
3、皇家“密旨”
元明年间，当中国海盗猖獗之时，欧、非海盗也做起了进军东方海洋的美梦。并在南海海洋抢劫商船，屡屡得手，尝到甜头。这些海盗包括荷兰、丹麦、西班牙、葡萄牙和法国，乃至英国。英国皇家甚至向海盗们面授机宜说：“我准许你们从好望角到中国和日本去，当然包括红海、波斯湾和科罗曼德尔沿海一带——那里可以发财。”
英国东印度公司
海盗们有了皇家的“密旨”，当然喜出望外，于是远渡重洋，赶赴中国海域，尤其南海。其中最大最富有的莫过于英国东印度公司。这是1600年，经英国女王伊丽莎白一世钦许成立的。庞大的东印度公司船队满载丝绸、象牙、珠宝，还有英国货在印度出卖后所积攒的金钱，来往印度洋和大西洋。与此同时，葡萄牙的船只，荷兰船只也满载货物和金钱，闯进了南海海洋。
欧洲人开通的新航路从广东沿海入海，穿马六甲海峡，过印度洋抵达印度西岸的果阿，再从果阿过木骨都束、不剌哇、麻林和蒙马萨，绕好望角，分赴欧洲各港口。这样有利的水路，也为欧洲一些国家进行殖民侵略活动提供了方便。
继葡萄人麦哲伦后，50年间，西班牙也派远征军侵占菲律宾，土著人都隐退进山里去了。1574年，西班牙东方殖民军司令马丁？德？戈伊提把马尼拉建成殖民堡垒。这年的11月29日，西班牙人要在马尼拉庆祝宗教节日，戈伊提根本没有想过土著人敢来扰乱。但30日凌晨，忽然传来恐怖的喊杀声。戈伊提惊醒了，慌忙穿起甲胄，却无法召唤士兵起来抗击。来自海上神兵已将他严严实实的包围了，司令部已成一片火海，戈伊提也就葬身这片火海。
接任他的总督吉多？德？拉韦萨里斯也是在梦中惊醒，忽听得士兵们大喊：“滩头起火了！”总督想“莫非摩洛哥人来了？”这可是第二次来自海上的袭击，他一直以为是摩洛哥人来报复。当他登上城堡瞭望，刹时怔住了。只见海上停泊的大船处于一片火海中，火光冲天，杀声如雷。摩洛哥人可没有这么大的本事，也没有这么大的战船。这到底是何方神圣？如此来势汹汹。
300名西班牙士兵唯有架起大炮，向海面的船只和海滩轰击。这时，总督看到海滩上大黄旗猎猎飘扬，直指这边冲来，后面跟着的是手执长剑、大刀、长矛，身穿盔甲，左手执着盾牌奋勇冲来……总督一直没法弄清楚对手是谁。
大黄旗在招展，几百条小船，载着进攻者向海岸冲来。黄、绿、红旗分三面进攻，气势非凡。火箭把城烧着了，总督失神了，命令继续开炮。进攻者丢下不少尸体，几乎攻到了总督面前，却忽又退去，背起尸体后撤了。
这到底是怎么回事？为什么胜利在望，却忽然退去？世界哪有如此奇怪的战法？西班牙人懵了。于是经多方侦查，抓了来往中国和菲律宾之间的中国商人，才得到一点消息。
原来这些年，南中国海沿海有几十支大小不一的海盗船队，频繁出没于海上丝绸之路上。他们当中最有名气，力量最强的有林凤、林国显、吴平、林道乾等。
他们在所有通商航道上，不间断地抢掠财物，杀人劫货；或者设关勒索银两，官府多次围剿不成。可到菲律宾马尼拉进攻司令部的是谁？一直是个难解之谜。
总督心头之结一直没有解开，他派人出海搜集中国船队情报。终于发现山地上有葬着三、四百个中国人的坟墓，还挖出几把寒光闪闪的剑。总督组织了有60多艘战舰的装备精良的舰队，欲置中国海盗船队于死地。而此时，中国政府也派出三艘战舰搜寻海盗船。
中国政府开出了优厚的条件，如果西班牙人捉到了海盗头目，就开辟像澳门那样的港口给西班牙作专用贸易港，允许西班牙传教士到中国内地传教。
4、海盗海盗
围剿战在1575年3月23日打响，西班牙舰队已盯住了那股海盗，并向他们的驻地仁牙因湾攻击。海盗的城堡被困住了，西班牙人宣称三个月内，海盗必自动投降。
五个月后，8月4日，几百名西班牙士兵和2000多土著兵在炮火掩护下发起冲击。当他们冲进城堡时，被眼前景象惊呆了。原来，海盗们竟秘密地挖出一条河，所有战舰已顺着河逃走，剩下一座空城。在世界称霸一时的西班牙殖民帝国竟被一支海盗愚弄至此，狠狠不堪。谜一样的海盗头目会是谁呢？三百多年后，翻阅遍所有的历史资料，竟杳无头绪，也未弄清楚其人姓甚名谁。近四百过去，到二十世纪30年代，一批著名学者在某一翻译书中发现，这个神秘的一代奇人就是当时活跃于南海一带的江洋大盗——林凤。
林凤，在菲律宾，尤其在信奉伊斯兰教的土著人中，四百多年来一直被传颂为英雄。他出生在广东潮州府饶平县的一个海盗世家。明代嘉靖、隆庆、万历年间在南海海上丝路活动的著名海盗却与他家有千丝万缕的联系。他的叔祖父林国显，曾以南岛为巢穴，横行东南，是赫赫有名的大海盗；他的姑父吴平也是扑腾在海洋，把官军打得焦头烂额的凶猛海盗；他的同族兄弟林道乾也是声震南洋的海盗。在海盗世家里摔打，虽然他和叔祖父赤尾蜂林国显一样矮瘦，平凡至极，却有着巨大能量。他继承祖业，成为雄霸南海的“海龙王”，又被称为“海酋”。
林凤放弃祖宗经营多年的南澳岛，率船队于澎湖岛海面，攻占海南岛文昌县，使官方死伤二万多人。势力日盛，到处胡作非为。明朝政府视之为眼中钉，组成闽广联军围剿。林凤忽然想到澎湖之外的天地，更遥远的海洋，将目光投向南洋吕宋岛。
他知道那里是白皮肤、蓝眼睛的西班牙人占据着，如果把他们消灭或赶走，便可建立自己的王朝。没有基业，没有实业，有的是船只和刀枪，以及世代遗留下来的野蛮和凶残的习性。他的目光所及，也就是抢掠的对象，也是他财富的来源，那就是往来于南海海上丝路的商船。
他以抢掠来的的财宝，筹建了72条大船。大船上放满了金银财物、粮食，还有劳动工具，生活用品。而且还掳掠两千多名妇女，包括官府大员的妻妾女儿，以备其添丁之需。在波涛汹涌的南海，这支庞大的船队十分奇特，妇女和小孩的哭喊声在风浪间回荡。一千多名工匠、水手显出愤怒、无奈、只有沉默和顿足。人们以林凤的骄横和不时发出的愁绪而面对茫茫海洋。
在吕宋岛与西班牙人马作战，时胜时败。洋枪洋炮令他伤透脑筋，甲米地里埋下士卒的尸骨，使他据岛为王的梦无法实现。只得在仁牙因湾的阿洛诺河口安营扎寨，建起了一座城堡。在这座城堡里，过了短暂的歌舞升平的日子。西班牙强大的船队来扫荡，他的船只被炮火烧光，人马困于城堡中。
西班牙人欲置林凤困死在城堡中，林凤不甘灭亡，建造小船，挖掘运河，连结大海。围了三个月以后，西班牙人发现了林凤部属人去城空。林凤挖掘的运河一直存在了三百多年，那是吕宋岛海酋林凤的智勇谋略的象征。
西班牙人抓不到林凤，澳门割地的梦也破了。福建巡抚开始怀疑西班牙人的能力，没有答应他们的要求。福建总兵王望高剿林不成，十分羞愧。他第二次到马尼拉时，得知林凤已逃出城堡，感到无地自容。在回国路上，王望高迁怒于随船的两个教士身上，把他们扔进了大海。
