2001年1月31日，摩琳·丹尼斯法官裁定，玛莎·莫克利凶杀案将由成人庭受理，原因很简单，康涅狄格州没有任何一个少年犯人囚禁处可以关押一位40岁的成年人。被告方不服上诉，于2001年11月19日被康涅狄格州最高法院驳回。
2002年4月2日，评议挑选陪审员的工作开始。4月19日，组成了有六男六女共12人的陪审团。所有陪审员不仅是清一色的白人，而且是清一色的白领，其中有警署官员、西班牙语教师、酒店主管、投资顾问、餐馆经理、市场专家、公司法律顾问、一家培训司机的大公司总管，还有一位护士，她的女儿供职于纽约市检察长办公室。
同年5月7日，玛莎·莫克利凶杀案在位于康涅狄格州首府诺维奇的州法庭正式开庭审理。哥伦比亚广播公司在当日的电视新闻中报道：
历经27年岁月及数千则新闻报道之后，玛莎·莫克利凶杀案的嫌疑人、依莎儿·肯尼迪41岁的侄子迈克·斯卡克尔今天终于被推上了审判台。
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当与他的辩护律师步入法庭时，迈克·斯卡克尔拒绝回答记者提出的任何问题。而公诉方的检察长乔纳森·贝尼蒂则自信地告诉记者，他对打赢这场官司非常有把握。
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60多家媒体派出了记者，他们在法庭大楼的后面搭起帐篷安营扎寨，给这出悲剧的一幕平添了几分热闹的氛围。
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尽管被告律师米基·谢尔曼称斯卡克尔家族从未利用他们与肯尼迪家族的关系对此案施加过任何影响，但迈克的表妹科特妮·肯尼迪将会作为被告方证人出庭。
人们猜测那位肯尼迪夫人是否也会在审理期间到庭旁听以加重被告方的筹码。可以肯定的是，另一位女士，为使今天的到来而不懈奋斗27年的受害人的母亲杜丽丝·莫克利博得了法庭内外众多的尊敬与同情。
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另一位与肯尼迪家族有关联的证人是麦可·肯尼迪家的小保姆。1996年，迈克·斯卡克尔与麦可·肯尼迪同时在其叔父泰德·肯尼迪的参议员竞选办公室工作，麦可·肯尼迪与当时不到20岁的小保姆发生了不正当性关系，使女方家长深为焦虑。迈克帮助他们公开并了断了这段关系。1997年新年除夕，麦可·肯尼迪在科罗拉多州死于滑雪事故。有消息说，迈克·斯卡克尔曾向小保姆谈起过玛莎命案。
被告方的证人名单上有20多个名字，公诉方的名单则列了40多人，包括开庭第一天的头两名证人杜丽丝·莫克利和西娜·玫盖尔。其他证人有肯·利托顿、托尼·斯卡克尔、罗斯顿·斯卡克尔等等。
据各媒体综合报道，在法庭辩论中，公诉方认为迈克·斯卡克尔爱上了玛莎·莫克利，但因为玛莎更钟情于其兄托尼而萌生杀人念头。
本案没有任何目击者，且缺乏足够的法医学证据，如头发、皮肤、DNA等将被告与作案人联在一起，其余物证也为数有限，唯一确凿的只是那支属于被告已故母亲的高尔夫球棍。所以，就公诉方而言，整个案子差不多完全基于那些自称在不同的场合听到迈克·斯卡克尔自白的证人，其中大部分是迈克在依兰少管中心的同学，也有人在玛莎·莫克利的尸体被发现后听见他讲过某些令人生疑的话。一位名叫格里高利·科尔曼的依兰学生在本案开庭之前死于海洛因过量，但法庭允许公诉方宣读他在接受大陪审团的传讯时所提供的证词，其中提到迈克·斯卡克尔曾不止一次亲口告诉格里高利·科尔曼：“我杀了人但没人敢把我怎么样，因为我是肯尼迪家族的一员。”
另一位证人是当年斯卡克尔家的司机洛伦兹·热卡罗利。他说在玛莎命案后不久，有一天，迈克与他的父亲在家里大吵大闹，事后斯卡克尔先生派洛伦兹·热卡罗利送迈克去纽约看心理医生。路上迈克掏出一把刀扬言要杀洛伦兹，洛伦兹无奈，只好对迈克好言相抚。“之后迈克对我说，他闯了大祸，必须得离开美国。他说他走投无路，只有自杀。”迈克让洛伦兹·热卡罗利在特里波罗大桥停车。迈克从车里跳出去，开始翻爬特里波罗大桥的栏杆，威胁说他要跳河自杀。
此外，公诉方还传唤了作家理查德·霍夫曼。此人曾打算撰写一本关于斯卡克尔家族的书，并于1997年采访了迈克·斯卡克尔。在法庭播放的采访录音中，迈克向理查德·霍夫曼讲述了1975年10月30日晚上他的所作所为，内容和1992年8月4日他同萨顿专案组的谈话差不多。然后说，当第二天他听到玛莎的母亲莫克利夫人说玛莎失踪时，“我当时心里想：‘哦，我的上帝！昨天晚上他们看见我了吗？’”
有一位证人说，多年以后，迈克·斯卡克尔曾提到，他记得那天晚上看见他的哥哥托尼在玛莎家的后院。另一些证人向陪审团讲述了托尼和迈克·斯卡克尔兄弟俩之间的不和。公诉方还在法庭上出示了玛莎被害时穿的一只鞋，上面写着“托尼”。
被告方律师的辩护要点首先是，在警方推断的作案时间，9点30分到10点之间，迈克·斯卡克尔正和几位兄弟一起远在8英里之外的泰利恩家里吸毒、看电视，这一点有若干证人可以作证。
其次，某些证人的可信度值得怀疑，譬如格里高利·科尔曼严重吸毒，他的思维甚至神经都不可能健全。被告方的证人中也有一些依兰少管中心的学生，他们告诉法庭，依兰的工作人员经常对学生进行辱骂、体罚，甚至殴打，以强迫他们讲出校方希望听到的话。
至于作家理查德·霍夫曼提供的采访录音磁带，米基·谢尔曼说，那正好证明了迈克·斯卡克尔的无辜。
值得注意的是，公诉方和被告方最大的争议在于作案时间，或被害者玛莎·莫克利的死亡时间。被告辩护律师米基·谢尔曼指出，除了邻人们向办案人员反映的9点30分到10点之间那一阵奇怪的争吵声和狗叫声外，为确定玛莎的死亡时间，格林尼奇警方曾请教法医学专家麦克·巴顿博士。巴顿博士的结论原文是：“根据死者的胃容物判断，我们认为，死亡时间当在9点30分至10点。”而公诉方则根据验尸法医埃里奥·格罗司博士的报告，把作案时间延长为9点30分到后半夜1点30分，以加强11点30分以后迈克·斯卡克尔作案的可能性。而且，公诉人乔纳森·贝尼蒂指出，托尼·斯卡克尔在1994年10月7日向萨顿专案组翻供后的证词证明，至少在9点50分还有人看见玛莎·莫克利活着。
约翰·斯卡克尔曾在1975年通过的测谎实验中称，迈克和他们一起去了泰利恩家，并在那里一直玩到11点20分。但法庭不允许被告方出示这一次的实验记录和录音带，因为约翰·斯卡克尔在大陪审团作证时说他记不清楚当时一起去泰利恩家的都有谁。
给迈克这一“不在现场的证明”打上另一个问号的，是1975年10月30日晚上也在斯卡克尔家的朱莉的朋友安迪娅·莎克比尔。她为公诉方出庭作证说迈克并没有去泰利恩家。
2002年6月7日，庭审结束。以下为哥伦比亚广播公司当日的报道节选：
经过4天的审议，陪审团今天作出裁决，迈克·斯卡克尔被指控之谋杀玛莎·莫克利罪行成立。这位肯尼迪的表亲将可能被判处10年有期徒刑至终身监禁。
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这一案件向公众展示了一个特权的世界。人们仍然怀疑，是否因为斯卡克尔家族与白宫的联系使迈克·斯卡克尔得以逍遥法外达四分之一个世纪。
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当听到裁决时，迈克·斯卡克尔马上坐直了身子，他的律师伸手搂住他的肩膀。迈克看看陪审团，再看看旁听席，满脸掩不住的疑惑和惊异，泪水呼之欲出。
与此同时，法庭内唏嘘之声骤起，旁听席上莫克利和斯卡克尔两家的成员发出沉重的叹息，法官不得不下令“肃静！”
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两名法警为迈克·斯卡克尔戴上手铐脚镣，然后将他带出法庭。
玛莎的母亲杜丽丝和哥哥乔恩眼含热泪，与检察长乔纳森·贝尼蒂拥抱互贺。“终于盼到了，”乔恩说，“一个苦涩的胜利。”
2002年7月19日，迈克·斯卡克尔被判处有期徒刑20年。
至此，这桩跨越了两个世纪的案子总算有了个说法。但这到底是不是真正意义上的水落石出、真相大白于天下？至少斯卡克尔家人不这么认为。27年来，斯卡克尔家也为这桩凶杀案付出了巨大的代价，他们长年聘请代表家族的律师汤姆·希里丹和代表托尼·斯卡克尔的律师曼尼·马格利斯，最多的时候共有10名律师在替他们为此案工作，加上萨顿私人侦探事务所的专案组。巨额的法律费用，以及盘绕在他们头上经久不散的重重疑云和流言蜚语，使斯卡克尔家族不得不变卖掉祖宗的产业——大湖矿业公司和贝尔赫文豪宅。同时在精神上，家里的每一个人都被压迫得屏声敛气，保持低调，夹着尾巴做人。当迈克·斯卡克尔的判决下达以后，在震惊和愤怒之余，斯卡克尔的家人们也有了一种再无后顾之忧（have nothing to lose）的解脱和踏实。正如斯棣文·斯卡克尔所说：“人的忍耐力是有限的。我们已经忍了将近30年。”于是，几位小斯卡克尔们或走上电视，或接受记者采访，以图把这许多年来一直藏在心底的憋屈向公众一吐为快。而这一次，领头的是七兄妹中最小的弟弟斯棣文·斯卡克尔，在玛莎命案发生时，他才9岁。
小斯卡克尔们并非孤军作战，他们的表兄、罗勃特和依莎儿·肯尼迪之子小罗勃特·肯尼迪也站了出来。这位肯尼迪家的长子以前曾做过检察长，现为佩斯大学法学教授。尽管两家的孩子们在儿时并不算十分亲密，但小罗勃特于1983年曾和迈克·斯卡克尔同在一起接受戒酒戒毒治疗，从此便开始相互走动。
