且说天元军攻下杭州后，又让萧逸传书浙南五处义军，全部来到杭州。全军上下休整了数日，并在杭州疯狂潇洒痛快了数日。但由于天元军纪律严明，少有在市井作乱的，极少数违反纪律的，也作了严肃处理，赢得了杭州百姓的拥戴。自此，杭州百业兴旺，百姓安居乐业，秩序井然有序。
又过了数日，方腊让王寅会同高玉调查了解在押的两浙路制置使陈建和廉防使赵约的为政情况及罪行，以便召开公审会。王寅和高玉首先找了浦文英询问，浦文英道：“不是我归顺了天元公就卖赖我的上级，而是他们心地太坏，就在花石纲这一事情上，一方面由于朱勔得太紧，另一方面也是他们手段太毒辣。为此一事，不知有多少百姓被死，被打死。不说他们为了讨好童贯、朱勔，往下硬性派任务，死在各州县贪官污吏手中的平民，单是他们直接承办的花石纲，就死人无数，这个最好能到民间走访一下，会了解得更多更具体。”听了浦文英的话，王寅和高玉商议，派一些精明的校尉，分成若干组，到杭州附近走访民间，然后写出来整理好，交到高玉处。此事暂且按下不题。
且说天元军休整数日后，方腊与方肥、圆觉大师、高玉等在一起商议下一阶段的行动。方腊道：“杭州战后整顿已基本结束，部队休整将士们也比较满意，杭州外围几个县，如昌化、于潜、临安、余杭、盐官、海宁等，在攻取杭州时，已由方七佛率兵取了。下一步怎么走，我想听听大家意见。”方肥道：“杭州、歙州、睦州各县要迅速委任一些得力的知县前去管理，一则恢复生产，安抚百姓；二则涵养税源，保证军费和政务的开支。要使各级地方政权确实掌握在我们手里。”圆觉大师道：“此事确属当务之急，不然下一步军事行动将会受到影响。望天元公及早安排才是。”方腊对方肥道：“此事就由八叔你来持，负责考察选任，名单拟出来我看一看就可以了。”方肥笑道：“那好吧，这件事还要高玉来协助我一下。”方腊道：“可以，高玉在调查陈建、赵约的空暇时间，协助一下八叔。”高玉笑着点点头。方腊又道：“军事方面想听一听大师的意见。”圆觉大师道：“下一步我是这样想的，一方面要镇抚南方七州，此事可由吕师囊率领五万人马，十数员副将、偏将即可，本次打杭州，南方几处义军已将各州兵马收拾差不多了；另一方面，要向北扩张，可派出三路人马，去攻宣州、湖州和秀州，直苏州，依然打出‘诛朱勔，罢花石’的旗号，号召各地百姓拥护我们的行动。待南方平定，这三州攻取后，立国定本的条件就成熟了。建立新政权后，挥师北伐，饮马长江，并与山东宋江南北呼应，推翻宋朝已成定局。”方腊道：“要联合梁山宋江么？”大师道：“不错，要团结一切可以团结的力量，以推翻大宋朝为主要目标，还老百姓一个清平世界。”方腊道：“那将来”圆觉大师打断方腊的话头道：“我知你的意思，不要着急，到时自有分晓。现在的目的只有一个，那就是推翻宋朝，解民倒悬，赢得百姓支持，天下自然归一。江山谁掌，自有定数。”方腊沉思地不住颔首。少顷，方腊坚定地说道：“好，只有不计私利，方能成得大事。下一步行动，大师尽管调遣。”大师道：“好，三日后，我给你拿出一个方案。”
数日后，圆觉大师来见方腊，他拿出一张纸来，递给方腊，方腊细细地看了起来。须臾，方腊一拍椅子扶手道：“好，立即请诸位头领前来议事。”高玉立即派出军士传信各位头领，叫来制置使衙门聚会。
一个时辰后，各路头领陆陆续续都来到制置使衙门大堂。此时，大堂外又建一厅，已竣工投用。又安置了许多座椅，百余位头领济济一堂，皆大欢喜。方腊坐在原制置使衙门大堂内，他还让方肥、方七佛、圆觉大师、方貌、吕师囊、仇道人、包道乙、王寅、高玉、司行方、厉天闰、陆行儿、浦文英、石宝、庞万春、陈十四、石生、霍成富等人也邀到大堂就坐，其他头领则在大厅就坐。众头领坐下后，他让高玉把圆觉大师的方案传达给大家。然后由圆觉大师给众人解说，众头领听后都赞不绝口。当方腊征求大家意见时，大家异口同声地说：“很好，没有意见。”于是，由高玉高声宣布天元圣公军令：第一路：由吕师囊帅五万人马，副将：陈十四、贝应夔、伍应星、郑彪；以及吕师囊旧部“江南十二神”南下，剿灭两浙路南部七州零散官军，统一七州；第二路：由方七佛帅三万人马，包道乙包天师、厉天闰辅佐，引副将凤仪、钱振鹏、霍成富、徐方，偏将华刚、华原、金节、晁中、崔彧、吴值、韩明、张韬、苏泾、米泉共十员，进攻江南东路的宣州；第三路：由方貌帅三万人马，司行方、陆行儿、庞万春辅佐，引副将刘瓒、张威、邬福、苟正，偏将黄爱、薛斗南、温克让、茅迪、廉明、徐白、李玉龙、庞玉娘、朱言、吴邦共十员，攻打秀州；第四路：由圆觉大师帅三万人马，石宝、仇道人、杜微、石生辅佐，引副将郭世广、甄诚、昌盛、厉天佑，偏将胡腾、胡彦、冷恭、张俭，以及“太湖四义”费保、倪云、卜青、狄成、潘浚、弓温共十员，攻打湖州；第五路：由方天定帅两万人马，由王寅辅佐，引副将程胜祖、家余庆、段凯、李韶，偏将郭庚、朱同、许定、李玉、陈箍桶、鲁安及“扬子四鱼”的赵勇、赵猛、赵刚、赵强共十员，负责运送粮草，往来接应，择机接应留守帮源峒的叶贵、汤逢士、温克让、王绩、蒋印、夏侯成，以及诸将家眷、粮草、财物转移至杭州。
其余头领随天元公方腊留守杭州。方肥负责考核确定人事任免，高玉负责调查陈建、赵约罪行，各负其责，不得延误。
