这次贡单上注明，万寿节进贡玉瓷木器等项共八十四宗，其中注明存京物件三十宗，其余五十四宗大约于二月间从云南派人护送过来。乾隆三十六年十一月初八日，身任粤督的李侍尧曾一次进贡品多达九十种，下面列举其中一些：
镶洋表金万年如意一柄、金无量寿佛一尊、珊瑚朝珠一盘、脂玉万年有庆一件、白玉祥禄寿三星一件、白玉长春壶一件、白玉蟠桃九熟一件、宋磁霁红花囊一件、定窑洗一件、嘉窑一统尊一件、成窑五彩瓶一件、定窑福禄尊一件、宋磁霁红瓶一件、定窑宝月瓶一件、明黄刻丝万福万寿龙袍一件、明黄缎绣万福万寿龙袍一件、紫檀雕花宝座一尊、紫檀雕花书隔一对、珐琅镶玻璃五屏凤妆镜九座、东洋漆炕桌一对、洋镶钻石自行人物风琴乐钟一对、洋镶钻石蟠桃推钟一对、洋镶钻石蟠桃表一对、洋油画小挂屏一对。
像李侍尧这样出手阔绰、大办贡品的，在各省督抚中恐怕是绝无仅有的。别人也想向皇上尽孝心，但谁有李侍尧那样的财力！广州素称"腥膻之地"，当时官场俗谚有"运气通，选广东"之说，特别是两广总督下辖总管西洋贸易的粤海关，那里有的是家赀钜万的洋行商人"帮贡"，无需李总督破费。不过，经李侍尧这么一倡导，别的督抚大吏乃至京中权贵，顾虑皇上责怪自己对主子感情不深，也得打肿脸充胖子，想方设法紧跟，进贡成了臣下争宠固宠的手段。
进贡成风，败坏吏治，当时人都把责任推到李侍尧身上，说什么李侍尧"善纳贡献，物皆精巧，是以天下封疆大吏从风而靡"。这固是实情，但这一切恐怕都不是乾隆中期以后进贡靡然成风的根本原因，因为说到底，还是古时那句老话："上有所好，下必甚焉。"乾隆何等精明，他心里怎能不知李侍尧那洋洋大观的贡品的来历。为什么李侍尧贪赃事发后，皇帝心底不能平静？他在念叨李侍尧好处的同时，深知查来查去，不管怎么遮掩，最终也要和进贡勾连起来。
南巡途中，乾隆已经开始考虑如何遮掩李侍尧的贪婪与其竭力备办贡物之间的联系。
钦差大臣和珅于二月二十九日驰抵昆明。下车伊始，和珅即向迎候钦差的云南巡抚孙士毅传宣旨意："孙士毅由军机处行走司员加恩擢至巡抚，李侍尧操守平常，近在同城，岂无见闻，何以不据实参奏？"云贵总督与云南巡抚同驻省城昆明，既如谕旨所说"近在同城"，孙士毅怎能不知李侍尧的劣迹呢？一向精明谨慎的孙士毅彻夜未眠，经过反复斟酌，草成的奏稿主旨是极力渲染李侍尧的蛮横霸道。孙士毅举例说，建水县民身死无着一案，搜出土司隐寄张姓家中金六百两、银一千两，李侍尧却奏称只有"金六十两、银七千五百两"，以金易银，已违成例，且数目悬殊（当时六百两黄金约合一万二千两银子），臣深感骇异，即赴督署面问，李侍尧反问："你说有什么情弊？这件事是我总督主政之件，如有不合，惟我是问，还不用你急查询！"孙士毅最后还是乞请皇上"将臣交部从重治罪，以为瞻顾者戒"。折稿写好，孙士毅又去拜访钦差和珅，请他指教。和珅见孙士毅又揭出李侍尧许多更重的罪款，大喜过望，就当面许愿这次一定尽力开脱，今后在皇上跟前也会随时照应，孙士毅对此感戴不尽。
钦差大臣和珅等抵达昆明后，重点是以海宁检举信为依据，确定从李侍尧亲信家奴、李侍尧本人和馈送银两的几名属员三方面下手，分别调查讯问，为防止相互串供，又迅即采取措施，将有关涉案人员隔离起来。
调查落实海宁指控李侍尧贪婪各款用了不到十天时间，并没费很大气力。乾隆四十五年三月上旬，钦差大臣和珅向乾隆奏称：经查，李侍尧收受庄肇奎银二千两，素尔方阿银三千两，汪圻银五千两，德起银二千两，张珑银四千两，共银一万六千两。又以修理在京房屋收受素尔方阿银五千两，德起银五千两。又勒卖珠子二颗给同知方洛、昆明县知县杨奋共要银五千两。以上情节经诘讯李侍尧家人张永受与素尔方阿等，各供相符，李侍尧亦不否认。总计李侍尧受贿索贿约计三万一千两，比海宁呈禀所列各款超出许多。
《大清律例》中，大体相当于现代刑法贪污罪的罪名，是"监守自盗仓库钱粮"，其最高刑为死刑。原律是"（赃至）四十两，斩"。但在司法实践中，对监守自盗罪拟刑并不援照上述本律，而是根据雍正三年遵旨所定附律条例："凡侵盗钱粮入己，自一千两以下仍照监守自盗律拟斩，准徒五年；数满一千两以上者，拟斩监候，秋后处决，遇赦不准援免。"（白银千两大约折合今天人民币十五万至二十万）此后，该条例虽屡经修改，但自乾隆元年始，"监守自盗钱粮一千两以上拟斩"则作为"正例"一直沿用不改。就法律本身而言，《大清律例》有关对贿赂罪的惩治，要严于贪污罪。清律中大体相当于现代刑法贿赂罪的罪名，是"枉法赃"与"不枉法赃"，其最高刑也是死刑。枉法赃至八十两即绞，不枉法赃则一百二十两绞，由于折半科罪，实际上赃至二百四十两才处绞。"三年清知府，十万雪花银"，容或有些夸张，但如果真正严格依据《大清律例》惩治贪污贿赂法条办事的话，恐怕随便拉出一个官员杀掉都不会冤枉他。特别像李侍尧那样肆无忌惮的大贪官，根本无须发动他的下属起来揭发检举他，随手捡两样面儿上鸡毛蒜皮之类的问题，就足够他死上几十次了。但李侍尧竟然奇迹般地死里逃生了！
三月十七日，钦差大臣和珅汇总调查李侍尧被海宁呈控贪污各款情况的奏折，递到御前，当时皇帝所乘御舟正沿苏北境内运河南斗圩至十里亭一线南下。自查抄李侍尧家产以来，乾隆早已料到这位风头正健的能员可能手脚不干净，而他的贪纵营私，又很难与他大量进贡珍宝古玩、西洋奇珍脱开干系，不过令他大为意外的是，和珅的奏折及所有涉案人员的口供都表明，李侍尧在云南婪索下属的说词，除其自家修理房屋之外，竟然全部与进贡有关，如果这样公布出来，让人难免会产生李侍尧为进贡所迫、不得不让属员"帮贡"的联想。看来问题远比原来设想的要严重，乾隆再也无心观赏运河两岸明媚的春光了，查办李侍尧一事已经到了必须向全国臣民公开的时候，他不能不静下心来专心思考如何找一个既保全国体，又不损及自己颜面的得体的说法。
第二天，通过行在内阁发布的明发上谕是这样开头的：
"李侍尧由将军用至总督，历任各省，前后二十余年，因其才具尚优，办事明干，在督抚中最为出色，遂用为大学士。李侍尧具有天良，自应感激朕恩，奉公洁己，意图报效。乃昨据海宁呈禀李侍尧贪纵营私各款，因命侍郎和珅、喀宁阿前往查办。"
谕旨最后宣布将李侍尧革职拿问，素尔方阿、汪圻、庄肇奎、张珑、方洛、杨奋一并革职，交和珅等严审定拟具奏。同时由内阁公布的谕旨还有，将云南巡抚孙士毅革职，发往伊犁，自备资斧效力赎罪（按：但不知为什么，孙士毅临行，乾隆又命他留京纂修《四库全书》，特授翰林院编修，理由是孙学问优长。实际是孙士毅与和珅私交甚好，盖和珅从中斡旋也）；调奉天将军福康安任云贵总督，命严希深驰驿前往署理云南巡抚。
到三月底，皇上交办的查处李侍尧贪纵营私一案的全部差事，实际上业已办妥，四月初，和珅等将定罪量刑奏折拜发之后，即取道贵州回京复命。李侍尧以下全部官犯仍留在云南等待最后判决。以和珅拟罪而言，是严格依法办事的，他并没像通常审理此类案件的钦差大臣那样，奏请皇上将李侍尧"从重"改为"立决"，因为他反复揣摩旨意，隐隐地感觉到皇上对李侍尧似有网开一面之意，如果自己稍有不慎，露出借机倾害李侍尧的念头，反而容易招致皇上的反感；况且，李侍尧婪赃事实既已办得确凿，即使以"斩监候"上报，谅他也很难过关。
乾隆在严于立法惩贪上，做得比他的父祖康熙、雍正都好，更是他的后世子孙无法望其项背的。为什么乾隆中期以后，有那么多犯了贪污贿赂罪的贪官，其中包括数十个"红顶子"被杀掉？就是因为惩贪法条载入了《大清律例》，擢发难数的贪官污吏，不抓则已，一旦被揭发出贪污白银一千两（大约相当于一位县官的年薪）而推进司法程式的话，他就很难活着出来。
对李侍尧，乾隆确实想刀下留人。因为，他从治理国家的多年实践中，对"人才难得"体会良深。杀了李侍尧，国家今后遇到大事，就少了一个处繁治剧的能员。现任首席军机大臣福隆安气体孱弱，不堪重任，和珅倒是机敏过人，伶俐可爱，福隆安一旦有个三长两短，就只有他能顶上去，把军机处运转起来；阿桂呢，当然是个能独当一面的全才，但环顾宇内，能与他相比的，就只有李侍尧一人而已。乾隆真的担心，国家如果同时发生几件大事，没了李侍尧，该是何等捉襟见肘啊！如果留李侍尧一条活命，将来他更有报不完的再造之恩。乾隆深谙"使功不如使过"的帝王术。
当然，"人才难得"之外还有一层，那就是乾隆最看重李侍尧这个奴才恋主最深、也最诚，他的许多不足为外人道的私房话儿，都可以放心地对李侍尧讲。就拿进贡这件事来说吧，乾隆申斥臣下进贡的谕旨不下数十道，不少谕旨恳恳千数百言，如说自己并不喜欢督抚大臣进贡，"朕常时所用悉系朴素木器，不尚奢华，督抚等若惟夸多斗靡，妄费呈献，朕非特不以为喜，转觉其可惜，督抚等又何必为此耗费物力而不能见好之事乎？"又说"宫中服御，不用珠绣，又如象牙织簟，远不及寻常茵席之安适"，等等，话都说得非常动听。但乾隆心里到底是怎样想的呢？乾隆二十二年十二月，他传旨署两广总督李侍尧说："此次所进镀金洋景表亭一座甚好，嗣后似此样好看者多觅几件；再有大而好者，亦觅几件，不必惜价。如觅得时，于端阳进贡几件来。"从英国等西方国家进口的"镀金洋景表亭"（今天故宫钟表馆里摆的多是这玩意儿），一座不够，要"多觅几件"；已进的似乎还不够理想，"再有大而好者，亦觅几件"，且"不必惜价"。于此一件小事可见，乾隆和李侍尧私情非同寻常。"官儿不打送礼的"，就道出了中国人情世故的特色。李侍尧深谙此道，给皇上送的礼，寓意吉祥、体面大方，新颖别致而不流入奇技淫巧，富丽堂皇又未落入俗套，用实际行动给别的督抚树立了一个"优于办贡"的榜样，最后如果因为进贡掉了脑袋，乾隆皇帝作为纳贡者能够心安吗？
不过，这些想法都不便拿出来作为赦免李侍尧的理由，乾隆只好另辟蹊径，设法从司法程式上做手脚。
经钦差大臣遵旨初审拟罪上奏之后，按常规由皇帝批谕"该部议奏"，即将钦差大臣初审的奏折批交刑部核议，由刑部拿出本部意见上奏。但李侍尧系大学士兼管总督，为朝廷大臣，国家体统的尊严所系，不宜由刑部论议；况且，刑部侍郎喀宁阿与和珅同往云南审案，已经表达了该部的意见。像李侍尧这样的大案、重案，由皇帝批交三法司--刑部、都察院和大理寺"核拟速奏"，应该说是最符合当时司法常规的。但乾隆深知如果走这样的程式，李侍尧必死无疑。因为三法司的大臣们唯知就法论法，他们肯定认为钦差大臣和珅拟的"斩监候"失之轻纵，只有"从重立决"，才能维护法律的尊严。如果不交三法司，还有一个办法，那就是批交"大学士、九卿会同核拟具奏"。大学士九卿会议解决的是"事体重大或理有疑难"的问题，大学士、九卿会审是最高审级，由它决定李侍尧生死，于国家体制讲是正办，就国家常规司法程式而言也讲得通。更重要的是，大学士九卿会议虽说体制尊崇，其实不过走走形式而已。乾隆完全有理由认为，把李侍尧交大学士九卿会审，维持钦差大臣和珅"斩监候"原拟，该不会有什么问题吧？
谁曾想，结果竟大出乾隆意料之外！
乾隆四十五年四月二十一日，在京大学士、九卿会齐，先由刑部办事人员宣读和珅等拟罪奏折内容，然后大臣们各抒己见。这次廷议一反常态，效率出奇地高，意见也格外集中，大家一致认为和珅所办李侍尧一案，就其犯罪事实讲，结实可靠，无可动摇，惟拟罪过轻，应从重改为斩立决。这样一来，无异把意欲通过常规司法程式免李侍尧一死的乾隆皇帝逼到了墙角，几乎没有回旋余地了。
此时南巡回銮的车驾已进入直隶境，乾隆忽然想起不久前湖广总督富勒浑前往江南行在接驾时讲的一番话，心中顿时有豁然开朗之感。当时正赶上钦差大臣和珅审拟李侍尧一案奏折递到行在，皇上借召见之机，询问富勒浑有何意见，富勒浑主张贷其一死。他说："李侍尧历任封疆，实心体国，认真办事，在各省督抚中并不多见。臣以为李侍尧虽晚节不够谨饬，但罪不至死，若皇上开恩弃瑕录用，将来未必没有其报恩之处。"乾隆内心虽深以为然，不过，面无表情，未置可否，这令富勒浑日后深悔失言。而此时乾隆想起，如果将如何处置李侍尧放在数十名总督、巡抚范围内再加核议一番的话，他们之中至少可以确保有富勒浑一人，会站出来公开表态反对将李侍尧即行斩决，到那时，事情不难于山重水复的绝境，自然引出柳暗花明之前景。思考已定，乾隆决定绕过正常司法程式，另辟蹊径，将李侍尧一案发交封疆大臣们各抒己见。
五月七日，军机大臣奉旨以内阁名义传谕各省督抚，对李侍尧一案应如何定罪发表自己意见。但事态的进展大出乾隆意料之外，这"一个督抚"竟不是皇帝心目中笃定的湖广总督富勒浑，而是安徽巡抚闵鹗元。
最先遵旨具题的是离京较近的直隶总督袁守侗、河东河道总督李奉翰、山东巡抚国泰和江苏巡抚吴坛，他们的意见都是赞同大学士、九卿所拟应从重"速正刑章"，乾隆心中虽有不快，但是他们的态度都早在意料之中。富勒浑在遵旨用题本奏覆的同时，又给皇帝写了一件奏折，令乾隆大失所望又火冒三丈的是，这个不可救药的浑蛋事到临头又变了卦，他竟敢奏称："大学士、九卿以李侍尧赃私累累，仅拟斩候尚觉罪浮于法，从重改拟斩决，请旨即行正法，酌理准情，实亦罪所应得。"这样，富勒浑失之交臂的邀功取宠的良机，竟让聪明伶俐的闵鹗元轻易拾去。
