如71军军长王敬久、该军第87师师长沈发藻等根本未回指挥所；教导总队队长桂永清回到富贵山地下室指挥所后告知幕僚撤退任务，即留参谋长邱清泉处理文件等，自己单独先去下关；其第2旅旅长胡启儒得知撤退消息较早，不等会议结束，即以奉命去下关与第36师联系为由，电话通知其第3团团长代行旅长职责，独自先去下关。
由于城中各部队多沿中山路向下关撤退，而挹江门左右两门洞已经堵塞，仅中间一门可以通行，各部争先抡过，互不相让，不少人因挤倒而被踩死。如教导总队第1旅第2团团长谢承瑞，在光华门阵地上曾英勇地抗击日军多次冲击，却在挹江门门洞内被拥挤的人群踩死。有的将领，如第83军第156师师长李江见城门无法挤过，就从门东侧用绑腿布悬吊下城出走。
第66军2个师从紫金山北趁天黑以后向南突围。将士们机智地寻找日军兵力的薄弱地带，从日军包围圈的间隙冲了出去。他们把机枪击中在队前，一路冲杀，且战且走，部队经马场机场东侧、椁化镇、句容、溧阳，终于杀出一条血路，安全到达皖南宁国。
第83军当夜由栖霞山附近突围，也取得成功。
执行命令突围的这两支部队，都死里逃生。而拒不听命的大批部队却钻进了死胡同。其他各部都认为逃往江北还是生路。就都不顾命令，纷纷拥向东边，夺路而逃。从中山北路到挹江门，沿路挤满了争相逃命的各路兵马和老百姓，车辆、装备和人马相互拥挤践踏。一纸撤退命令，就使十万大军像一阵风似地被吹得七零八落，魂飞魄散。
人群蜂拥着冲到通往下关的挹江门，这是从城里通向江边码头的唯一通道。突然，人群一阵骚动，原来，面前是数十挺机枪黑洞洞的枪口，荷枪实弹的士兵端着明晃晃的刺刀。第36师的官兵在执行唐生智的命令，阻止部队向江边撤退。
人群愣了片刻，又发疯似地向前冲去。
“哒哒哒……”机枪响了，子弹从人群的头顶上飞过。
“叭叭叭……”步枪、手枪声响起来。但是，这次是向城门方向射。人群中有的官兵和城上第36师的官兵对射起来。
枪一响，人群像绝了堤的洪水，冲向城门，城门只开了一扇，人多门窄，人流从被挤到在地的人们身上踏过去，没命地向江边冲去。一名被挤倒在门边的伤兵急红了眼，拉响了随身携带的手榴弹，“轰隆”一声，城门洞内血肉横飞。浓烟散过，无数双脚又无情地踏过残肢断臂，蜂拥而过。被遗弃道旁的伤兵们对着头也不回地逃命的同伴的背影破口大骂：“你们都逃了，把我们甩到这里，叫日军杀害，真令人伤心！******，早知如此，谁肯打仗！”
近水楼台的第36师宋希濂部，用汽船拖着木船把第一批人马运到了江北。当船回到南岸后，岸边急于求渡的人们不管三七二十一都蜂拥上船。第36师被冲乱。到13日8时，整个36师只有3000余人渡过了江，半数以上的人马被困在了南岸。
下关情况更为混乱，各部队均已失去掌握，各自争先抢渡。由于船少人多，有的船因超载而沉没。大部官兵无船可乘，纷纷拆取门板等物制造木筏渡江，其中有些人因水势汹涌、不善驾驭而丧生。因乌龙山要塞守军撤走，原停泊于草鞋峡、三台洞（燕子矶南）的“文天祥”鱼雷快艇中队（4艘）也于12日夜驰去大通。
第87师副师长兼261旅旅长陈颐鼎根本就没有接到司令长官下达的撤退命令。到12月12日下午，261旅就与师部中断了联系。中山门正面日军阵地上一片沉寂，只听到雨花台、中山门一带枪炮声激烈，紫金山大火烧红了半山，枪声却逐渐稀疏下来。陈颐鼎觉得有点儿不对劲，就对副旅长孙天放说：“咱们一点外边的情况也不知道，跟师部也联系不上，是不是找临近的教导总队马威龙旅问问情况？”
于是，孙天放派联络参谋刘平去马威龙指挥所。一会儿，刘平回来了。
“情况怎么样？”陈颐鼎急切的问。
“广东部队第83军已整队出了太平门，向东北方向去了。马威龙旅长也正在向左侧靠去。”
“他们到哪里去？”
“他们拒不答复。中山门到光华门一段城墙上已经没有一个守兵……”
陈颐鼎和孙天放面面相觑，坠入五里雾中。过了好长时间，陈颐鼎对孙天放说：“天放，劳你大驾，带上一些人，亲自到左翼铁路附近观察一下吧。了解了情况好下决心！”
孙天放去了许久，直到13日零时才转了回来。他满面惊慌悲痛的神情，强压着一颗快要跳到喉咙的心：“南京失守了！”
这声音似晴天霹雳把陈颐鼎从头打到脚，完了，全完了。部队现在是进退不得，右侧有溜冰场高地的敌人封锁着向光华门的去路，正面跟敌人对峙着，背后是护城河。唯一的退路，就是向下关撤退。按常理，既然撤守南京，应先派出部队掩护主力撤退，并在江边备好渡江器材，供部队按计划渡江。
“怎么不见撤退命令？”陈颐鼎不明白。
“其他部队都在向下关走，我们不能孤军留在这里坐以待毙呀！”孙天放急了。
“可我们并没有得到撤退命令，擅自放弃阵地是要受军法制裁的！”
“我说旅长，我们也要及时应变哪！要不，把团长们找来共同商量一下。”
孙天放一再地把他看到的情况向团长们通报，坚持事到如今非走不可。团长们看看旅长不吭声，齐声说：“走不走，我们听旅长的！”
陈颐鼎心里清楚，走，这个擅自撤离的责任就得由他一人来承担。
“撤！可以！但要咱们大家负责。”陈颐鼎紧紧盯住大家。
“可以，大家签字！”一个团长说。
陈颐鼎拿出一个日记本请在场的一一签字，当他收回本子的时候，泪水溢出了眼眶。大家相对无言。陈颐鼎一拍桌子，大声宣布：“521团第3营占领苜宿园到中山陵之线掩护，其余部队向下关撤退！”
