十二月二十四日，清政府任命左宗棠为浙江巡抚，从此，当过多年“假巡抚”的左宗棠成了真巡抚，正式步入大员系列。在投奔曾国藩之初，左宗棠所期望不过是“以小营官自效”，孰料“进步”速度如此之快。这当然全是曾国藩提携之效。曾国藩好事做到底，不但把驻扎在赣浙边界的湘军统归左宗棠节制，而且慷慨地给了他向皇帝的专奏权和征收厘金权。
入浙是左宗棠一直以来的梦想。早在楚军出湘之始，左就注意到浙江这个最富之地。曾国藩这次超额满足了他的梦想，令他快慰不已。而曾国藩在入浙时机上的选择，更让他看到曾国藩为他考虑的细致周到。此时的左宗棠，对曾国藩发自内心地尊重感激，和曾国藩交往中，变得毕恭毕敬，“修敬先达之礼”，“每事必请教而后行”，称“涤帅与我，情意郛洽之至”。这是双方合作中最情投意合的一段。
获得了更大平台的左宗棠的才干更挥洒无余，他竭尽平生才力，专注于浙江军事。同治二年（1863）三月，清廷超擢他为闽浙总督。
左宗棠担任巡抚，已经属于破格超升。而仅仅一年之时间，就又擢升总督，居然与曾国藩平起平坐，分庭抗礼了。
他在家书中说：“近奉冲圣寄谕，吾与涤公均平列。”。这一年多时间，左宗棠并无特殊建树，何以如此轻松取得与曾国藩平列的地位呢？
这道圣旨的背后隐藏着大清朝廷极为深刻的用心。原来，曾国藩此时权倾天下，拥兵过广，已经令清廷不放心了。
他们怕曾国藩尾大不掉。使左氏与曾分庭抗礼，就是为了分裂湘军，牵制“兵权过重”的曾国藩，达到分湘系集团而治之的目的。
而之所以起用左宗棠来牵制曾国藩，是因为清廷敏锐地发现，左宗棠与自己的恩主曾国藩之间出现了矛盾。
随着左宗棠地位的迅速上升，他与曾国藩的关系又一次出现了恶化。首先当然还是用兵方略上的争执。投身曾国藩之前，左宗棠批评起曾氏之兵略从来没有客气过。既为麾下之后，左宗棠对曾的许多军事判断虽然不再公开嘲讽，但与朋友们交流时仍直言不讳。比如，闻听太平军占领浙江后，曾国藩的判断极为悲观，惊呼道：“现在苏、浙两省膏腴之地，尽为所有，窟穴已成，根柢已固，东南大局，收拾愈难。”左宗棠却认为这是一件好事，太平军舍弃长江中游的安庆地区，而专集于下游，“大局顿有转机”。事实证明左的看法确实比曾更有见地。
早在咸丰十年（1860）三月，左宗棠就建议曾国藩“先以偏师谋取吴越”。曾国藩却坚持所谓“稳扎稳打”之法，拒绝此议，进驻皖南万山丛中的祁门。左宗棠虽然没有公开批评，却在写给儿子的信中流露出轻蔑之色：“涤公于我极亲信，毫无间言。唯才略太欠，自入窘乡，恐终非戡乱之人。”
离开曾国藩羽翼之后，左宗棠开始接连不断地与曾国藩争辩兵机。他认为曾国藩用兵过于拙滞，对自己的束缚过多，在信中经常对曾发出抱怨。随着浙江巡抚做得越来越顺手，左宗棠对曾国藩的批评也越来越直言不讳。在给骆秉章的信中，他这样表达自己的委屈：“涤相于兵机，每苦钝滞，而筹饷亦非所长，近日议论多有不合。只以大局为重，不能不勉为将顺，然以难矣。”
入浙之初，左宗棠对曾国藩的建议还是唯命是从至少积极响应的，但随着他在浙江脚根扎稳，对曾国藩就越来越轻慢起来。曾国藩对周开锡、李庆霖二人十分反感，要求左宗棠斥退他们。左宗棠却对曾国藩的用人之道不以为然，“恪靖（指左宗棠）尝谓文正无知人之明，故文正（指曾国藩）所弃者，无不重用”，反而委此二人以重任。同治元年（1862），当太平军进攻曾国荃部时，曾国藩要求左宗棠派蒋益沣一军往援，左宗棠却拒不从命。曾国藩于浙事或者楚军的“大调度”，都通过书信或者咨文商之于左，可是左却“每置不肯”。曾国藩寄给左宗棠的信件，左动不动就不予回复。以至于曾国藩在一封信中这样抱怨道：“每有大调度，常以缄、咨敬商尊处，公每置之不论，岂其未足与语耶？抑自足而拒嘉谟耶？盍亦箴砭而推挽之？”
与左宗棠的合作中，曾国藩不得不又一次回到忍气吞声、逆来顺受的角色。和别人他不好说什么，只能对亲兄弟一吐肝肺。同治二年（1863）五月初二，他在致曾国荃的信中这样说：“余因呆兵太多，徽祁全借左军之力，受气不少。此后余决不肯多用围城之呆兵矣！”郁怒之态，溢于言表。
不论有多少不愉快，曾左二人关系表面上还是过得去的。虽然左宗棠说出“公与弟均尚气好辩，彼此争论，更涉形迹，于大体多所窒碍也”之类的重话，但双方从来没有撕破面皮。因为曾国藩位为两江总督，左宗棠是浙江巡抚，名位毕竟在曾国藩之下，不得不时时压制自己的气焰。但当左宗棠升任闽浙总督，与曾国藩地位相等后，二人的冲突就开始表面化了。
二人第一次冲突的导火线是军饷问题。
湘军不是经制之兵，军饷一直是曾国藩最头疼的问题。当湘军顿兵南京城下之时，曾国荃每天只能发四成饷，士兵连半饱也吃不上，只能煮粥度日。
为了保证湘军军饷供应，曾国藩保举沈葆桢出任江西巡抚，因为江西是湘军重要的饷源地。没想到出任江西巡抚不久，地方主义倾向就压倒了对曾国藩的感激之情，沈葆桢急于在江西干出成绩，想把江西财政收入都留为己用，不再为湘军供饷。曾国藩闻讯大急。没有了这笔饷银，南京城下的湘军只有两条路，一是哗变，二是在南京城下被活活饿死。
曾沈二人为了争饷，在皇帝面前打起了笔仗。对于沈葆桢的忘恩负义，曾氏大营的所有人都气愤填膺，他们纷纷说，如果朝廷设一个“绝无良心科”，沈一定取得第一名。
曾国藩为此“郁闷殊甚”，写信给左宗棠说：
幼丹（沈葆桢的字）中丞与敝处大相龃龉，将漕折全行截留，初不省其开罪之由。以中才而当末流之世，处权势之地，固宜丛尤悔而不自知乎？
曾国藩把左宗棠当成了心腹和知己，才如此推心置腹地谈论此事。他万万没想到，升任了总督的左宗棠在回信中没接他的话茬，却为沈葆桢抱起了不平。
原来，左、沈二人此时已经走到了一起。战争形势的发展，使左沈有了共同的利害关系。因为左氏军队在浙江阻挡太平军入赣，为江西起了屏障作用。左宗棠还多次带兵入赣剿杀江西境内的太平军。沈葆桢虽然不愿为曾氏供饷，却愿意为左氏供饷，双方因此关系密切，情投意合。在和曾国藩打奏折官司时，沈葆桢甚至还把左宗棠带兵入赣，高风格地不用江西饷银的事迹写入奏折，以此贬低曾国藩。“江西现已财力枯竭，所幸闽浙总督左宗棠派兵前来我省作战”，“极谅江省苦情，派来刘典援师，血战于江，转饷于浙”。
因此，当沈葆桢与曾国藩打起奏折官司时，左宗棠站到了沈葆桢一边，拒不为曾国藩说话。在沈葆桢以开缺威胁朝廷时，左宗棠则公开替沈葆桢抱不平。他写信指责曾国藩说：现在你的好朋友郭嵩焘（湘系元老）升任广东巡抚，而你的敌人沈葆桢却吁请开缺，“一益一损，且幸且惧”。意思是说，反对你的人，你逼得他走投无路。顺应你的人，就步步高升，你的独断专行，已经让人畏惧了。
面对左宗棠措辞尖锐的质问，曾国藩采取了一如既往的忍让态度，没有进行过多的解释和争辩，但难免不心存芥蒂。在曾氏大营中人看来，左宗棠此举证明，他已经可以步沈葆桢之后，取得“绝无良心科”的第二名了。曾左二人日后关系日渐疏远，在此就打下了深刻的伏笔。何况成为总督之后，左宗棠与曾国藩的书信往来又恢复了旧日飞扬跋扈指手画脚之态。笔记中有这样一条记载：
（左宗棠）一日来咨，极诋文正用人之谬，词旨亢厉，令人难堪。文正复之云：“昔富将军咨唐义渠中丞云：‘贵部院实属调度乖方之至。’贵部堂博学多师，不仅取则古人，亦且效法时贤，其于富将军可谓深造有得，后先辉映，实深佩服，相应咨覆云云。”
以曾国藩之修养，如非郁怒已极，绝不会以这样的嬉笑怒骂尖酸刻薄来回应左宗棠。双方的关系，至此已经阴云重重。然而就在此时，左宗棠又给了曾国藩重重一击。
太平军为了解天京之围，对湘军展开突然反攻，大举攻入了皖南。左宗棠认为这是曾国藩调度不力、防备不当所致，在未和曾国藩商议的情况下，直接向清廷建议，简派杨岳斌来督办江西、皖南军务。这一建议的实质，是要从曾国藩的辖区范围内分割出江西、皖南，清廷早就想收缩曾国藩的兵权，接到此奏立即批复同意。这显然是对曾国藩权势和威信的一次严重打击。以曾国藩之城府涵养，对此事未置一词，但他的幕客们却情绪激烈，纷纷破口大骂。
曾国藩的得意门生赵烈文在他的日记中说，见左宗棠《请饬杨岳斌督办江西、皖南军务片》，字字为自己表功，句句给曾国藩抹黑：
按此折……旁敲侧击，复见金陵之兵力甚充，不必视为过重，及曾中堂之用人，未能尽人之长。寸楮之中，凶锋四射，似乎天下舍己之外，更无公忠体国之君子。吁！险矣。
“天下舍己之外，更无公忠体国之君子”，赵烈文一语，道出了左宗棠的心事。左宗棠以居心正大为恃，对老同事、老朋友突然袭击，这种事以后还多次发生。这种袭击表面上当然是以“大清王朝根本利益”为出发点，但背后却经常隐藏着强烈的“争雄心态”。事实证明，清廷选择左宗棠来作为分化湘军的突破口实在太准确了。在整个湘军集团中，左宗棠是唯一一个始终要越曾国藩而上的人。左宗棠的这一举动，正式宣告曾左解体。
清廷见分化政策收到效果，从此更加放手扶植左宗棠的势力。经过三年苦战，左宗棠攻克杭州，清廷因此于同治三年（1864）三月特加左宗棠以太子少保衔，并赏穿黄马褂。及至当年十月，左宗棠夺得浙江全省，被清廷封为一等伯爵，并赐爵名“恪靖”。功名之顺遂，出乎所有人的想象之外。
（第四节）正式决裂，恩怨重重
曾左二人正式决裂，发生在同治三年（1864）。
同治三年六月十六日正午，南京太平门外一声巨响，城墙崩坍，烟尘升起数十丈。天京陷落。
两天之后的六月十八日午夜，气喘吁吁的信使叩响了曾国藩大营营门。已经于二更四点睡下的曾国藩在三更三点被人叫醒，披衣复起。他已经猜到是什么消息，颤抖的手握住咨文，读后“思前想后，喜惧悲欢，万端交集，竟夕不复成寐”。
是啊，曾国藩有太多理由百感交集。从咸丰二年起兵到今天，整整十二年了。这十二年里，他失去了两个亲兄弟，也亲手把数万名湘乡老乡送入鬼门关。自己更是三次自杀，数度濒危，忍受了超过普通人耐受极限十倍百倍的艰巨和委屈，才换来这一张捷报。
收到捷报，大清朝廷“特沛殊恩，用酬劳勚”，册封曾国藩为一等侯，世袭罔替。同时册封曾国荃为一等伯。有清二百年里，汉人得此异数者，少之又少。真是“兄弟二人皆列土，可怜光彩生门户”。
然而，就在封侯的喧闹喜庆过去不久，曾国藩却又一次陷入了苦恼之中。
原来，曾国荃午夜送来的那张捷报存在一个致命的问题。曾国荃没有详细调查，就匆忙汇报说，幼天王“积薪宫殿，举火自焚”，南京城内十万太平军皆被消灭。南京一役，圆满成功。
然而事实是，南京城破之际，有数千人突围成功。这数千人中，就有洪秀全的儿子幼天王。自古用兵，讲究擒贼擒王斩草除根，幼天王逃走，则太平军残部犹心有所系，镇压太平天国自然不能算彻底成功，曾国荃血战两年得来的“首功”由此也大打折扣。曾国藩得知真相后，如同兜头一瓢凉水。他只能盼布防的湘军在南京城外迅速抓住幼天王。这样，他也可以从容向朝廷汇报，措辞之间，极力回旋，使他们兄弟不至于十分难堪。
让他想不到的是，幼天王居然一路逃过湘军在南京城外的层层布防，千里奔逃到湖州，投奔了当时太平军余部中的堵王黄文金部。更让他想不到的是，居然有人不禀告他，率先将此消息报告给了朝廷。
此人就是左宗棠。
左宗棠通过线人，得知了幼天王的踪迹。按常理，他应该及时把这个消息告诉曾国藩，让曾国藩决定如何处置整个事情。再退一步，即使是由他来向朝廷汇报，他无论如何也应该先与曾氏兄弟通报一下情况。这样于国家无损，而于私谊有益。事实上，在以前的军务大端上，左宗棠一直是这么做的，只有这次，在涉及曾氏兄弟根本利益的大事上，左宗棠没有这样做。在获得了幼天王下落后，他立刻于七月初六直接奏报朝廷：
据金陵逃出难民供：伪幼主洪福瑱于六月二十一日由东坝逃至广德，二十六日，堵逆黄文金迎其入湖州府城。查湖郡守贼黄文金、杨辅清、李元继等皆积年逋寇，贼数之多约计尚十余万，此次互相勾结，本有拼命相持之意；兹复借伪幼主为名号召贼党，则其势不遽他窜可知。且江西兵力渐集，李世贤、汪海洋诸逆如不得逞于江西，则遁入浙、闽，复与湖州踞逆相首尾，亦未可知。
也就是说，据金陵逃出来的难民交代，幼天王逃到了广德，被堵王黄文金接入湖州城。黄文金等都是太平天国骨干，又拥十万残部，本来就要战斗到最后一刻。如此又得到了幼主作为号召，实在十分危险。其他太平军残部，有可能前来会合。
这道奏折，不但有实情，还有夸大。幼天王逃至湖州是实，但是所谓他受到太平天国十万余残部的热烈欢迎，“拼命相持”，却是夸大不实之词。其实，洪秀全在天国覆亡之前已经人心丧尽，毫无政治经验、与臣下素无交往的幼主更谈不上什么号召力。李世贤、汪海洋等残余将领对“迎驾”、“护驾”根本不感兴趣，不想给自己找一个空头麻烦，所以幼天王在逃亡途中总是“赶不上”他们。堵王黄文金虽有“迎主”的举动，其后却对幼天王本人避而不见。由此可见，幼天王这条小泥鳅已经翻不起大浪，不值得人们那样大为紧张了。
左宗棠夸大幼天王的影响力，意图十分明显，那就是要风凉贬损曾氏兄弟的战功。他告诉清廷，幼天王远比南京城更重要。幼天王逃出，并且受到十万余残部的热烈欢迎，那么太平天国各地残部联合起来，重新复兴，并非没有可能。看来镇压太平天国大业，只是完成了一半。而曾氏兄弟就是凭着一半成功，骗得了封侯之赏。
左宗棠的目的果然达到了，朝廷勃然大怒。慈禧太后万万没想到素称老实厚道的曾国藩居然敢如此欺君罔上。于是降下严旨，切责曾国藩：
据曾国藩奏：洪福瑱积薪自焚；茫无实据！似已逃出伪宫。李秀成供：曾经挟之出城，后始分散；其为逃出，已无疑义。湖熟防军所报斩杀净尽之说，全不可靠！着曾国藩查明。此外，究有逸出若干？并将防范不力之员弁从重参办！
这道谕旨语气空前严厉，不仅指责曾国藩以前的奏折“茫无实据”、“全不可靠”，而且要严惩曾国藩的部下，“将防范不力之员弁从重参办”。不要说慈禧主政以来，对曾国藩一直是客客气气，就是对曾国藩不太感冒的咸丰皇帝，也从来没有说过这样的重话。曾国藩的自尊心受到了空前打击，声誉也大大跌落。
