剩下的六科廊房与通政司，六科廊房既然已经臭的不能再臭了，干脆就扔掉，但通政司必须拿起来，而且给予更大的职能权力。
万历要想推行新政，依靠现有的这一套官僚系统是绝难成事的，但短时间内找到如此多的人才进行更换，根本就不可能。这就需要一套全新的行政系统，它既处在现有的系统之中，又能独立行事，并且是能统观全局，除了军队之外，六部各事都受其节制的一个小朝廷，人数不用太多，但都得是干事的人，万历想要推行任何政事，就可从中派人前往督办，加以落实。
这就与通政司原先的职能差不多了，只是多了更大的行政权力，而不单单是一个监督机构。只要将通政司升格为通政院，其地位与六部同等，同样也处在内阁监管之下，这样可以使现有的官僚系统更容易接受通政院的升格，也可使通政院处于内阁的监督之下。
实际上这与现在派往各地监军和矿监等的性质差不多，但太监去往各地都建有监军府或矿监衙门，是属于一种长驻机构，而通政院是冲着事去的，事办完人即走，少了地方保护主义，只以办事为目的，事办好后就可将相关材料交给督察院备案，一来让督察院对所办之事有个了解并对办事过程形成监督，二来，可由督察院对事后的落实情况继续监察，以免人走茶凉的情况出现，使得政策具有延续性。
但通政院权力过大也会带来一些问题，如派出去办事的人，好的可以造福一方，坏的就会反正事不关已高高挂起，只求办成事邀功请赏，而不择手段，事虽办成，却遗害后世，甚或再刮上一笔不义之财。
内阁做为唯一一个对通政院具有管理权力的机构，如果其成员构成涉及的覆盖面不够全面的话，通政司完全有可能在万历自己有意无意的偏颇之下，变成新的“太监”。这是值得警惕的一点，因此万历还决定增加内阁成员数量，内阁除去首辅与次辅各一名外，六部及通政院主官七人一并入阁，组成九人制内阁。不管通政院经办的是关于哪一部职权范围内的事，在内阁里都有一张直接做出监督的嘴，同时，通政院又可以通过内阁提出自己的意见，除了互为监督外，内阁也就成了一个交流的平台。
这样的安排万历没准备去跟谁商量，现在他在官员心中的“威严”已经有了，做为皇帝他本来就有安排各部的权力，现在他完全可以放开手脚来做这种权力分配游戏的主导。只需下一道谕旨，将通政院升格及增加内阁成员一事通告各方，再将各部主官都升到二品，侍朗从正四品升到三品，其余人等官职品级暂时不变，一来可以用这种升级堵住几位权官的嘴，二来现在的各省巡抚也是领着三品衔，同为三品别人干吗要听你的呢？就是听了，发号施令的人也不得不有所顾虑。天高皇帝远，万历是管不着巡抚的，但却可以管得着尚书，这就使得权力更加集中到自己身上。
同时，也为通政院将来是不是有办事的权力正一下名，扫清阻碍，而在万历心中通政院的第一任掌院就是金学曾。
金学曾是一个胆大心细，又带点游戏人生心态的人，一个顶撞上司而能做到不得罪上司的人，因此可以将之看成极为聪明而狡猾的人。而更多的时候他是一个士者，为士者忠义，遇事勇往无前，又能权衡事委，求得对应之方；为士者重行而少言，轻名利，重实干，虽难能千古留名，却是国之所需。这让看过一本名为《智圣东方朔》的小说的万历，不由把他与汉武帝手下的东方朔联系到了一起，早就有一见之心。只所以托到今天，那也是怕了那些言官会拿夺情说事，但现在不一样，冯保造反一事，暂时会让言官们闭上嘴。
这次见金学曾还有一个考虑，要说现在大明朝最大的危机，不是官员的腐败，腐败可以通过打击消除，也不是能不能发展起工业，造不造的出飞机大炮，而是土地的问题，土地是引发历代王朝更替的主要原因，也是困扰着所有帝王的梦魇。现在撤消宗人府已经交与李太后帮忙处理，但随之而来的土地问题，却只能自己去解决了，如果不尽早拿出一个解决土地问题的方案来，不管将来会得到多大的领土，这一问题都只会被继续放大。而当今大明朝对土地问题了解最深又敢于对自己说明的就只有金学曾一人了，他从张居正刚实施清丈田亩和一条鞭时就全程参与，可谓是了如指掌。
万历与李太后在坤宁宫一起吃午饭，稍微的提及自己的一些想法，让李太后心中有个底数，以免她与宗人府交涉时应下太多的条件，那时自己就只能兑现这些李太后答应的条件了。
饭后送李太后回慈宁宫，万历便叫王德派人到燕王府把金学曾与邹元标二人叫到上书房。这次万历之所以敢将二人同时召进京来，看中的就是历史上反对张居正最猛，并被看为代表式人物的邹元标，却在一片倒张居正的声音中站出来为张居正鸣不平，如果说反对张夺情是出于他思想上的守成，那么为张鸣不平则可以看出他还是一个实事求事的人。
万历很有信心这次邹元标不会站出来反对金学曾的夺情，一个曾经是反对张的代表性人物，同样也可以成为今天不反对金学曾的代表。只要邹元标不反对，那些正等着他带头的人，就会冷静下来仔细想想：邹元标曾经因为反对而被打残废，自己是不是也要变成残废才满意？一个曾经多么坚强的斗士啊，现在残废了胆子却变的小了，那么自己呢？被打残废后应该也会变小吧？与其残废了再变小，不如现在就变吧，也好留个健全的“伟岸”身躯。更何况，比起张居正，金学曾算哪根葱哪根蒜啊，值得自己冒险去反对他吗。就他那级别，就算反对成功了，我也得不到多大好处！
