崇祯现在的总方针，就是抓紧时间处理内政，首要是解决财政收入的难题；军事方面就交给了孙承宗与袁崇焕，孙承宗负责整训京师三大营与京师周边的防务，袁崇焕则负责辽东防务以及加紧训练关宁铁骑的野战能力。
至于什么外交，这时还只是礼部下署的理蕃司，崇祯暂时还没什么心思去管。哪怕是非常重要的郑芝龙，崇祯也只是将其交归兵院，强调要加强对其水师的管理；唯一有些针对性的措施，就是除广州外另建立三大市舶司，加强海关税收的征管，断除郑芝龙的财政来源。
辽东的袁崇焕现在正是意气风发，平息了宁远、锦州兵变，军饷粮草又随后送到，解决了他的燃眉之急。
这时，锦州、杏山、高桥三城及十三站以东21座墩台俱被后金摧毁，袁崇焕立即选任将官，指挥军民一一修缮城池，又招募流民充实各军部伍，仔细调配城头火炮，严阵以待来犯建奴之敌。同时，军令严传各处，各级将官均须听从调遣，互相配合，以克期复辽。
在袁崇焕的严令整治下，辽东各城得以恢复，形成了坚强的防御体系，后金不敢再轻易攻掠，边事一时安宁下来。
就在修筑锦州城、大小凌河等周边卫堡，加强训练关宁铁骑的野战能力时，朝廷秘密押运来一批新火器，袁崇焕感觉真是如虎添翼。
原来的红夷大炮，虽然打击的距离与威力都令人满意，但炮弹的装填速度却是太慢了，前装炮是不可能快的，也就只能守城用用。
然而这次的火龙炮野外演练，完美地解决了中距的火力连续覆盖问题，其车载发射形式，就是野战也可发挥作用。至于掌心雷，袁崇焕则是有些懊恼自己，这跟现在的火蒺藜差不太多，就是模样不一样，怎自己就没想到呢，听说这也是崇祯皇帝的发明；虽仅只是外观的改变，但作战应用却大大改观。
袁崇焕的眼前，似乎展现出一片图景：建奴骑兵猛冲过来，火龙炮一排又一排地不间断发射覆盖，即使有漏网之鱼冲到近前，也会遭到如雨点般地投掷掌心雷，这时关宁铁骑再冲阵，已是不费吹灰之力。
景象再换：双方野战偶遇，有掌心雷密集投掷以守住阵脚，随军的车载火龙炮覆盖发射，断其后续骑兵，最后再以关宁铁骑的冲锋陷阵，想是胜算不难了。
与押运火器同行而来的太监，在宣读完对袁崇焕平息兵变的嘉奖后，见其对这些新火器的欣喜之情，不由得替崇祯皇帝吹嘘了一番，什么天人感应、神来之笔、妙手天成，简直就是真正的真龙天子。
在替崇祯的吹嘘中，忍不住透露出，崇祯帝还打算改进鸟铳，听说是能够连续发射的。袁崇焕听得是将信将疑，如果再解决了鸟铳的连续发射，原来还有些含糊的“五年平辽”，还不是易如反掌之事。
太监替崇祯帝吹嘘完后，屏退左右侍卫，传崇祯帝口谕：加紧练兵，掌握新火器，严守关宁锦防线，广派细作探查，重点关注建奴与蒙古间的关系，不急于出兵收复失地。
皇帝的口谕，与袁崇焕心中所想完全一致，自是领旨遵从，只是奇怪为何要重点关注蒙古，难道担心会联合蒙古来攻？
这道口谕的后半部分，锦衣卫北镇抚使吴孟明也收到过，但又增加了部分，同时还需关注关宁锦防线与毛文龙的觉华岛。
袁崇焕这边严防死守，而皇太极这边却是有些耗不起。
自立国以来，父汗努尔哈赤一生征战，百战百胜，唯一次失败就败在袁崇焕手下，最后落得伤重不治而亡。皇太极初登汗位，自是要为父报仇，更是要扬名立威以巩固汗位，哪知就来了个宁锦大败，虽没伤了筋骨，却也损失惨重。
好在明朝内讧，临阵换将，袁崇焕辞职还乡；哪知峰回路转，大明换了皇帝，又重新启用袁崇焕。
就在两个多月前，袁崇焕快马到任，宁远兵变刚刚平息；被皇太极探知消息，立刻派兵试探着进犯黄泥洼。袁崇焕重回辽东，关宁军是军心大振，祖大寿挥军迎击，将后金兵击退。这次战役虽然规模不大，却未试探出关宁军在防守上的破绽；此役，关宁军斩首180级，获骡马120匹，取得了不小的战果。
皇太极几次对大明用兵，都是折戟而归，若不是东征朝鲜、西征蒙古都得胜而还，他这汗位还真是坐不下去了。现在的状况，另三大贝勒对此是颇多微词，在政务处理上总是掣肘。
在崇祯帝着力内政事务的时候，皇太极为扩编八旗实力，加强大汗集权，开始着手削弱四大、四小贝勒等八和硕贝勒旗权。
皇太极的内政外交，较父汗努尔哈赤更具有策略性、迷惑性。然而他对汉人更为缓和的策略，却遭到其他贝勒的反对，皇太极为削减诸贝勒的旗权，打着“为各旗贝勒分忧的名义”，断然提高固山额真的地位和职权，命他们参议军国大事，总理旗务。
皇太极设置总管旗务的八大臣，给予各旗固山额真以实权，“总理一切事务，与诸贝勒偕坐共议，出猎行师，议定启奏，各领本旗兵行。凡国中大小事，皆听稽察”。皇太极的这一断然措施，既对诸贝勒以分权，又未伤及诸贝勒的根本。
后来，皇太极照本宣科，又两次设置十六大臣，“佐理国政，审断狱讼，不令出兵驻防”，“出兵驻防，以时调遣，仍审理词讼”。
皇太极设置八大臣、十六大臣，使他们入则赞襄庙谟，出则办理国事。这无疑是在努尔哈赤遗留的“共议国政”，在体制上打进了一个楔子。尽管这个楔子令诸贝勒不太舒服，在无法直接反对的情况下只好接受；这一强有力的举措，扩大了皇太极汗权的统治基础。
皇太极设置八大臣辅政成功后，又以“黄色是汗”，“黄衣称朕”的名义，改旗易帜，将自领的两白旗，变更为两黄旗。
后金的八旗制，由努尔哈赤创立，其中的两黄旗自是由努尔哈赤将领；其死后，两黄旗就传给四小贝勒中的阿济格、多尔衮、多铎等三兄弟。
黄色为皇权专用，后金自是为汗权所专用，是八旗最高权力的象征。皇太极身为大汗，却只是白旗旗主，很有些名不正言不顺的意味，使得皇太极无法摆脱“八王共治”的羁绊，十分不利于实现“钦承宸断”。
皇太极在“不削夺皇考所予户口”的条件下，行险用急，大胆地变易旗帜，欺阿济格、多尔衮、多铎等三兄弟年幼，将自领的两白旗与三兄弟所属的两黄旗易帜，即皇太极将领两黄旗，三兄弟则领两白旗。在不伤原旗筋骨的情况下，年少的三兄弟只得接受，而三大贝勒对此，也是只能是默许了。
后来，由于莽古尔泰冒犯皇太极威权，又将其所领正蓝旗收归己有。从此，他独领两黄一蓝三旗，在八旗中实力最强。
有宁远、宁锦的两次大教训，皇太极再也不敢小瞧了明朝的军事实力，更对袁崇焕这个蛮子顾虑重重。前次黄泥洼的试探，无功而返，损失了近两百人马；这是一次典型的野外遭遇战，双方可说是势均力敌，只是关宁铁骑的三眼火铳厉害，这才不得不退了回去。
宁远是完全的守城之战，宁锦是依托城墙的攻守战，而这次黄泥洼的遭遇战，是双方骑兵的对攻战，这种种战事的变化趋势，令皇太极感到忧虑。尽管他相信，明军的骑兵仍不足以同他的八旗骑兵相抗衡，但这种趋势却引起了皇太极的警觉。
皇太极现在需要时间，左右两翼的蒙古与朝鲜，还需加强稳固。蒙古的科尔沁、翁牛特、郭尔罗斯、克什克腾等部，已先后投奔后金；现在的蒙古大草原，只余察哈尔多、土默特、喀喇沁等几个相对较大的部族。朝鲜却是有些“身在曹营心在汉”，对后金多是虚应事故，对此皇太极是心知肚明。
大明朝的崇祯帝，又何尝不需要时间，大明已是千疮百孔，经不起长久战事的折腾，与后金建奴之战必是雷霆一击，才有可能让明朝有喘息的时机。
因此，辽东前线，在这大战的间隙，对峙的双方反而显得较为平静。虽然明朝对后金早已实行了贸易禁运，但各大边镇的贸易仍是不可避免地再次繁荣起来。
