中兴三年二月初六，太平军举行了盛大的入城仪式，天王洪秀全身披龙袍，坐着十六人抬的大轿，在数十名宫女和百名卫队护卫下，浩浩荡荡的入主江宁城。其他诸王也相续入城，进驻到原清政府的文武衙门和巨富豪宅，把两江总督府改名为天王府，建造天朝宫殿，定都江宁，改名为天京。
占领江宁城后，第一要务就是加强防务，防止清军的反扑，这时，一路尾追而来的向荣已经到了江宁城南郊，在钟山一带建立起江南大营。向荣统率的兵力近两万人，从紫金山到七桥瓮一带，扎下二十多座营盘，布置成一个弧形。
江南大营所处的位置地势险要，既可以威逼和攻击天京，又可以扼守太平军东进，阻止其向苏州和常州一带清军粮饷基地攻击。鉴于此，太平军在钟山上下构筑了坚固的天堡城和地堡城，与太平门的守军相互策应，对抗江南大营。
镇江方面也是重中之重，位于天京下游，不仅是天京的外援，还是太平军向东发展进攻上海的基地。因此，驻守在这里的是太平军大将罗大纲，并派遣重兵防守，对抗驻守在城外京岘山和甘棠桥一带的五千清军。
天京濒临长江，既是一道天堑，又是驻防的重点，因而，太平军水营就成了拱卫天京的一支重要力量。水营总部设在仪凤门外的大王庙，由殿前丞相唐正财提督统领，大小战船一万多只，集中停泊在下关江面及夹江之内，环以木筏和木城。
江岸及洲渚上设有营盘、望楼和跑垒，上游重镇三山矶一带，扼守重兵，还建了数道拦江铁锁链，并派出十多艘炮船在天京附近江面上游弋，加强巡守。营垒还从各城门外向郊外延伸，在九伏洲、七里洲、中关、下关、雨花台、江东桥及上方桥等处，都筑垒如城，掘壕沟如川，构筑了坚不可破的防御工事。
而作为太平天国的政治中心天京，防守更加严密，建立了城防统帅部，由北王韦昌辉统一调动和指挥。对诸王府和署衙也加强了保卫，各王府砌筑高墙，设置望楼，安设地雷火炮，派驻精锐护卫队担任警卫。
城墙和城门也妥加改善，安置炮位，特别是城楼上也加了重炮，还储备了大量滚木雷石，派驻重兵。精锐之师大多驻扎在城外险要之所，有的雄踞制高点，有的依附民房，有的屹立在通城大路之中。这些营盘内砌望楼，外挖壕沟，营门口设置枪炮，在七桥瓮和朝阳门等处，也都派驻了重兵，加强防守。
如此严密的防守力量，比大清的京师丝毫不弱，如果要强行攻城，付出的代价将是空前的。也是这个缘故，向荣的部队只能虎视眈眈，不敢越雷池一步，他那点兵力只能坚守阵地，寻机会骚扰。
布置完防御工事后，洪秀全等高级将领开始着手按拜上帝教的教义，改造天京城的政权和社会组织。按照以往的惯例，天京城开始了圣库制度，将居民的财产全部没收，由太平天国政府统一分发口粮。南京城内的家庭全部解散，把男丁全部编入军队当兵，女子除选少数机灵美貌的进入诸王府担任女官和侍女外，挑选善于女红的编入锦绣营，其余编入女营，老弱病残则特别挑选出，编入牌尾馆，做点简单的粗活。
城内废除了所有的工商业、手工业，那些有手艺的匠人编入诸匠营，实行军事化管理，生产工业品。在洪秀全的眼里，除了农业生产是社会财富的来源外，商人是社会的累赘，会削弱整体财富，毫不留情的把商人清除出“天国”。手工业产品也成为一种非必要的，可有可无的东西，洪秀全同样不承认其创造社会财富的地位。
太平天国的社会组织形式，按《天朝田亩制度》实行，彻底废除土地私有，建立了一切财产公有的制度。用军队的方法组织起群众，以一万三千一百五十六家为一军，设立军帅、师帅、旅帅、卒长、两司马等乡官。
基层组织“两”则为二十五家，所有施政对象都以二十五家为基础，由两司马管理。凡二十五家中，设有国库一所，保管公有生产物，俱用伍长及伍卒担任，使二十五家成为一个农村公社组织。
这套方法在管理农村上面，取得一定效果，把所有农民的生产、分配管理实行军事化管理，有利于作战。但是在城市里就很难推行了。此项制度完全是一种空想，有悖事物的规律，世界上没有完全的平均和公有，除非人们毫无贪恋，也没有半点私心，否则根本就杜绝不了贪欲。
其实，太平天国提倡的公平和平均，并没有完全实现，特别是到了中后期，太平军的高级将领和诸王生活奢靡，完全破坏了制度的公平性。对奢侈品的追求，让他们意识到手工业和商业的重要性，而圣库又无法提供这些源源不断的商品，逐渐又恢复了城内的工商业。
另外，因为开支日益增加，农业税和商业税也恢复起来，太平天国自己倡导的平均和公平制度被自己破坏了。总之，凡是违背事物发展规律的，都将会走向灭亡，被历史淘汰。可见，《天朝田亩制度》不过是一副交织着现实和幻梦，交织着斗争性和不切实际的空想图画。
经过一番改造，整个天京城已经成了一个大军营，最大限度的扩充了军事力量，精兵号称六十万。城内居民也只有两种人，一种是太平天国的官吏和军士，另一种就是这些人的家属。直到手工业和商业恢复后，城内才开始有了做生意的商人，也多了一些打工跑腿的普通百姓。
洪秀全引以为傲的就是他的拜上帝教，从立国建军之处，就不断向群众宣扬教义，神化自己是上帝的儿子。定都天京城后，全面清理“异类”，烧毁寺庙、道光和文庙，杀戮和驱赶道士、僧侣和儒生，他这种极端的反孔孟，反宗教，反文化传统的做法，对中华民族的文化造成极大的破坏。
从这一方面看，后世人之所以赞扬洪秀全和太平军，主要基于反清这一观点，其他的一无是处。创立传播脱胎于天主教的教义，强化人民信仰毫无道理的邪教，不知今天我们这些后人做如何感想，特别是禁止夫妻之间过正常的***，诸如此类的怪诞策略，又不知我们这些后人如何感想，假如换做你，又当如何？难道这就不是奴役吗？
有理智的人，都应该客观的看待问题，客观对待各民族的历史，中华民族是一个包容大度的民族，是各民族共同创造了文明的中国。太平天国的一些偏激做法，有悖于伦理，短短数月就清理掉了城内其他教义和思想，不断强化拜上帝教的教义。
洪秀全印发了大量的太平天国的文书，比如经他删改和解释后的《圣经》，新编的识字教材《御制千字文》，还还改掉了不少汉字，制定了许多奇怪的习俗和礼仪标准，简直有些不伦不类，不客气的说，是对中国传统文化的玷污。
完成这些以后，洪秀全开始大修天王府，彰显自己天上人间独一无二的地位。规划中的天王府，以原来的两江总督府为基础扩建，东至黄家塘，西至碑亭巷，北至浮桥、杨吴城壕一线，南至科巷。
“宫垣九重，建筑崇宏”，宫城分内外二重，外称太阳城，内名金龙城，外有城壕；太阳城正门为天朝门，金龙城正门为圣天门，正殿为金龙殿；还有二殿、三殿，有穿堂直通**；最后为后林苑，东西两侧有花园。
分封的诸王，也开始大肆扩建王府，沿路抢掠而来的金钱很大一部分都花在这上面了，数万妇女和大批工匠都投身在工地上。
定都天京，修建宫殿，还开始任命官吏，举行科举，基本上完成了一个国家应有的简直，天平天国到今天算是正式立国。消息不胫而走，天下大动，造反作乱者更加肆虐了，潜伏已久的暴民也都露出水面，还有那些投机冒险者，也组织起武装力量，加入到造反的行列中。
坐在京城金銮殿上的李书星，一直观望着这一切，太平天国就像一个导火索，一旦被点燃，就会引起一连串的爆炸。现在终于爆发出来了，江南各地更乱了，江北各地也不安生，边疆更是蠢蠢欲动，说句难听点话，当前的中国，已经乱成一锅粥了。
李书星要的就是这个结果，把所有的不稳定因素都激发出来，一次性解决，以免将来时刻提防。反正当前还能应付，太平军不足为据，帝国列强也没什么可怕的，最让他担心的是不能利用时机，发展经济，富国强民。只有整个国家强盛了，整个中华民族强大了，才能真正立足于世界强者之列。
还有一个原因就是国民安于享乐的日子过的太久了，需要通过这场动乱和战争，淬炼整个民族，优化整个民族，加强各民族的融合。形成一种以爱国主义为核心的重德务实、自强不息、和平宽容及勤劳勇敢的民族精神。
