据历史记载，经李莲英和李鸿章之手，为修清漪园，以各种名义挪用的海军军费多达2000多万两。李鸿章哑巴吃黄莲苦不能言，到中日甲午海战时，北洋舰队只有七艘象样的舰船，所用经费只有700多万两，仅是被挪用军费的三分之一。中日之战，中国的失败于此也就可想而明了。而监修清漪园的李莲英，伙同立山，私吞经费达60余万两，并且偷工减料，借机修私第，京城内有好几处“李宅”。就在李莲英一伙借。损公”肥私高兴日子里，都察院左都御史朱一新上折严参李莲英，称言天津检阅，李中堂具舟以礼迎接醇王往海上阅兵，醇王推辞没去，李莲英乘舟前往，李中堂与将吏误为醇王驾到，跪地相迎；如此冒充王公，僭越礼法之徒，应立置重典。
慈禧太后看过折子，召见醇王。醇王惊恐地说：“无此等之事。”慈禧恼怒的说：“打狗还得看主人，竟参到我头上来了！这朱一新着实可恶，将其革职，永不叙用。”
光绪十五年(1889)正月，光绪帝举行大婚。一应的准备工作，从上年就开始了，慈禧太后指名李莲英为大婚的“专司传办”。这其中的用心在于利用职务之便，挪用户部、内务府拨的“大婚专款”去修万寿山和昆明湖。光绪大婚费用1000余万，其中400万被李莲英挪用给立山去修园。光绪十四年(1888)底，紫禁城太和门失火，言路认为是天象示以警诫，慈禧太后才有所收敛。修三海与清漪园、总司大婚，所贪钱财太多，盈满之惧，时刻萦心，唯恐言路上再把矛头指过来，因而也顺水推舟说：“几件大事搁在一起办，是显得花钱多了些。”慈禧太后知众怒难犯，且也“寅畏天威”，特地让立山缩小园子的工程范围。到光绪十五年初，工程总算完工，修颐和园及三海，耗资总计4000万两，是当时清政府一年财政收入的二分之一，依照慈禧之意，改名为“颐和园”。
颐和园在京城西北郊，包括万寿山、昆明湖两大部分，占地4300多亩，原为乾隆所修，后毁于英法联军入侵。重修之后的颐和园，有三层楼高的大戏台，相对着平行于戏台的三间大屋，供慈禧看戏、休息、待客；还有供慈禧烧香敬神的大佛堂。在李莲英建议下，园内拉了电线，装了电灯，夜晚，更显其金碧辉煌。慈禧太后在这年2月，正式宣布撤帘归政，移住颐和园。
自从光绪亲政之后，每日要到颐和园去向慈禧太后请安，常接到来自颐和园的懿旨，如某官某缺叫某某人去。日子一久，光绪也就为亲政后仍受牵制而不快。召对这类官员时，他又发现是良莠不齐，其中内务府所属的司员多，心中疑惑：这些人肯定走了门路，在宫内自然是经李莲英之手，可宫外呢？李莲英并不常回家，走门路的人不可能进宫去找李莲英。
光绪皇帝终于发现，是西直门外白云观住持高峒元。这位曾为“皮硝李”相面指点迷津的“指路人”，与得势后的李莲英义结金兰，高居长，李称之“大哥”。慈禧太后归政后，颇感寂落，李莲英请来高峒元讲神仙故事。高峒元善言能辩又善窥人意，吹乎得慈禧太后如在云端一般受用欢喜，遂封高为“总道教司”。于是，李、高联手，内外勾结，卖官鬻爵，肆无忌惮。那些投机钻营之徒，闻得风声，高峒元的道观里成了论定缺位肥瘠与价码的交易场地。
王铭是靠内务府发财的木厂掌柜，想过一把官瘾，便通过内务府的官员走了高峒元的路子，送给高峒元12万两银子，高自留3万，其余存在李莲英的帐上。光绪帝在照例召见外放官员时，被目不识丁的玉铭惊呆了，更被李莲英、高峒元通过太后而卖官的做法激怒了，下旨军机处撤销原议。这既违背了慈禧太后的懿旨，也使李莲英极为难堪。高峒元对李莲英说：“兄弟，咱们的饭碗长不了啦，两三年之后，就是人家的天下。”
李莲英忙说：“你是说景仁宫？她成不了气候，内里有我呢。”李莲英所说的“景仁宫”，是指光绪宠爱的珍妃。光绪选后时，颇中意江西巡抚德馨的长女，慈禧太后却强令光绪选自己娘家的侄女；为保侄女日后地位，又替光绪选了侍郎长叙的一对女儿封为瑾妃、珍妃。聪明伶俐、天真活泼的珍妃，给心灵孤寂的光绪带来欢乐的气息。大婚之后，光绪常留宿于珍妃居住的景仁宫。
心情不安的李莲英玩着玉铭送的鼻烟壶，心想这“水大漫不过桥”，珍妃岂能盖过老佛爷！但一天天的迹象却令人忧心。皇上不甘当傀儡，想摆脱控制。李莲英越想心里越胆寒。
李莲英在给慈禧太后梳头时，慈禧总要问外面的消息。李莲英便挑拨说：“外面都在传说玉铭那档事，说这是珍妃劝皇上要自己拿主意，要让大家明白万岁爷当皇上，大权自己掌着。”
慈禧太后听得额暴青筋，有抽搐毛病的眼角越发抽得厉害。“贱人，走着瞧好吧！记着提醒我，明儿皇上来请安时，我要告诉他，那两姐妹该晋封了，让她飞高飞个样子给我瞧瞧。”
李莲英也有自己的算盘。他考虑老佛爷身后自己的处境，前些日子老佛爷病了一场，身体明显是不如以前了。万一老佛爷撒手而去，自己岂不是象离娘的孤儿。这种惶惶不安之感越来越强。老佛爷去了后只有万岁爷最有权，可万岁爷显然不喜欢自己。再说自己40岁出头的人去侍侯20多岁的皇上，也难以使皇上满意！
李莲英有个妹妹，年方16岁，为人机灵，口齿伶俐，因由哥哥的缘故，常在宫中走动，尤其是在颐和园，常陪太后玩，太后也很喜欢她。李莲英眉头一邹，计上心来。慈禧因侄女位居皇后，却得不到光绪垂爱，常自心烦不乐，欲加干涉，一想到当年儿子之死，也感不妥。眼见侄女哭泪涟涟，却也无可奈何。李莲英相机进言：“老佛爷，如果能立一位值得信任而且皇上也喜欢的女子作妃子，不就可以两全其美，合您的心意了吗？”慈禧太后听了一阵喜悦。可到哪儿找这样一位女子呢？
“老佛爷，该吃药了。”随着清脆如铃的声音，一位汉装少女走进乐寿堂，她身材窈窕，脸盘圆晰，一双眼睛似乎能发出言语。慈禧太后眼前顿时一亮，对了，就是她！这姑娘乖巧机警，她兄长在这里，她去做个耳目，再合适不过了。慈禧太后对李莲英会意一笑，乐得李莲英心里就象开了花：只要自家妹子能到皇上身边，老佛爷身后的日子就不愁会有什么麻烦了。
慈禧太后主意定下之后，传谕召见光绪。起初，光绪对这个汉家女子颇有好感，及至知道她是李莲英之妹，内心的反感、厌恶、恐惧，令他对此坚决反对。“儿谢过亲爸爸垂念。但我朝祖制‘满不点元，汉不纳妃’，儿岂能有违祖宗家法。况且正值国家多事，每天有看不完的奏章，儿哪敢沉溺儿女之情。请求亲爸爸收回成命！”
这时慈禧气得咬牙切齿，“你也竟然抬出祖宗家法来压我！好吧，既然如此，以后不许你再提纳妃之事。”李莲英更是七窍生烟，心中恶恨恨地骂皇上“不识抬举”。自从这事之后，李莲英利用传话之便，在帝、后之间拨是生非，更加深了这母子间的不和。没多久，慈禧太后传下懿旨，把瑾、珍妃两姐妹以干预政事降为贵人，在颐和园监禁了三个月。
光绪二十年(1894)10月，慈禧太后60岁大寿。自开年之后，就传谕以礼亲王世铎为总办，大做准备。谁也明白实际的总办是李莲英。然而，就在此时爆发了中日战争。慈禧太后大为恼怒，40岁生日时，唯一的儿子同治帝去世，50岁生日又逢中法在中越边界开战。修了颐和园，满以为60岁生日可以热闹隆重地庆贺一下，不想又遇上战事！接到李鸿章打来的电报，慈禧太后回答：“电告李鸿章，设法对日妥协，保存实力。”然后对李莲英说：“各种准备照常进行，庆典不得有误！”
为讨慈禧太后欢心，李莲英精心设计安排，从紫禁城到颐和园，沿途设了60多处景点，到了万寿山，又请了3000喇嘛，咏寿生真经。一路搭造的经坛、龙棚、戏台、灯珊等，再看那酷似自己的观音塑像，极肖李莲英的童子拜观音，慈禧太后更是喜悦难禁，立传口谕：“储秀宫三品花翎总管李莲英，赏加二品顶戴。”
