综上所述，鳌拜作为“天子自将之师”镶黄旗的重要将领，忠心事主，始终不渝，在皇太极去世后坚决拥立其子为皇位继承人，甚至不惜兵戎相见，最终争得福临继位。他为此与睿亲王多尔衮结下怨仇，在后者摄政期间，多次遭受残酷打击，三次论死。当年曾一起盟誓的黄旗大臣这时早已分化瓦解，改变初衷转而投靠多尔衮者（如谭泰）大获好处。故主皇太极既已去世，其子福临也得以即位，鳌拜此时完全可以为谋求个人利益而党附多尔衮，这在古往今来的官场上是司空见惯之事。但鳌拜面对如此险恶处境，却仍然不屈不挠，始终没有迎合多尔衮。就此而言，鳌拜作为清初一员骁将，其性格是梗（geng）直倔强、敢于抗争的。他对故主皇太极忠心耿耿，一片赤诚，而对顺治也始终坚守臣节，称得上是一个难得的忠义之臣。
三、权臣：与少年康熙的较量
如果顺治活得更长一点时间的话，这一段君臣相得的佳话恐怕就能够进入历史，深入人心。可惜的是，顺治十八年（1661）正月初八，年轻的福临就去世了。鳌拜的政治命运进入了一个转折期。顺治对鳌拜的信任在其对后事的安排里体现出来了。顺治立下遗诏，指定由皇三子玄烨嗣位（即康熙），以索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜为辅政大臣。值得注意的是，
顺治没有选择宗室亲王担当辅政大任，而是选择了异姓大臣。这也许跟他幼年时期多尔衮专权的经历有关，他不想再出现一位“多尔衮”来操控子孙的天下。不过，权力也许真是一个魔杖，能够改变一个人的一生。鳌拜功臣、忠臣的形象开始渐渐变形，他再也不像从前忠心扶持皇太极的儿子福临那样对待福临的儿子玄烨了。结果，康熙初年，虽然没有了多尔衮，但却出现了专权的鳌拜。
顺治死后，四位辅政大臣曾经在顺治灵前盟誓，表示同心同德辅佐小皇帝玄烨。虽然这一盟誓意义重大，但事实证明四大臣并不能抱成一团，忠心辅主。位居四辅臣之首的索尼是四朝元老，位望隆重，但已年老多病，畏事避祸，在很多事情上往往疏于过问。苏克萨哈属正白旗，原本依附多尔衮。多尔衮死后，朝局一变，苏克萨哈出来告发刚刚死去的多尔衮，因此受到顺治重用，在四辅臣中名列第二。正由于苏克萨哈是从多尔衮那边分化出来的，索尼等人都瞧不起他。鳌拜与苏克萨哈虽是姻亲，二人却常常因政见不合而发生争论，宛如仇敌。列名第三的遏必隆出自名门，但为人庸懦，遇事无主见，又属镶黄旗，常常附和鳌拜。鳌拜虽然屈居第四，但由于资格老，军功高，常常气势夺人。在这种情况下，鳌拜虽居四辅臣之末位，却得以擅权自重，日益骄横，开始走上专权的道路。
康熙初年，以四辅臣为执政核心的清廷不断调整统治政策，稳定秩序。这些调整包括：在经济上，实行轻徭薄赋、更名田（即被清廷免价给予佃户耕种的明代藩王庄田），发展生产；在政治上，注意整顿吏治，有步骤地打击江南汉族地主阶级，放慢攻打南明势力的进程以存实力，等等。这样，清朝统治者对全国的统治逐渐巩固。不过，清朝统治者内部的矛盾却在加剧。康熙初年，清廷内部的矛盾主要有以下三个方面。
第一，黄、白旗之争。黄、白旗之间的矛盾由来已久，最早可追溯至清太宗皇太极之时。皇太极登上汗位之后，不久便将自己掌握的正白旗、镶白旗改为正黄旗和镶黄旗，使其地位日益上升。同时，皇太极又将努尔哈赤留给阿济格、多尔衮、多铎三个幼子的正黄旗、镶黄旗改为正白旗、镶白旗，使其地位渐渐下降。从此，黄、白两旗之间便产生了矛盾。皇太极死后，黄、白旗为争立皇帝，关系紧张，后来虽以妥协告终，但彼此成见甚深。多尔衮是正白旗之主，摄政时就很压制反对他的两黄旗。索尼、遏必隆、鳌拜均曾得罪，或降职，或罢官。顺治亲政，政局一变，黄旗抬头，白旗重又失势。苏克萨哈虽以白旗投靠黄旗，但索尼、遏必隆、鳌拜都瞧不起他。黄、白旗之间的矛盾一直延续到康熙初年。
第二，圈地之争。清初圈地时，多尔衮凭借摄政的便利，将冀东肥沃之地圈给正白旗，而于保定、河间、涿州等处别拨土地给镶黄旗。康熙五年（1666），鳌拜提出圈地应按八旗排列顺序，冀东的土地按顺序应归黄旗所有，要求和正白旗换地。如果土地不足，“别圈民地补之”。当时户部尚书苏纳海、直隶总督朱昌祚、巡抚王登联都反对换地，以免引起大骚动。苏克萨哈属正白旗，也坚决反对。但索尼、遏必隆则支持鳌拜，形成四辅臣之间的利益冲突。
第三，鳌拜与康熙之争。鳌拜是一个赳赳武夫，历事三朝，但表现前后有异，原因或许在于他辅佐顺治，皇太极余威、余恩犹存，而且顺治也是他力争而立的，所以还能忠心耿耿，可康熙玄烨就不一样了，此时他是三朝老臣，且掌握辅政大权，对年幼的康熙就不那么看得入眼了。这种情形就好像当年阿济格私下称呼顺治为“孺子”一样。不同的是，阿济格还只是背地里表示，而鳌拜却渐渐公然表露。在朝堂之上，鳌拜常常当面顶撞小皇帝，也当着皇帝的面，呵斥大臣。朝贺新年时，鳌拜身穿黄袍，仅其帽结与康熙不同。假如鳌拜遇上个末世也就罢了，其皇帝只能忍气吞声，徒叹奈何，可当时的清廷还处于上升态势，小皇帝康熙也不是等闲之辈，鳌拜如此行事，迟早会下场不妙。有一次，鳌拜装病，康熙去探望他，鳌拜卧床，席下放一把刀。康熙的侍卫搜出这把刀，局面很是尴尬而紧张。小皇帝却从容镇静，笑着说：“刀不离身是满洲故俗，不要大惊小怪！”鳌拜的跋扈，小皇帝的机智应变，都可以想见。
鳌拜处于这些矛盾的中心。很明显，鳌拜挑起换地事件，用意在于利用黄、白旗积怨，削弱反对自己的正白旗势力，打击政敌苏克萨哈。在打击对手这方面，大权在握的鳌拜可谓轻车熟路。此前他就曾整治过内大臣费扬古。费扬古之子倭赫是康熙身边的侍卫，在御前对鳌拜表现得不怎么礼貌，鳌拜对此深为衔恨。康熙三年（1664）四月，鳌拜遂以倭赫等人擅骑御马、取御用弓矢射鹿之罪名将其处死。费扬古对鳌拜痛恨不已，鳌拜又以“怨望”的罪名，将他及其子尼侃、萨哈连一并处死，家产籍没，给予都统穆里玛（鳌拜之弟）。费扬古一门惨遭家破人亡之祸。不过，鳌拜这次意图打击苏克萨哈的举动却失算了，直接导致了自己的下台。
鳌拜没有想到却有三个不怕死的官员敢于违拗自己换地的要求。他对户部尚书苏纳海、直隶总督朱昌祚、巡抚王登联三人极为恼怒，分别以苏纳海“藐视上命”、拨地迟误，朱昌祚、王登联“纷更妄奏”的罪名，俱论死罪。康熙虽然年幼，但心知苏纳海等三人并没有什么大罪，只不过是惹怒了鳌拜而被妄加罪名而已，于是召集辅政四大臣询问意见。鳌拜坚持要将三人处以极刑，索尼、遏必隆附和，苏克萨哈知道自己若反对极易惹火烧身，只好沉默不语。但小皇帝却有魄力，不允鳌拜所奏，只是批准刑部拟定的处罚，即将三人各鞭一百，没收家产。鳌拜公然无所顾忌，最终竟矫旨将三人处死。然后，鳌拜强行换地。看起来，他又一次阴谋得逞。实际上，这未必是好事，因为它在小皇帝心中留下的印象绝对不会对鳌拜有利。40年后，康熙还提起这次事件，很痛心自己当时阻止不了鳌拜等人的决定。他说苏纳海三人不仅不当杀，而且不当罪，这纯粹是一场大冤狱。
康熙六年（1667）六月，索尼病死。这个索尼虽然在生前未能遏制鳌拜的势力，不过他临死前的一个动作却在其身后造成解决鳌拜问题的良好转机。这年，小皇帝玄烨已年满14岁。索尼上书请小皇帝遵循先帝顺治）14岁亲政的先例，开始亲政。七月，康熙亲政，加恩辅臣，仍命佐理政务。皇帝已经亲政，自己又无法应对鳌拜的威胁，苏克萨哈便上疏请求解除辅臣之任，愿往遵化守护顺治陵寝。这个举动别有意味，那就是既然苏克萨哈已经卸任（此时他已经排名第一），那么鳌拜、遏必隆两人按理也应辞职。这一招触及到鳌拜的要害，可鳌拜却不想就这样退出政治舞台。于是鳌拜给苏克萨哈罗织了心怀奸诈、久蓄异志、欺藐幼主、不愿归政等24款罪名，提出应处凌迟、族诛之刑。康熙同样深知苏克萨哈并不该杀，虽然自己已经亲政，却仍然无力保全苏克萨哈一命。鳌拜气势汹汹，竟在御前“攘臂上前，强奏累日”，最终将苏克萨哈处以绞刑，并诛其族。苏克萨哈的被杀，使鳌拜与康熙之间的矛盾急剧上升，几乎达到了令康熙不可忍受的地步。
至此，索尼已故，苏克萨哈被杀，四大辅臣只剩下一个无足轻重的遏必隆，鳌拜更加肆无忌惮，为所欲为。虽然康熙已经亲政，但鳌拜根本不把他放在眼里，并不想归政于他。当时在康熙宫廷中的法国传教士白晋记载说，在康熙十五六岁时，四位摄政王中最有势力的宰相（即鳌拜），把持了议政王大臣会议和六部的实权，任意行使康熙皇帝的权威，因此，任何人都没有勇气对他提出异议。此时的鳌拜已经对康熙的皇权构成了严重威胁。
康熙决意铲除鳌拜集团。鳌拜党羽已经遍布朝廷内外，行动稍有不慎，必将打草惊蛇，酿成大变。康熙决定不露声色，于是挑选一批身强力壮的亲贵子弟，在宫内整日练习布库（满族的一种角力游戏，类似摔跤）为戏。鳌拜见了，以为是皇帝年少，沉迷嬉乐，不仅不以为意，心中反暗自高兴。康熙八年（1669）五月，清除鳌拜的时机终于到来。康熙先将鳌拜的亲信派往各地，离开京城，又以自己的亲信掌握了京师的卫戍权。然后他召鳌拜入宫觐见。鳌拜此前常常出入宫廷，不是什么奇事。这次一召，他也就大大咧咧地来了。此前，康熙召集身边练习布库的少年侍卫说：“你们都是我的股肱亲旧，你们怕我，还是怕鳌拜？”大家说：“怕皇帝。”康熙于是布置逮捕鳌拜事宜。等到鳌拜入宫，康熙一声令下，少年们一拥而上，鳌拜猝不及防，被摔倒在地，束手就擒，一代骁将就这样戏剧性地败在一群少年手下。
接着，康熙命议政王大臣等审讯鳌拜。大臣们审实后，宣布鳌拜30条罪状，应处以革职、立斩。据法国传教士白晋记载，当时鳌拜请求觐见康熙，让康熙看他为救康熙祖父皇太极而留下的伤疤。结果，累累伤痕和对上两代皇帝的功绩，终于使他保住了性命。康熙也确实是念及鳌拜资深年久，屡立战功，且无篡弑之迹，遂对他宽大处理，免死禁锢。其党羽或死或革。不久，鳌拜就在禁所死去。康熙五十二年，康熙帝复念鳌拜战功卓著，追赠一等阿思哈尼哈鲁，以其弟巴哈孙苏赫袭爵，苏赫死，仍以鳌拜孙达福袭。雍正复赐鳌拜一等公，世袭罔替，加封曰：“超武”。
