正如山本在《意见书》中所说，其主要内容与1940年11月他与及川海军大臣所谈的基本一样。尽管在该《意见书》的栏外有用红笔写的“只限大臣一人审阅，万勿与他人览视，阅后务请销毁”等字样，但还是被参谋藤井正务保存下来了一套副本。这就是战后存留下来的那份《意见书》。其全文由战备、训练、作战方针与计划等4部分组成。在第四部分中，山本详细地阐述了在“开战之初所应采取的作战方针与作战计划”：
“用第1、第2航空战队的全部航空兵力，乘月夜或黎明的光亮，向美国太平洋舰队发动突然袭击，力求全歼停泊在珍珠港内的美国舰队；由鱼雷战队（驱逐舰部队）担负护卫前往作战的我航空母舰和舰上飞机及飞行人员的任务；派潜艇部队潜伏在珍珠港出口地区水下，待轰炸开始后，击沉企图出港逃走的美国舰只，造成港口堵塞等等；打一场震撼山河的硬仗。可以想像，那种激战将是何等的壮烈，但愿能够毕其功于斯役。”
1918年8月，山本五十六与三桥礼子结婚时合影。“恳请大臣下令由别人来接替我联合舰队的司令职务，授命我为航空舰队司令，卑职当亲率航空舰队进击夏威夷。”
在山本上书及川的同时，他还将袭击珍珠港计划的要旨写给了时任第11航空队参谋长的大西泷治郎少将，并命令他拟订具体的作战计划。
大西泷治郎是日本海军有名的“航空专家”，是个具有创新精神和大胆实践魄力的人物，在当时的日本航空界，他被评价为“不可多得的人才”。他一贯鼓吹扩大和改善日本海军空中力量，在这一点上他与山本五十六可谓“志同道合”，因而深得山本赏识。
接到山本五十六的命令后，大西泷治郎立即赶赴联合舰队的旗舰“长门”号与山本密谈。
在获知大西即将到达“长门”号后，山本五十六亲自走上舰桥迎接。
山本在见到大西后甚至忘记了自己联合舰队司令官的身份，未等大西行军礼，便伸出手紧紧地握住了大西的手。
“你终于来了。我正盼着你为我出谋划策呢！”山本五十六兴冲冲地把大西拉进了自己的指挥舱。“此战乃我日本帝国对美国的初战，关系重大，只能赢，不能输啊！你可得多费心啦。”山本拍着大西的肩膀，语重心长。
“长官请放心，卑职一定尽心竭力甘效犬马之劳，决不辜负了长官的厚爱。”大西受宠若惊地说道。
随后，山本五十六向大西泷治郎阐述了自己袭击珍珠港的作战构想，两人就此构想的细节作了初步研讨。
大西泷治郎回到鹿儿岛第11航空队司令部后，即着手挑选拟订计划的参谋。他首先召见了首席参谋田孝成大佐。田孝成也是一位航空战术参谋，享有空投鱼雷专家的称号。这位大佐被大西泷治郎嘴里说出的“袭击珍珠港”几个字惊得目瞪口呆，他似乎还在怀疑自己的耳朵是否出了毛病。过了一会儿他才回答说：“珍珠港系浅水港，使用鱼雷攻击，在技术上似不可能。”
大西泷治郎一听，脸便阴沉了起来。但田孝成似乎并不惧怕上司的脸色，他得客观地阐明自己的观点，以尽参谋之职。随后继续说道：“除非能在鱼雷轰炸上创造奇迹，否则这种类型的攻击将是完全不现实的。如果鱼雷能捆上降落伞以防沉入水底太深和卡在水底淤泥中，或者是从非常低的空中投放鱼雷的话，倒是有可能成功，但这样困难的作战恐怕仅从想像上来说是可能的。”
大西泷治郎的脸更加阴沉了，其实他对突袭珍珠港也心中没底，听了田孝成的话，他对袭击珍珠港作战计划所冒的巨大风险有了更深的认识。但他必须完成这一计划，除此之外，别无选择。
大西泷治郎想，田孝成尽管是一名航空战术专家，但看来他却不是拟订袭击珍珠港计划的合适人选。于是，大西泷治郎想到了另一位参谋。2月初，他给那位在第1航空队“加贺”号航空母舰任参谋的中佐军官写了一封短信，令他到鹿儿岛来一趟。中佐很快就来到了大西的办公室，他在山本计划中起了重要作用，名字叫源田实。
源田实1929年11月毕业于日本海军航空学校，他的毕业成绩在全班名列前茅。源田跟大西一样，也相信海军航空兵的重要作用。他身材不高，在他那雄鹰般的脸上，闪耀着一股强烈的战斗精神。他在海军中开始是个战斗机的飞行员。由于技术超群和勇敢，赢得了日本海军“王牌战斗机飞行员”的称号，而他所在部队也被人称之为“源田特技飞行队”。
源田不仅是一位技术高超的飞行员，也是一位杰出的航空兵战术家。他在1937年调到上海出任第2联合航空队作战参谋时，对于采用战斗机编队作战和远距离出击的大大改进的新方法作出了贡献。后来，他作为海军大学的高才生毕业，在伦敦当了两年主管航空兵业务的海军副武官，这个经历进一步打开了他的眼界。
源田在航空兵战术领域里最显著的贡献，是大规模使用战斗机夺取制空权，以确保轰炸机作战和协同使用几支航空母舰部队在一个战术战场上作战。这些新方法在太平洋战争初期使用得十分有效，而且在美军航空界中享有“源田主义”之称。他在日本海军航空兵中以敢于冒险而著称。同时他的坚忍不拔、拒绝平庸、对自身业务要求尽乎完美的职业性格，使他在当时的日本海军航空领域“远远超出他的大多数同僚”。时任军令部作战课课长、海军少将富冈定俊评价源田说：“他无疑比他的时代先进10年。”1936年，源田在日海军大学学习时，曾写了一篇论文，主张日本海军应大力发展航空母舰，应将建造中的战列舰和巡洋舰统统改装为航空母舰。他还主张，日本海军应以舰载机为主力，对敌实施主动攻击，不能等待敌舰来攻。引诱敌舰来攻，在日本近海与敌进行舰队决战的作战思想是错误的、无益的。源田的这些很有创见的思想，触及了日本海军当时最敏感的战略指导问题，因而，源田被一些人嘲讽为“疯子”。但是毫无疑问，他的思想与山本是一脉相通的。
在制定袭击珍珠港作战计划的关键时刻，大西泷治郎是不会忘记源田的。辞退了田孝成后，他毫不犹豫地将源田实作为拟订袭击珍珠港作战计划的理想人选。
大西泷治郎在办公室里向源田实就袭击珍珠港的设想作了介绍。“源田君，这件事是绝密中的绝密，对任何人都不能走漏一点风声。”随后，大西泷治郎把山本五十六写给他的亲笔密函递给源田。源田仔细阅读着信函，为山本的计划所折服，为山本过人的胆略和气魄所感奋。他说：“这个计划虽困难，但并非不可实现。”大西对源田的回答深感满意，令他回去后尽快拿出一份具体的作战计划。
返回“加贺”号后，源田马上着手拟订计划。他依据山本五十六“力求歼灭敌舰队主力，使其丧失作战能力，摧垮其士气”的基本思想，夜以继日地工作，两周后，一份具体计划诞生了。
这份计划的主要内容是：出动全部航空母舰，利用夜晚掩护，秘密驶近瓦胡岛；利用拂晓出动舰载机，对敌舰实施突然攻击；舰载机攻击编队要包括俯冲轰炸机、水平轰炸机、鱼雷攻击机和战斗机；鱼雷攻击机一定要使用，要尽快解决鱼雷不能在浅水水域使用的问题；航空母舰编队要尽量靠近瓦胡岛，完成攻击任务的舰载机必须返舰，不能在海上降落；攻击目标的先后顺序是：敌航空母舰、战列舰、巡洋舰和驱逐舰，重点是航空母舰。
在这个计划中，源田对山本的设想作了一些修改和完善。例如山本曾设想，为了不暴露航空母舰目标，担任攻击的舰载机可不必返回母舰，就在海面降落，等待日方的驱逐舰和潜艇前来救援。山本认为，这样既可避免损失航空母舰，亦可使美国人大吃一惊，认识到日本民族视死如归的气概，从而收起与日本人对抗的打算。源田认为山本的想法是不现实的，一方面这样将对飞行员心理产生不利影响，会白白牺牲一些宝贵的飞行员；另一方面，航空母舰如无舰载机，就无异于一堆废铁，在返航途中如遇到美军的攻击，就只能自取灭亡。因此，他力主担任攻击的舰载机一定要返回母舰。
源田把计划递交大西后，他们两人又在一起作了详细的研究，大西对计划又作了不少补充。4月初，大西将计划呈报了山本五十六。
一份即将给世界带来震动的作战计划，就这样出笼了。
山本五十六之所以要把首次进攻的矛头指向珍珠港，原因有三：第一，珍珠港是美太平洋舰队的基地，在那里如能聚歼其主力，不仅可以切断美海军从海上对其他方向的支援，而且将给美国的士气以沉重打击；第二，日本的根本目的是要征服整个西太平洋、远东和中国，建立“大东亚共荣圈”。但是如欲南进，首先将会碰到麦克阿瑟和哈特指挥的驻菲律宾美陆、海军的拦阻。驻菲美军和驻夏威夷美军互为犄角。消灭了太平洋舰队主力，驻菲美军就陷入了孤立，南进的障碍也就容易排除；第三，山本清楚地知道，日海军力量不足，如联合舰队主力用于菲律宾、威克岛、新几内亚等方向，日本近海防御必然空虚，美太平洋舰队可能乘虚出动航空母舰编队以舰载机空袭日本本土。那样，后果就不堪设想了。因此山本决心先下手为强，以免遭受太平洋舰队的毁灭性打击。
众议不撼
在源田拟订计划的同时，山本在联合舰队司令部又组织了4个研究小组，拟制联合舰队的各种作战方案，并研究有关战略战术。袭击珍珠港当然是他们研究的课题之一。
当源田计划呈送到山本手里后，山本又参照联合舰队司令部的研究成果，对计划作了审修。山本为纪念他所崇拜的东乡平八郎在对马海战中升起的“Z”字旗，将这一计划的保密代号定为“Z”计划，史学家则称之为“山本计划”。
4月末，山本派黑岛龟人参谋携袭击珍珠港的作战计划去海军军令部汇报，力争获得批准。但是，海军军令部作战部部长福留繁少将、作战处处长富冈定俊大佐和航空参谋三代辰吉中佐，都极力反对这一计划，他们认为，这样做是冒险，违背了日本海军既定的作战方针和计划。
黑岛无功而返。
由于受传统作战思想的影响，反对这个计划的不仅是海军军令部，海军大臣及川古志郎也未明确表明态度，在联合舰队内部亦有很多人反对。
山本五十六观场欢看日军演习。1941年6月，在停泊于宿毛湾的“长门”舰上，山本五十六亲自主持了一次对美作战的图上演习会议。“千岁”号航空母舰舰长山本亲雄也前来与会。山本亲雄曾与山本五十六一起在日驻美使馆武官处共事过，1937～1939年曾在军令部作战部任职。在演习会议上，山本亲雄发现，在司令部进攻菲律宾的作战方案中，根本没有使用大型航空母舰，仅投以“凤翔”号小型航空母舰，这与他在军令部主持作战工作时的“竭尽全力进攻菲律宾”的原作战思想完全不符。
山本亲雄疑惑不解地向舰队司令部航空参谋佐佐木彰中佐询问：“请问，菲律宾为什么连一只新的航空母舰也不用呢？进攻菲律宾，乃是初战，初战失利，那是非常危险的。那些大型航母准备用于何处呢？难道还要搁置不用吗？”
佐佐木把山本亲雄悄悄地拉到一个没人的房间，对他说：“持这种想法的不止你和我，因为是你问，我就照直说了吧，但这是绝密中的绝密，你可千万不能走露一点风声。”佐佐木看了一眼山本亲雄，在得到了保证后，他继续说：“确有‘赤城’、‘加贺’等6艘航空母舰可以投入对菲作战，但已经决定在大战之初把它们用于夏威夷方向了。因此，它们将不参加对菲作战。”
这是山本亲雄做梦都没有想到的：“这完全是冒险！是谁的主意？”
“那还用说吗，当然是舰队司令山本长官的啦！”
“那么，你们就都赞成吗？”
“不，一开始，司令部的幕僚们都持反对意见，但山本长官无论如何也要坚持。”
“真是个赌徒！”山本亲雄无奈地叹了口气。
联合舰队的高级将领也大都对“山本计划”持反对意见，其中就有后来亲自率舰队偷袭珍珠港的第一航空舰队司令南云忠一中将。只有第2航空舰队司令山口多闻少将表示赞同。甚至连曾经负责制订过“Z”计划的大西泷治郎，后来也极力反对该计划的实施，他曾当面向山本五十六表示：“在日美之间，难以用武力迫使对方屈服。日本去攻占菲律宾或其他地方是可以的，就是不能去攻击珍珠港。”因此他建议：“撤销进击夏威夷的作战计划。”
