当菲律宾人得知美军背信弃义、单独占领马尼拉的幕后真相后，仿佛一道晴天霹雳炸响在自己头上，群情大哗，怒气冲天，恨不得即刻杀入城去，与美军拼个你死我活。心里有苦说不出的阿吉纳尔多虽然痛悔自己过于轻信，上了杜威的大当，但他知道眼下不是拼命的时候。他劝说部下以大局为重，来日方长，暂且咽下这口恶气。
就在梅里特、杜威弹冠相庆、邀功请赏的同时，阿吉纳尔多悄悄地把部队撤到马尼拉以北一个名叫马洛洛的山区小镇。在这里，他召集各方代表，召开了一个制宪会议，制订了菲律宾的第一部共和国宪法。1899年1月23日，菲律宾共和国正式成立，阿吉纳尔多理所当然地当选为第一任总统。
他在就职演说中说：“从今以后，1月23日将成为菲律宾的国庆日。”他还庄严地宣布，“菲律宾人民今后将生活在菲律宾共和国的民主政府之下，摆脱任何外国的统治。”
与此同时，阿吉纳尔多还派出代表，分赴伦敦、巴黎、马德里、香港和美国各地，联合各种势力，奔走呼号，争取舆论同情为自由而斗争的菲律宾人民。
然而，在美国政府面前，菲律宾人的任何理想和努力只能是一厢情愿。本来，迫于菲律宾人和来自国内“反帝国主义”分子们的巨大压力，梅里特和杜威向华盛顿请示方略，满腹狐疑地询问道：“政府是否要采取一切措施，使这些土着人臣服于美国的权威？”麦金利总统当即毫不迟疑地答复道：“起义分子必须承认美国的权威；你们可以按照自己的主意，采取任何必要的手段实现上述目的。”
有了这柄“尚方宝剑”，杜威等人心领神会，暗自窃喜，马上撕下面具，毫无顾忌地向昔日并肩作战的盟友举起了血腥的屠刀。
1898年10月，杜威指挥海军突然袭击了菲律宾人的小舰队，并下令封锁中国与菲律宾的海上交通，从而切断了菲律宾革命军赖以生存的外援渠道。阿吉纳尔多虽函电交驰，据理交涉，多次提出强烈抗议，但杜威却装聋作哑，不予理睬。
1899年2月4日夜，美国陆军又在杜威的海军分舰队和帕西格河上炮艇的火力支援下，发起突然进攻，强行占领了马尼拉城外围全部战壕，打死打伤了几百名菲律宾战士。至此，阿吉纳尔多已是忍无可忍，愤然于2月5日宣布对美作战。他在告全国人民书中说：“昨夜9点，我接到来自卡龙坎车站的电报，报告美军既无理由又无任何警告，向我圣胡安营地和马尼拉四周守卫仓库的部队进行了袭击，造成了不少伤亡。由于敌人的这种侵略行为，我军已不得不进行防卫性还击。我对双方作战表示遗憾。但我是问心无愧的，因为我一直在尽我的力量来保持我军同美军的友谊，尽管我们已受了若干屈辱并牺牲了若干权利。但是，装出一副朋友和救世主脸孔的人存心要接西班牙的衣钵来统治我们，他们对我们的民族尊严和菲律宾军队的荣誉进行了侮辱。我有无可逃避的责任要扞卫这种尊严和这种荣誉，不能使其遭受任何污辱。由于这种完全出于我们预料之外的挑衅，为了荣誉，为了对祖国的爱，为了保卫祖国，我谨宣布：菲律宾军队和美国占领军之间的和平友好关系已告结束，美国占领军从今天起将被作为我们的敌人对待。”历时3年的美菲战争从此正式打响。
战争初期，美国占领军凭借他们人数和装备上的优势，处处得手，仗仗告捷，神气活现，不可一世。梅里特的继任者奥蒂斯将军被这暂时的胜利冲昏了头脑，得意洋洋地打电报给华盛顿说：不出3个月，我一定可以解决军事问题。
麦金利总统闻之大喜，信以为真，遂放慢了征召志愿部队赴菲增援的进程。
孰料，就在奥蒂斯发出这份忘乎所以的电报后没几天，阿吉纳尔多手下一支英勇善战的特遣队乘敌不备，悄悄地摸进了马尼拉市。当晚9时，他们在城内多处同时动手，四下纵火。趁美军一片混乱之时，他们干净利索地消灭了一个美军前哨站，然后又迅速撤退，安然出城。
这场来无影、去无踪的突然袭击，着实令美国人吓了一大跳，一时间，他们谈虎色变，人人自危，再也不敢小视菲军了。
奥蒂斯的态度也来了个一百八十度的大转弯，马上拍电报给华盛顿要求速派援军。
3月初，援军到达马尼拉，美军这才壮起胆子，进攻马洛洛。而菲军在给敌人重创之后，主动放弃了这个小镇，全军转移至圣伊德罗。
6月10日，菲军又在拉斯比尼亚打了一个漂亮的胜仗，击溃了敌人一个师。美军上尉萨克斯登在其日记中沮丧地写道：
“这是美国军事史上从来不曾有过的事，整个师被击溃了。”
为了挽回面子，美军司令部自欺欺人地向报界解释说，美军所以打败仗是由于那天天气太热的缘故。言外之意是说击败美军的不是菲律宾人，而是那令人生畏的热带雨林气候。
其实，奥蒂斯心里比谁都清楚，不抓住阿吉纳尔多本人，要结束这场战争只能是一句空话。于是，他又拼命向华盛顿要求增援。11月初，当又一批援军开到后，奥蒂斯立刻把全军兵分3路，向吕宋平原上的阿吉纳尔多军队主力发动了大举进攻。经过数场激战，美国人俘虏了菲律宾政府的许多重要官员，阿吉纳尔多被迫退入吕宋岛北部山区。紧接着，奥蒂斯又向甲米地省和内湖地区发动了第二次突击，重创了阿吉纳尔多手下一位杰出的将领-特里亚斯所部，并一举占领了吕宋群岛的所有岛屿。这下子，奥蒂斯又趾高气扬起来，他向华盛顿报告说：“我们将不会再遇到有组织的暴动，只剩下一些残匪了。”
但是，奥蒂斯不久便痛苦地意识到：自己又一次错误地估计了形势。战争并没有结束，而是进入了一个全新的阶段。
原来，阿吉纳尔多和他信赖的助手特里亚斯从失败中汲取了教训，及时调整了战略战术。他们宣布解散正规军，一切正规军都改为游击队，全国分为若干游击区，每区设司令员1人，普遍采取化整为零、各自为战、机动灵活、打了就跑的战术。同时，他们还深入到农村建立起秘密政权，发动群众挫败占领军当局实施的形形色色的“怀柔政策”。
如此一来，美军便日益陷入游击作战的泥潭之中，久久不能自拔。1900年，当麦克阿瑟接替奥蒂斯任司令时，他向华盛顿作了如下报告：在整个列岛的每一个岛上都有叛军。他们无疑都受到了当地居民的支持。换句话说，各城镇虽然名义上由美国占领和管理，但实际上却是叛军的基地，这不仅是从它们为游击队供应物资这个意义上来说的，而且也为游击队提供了避难之所。现在菲军的最高战术就是：受美军进逼时立即解散，避入附近城镇。这一点他们是很成功的，因为人民支持他们，又因为他们一旦混入居民中，谁也不知道他到底是游击队还是平民。这个独特的作战方式之所以成功当然是由于全国人民的团结一致。这种团结是一个事实，是毋庸置疑的。
这位麦克阿瑟正是在第二次世界大战中叱咤风云的美国陆军五星上将道格拉斯·麦克阿瑟的父亲。在美军历史上，先后有两个“子承父业”的名将世家，一个是亨利·李和罗伯特·李，另一个就是阿瑟·麦克阿瑟与道格拉斯·麦克阿瑟。
阿瑟·麦克阿瑟，1845年出生在马萨诸塞州的奇科比。17岁时，他参加了第24威斯康星州志愿步兵团的密尔沃基分队。南北战争中，他作战勇敢，多次负伤，曾荣获美国的最高奖赏-荣誉勋章，并于19岁这年晋升上校军衔，成为联邦军队中最年轻的上校。
战后他被遣散复员，一年之后，他又重新穿上军服，进入正规部队，领上尉军衔，辗转过许多地方，多数是驻扎在艰苦的西部地区，征讨印第安人。
1889年，他被提升为少校，到首都华盛顿陆军司令部服务4年。
在此期间，他勤奋读书，获得了法律博士学位。之后，他被提升为中校，并到得克萨斯州的休斯敦任职4年。1897年，他已52岁，被派往明尼苏达州的圣保罗。要不是美西战争爆发，他很可能会在那里平平静静、默默无闻地度完他的军旅生涯。
1898年4月美西空战后，阿瑟·麦克阿瑟被提升为准将。从此，他时来运转，渐入佳境。他坚信，战争一定会成为自己一展身手、建功立业的绝好时机。
果然，随着奥蒂斯的去职，局势日益恶化、不可收拾之际，麦克阿瑟自然而然地登上了驻菲美军司令官的宝座。他一上台，便采取了与奥蒂斯截然不同的战略，这一战略的核心就是采取“更为强硬的政策”来对付游击队。
1900年12月，麦克阿瑟宣布实施“第100号通令”，规定：战争应当以常见形式在身着军装的部队之间进行；但游击队不值得怜悯，应把他们送入集中营、流放或处死；如果指挥官出于“军事需要”，可以采取一切必要手段实施“报复”。
与此同时，麦克阿瑟为了弥补美国人在当地语言、习俗和地形方面的先天不足，大量招募亲美的菲律宾人，充当供之驱使的耳目和走狗。到1901年6月，他已拥有5400名菲律宾侦察兵和6000名执行准军事任务的菲律宾警察。
在他亲手主持下，陆军成立了一个军事情报处，以增进对游击队活动方式的了解并及时传递情报。他还请求海军加强巡逻，千方百计地切断起义军在岛屿之间的通信联络和海外武器输入的途径。
身为一名晓古通今的法律博士，麦克阿瑟深知仅靠武力推行其政策是远远不够的，必须辅之以政治上的“攻心战术”。因此，除了继续强调进行所谓“亲善”活动外，他还授意一批亲美分子组成了菲律宾联邦党。该党成立后，与占领军当局密切配合，成了阿吉纳尔多领导的独立运动的死对头。
麦克阿瑟抛出的这几手“杀手锏”果然厉害，确实给各地菲律宾游击队的抵抗活动带来了巨大困难。一时间，华盛顿方面连电嘉奖，颂声如云，坐在马尼拉总督府里的麦克阿瑟更是笑逐颜开，心中好不得意。
然而，为自由而战的菲律宾人民是不会轻易屈服的。他们前仆后继，视死如归，在同侵略者进行殊死抗争的过程中，涌现出无数可歌可泣的英雄人物。
其中，牺牲在腊子口之役的菲军将领德比拉就是一位令国人自豪、让敌人胆寒的杰出代表。
格里哥里奥·德比拉，原是马尼拉的一名大学生，从1897年开始，他积极参加反对西班牙人的作战，因机智过人，战功卓着，深得阿吉纳尔多的喜爱。阿氏流亡香港时，德比拉忠心耿耿，出生入死，始终不离左右。回国后，阿吉纳尔多任命他为布拉坎军区司令，领准将军衔。
在随后的抗美游击战中，德比拉英勇善战，屡建奇功。因他常骑一匹白色战马，故人称“白马小将”。德比拉曾于奎加一役，击毙美军斯托森柏上校。从此，“白马小将”的威名传遍菲律宾列岛。
这一天，麦克阿瑟终于探到阿吉纳尔多的行踪，立即派麻契少校率领300名士兵前往追捕，并责令他务必一网打尽，斩草除根。
得到情报，阿吉纳尔多只好率总部人员匆匆转移。危急关头，他把掩护的重任交给了素所信赖的德比拉将军。
战斗在腊子口打响。德比拉率领60名战士，死死地顶住了敌人的疯狂进攻，终于为总部的安全转移争取了时间。最后，菲军60名战士全部牺牲，德比拉亦不幸阵亡，年仅24岁。
