北方的赋税基本上是窝阔台以来的税制加以调整后确定的，有“税粮”和“科差”之分。根据1280年（至元十七年）所颁布的则例，“税粮”包括丁税和地税，丁税的全科户，每丁每年纳粟2石；地税每亩纳粟3升。根据1260年（中统元年）所定户籍科差条例，“科差”包括户税、包银、俸钞3项，各种税户所纳户税、包银数量各不相等，以全科系官户为例，每年每户要纳系官丝1斤6两4钱，包银4两，全科系官五户丝户，每年每户纳系官丝1斤、五户丝6两4钱，包银4两。所谓“系官丝”是缴给官府的，所谓“五户丝”是缴给食邑的贵族的。1267年（至元四年）纳包银的民户，由原来的4两增加为5两，这增加的1两叫“俸钞”，是给大小官吏作俸禄用的。
江南地区的“税粮”沿袭宋代的两税制，即夏税和秋税，秋税输粮，夏税输木棉、布绢、丝绵等物，其数量根据地利、产量而定。“科差”分户钞和包银，江南户钞相当于北方的五户丝，以成宗时作标准，每户纳中统钞2贯（即中统交钞2两），1万户田租输钞400锭；江南包银相当于北方的俸钞，每户纳2两。
除了正税外，还有许多规定和没有规定的杂税，如盐、茶、酒、醋、金、银、铜、铁、钒、竹、木以及山泽、河泊、煤炭、乳牛、鱼苗、日历等等，无不有税。到了元朝后期，官僚机构进一步腐朽，贪宫污吏更加明日张胆，他们不知“廉耻”二字，公开要钱。据当时人叶子奇的记载，官吏捏刮钱财的名目有：下级来参见要“拜见钱”，无事白要叫“撤花钱”，逢年过节叫“追节钱”，生日要“生日钱”，办事要“常例钱”，送迎宾客要“人情钱”，办差事要“密发钱”，诉案要“公事钱”。
真是“衙门八字开，有理无钱莫进来”。劳动人民已经被赋税压得透不过气来了，哪有钱去孝敬官老爷！
除了赋税和各种名目的盘剥之外，元政府还通过所谓“和雇”、“和买”的办法来征购统治者所需要的一切东西，他们把价格压得很低，实际上是强行夺取。有的地方甚至出现为了应付“和雇”“和买”而卖家产、卖儿卖女的情景。
总而言之，元代的劳动人民担负着沉重的赋税、差役，以及其他苛捐杂税。而元朝统治者不断加强对各族人民的财政搜括。自世祖至元至文宗天历的70年间，国家赋税不断增加，如盐课增加20倍，茶课增加240倍，商税亦增加近10倍。官吏的额外苛敛使得民不堪命。
中原统治生民怨
开河变钞使得黎民怨
1343年五月，黄河在白茅堤决口。次年五月，黄河中游连下暴雨二十多天，由于河堤年久失修，黄河暴溢决口，平地水深两丈多，白茅堤、金堤相继决口，造成特大水灾，沿河郡邑如济宁路、单州、虞城、砀山、金乡、鱼台、丰县、沛县、定陶、楚丘、成武，乃至曹州、东明、巨野、郓城、嘉祥、汶上、任城等处均遭到影响。溢出的河水涌入运河河道，又造成运河决口，使济南路、河间路的一些州县遭到水灾。
这次大灾影响严重，百姓颠沛流离，到八月份，山东已经出现人吃人的惨景。而且祸不单行，旱灾、蝗灾、瘟疫也相继发生。黄河两岸的百姓连遭灾害，许多人过着饥寒交迫、痛苦万状的生活。据估计，当时饥民总数达到100万户、500余万人，他们之中不少人在饥饿中死去。
大水也冲坏了沿河一带的盐场。当时，元朝政府每年要从盐课中取得一笔相当可观的收入，正如史书所形容的“国家收入盐利居十之八。”因此，大水也使政府的收入遭到了很大的损失。
1249年冬天，元末干臣脱脱重新出任丞相，力主治理黄河流域的水患，顺帝遂召集廷臣商议。都漕运使”贾鲁曾沿黄河考察地形，提出“疏塞并举，挽河东行，以制横溃”的治河方略。就是说，让黄河仍然回复原来的故道（下游从淮河入海），对南河古道采取疏通的办法，对北河采取填塞的办法。
当时，工部尚书成遵等人极力反对贾鲁的治河方案。因为这个方案需要聚集20万人开河，会导致民工造反。但脱脱认为：“越是不治，越是难治，越难治，饥民、流民的造反越加蔓延。最后，决定开河。
他任命水利专家贾鲁为工部尚书兼河防使，于1351年四月，调发汴梁、大名等13路民工15万人，又派驻守在庐州（今安徽合肥）等地2万士兵负责监督，开始治河。按照贾鲁治河方案，从黄陵岗（今河南兰考东）开挖，南到白茅堤，西到阳青村，280里河道要加深，然后把黄河勒回旧道入海。
此次治河已经是黄河泛滥的第7年，沿河两岸的贫苦农民饱受洪灾、旱灾、瘟疫和饥荒困扰，早已恨透了元朝的黑暗统治。现在被强征为民工后，待遇极低，加上治河官吏的克扣，他们所得更少，这些半饥半饱的民工，在军队的皮鞭下担负着极其沉重的劳役，加重了人民的痛苦。这使得他们更加对元朝的黑暗统治不满。这些民工成为反抗元朝的潜在力量。
另外，由于黄河泛滥，不仅阻碍南粮北调，还冲毁盐场，致使元朝的收入大减，加上统治阶层贪污挥霍，用作货币的贵金属金银等入不敷出，财政也渐趋拮据。为了转嫁这一危机，1350年，左司都事武琪向脱脱建议变更钞法，经过激烈辩论后，脱脱决定变钞。
随后，朝廷规定中统交钞（旧币）对正通宝钱（新币）为一比二，等于是硬生生地把老百姓手中的票子贬值了一半，与打劫无异。而且铸造铜钱显然比印刷钞票来得麻烦，所以元王朝趋简避繁，偷工减料，铜钱没铸多少，钞票倒印了一堆。由于交钞印刷毫无节制，很快造成通货膨胀，“行之未久，物价腾贵，价逾十倍”，在京城五百贯交钞，还买不到一斗小米。
因此，“开河”和“变钞”促使元末社会矛盾进一步激化。
刘福通起义于颖州
元朝末年时，逐渐形成了南北两大系统的秘密宗教组织，北方为白莲教，南方为弥勒教。白莲教来源于佛教的净土宗，供养的是阿弥陀佛，他代表光明，就是“明王”。佛教净土宗的另一派叫弥勒教。弥勒教信奉弥勒佛。他们的领导人分别是韩山童和彭莹玉。
当元末社会矛盾激化时，韩山童和彭莹玉的辛勤活动，大江南北已经布下了起义的种子，为日后南方红巾军起义的爆发作好了准备。
元顺帝调发15万民工开河后，韩山童等看到时机已经成熟，决定抓住这个机会发动起义。韩山童等派人到处散布童谣说：“石人一只眼，挑动黄河天下反！”又派几百个教徒去做挑河夫，在民工中宣传“明王出世、弥勒下生”，发展教徒。并暗暗地凿了一个独眼石人，背上刻了“莫道石人一只眼，此物一出天下反”几个字，埋在即将挖掘的黄陵冈附近的河道上。经过这番大造舆论的活动后，黄河两岸的人心浮动，大家以为元朝灭亡已是指日可待了。不久，民工们果然在河道里挖出了独眼石人，于是个个惊诧不已，一传十，十传百，中原地区沸腾起来了。
这时，聚集在颖州颖上县（今属安微）一带的韩山童、刘福通等人决定立即发动起义。1351年（至正十一年）五月，韩山童等召集3000教徒，人人头裹红巾，在白鹿庄斩白马乌牛，祭告天地，准备起义。他们发布文告，宣称韩山童是宋微宗的第八代孙子，应当继承皇位；刘福通是宋朝大将刘光世的后代，应该辅佐宋朝皇帝的子孙，恢复天下。
由此可见，韩山童在起义一开始目标就很明确以“复宋”作为口号，推翻元朝的黑暗统治。
但是很不幸，正当起义开始发动的时候，韩山童被捕牺牲，他的妻子杨氏带着儿子韩林儿逃到武安（今江苏徐州）避难，刘福通等人经过苦战才逃出重围。他们出敌人不意，转而一举攻下了颖州城（今安徽阜阳）。
因为刘福通的起义军都头裹红巾，所以称红巾军。红巾军是元末农民起义军的主力军，他们人数多，组织得好，斗争目标明确，贡献最大，所以元末农民起义又叫红巾军起义。
红巾军占领颖州后，很快占领了毫州（今安徽毫县）、项城（今河南沈丘）等地。到这年秋天时，红巾军又占领了汝宁（今河南汝南）、息州（今河南息县）、光州（今河南潢州）等地，起义人数达到10万人。
刘福通在颖州发动起义取得了胜利后，对其他地方的人民群众的鼓舞很大，各地纷纷起兵响应。在北方地区的主要有芝麻李等起义于徐州，布王三、盂海马等起义于湘汉流域。
1352年二月，郭子兴在濠州起兵。郭子兴是定远（今属安徽）的富豪，但出身低微，没有靠山，常受地方官府的气，所以也参加了白莲教，平时结交江湖好汉，很有点名气。刘福通起义爆发后，当地农民也在闹造反。郭子兴带了几千人，趁黑夜，偷入濠州城，半夜里冲进州官衙门，杀了州官，宣布起义。当地民众纷纷参加起义军。贫农出身的朱元璋就是在这之后不久投奔郭子兴的。
朱元璋崛起
朱元璋加入红巾军后，作战勇敢，且才能出众。从军不久，即脱颖而出，被郭子兴收为宗人，待同子弟。其后，郭子兴又将其义女马氏嫁给了朱元璋。从此，朱元璋便被人们称为“朱公子”，在红巾军中如鱼得水。
1353年六月，朱元璋奉命回家乡钟离召兵，扩大队伍。他以旧时伙伴和同乡徐达等二十余人为骨干，招集了七百余人入伍，朱元璋因而被任命为镇抚。后来，朱元璋决心发展自己的队伍。1354年六月，朱元璋将其率领的兵士交与郭子兴，仅带领徐达、汤和、吴良、吴祯、花云等二十余名心腹至定远。不久，即招编了张家堡驴牌寨民兵三千人，收编了横涧山缪大亨义兵二万余人，并用了近十天的时间加以整顿和训练，形成了一支基本队伍。
朱元璋组建队伍后，即率军南下，攻占滁阳。经过妙山时，结寨自保的冯国用、冯国胜兄弟率众来投。冯氏兄弟有政治、军事眼光。
朱元璋同他们讨论天下大势，冯胜提出先占领金陵（今南京），建立稳固根据地，然后征战四方，夺取天下的方针，投合了朱元璋的心意，因此被任命为幕府参议，计议征伐大事。
不久，定远人李善长也来到军营求见。李善长也是一位难得的人才，朱元璋委任他为幕府掌书记。朱元璋对李善长很信任，不仅让他参与机密，而且让他协调文臣武将之间的矛盾，协助考察各种人才，量才委用。
七月，朱元璋攻克了滁州。八月，郭子兴率万余人来到滁州。他看到朱元璋已拥有三万人的武装，且号令严明，军容整肃，十分高兴，升朱元璋为总管。
至正十五年（1355）正月，朱元璋建议攻取和州，解决军粮问题。
郭子兴于是任命朱元璋率张天祐、汤和等将士攻占和州。攻下和州后，朱元璋召集诸将，严肃军纪，禁止杀掳掠夺，因而他的部队很得人心。
同年三月，郭子兴病死，朱元璋成了这支义军的首领。这时刘福通在毫州建立了宋政权，改元龙凤。朱元璋不愿受制于人，但自己势孤力单，只得暂时接受宋政权的领导，使用龙凤纪年。
是年五月，结寨巢湖的水军千余艘在廖永安、俞通海等人带领下，投靠了朱元璋，朱元璋因而拥有了一支强大的水军。这时，常遇春、邓愈也归附了朱元璋。朱元璋势力大增，决计攻取金陵，建立自己的地盘。
六月，朱元璋率部渡江，拔采石，占太平。朱元璋大军进入太平时，军纪严明，秋毫无犯，城中肃然。此后朱元璋扩大队伍，修城浚壕，加强守御。这样，太平成了攻取金陵的根据地和桥头堡。
七月，朱元璋令张天祐率军攻打集庆（南京），未克。九月，朱元璋再命郭天叙、张天祐攻打集庆，再次受挫，郭天叙、张天祐被俘杀。至正十六年（1356）三月，朱元璋亲自率军攻集庆，从太平出发，水陆并进。先破江宁镇，得降兵三万六千余人，再破集庆城，得军民五十余万。朱元璋改集庆路为应天府，置天兴建康翼统军大元帅府，以廖永安为统军元帅。七月，置江南行中书省，朱元璋兼总省事，并建立了完整的统治机构。
此后，朱元璋虽然又取得了许多胜利，地位也不断提高，但他怕树大招风，在形式上一直受北方红巾军刘福通建立的宋政权领导，斗争口号也不改变，他占领要州，开设浙东行省时，在省衙门口树起了“山河奄有中华地，日月重开大宋天”的大旗，与刘福通的“直抵幽燕之地，重开大宋之天”的旗号是一致的。他担任的职务，从江南行省平章到吴国公，都是“小明王”韩林儿封的。
至正二十三年（1363），北方红巾军在安丰失败，朱元璋迎小明王韩林儿于滁州，具有了“挟天子以令诸侯”的势力。1364年年正月元旦，朱元璋在应天府即吴王位，公开树起了大旗。1366十二月，朱元璋派廖永忠请小明王至应天府，途中小明王的船沉，小明王溺死，翌年改为吴元年。朱元璋自此割据一方，势力日强。
元末农民起义爆发后，依靠地主武装起家的察罕帖木儿、答失八都鲁、李思齐、张良弼等逐渐崛起，形成了新的军阀集团。答失八都鲁在北方红巾军的打击下兵败病死，其子孛罗帖木儿继之；察罕帖木儿死后，其养子扩廓帖木儿继之。这四家军阀出于争权夺利，长期以来互相攻伐不已。因此，这也为朱元璋统一南方创造了有利条件。
1367年十月，朱元璋在消灭了张士诚割据势力后，即着手挥师北伐。朱元漳命中书右丞相徐达为征虏大将军，平章常遇春为副将军，率军25万北伐。朱元库提出的北伐具体方略是：“先取山东，撤除元朝的屏障；进兵河南，切断它的羽冀；夺取道关，占据它的门槛；这样，天下的形势就由我们掌握了。然后，进兵大都，这时元朝势孤援绝，不战而取之；再派兵西进，山西、陕北、关中、甘肃可以席卷而下。”
同时，他还告谕北伐的将领：“凡遇敌则战，所经过的地方或攻克城池之后，勿妄杀人，勿夺民财，勿毁民居，勿废农具，勿杀耕牛，勿掠人子女。”
十月二十四日，徐达率军抵淮安，遣人往沂州招谕王宣、王信父子。察罕帖木儿死后，王宣父子利用扩廓帖木儿打内战的机会，攻掠山东全境。徐达派人招降后，王宣父子投降，王信被授予江淮行省平章政事。未几，王宣父子复叛，王宣被徐达镇压，王信逃遁。徐达攻占山东全境。由邓愈率领的偏师也由襄阳北略南阳，进展顺利。
1368年正月，朱元璋即皇帝位，定国号为明，建元洪武。
洪武元年二月，徐达等率师进入河南后，首先进攻汴梁。当时元汴梁守将李克彝、陈州（今河南淮阳）守将左君弼、安丰守将竹昌均屯兵汴梁。明军抵达陈桥时，左君弼率先投降，李克彝奔河南（今洛阳）。明军占领汴梁，次第攻克河南各州县。五月，朱元璋抵汴梁，召集诸将确定北进大都方略。
七月二十九日，山东诸将自益都、徐州、济宁会师东昌，前锋分兵渡河。闰七月初二日，徐达等自汴梁发兵，自中滦渡河。十一日，徐达大军与其他各路军队在临清会师。十四日，常遇春克德州。北伐的第三步“进兵元都”正在顺利进行中。
这时，在山西的扩廓帖木儿战败李思齐的部将貊高、关保，两人均被擒杀。顺帝又恢复扩廓帖木儿官职，命他领军抵挡明兵，又命李思齐等分道出击，勿分彼此。但此时为时已晚。
闰二十三日，徐达兵抵直沽，水陆两路向大都进发。二十八日夜半，妥懽贴睦尔率三宫后妃、皇太子、皇太子妃等，开健德门逃往上都。八月初二日，徐达等率军至大都，攻齐化门，命将士填濠破城而入，至此，统治了百余年的元皇朝终于被推翻。
