当然，海狼也不是没有损失，有五艘海狼在这次战斗中被驱逐舰击沉或者击毁，其中猎鲸9号和6号由于大雾天气，在海上不幸相撞之后沉没。所幸的是大部分士兵还是及时得到了救助。猎鲸7号在潜行的时候整个舰体撞到了冰山上，潜艇立刻漏水下沉全艇人无一幸免。
猎鱼5号、10号和猎鲨8号也不走运，当时正准备攻击一支落在后面的补给编队，没想到他们过快的速度引发的水下声音惊动了护航舰的海底监听员，随即8艘驱逐舰扑了过来，在水面上巡逻侦查。他们向四面扩大了搜索范围，深水炸弹和火炮都作好了准备。接到这一消息后，张承志立刻命令两艘潜艇收回潜望镜，急速下潜。但是猎鱼5号躲闪不及，在一阵深水炸弹的巨响过后，猎鱼5号被海水压裂舰体，慢慢沉入了海底。猎鲨8号虽然也受到了冲击，但幸喜伤害不重，及时转航脱离了这一海域。
猎鱼7号则被一艘驱逐舰给紧紧的咬住了。他刚刚紧急下潜，那艘驱逐舰就在潜望镜刚刚缩进水里的地方，投下了一枚深水炸弹。“砰”的一声巨响，海面上激起一道数十米高的水柱，强大的爆炸冲击力使得潜艇的推进器轴受损，螺旋桨旋转时，发出难听的尖叫声，这无疑于向敌舰号报告了自己的位置。如果此时停下引擎，则潜艇就会慢慢沉入海底。所以只有开足马力，拼命狂驶，在水下绝望地划着“S”型。
而千代号等三艘驱逐舰则凭着声纳装置紧追不放，始终压在猎鱼7号的上面。一枚枚深水炸弹不断投向海里。
这场追击延续了近个小时，就在深水炸弹快投光时，舰上的音响探测器失去了回声，不一会，水下翻起一团巨大的水花，泛起一片乌黑的油迹，这预示着猎鱼7号终于没有撑过最后一刻。
这样的战斗一直持续到7月3日的晚上，很多中国潜艇在用光了弹药之后，才借着夜色和浓重的大雾悄悄退出了战斗，而充满了硝烟的海面上则遍布船的残骸、尸体、船上装载的物资和各种各样的生活用品，空气中充满焦糊味和血腥味，此外还有落水的未亡者在凄声呼救，和尖锐的哨子声，劫后的场景让人惨不忍睹。
这次潜艇攻击中，联合舰队有大约40多艘舰船被击中，其中28艘被击沉，联合舰队在这一天损失了大约10000多人，而潜艇编队只付出了200多伤亡的轻微代价。
这场战斗无论是从气势上，还是从场面壮丽的程度上，都和昨天持续一天的双方航空兵大决战相差无几。
经过短暂的修整，林泰曾按照海军部的命令放弃了追击联合舰队的任务，并打算调转舰艏向北方的济州岛冲去。7月4日凌晨，北洋舰队与前来支援的南洋舰队主力会合了。南洋舰队指挥官方伯谦与林泰曾两个海军将军，连同舰队高级将官在旗舰狂风号上举行了简短的庆祝仪式。
不过就在此时，海军部忽然又发来了一封加急电报，电报中说联合舰队残部即将抵达长崎港，要南洋舰队留下来驻守济州岛海域，北洋舰队则立刻前往长崎，消灭滞留在那里的军舰，把海军的力量彻底归零。
接到命令后，林泰曾紧锁双眉，半晌不语。他知道虽然联合舰队已经元气大伤，难以与北洋舰队抗衡，但是他们在逃跑的过程中极有可能在航道布设水雷或者派出潜艇伏击。到时候万一北洋舰队攻击的时间拖长了，人一旦缓过神来，重新集结力量，到时候凭借着长崎港的本土优势就不太好对付了。林泰曾感到事关重大，便在狂风号上召开了紧急军事会议，会议一开始，会议室里就展开了激烈的讨论。
“我认为应该利用我们战列舰和航空母舰的空中优势一举展开攻击，通过不停的轰炸和炮击来取得最后的胜利。反正他们已经港口里无法动弹了。而我们的空军和海军对付他们简直如同平时训练打靶一样简单。只需要一天我们就会让对方全军覆没。”战列舰编队指挥官林继荫率先说出了自己的作战构想，这个计划也得到大部分人的支持，人们都认为这个计划是目前最简单也是最实用的。
“目前使用这个战术并不是太好。”站在林继荫对面的轻型巡洋舰编队指挥官李庆文断然说道，“虽然通过空袭和不停的轰击能够取得预期的胜利，但是这样一来敌人会采取很多极端的方式，比如他们会把战列舰堵塞在湾口，这样就能彻底让这个港口瘫痪，这也会影响我们今后的登陆作战，到时候清理估计都得花上半年时间。”李庆文用手指敲击着桌子，希望借此引起大家的注意：“现在最好的办法就是通过和平的方式取得最后，最好能让人投降。”
“说的太简单了吧。”林继荫冷笑着说道：“联合舰队是海军的全部力量，他要是能投降，就代表海军向我们投降了，这可能吗？何况劝降需要很长的时间，到时候劝降不成反而浪费了最佳的攻击机会。”
林泰曾看着争吵的喋喋不休的两个人，一时之间也没了主意。
看着长崎港外密密麻麻的中国军舰，山本五十六头疼如裂，“加把力，加把力，你是军人吗，手上一点儿力气都没有。”山本正让一个军曹为自己狠命掐眉头，他觉得这样会让头疼得到一丝缓解。
就在此时，一个通讯兵突然过来报告：“从北洋舰队来了********传令兵，说是中国方面派来的谈判代表，想要见您。”
山本吃了一惊，这个时候中国人忽然派谈判代表来干什么，他推开了那个军曹笨拙的手，“好吧，叫他们来陆奥号上见面。”
过了一盏茶的功夫，山本见到了这********人，他们穿着笔挺的海军军服，带着白色的大盖帽，高声说道：“我们是中华帝国海军上校林继荫和李庆文，奉了我们北洋舰队司令官林泰曾中将的命令，专程来见你！”
山本摆出一副大帝国海军大臣的架子，慢慢说道：“有什么事吗？现在我们有必要谈判吗？”
林继荫皮笑肉不笑的说道：“山本阁下，我希望你能够看清目前的形势。在两天前我们北洋舰队已经击败了你们，你们几乎所有的战列舰和巡洋舰都被我们击沉了。目前北洋舰队大兵压境，联合舰队龟缩在小小的长崎港里，没有一点儿退路，打下去对你们没有丝毫的好处。”林继荫的态度虽然还算礼貌，但是话语里却没有一点儿客气。
“噗！”听了对方近乎挑衅的话之后，山本重重的吐出了一口鲜血，本来在双方交战的时候他就吐过一次血，而现在对方傲慢无礼的态度更加重了他的伤势。侍卫和医官立刻围了上去，手忙脚乱的给山本顺气。过了一会儿，山本呼吸均匀了一些，推开旁边的副官，瞪着眼睛对林继荫说道：“你说我们大海军失败了？”
“没错！”林继荫微微点了点头，然后从口袋里拿出了一个牛皮纸袋，不慌不忙的递了过去：“这是我们得到海军的兵力部署情况，据我们掌握的情报，联合舰队汇集全所有的大中型战舰，还有最精锐的海军兵力，经过济州岛一战，只剩下十之一二，而且我们北洋舰队军舰根本就没有出战，只是动用飞机轰炸机群和潜艇大队就彻底摧毁了你们，这样的战果还不能令你死心吗？想翻盘是不可能的了，所以我还是建议你们立刻想一个新的出路吧。”说完他站了起来。
“你的话好像还没有说完呢？”看到对方站了起来，山本大声说道：“难道你们大老远的跑过来，就是为了和我说我们的本土舰队被击败的慌话么？”山本以凌厉的眼神冷冷的看着对方。
李庆文接过话茬：“山本阁下，中国人是从来不会说谎的。事实就摆在面前，你自己心里最清楚不过。还有，你的补给不多了吧？估计能够再撑个两三天就算不错了。”
山本沉默了，他也知道对方说的的确是事实，不过他不能看到自己的部队就这么放下武器，把整个军舰完好无损的交给对方，这是任何一个军人所无法接受的，但还是保持着最大的容忍说道：“说吧，你们林泰曾将军提出了什么条件？”
“很简单，我们将军为了这里最终的和平，特此让我转告你，只要你能够放下武器，率领全部士兵投降，那么你们将会得到安全和人道的对待，等到战争结束，你们将会被释放。”李庆文说道。
“你是让我们投降？做俘虏？”山本大声的叫道，他显得有些失控，直直的站了起来指着李庆文：“我现在就郑重的告诉你和你们的最高指挥官，我们大帝国海军是不会投降的，永远也不会投降的！我们将战斗到最后一船一人。顺便收起你们的谎言吧，中国人是最阴险狡诈的，只要我的士兵投降，只有冰冷的子弹等着他们，什么人道、安全，骗鬼去吧！”
