在经济上，中日之间既有很强的互补性，又存在着竞争性。有的专家预言：在世界步入21世纪的前夕，世界第一经济大国宝座的争夺战将在美、日、中三国之间展开。一位西方学者早在1993年就评论道：“尽管当前日本主导了这一地区，但以华人为基础的亚洲经济正迅速成为一个新的工业、商业和金融中心，这个战略地区包括相当大的技术和制造能力（台湾）；杰出的企业、营销和服务人才（香港）；一个优良的通讯网络（新加坡）；大量金融资本的聚集地（以上三个地区）；大量的土地资源和劳力供应地（大陆中国）”美国前国防部长麦克纳马拉在1994年就说过：“预计到2050年，中国的国内生产总值将超过美国、日本和西欧。”1999年，国际货币基金组织在“全球经济展望报告”中，列出以购买力平价换算的全球1998年国内生产总值排名榜，中国大陆排第二，占全球比重的12%；位居第一的美国占全球的20.8%，日本位居第三，占7.4%。不过若按国民生产总值排名，中国排在第七位，位居美、日、德、法、英、意之后。不管怎样，在日本看来，中国已经逐渐在亚洲地区成为日本的竞争对手，对其“亚洲第一”的地位构成威胁。不过就目前来讲，中日经济的互补性是主要方面。中国对日本来说是个巨大的、不可放弃的市场。日本要成为政治、军事大国，必须以经济实力为后盾，因此它必须把继续发展本国经济放在重要的位置上，而在利用中国市场上，日本比美国和欧洲拥有地理和文化上的优势。日本对中国来说是个重要对外开放对象。日本是世界第二大发达国家，拥有先进的科学技术和雄厚的资金以及丰富的管理经验，这些都是中国发展经济所需要的。正因为这样，冷战结束后，中日政治关系虽不如70-80年代，但经济关系却更加密切。到1994年，日本成为中国最大贸易伙伴，中国也首次成为日本的仅次于美国的第二大贸易伙伴。据中国海关统计，1994年中日贸易额达479亿美元，比上年增长22%，相当于1990年的2.9倍。从80年代起，日本就一度是对华投资最大的国家，截至1997年，日本对华直接投资累计达16404项，协议金额297.93亿美元，实际投入金额185.15亿美元。从1979年以来，日本已先后向中国提供了4批日元贷款，截至1995年，日本对中国提供的前三次日元贷款总额约达1.6万亿日元，贷款利率每年仅为2.3%，偿还期限为30年，并另加10年的“延缓”期。1996年云南省发生地震后，日本向中国提供了30万美元的紧急援助。经济关系已成为联结两国国家利益的重要纽带，因而成为整个中日关系的主导方面。目前日本是中国最大的贸易伙伴，对华经济援助和投资也名列前茅；中国是日本第二大贸易伙伴。当然，两国经济稳步发展中也存在一些问题：一些日本人认为，如果给予中国过多的援助使中国发展太快，会威胁到日本的利益，因而主张将经济援助附带一定的政治条件；中国方面则认为日本提供的援助不够，日本有时不适当地将经济与政治相连，影响了经济关系的发展。
在安全上，一方面在亚太地区安全上日本需要中国的合作，如朝鲜半岛问题，但另一方面，中日两国在安全问题上的矛盾越来越大。从日本方面来说，苏联威胁的消失，使得日本不但无需再借重中国的力量来寻求安全，反而越来越对中国的国防现代化心存疑虑，把中国看成是一个威胁。早在1994年10月25日，日本内阁外交政策审议室室长谷野作太郎就说：对中国军队现代化动向本身，日本并没有认为会立即构成对自己的威胁；诚然，中国显然蕴藏着成为军事大国的潜力；对于中国今后的动向，日本需要仔细地掌握。以后，日本对中国的戒心表现得越来越明显。在军事安全上对中国存有戒心，日本与美国有共同点，这是它们在苏联解体后仍加强防卫合作的重要动因。对中国来说，对日本走向军事大国也存有戒心。日本雄厚的经济实力，使得它在走向军事大国的道路上不需要多长时间，而日本对待它过去历史的态度更使中国对其发展方向心存疑虑。正如美国学者罗伯特·罗斯所指出的：尽管日本受到日美关系影响和国内政治及社会对“军国主义”的限制，但它随时都有能力成为一个可怕的军事强国。自70年代以来，日本的国防预算稳步增长，已经形成“一支现代化和令人生畏的国防队伍。除了美国以外，日本拥有比任何其它亚洲国家和北约组织的任何欧洲国家更多的主要战舰。日本早已在亚洲部署了比美国更多的潜艇、护航舰及鱼雷艇。而且在美国第七舰队完成其计划的缩编后，日本将在东亚拥有比美国更多的主要舰只。此外，这支新型和现代化的海军，是在最近15年中建立起来的。几乎所有的日本海军舰只都是用极其先进的技术建造和装备起来的，宙斯舰的技术就是其中一例。最后，日本早已拥有建造、补给和驾驭航空母舰的技术，早在50多年前的二战时期日本就能部署航空母舰了。”就空军力量来看，“日本也在建设一支先进的空军。在美国F-16技术的基础上建造起来的日本‘FSX’战斗机将远比中国目前能制造的任何飞机都先进得多，也将至少与中国能从俄罗斯或其它任何地方进口的飞机具有同等的性能，并且拥有在国内生产的优势。日本也在向美国购买AWACS型飞机。因此，日本拥有或正在发展先进的常规海军和空军，作为其基础的武器装备和技术远远超过中国拥有的或可望在今后10年内发展的武器和技术。”在尖端核武器方面，“日本对以钚为原料的核反应堆的兴趣和其先进技术支持下的民间火箭发射计划，显示出日本拥有先进的战略核能力。”“日本正在储存钚以及获得浓缩铀”，而这些“原料和技术只能用于制造核武器”。“日本的核运输系统的能力使日本排名第三，仅在美国和俄罗斯后面。日本也正在发展先进的非战略导弹系统的技术。日本民间技术的向军事用途的迅速转移是日本潜在的战略实力的重要来源。”关于中日军事实力对比，基辛格有一个说法：“日本的武装力量从技术和现代化装备看至少在今后15年内比中国优越。”《下一次美日战争》的作者早在1991年就指出：日本花在国防上的钱除美苏两国外比其它任何国家都要多。“日本的国防开支大于中国、德国、英国和法国。所以，问题已不再是日本会不会重新武装，而是日本将武装到什么程度和为了什么目的。这将取决于日本的战略需要。”
在意识形态和文化上，中日之间既有对立的一面，也有对立性相对较弱的一面。两国的意识形态和社会制度是对立的。在许多涉及到意识形态问题的重大国际事务上，日本都站在西方国家一边，如参与西方对中国的制裁，在人权问题上同美国站在一条线上。日美同盟的一个重要基础就是双方具有相同的价值观。1999年5月3日，日本首相小渊惠三在访美与克林顿总统会谈时就表示，他确认日美两国是以“自由、民主和尊重人权”这一共同的价值观联结起来的同盟关系。在日本，有相当一部分人认为中国强大了会搞扩张，他们的主要论据就是中国是“共产主义国家”。大平正芳曾批驳这种观点说：“现在的中国，虽然也讲共产主义但又是非常独特的中国的生存方式：虽说是共产主义，却又和苏联有所不同；一直是以中国式的一种统治概念来治理国家的。可以称之为毛泽东主义吧！说是共产主义，实际上，可以说是非常中国化了的共产主义。”大平的观点从反面印证了在日本确实存在着“共产主义威胁论”和“反共产主义”思潮。1999年3月北约开始空袭南联盟后，日本表示对北约的行为表示“理解”，可见它与北约在价值观念上的一致性。不过，与美国比较起来，日本外交的意识形态色彩要淡得多。
在文化上，亨廷顿在按“文明”给国家归类时将日本说成是“最重要的孤独国家”。这表明了日本在文化上的两面性以及它所处的困境。日本曾是中华文化圈的成员，与中国“同文同种”，明治维新后“脱亚入欧”。冷战后，日本要充当亚洲的领导者，因此必须回归亚洲，即“脱欧入亚”。但是在亚洲，日本在文化上的影响力是无法和中国比拟的，不可能同中国抗衡，尽管它在努力扩大日本文化的影响。日本既要回归亚洲，又要维护日本文化的独特性，这是一个难以解决的矛盾。
上述诸层面中日之间利益的矛盾与一致，导致日本对华政策既存在合作的一面，也存在遏制的一面。这是进入90年代以来中日关系不如以往和谐的根本原因。而中日之间存在着的一些遗留问题又使得两国关系更加复杂，其中最为重要的是历史问题、领土问题和台湾问题。
在如何认识过去侵略历史问题上，日本始终没有象德国那样彻底解决。其中一个很重要原因就是，相当多的战犯没有得到应有的惩罚，反而在日本政界继续飞黄腾达，如岸信介就曾是甲级战犯。这些人的言行对日本政治产生了潜移默化的影响，这也是日本保守主义势力逐渐增长的重要原因。而保守主义势力又影响到日本外交和中日关系。每当中日两国因“靖国神社问题”、“教科书问题”或其它围绕如何正确对待历史问题而发生矛盾时，日本总是会出现一些奇谈怪论，如“日本对中国反省过了头，对华外交过于卑躬屈膝”。进入90年代后，日本一些人还认为，日本之所以总是比中国低一头，就是因为没有对中国进行战争赔偿，小辫子总是被抓在中国人手中，所以不如解决赔偿问题，然后理直气壮地和中国打交道。随着日本走向政治大国进程的推进和国际地位的提高，国内民族主义和保守主义会更加抬头，新一代日本人对过去日本侵略中国的历史会更加缺乏了解，历史负罪感将更加淡化，这会促使日本对外采取更为强硬的姿态。而对中国来说，正确对待历史问题是极其重要的，这不仅涉及到中国人民的感情问题，而且也关系到日本的发展方向，关系到日本是否能坚持走“和平”道路。
钓鱼岛问题是中日两国之间存在着的领土主权争议问题，这一问题目前虽然尚未影响中日关系的大局，但却是导致两国间磨擦的一个因素。日本称钓鱼岛为尖阁列岛，它位于台湾东北100海里处，由几个小岛和岩礁组成，是中国的固有领土。1894年11月，日本在甲午战争中秘密窃取了钓鱼列岛；1895年1月，在签署《马关条约》之前，日本内阁决定先行将钓鱼岛划归冲绳所辖，建立标桩。1946年1月29日，联合国军最高司令部发布占领日本的训令，其中所提到的日本领土并不包括钓鱼岛。1969年11月，美国在将冲绳归还日本时，将钓鱼岛及其附近岛屿也划归日本冲绳县。日本据此认为钓鱼岛是日本的领土。于是该岛成为两国所争执之地。1972年，在恢复邦交谈判过程中，在举行第三次两国首脑小范围会谈时，曾涉及钓鱼岛问题。但是两国总理一致同意，把这个问题留到以后再说。1978年邓小平副总理访日时也谈到，从中日友好出发，我们可以把钓鱼岛问题搁置起来，留给子孙们去解决，他们会比我们聪明，会找到好的解决办法。后来还表示过，那里的海底石油可以共同开发。这就是我国处理钓鱼岛问题的一贯立场。这是贤明的妥当的方针。日本政府在这个问题上的基本战略是稳定同中国等周边国家的关系，以利于集中精力同俄罗斯争取归还北方四岛。在北方四岛未收回的情况下，日本不愿在钓鱼岛问题上过分刺激中国。但是日本方面有时也暗中搞一些小动作，以造成该岛属于日本的既成事实。1978年日本右翼团体“日本青年社”在该岛修建了一座灯塔，以显示“日本主权”；1988年又开始修建新灯塔，自设计阶段起便得到海上保安厅的指导，1989年6月保安厅还派遣负责官员赴岛检查，后因日本政府担心刺激中国大陆和台湾，因此对“日本青年社”的申请久拖未批。1992年，中国通过领海法，将钓鱼岛列为中国领土后，日方称钓鱼岛为其“固有领土”，并向中方提出抗议。1996年下半年，日本政府宣布实施200海里的专属经济区，把钓鱼岛也包括在内；与此相适应，日本右翼团体积极活动，制造钓鱼岛是日本领土的声势。7月15日，日本青年社成员登上钓鱼岛的北小岛，竖起一座高5米、重210公斤的巨型太阳能电池式铝合金灯塔。他们向日本海上保安厅申请，得到批准，将此作为航道标志。8月上旬，日本青年社和“尖阁列岛防卫协会”（冲绳县一右翼团体）成员，先后两次登上钓鱼岛主岛，进行了设置大型太阳旗等活动。9月9日，日本青年社因7月15日所建灯塔被台风刮倒，再次登上北小岛，重新建起了一个规模与原来相同的灯塔。这些活动都得到了日本政府的纵容和支持，并且有政府要员与之相配合，称钓鱼岛就是日本领土。日本外相就曾在香港公然声称钓鱼岛是“日本固有领土”，“没有特别加以说明和解释的必要”。由于中国政府进行了坚决有力的斗争，迫使日本政府在1996年10月下院大选后向中方表示：它既不参与右翼团体的活动，也不批准其为“正式灯塔”。钓鱼岛事件暂告一段落。
