1516年，患病的神甫克日什托夫·冯·苏赫滕向神甫会提交了传统的工作报告后提出辞呈。神甫会接受了他的辞职请求。然后通过投票表决选举尼古拉·哥白尼接替苏赫滕的职务，这是对哥白尼的莫大信任。哥白尼管理神甫会财产一直到1521年6月，中间只间隔很短一段时间。担任神甫会财产管理人，要承担许多经济义务和行政义务，要掌管瓦尔米亚的两个地区，即奥尔什丁地区和皮耶宁日诺地区的经济和收入。担任这一职务的人可以毫不费力地利用职权为自己捞取可观的资本，在当时这是常见的现象。为此人们总要选举特别信得过的人担任这一职务，希望能有一个有能力的好管家。神甫会章程规定，新当选的财产管理人要进行专门的宣誓，“保证如实地向神甫会报告奥尔什丁和皮耶宁日诺两个地区的所有收支帐目”。与此同时采取了许多监督性措施，旨在把营私舞弊和贪污的可能性减少到最低限度。尽管如此，仍不能彻底杜绝。未经神甫会同意，管理人不得出售粮食，但却可以“凭良心”去做林木买卖。管理人有权对奥尔什丁和皮耶宁日诺地区受神甫会统治的所有人，其中包括住在这里的贵族，行使审判权，也有权罢免奥尔什丁和皮耶宁日诺的两座城堡的司令官。此外，有义务对司库和其他掌管财务的人实行监督。管理人的工作主要是经济性的，为此他必须解决有关农村生活的所有问题，其中包括安置新移民、确定纳税标准等。
哥白尼掌管的地产范围遍及奥尔什丁佃户区的59个村庄和皮耶宁日诺佃户区的60个村庄。森林和湖泊除外，土地总面积约为3600海乌姆诺畹。此外还管理着位于这片土地上的两座城堡，并负责维护两座堡垒的防御性能，为此承担一些军事防御任务。作为行政管理人，他的办公地点就设在奥尔什丁城堡，该城堡位于奥尔什丁城西北部的韦纳河畔。奥尔什丁城堡连同这座建有堡垒的城市，是当时整个瓦尔米亚防御最好的要塞。
虽然行政事务十分繁重，但哥白尼并没因此停止天文学研究工作，奥尔什丁城堡里留下了他从事天文观测的痕迹。1802年，华沙科学之友协会的代表塔德乌什·查茨基和马尔青·莫尔斯基来到奥尔什丁城堡寻访有关哥白尼的文物时，在围廊下面的墙皮中发现了哥白尼做的一个长705厘米、宽140厘米的天文观测记录板。这是哥白尼观测和研究地球轨道不均衡性时使用过的。哥白尼在奥尔什丁观测二分点的时刻，首先是为了确定和计算出当时使用的儒略历同实际情况的差距。哥白尼曾参与了历法改革工作，所以他的天文观测不仅对天文学，而且对制定新历法的工作有重要意义。改革历法问题提上了1512年至1517年举行的拉特兰主教会议的日程。哥白尼对这些问题很感兴趣。
哥白尼选择西南方向上的一面墙来制作这块记录板，这块墙面被围廊遮掩着，在顶棚上钻了一个小孔，阳光透过这个小孔射到墙板上。每5天观察一次阳光在墙上移动的路线，并在墙板上标示出来。二分点时刻是主要观测对象，同时也是做深入观测的出发点。据学者们推算，这个记录板是1517年制做的。大概每遇上观测日，哥白尼就不外出进行监督和视察。他对观测时间和外出时间的安排表明，10次去外地公出只有两次同他的天文观测相冲突。哥白尼在奥尔什丁城堡进行了许多次天文观测，在他的《天体运行论》一书的第五章里描述了其中的4次。
哥白尼作为神甫会财产的管理人，是一位好管家，他不仅为神甫会服务，也为农民着想，当然，这只能在当时的社会和法律条件允许的范围内。从哥白尼的行动中可以清楚地看到他对人们采取的人道主义态度，他希望在他所管辖的地区经济能够得到顺利发展。
哥白尼在奥尔什丁地区管理经济事务时期，正是波兰同十字骑士团矛盾加剧，以瓦尔米亚主教和神甫会为一方，以十字骑士团为另一方不断发生误会和冲突的时期。哥白尼管理的地区同骑士团国家直接接壤，边界闹事和冲突事件不少，给哥白尼带来很多麻烦。来自骑士团方面的威胁妨碍了经济的协调发展。1517年6月，一位听命于骑士团的强盗塞巴斯蒂安·格劳辛因在瓦尔米亚抢劫被抓了起来，这使形势白热化，甚至导致了瓦尔米亚同骑士团国家于1517年9月29日中止了贸易往来。骑士团当局明显支持和纵容武装强盗在瓦尔米亚领土上从事抢劫活动。强盗们得到骑士团的支持，更加大胆、更加肆无忌惮，不断蹂躏手无寸铁的居民。1517年8月底，他们纵火焚烧了皮耶宁日诺市郊附近的两个村庄，后来又在布拉涅沃郊区纵火烧毁大片民房。瓦尔米亚行政管理人自己也不止一次遇到毗邻地区骑士团办事人员的挑衅活动。1517年3月，骑士团的人和神甫会的人就帕斯文克界河捕鱼权问题发生了争执。骑士团方面的一个人在捕鱼时被逮住，关进了奥尔什丁城堡。这成了骑士团办事人员攻击作为神甫会行政管理人的哥白尼的口实，指责他对骑士团的人采取了暴力行动。因为骑士团方面的人在奥尔什丁附近森林伐木，致使瓦尔米亚神甫和骑士团驻帕斯文克镇的统治者菲利普·格罗伊辛之间从1516年底起开始了一场旷日持久的争论。格罗伊辛甚至迫使神甫会管辖下的某些农民向骑士团交租，通过这些手段同神甫会展开了一场“私人战争”。1518年，格罗伊辛向哥白尼控告了奥尔什丁城堡司令克日什托夫·德劳希维茨，这使双方的争论进入了白热化阶段。神甫会要求哥白尼毫不迟疑地为司令官驳回指控，并消除导致指控和冲突的根源。为了这件事，哥白尼专程到利兹巴克去了一趟，征询主教的意见，探讨用什么方式打掉十字骑士团的借口。在利兹巴克，哥白尼获悉：骑士团已失掉莫斯科大公瓦西里三世这个盟友，瓦西里三世同波兰国王齐格蒙特·斯塔雷签署了和约。1518年10月22日，哥白尼把同主教谈话的结果迅速写信报告了神甫会。
可惜，哥白尼高兴得早了些，因为就在一年半之后爆发了波兰同十字骑士团的战争，这场战争主要是在瓦尔米亚地区进行的。1519年11月8日，哥白尼被提升，神甫会任命他担任神甫会办公厅主任。为此哥白尼回到弗龙堡，但在那里逗留时间很短，因为当时波兰和瓦尔米亚已经直接面临了同十字骑士团发生战争的危险。
十字骑士团的袭扰活动越来越频繁，他们所到之处，不放过任何人和任何目标，连教堂也成了他们的抢劫对象。应瓦尔米亚主教和神甫会的请求，国王齐格蒙特·斯塔雷给主教派来40名骑兵。起初，国王曾试图劝说自己的外甥——敌视波兰的十字骑士团大首领阿尔布雷希特放弃战争冒险行动；但当他意识到会谈不会有多大结果时，便开始了备战活动。当阿尔布雷希特开始对国王的和平倡议置若罔闻、不予理睬的时候，波兰国王说道：“现在一切都靠边站，我要解决这个普鲁士问题……我绝不退让，哪怕赴汤蹈火也在所不辞。”
法比安主教惧怕战争，他做了一系列的努力，竭力想避免战争和冲突。
十字骑士团的紧张备战活动迫使波兰开始了征讨不安分附属国的战争行动，虽然她尚未做好战争准备。1519年12月11日，波兰议会同普鲁士各界代表大会在托伦举行联席会议，一致通过决议，对十字骑士团采取战争行动。12月底，波兰部队从托伦出发，朝十字骑士团控制的普鲁士进军，迅速占领了位于玛祖尔地区和维斯瓦河流域的几个较小的边境城镇，其中包括克维宗和霍隆德镇，并继续朝克鲁莱维茨方向挺进。阿尔布雷希特早已把自己的武装力量集中在同瓦尔米亚交界的北部边界上，在1520年的新年跨过边界线进军到布拉涅沃城下，并宣称他是来向波兰国王进贡的。这时他还不知道波兰已开始了战争准备。当十字骑士们来到城下的时候，正值凌晨，浓雾妨碍了布拉涅沃塔楼的视线，另外，这座塔楼当时也没有人守卫。同骑士团友好的布拉涅沃市长菲利普·特施内尔为骑士团的军队打开了城门。十字骑士们毫不费力地占领了布拉涅沃城堡。骑士团大首领要求该市居民向他宣誓效忠。在市场中心迅速竖起了绞刑架，警告敢于反抗的人。布拉涅沃居民分辩说，他们已经宣誓忠于瓦尔米亚主教和弗龙堡神甫会，不能再做第二次宣誓。但这种解释无济于事。最后在武力镇压的威胁下，居民们被迫向阿尔布雷希特宣誓。弗龙堡距离布拉涅沃仅有10公里，弗龙堡的神甫们听到这个消息无不大惊失色。大首领竭力向主教解释，说他是受教皇委托来占领布拉涅沃的，旨在保护主教区免遭波兰军队的抢劫。大首领要求主教前去同他谈判，大概是要说服胆怯的法比安转到十字骑士团一边去。
主教和神甫会面对这样巨大的威胁，立即开展了一场外交活动。1月4日，从弗龙堡派出两位神甫作为使节去会见阿尔布雷希特。这两位代表，一位是从前的神甫会成员、副主教扬·斯库尔泰蒂，他对大首领周围的人特别熟悉，另一位就是尼古拉·哥白尼。两位使臣的任务是对骑士团向没有武装的瓦尔米亚采取战争行动表示震惊，建议大首领同波兰国王开始和谈。主教请阿尔布雷希特为哥白尼发放安全通行证，让哥白尼能在弗龙堡和奥尔什丁之间自由通行，以便使他能够充当住在利兹巴克官邸的主教和弗龙堡神甫会之间的联系人。为了在大首领和主教之间作中介人，斯库尔泰蒂也得到了一张安全通行证。阿尔布雷希特真的为哥白尼写了一封指示各地放行的“铁信”，信上这样写道：“应尊敬的大学者和神职人士尼古拉·哥白尼先生的坚决请求，我们已经允诺，并把我们自由的、安全的和基督徒的通行证发给了他，准予他连同他的侍从和马匹通过我们骑士团国家……来去自由。”瓦尔米亚主教的使臣在布拉涅沃同大首领举行的会谈，没有取得任何结果。阿尔布雷希特争辩说，他这是收复教皇赠予他的土地，并且表示，他不想同波兰国王直接会谈，但他可以派自己的顾问、波美拉尼亚主教希奥布·多贝内克去同波兰方面会谈。尽管得到了安全通行证，但哥白尼此后再也没去布拉涅沃。十字骑士团没等收到神甫会的回音，就对弗龙堡发起了武装进攻。正如十字骑士团的指挥官所写的那样，进攻的目的是为了“摧毁这个巢穴，以便在整个夏天不会再有任何一只鸟来这里做窝”。神甫们都纷纷离开弗龙堡，逃到没有战争危险的地方去了。
神甫会成员中大概只剩下尼古拉·哥白尼一个人还留在孤独的弗龙堡。没有大炮，十字骑士团无法越过大教堂的围墙，于是他们就纵火焚毁城市和围墙外面的神甫住宅。哥白尼顶住了十字骑士团对弗龙堡发动的攻击，但因为他的家已被焚毁，也不得不离开这里。1520年1月23日，哥白尼离开这里前往奥尔什丁，在奥尔什丁一直呆到1521年6月。远离主要战场的奥尔什丁，有几个月的时间确实是一个安全的避风港。当时负责奥尔什丁管理工作的是扬·克拉皮茨，他是接替哥白尼担任神甫会财产管理人的。哥白尼在行使神甫会办公厅主任职责的同时，凭借自己的经验也为自己的继任人扬·克拉皮茨出谋划策，帮助他管理。
战争风云席卷了整个瓦尔米亚和骑士团国家。波兰军队的主力由王国大统帅尼古拉·菲尔莱伊指挥，开进了骑士团控制的普鲁士，占领了一些地方，包围了另外一些地方。十字骑士团怕吃败仗，避免在战场上同波兰军队直接交锋。他们不敢面对波兰军队，却对被占领地区手无寸铁的居民大肆烧杀抢掠。在这种情况下，尼古拉·菲尔莱伊征得法比安·卢兹扬斯基主教的同意，向各城镇和城堡派驻了波兰军队，保护这些地方免遭十字骑士们的蹂躏。在弗龙堡驻扎了400名波兰雇佣兵，在奥尔什丁驻扎100名，在利兹巴克——开始时驻扎300名，后来增加到1000名。有些瓦尔米亚城镇起初只想要自己的部队，不想接受波兰军队，担心这会给十字骑士团提供进攻的借口。但后来他们发现这是毫无意义的，于是便请求波兰人保护或者帮助他们加强防御，以对付十字骑士团的进攻。
瓦尔米亚主教、神甫会和各城市都懂得，把波兰军队放进自己的要塞，就是对波兰开放，就意味完全放弃中立立场。法比安主教向罗马控告了骑士团，控告骑士团到处搞破坏活动。大首领指示自己的部队不要吝惜瓦尔米亚，为了给波兰军队造成补给困难，要毁掉一切，并强迫当地居民效忠骑士团。当法比安主教认识到依靠谈判无法使瓦尔米亚免遭骑士团抢掠的时候，他便坚决地宣布站到波兰一边。毫无疑问，格但斯克市民的态度对主教迅速作出这一决定起了作用，格但斯克市民曾指责主教“脚踏两只船”，并威胁说，他们自己要洗劫和烧毁主教区的全部财产。主教向神甫会提出要求，要求加固要塞，改善食品和弹药供应，同时指出了神甫会在处理这些问题时表现出的惰性。无论是神甫会，还是主教都要承担瓦尔米亚的防御费用。双方都想把更大的负担推给对方。但是，当局势已经特别危险的时候，双方停止了争论，在组织防御工作中神甫会向主教提供了充分的支持和帮助。如果没有波兰卷入战争的话，瓦尔米亚抵抗十字骑士团的斗争是坚持不了多久的。波兰军队开进了王属普鲁士，当时最杰出的波兰指挥官之一雅努什·希维尔乔夫斯基来到了前线，这使人们对顺利结束这场战争增强了信心。
当时哥白尼在奥尔什丁市迅速投入了备战工作，为防御十字骑士团的进攻积极做好准备。为了最大限度地加强奥尔什丁的防御能力，哥白尼做出了巨大努力。2月中旬，他从埃尔布隆格调来了防御武器和设备，其中包括17杆火绳枪。哥白尼向斯库尔泰蒂解释说，他没有去购置武器，而是从主教那里借了武器，主教为了保护自己的财产可随时要求归还。即使在如此动荡不安的局势下，哥白尼仍注意抓经济问题。有的农民害怕战争，抛弃家园外逃了，哥白尼在那些被遗弃的土地上安置了新的农民。在新安置的农民中有一位登记姓名为斯坦尼斯劳斯·切霍青斯基。哥白尼对逃避战争的波兰农民采取了十分宽容的态度。譬如在大克莱巴克村有一位叫托马什·波拉克的农民因战争原因逃走了，哥白尼应村长的请求把这份家园交给别人临时使用，“直到托马什·波拉克返回时为止”。这个时期，哥白尼必须对神甫会的财产予以特别的关心，因为奥尔什丁佃户区已经被十字骑士团洗劫一空。关于防卫工作，哥白尼关心的不仅是他所在的奥尔什丁要塞，而是整个城市。为了保卫城市，从外地运来了武器和装备。这期间，哥白尼还处理了不久前去世的瓦尔米亚神甫会成员巴尔撒泽·斯托克菲希的遗嘱和遗产问题。与此同时，哥白尼必须警惕地注视着那些可能对十字骑士团怀有好感或者阴谋反对波兰的神甫会成员。
法比安·卢兹扬斯基以前曾同十字骑士团有过秘密往来，现在他是瓦尔米亚主教。另外，瓦兹洛德在世时期扬·斯库尔泰蒂神甫也同骑士团有过可疑的接触，他曾经担任过德国海德堡大学校长。但是，战争爆发以后，当十字骑士团揭下自己的面罩，暴露出自己是神甫会的敌人的时候，瓦尔米亚神甫们的全部幻想都破灭了，所以才公开宣布站在波兰一边。大首领阿尔布雷希特对瓦尔米亚采取的粗暴政策进一步失去了人心。在前大首领在任时曾对骑士团国家抱有好感的人，现在也都纷纷背离了骑士团。
战争期间，哥白尼坚定地站在波兰一边，忠实地继承了同十字骑士团斗争的家族传统。保卫神甫会财产的重担落到了他的肩上，保卫财产就是保卫瓦尔米亚免遭骑士团蹂躏。哥白尼帮助法比安主教组织防御工作，同时动员他采取了更加坚定的立场。哥白尼管束自己手下的人不得同十字骑士团的人进行任何可疑的接触。作为办公厅主任，哥白尼为逗留在奥尔什丁的神甫们编写了几封致法比安主教的信。1520年3月7日，哥白尼给主教写了一封信，请求主教就奥尔什丁市民的货物在普热兹马雷克被没收一事向骑士团当局进行交涉，同时向主教说明，奥尔什丁居民支持神甫会反对骑士团。
紧接着在4月29日写给主教的一封信里，哥白尼指出了神甫们积极参加瓦尔米亚防御工作情况，并请求主教把财政援助再增加相当于神甫们贡献的2/3的数量。在这封信里哥白尼还建议主教同军队总指挥尼古拉·菲尔莱伊保持紧密联系。这期间尼古拉·菲尔莱伊又调来20杆火绳枪加强了弗龙堡的防御力量。
1520年春，补充了火炮和雇佣军的波兰军队，发起了夺取帕斯文克和克维宗要塞的攻势，一直打到骑士团普鲁士的首都克鲁莱维茨附近才停了下来。这种形势迫使阿尔布雷希特提出了谈判请求。国王齐格蒙特·斯塔雷同意停火。战争行动中止了，从5月31日起停火协议开始生效。双方确定6月18日在托伦开始谈判，届时将由国王和大首领直接谈判，瓦尔米亚主教法比安·卢兹扬斯基也将参加。得知主教要去托伦参加谈判的消息后，6月14日，神甫们给主教写了一封信，这封信是由哥白尼负责编辑的。信件告诫主教不要相信十字骑士团的保证，哪怕是书面保证，应该要求骑士团赔偿他们对主教区和瓦尔米亚神甫会所造成的损失。神甫会的这种立场说明，神甫们对骑士团已经不抱任何幻想。不仅不再相信它，而且把它看成是自己的主要敌人。后来的托伦谈判证明，弗龙堡神甫们的预见是完全有道理的。
按预定的日期，以波兰国王为首的波兰人和由40名骑士团骑士陪同的大首领来到托伦。前来参加谈判的还有教皇、匈牙利国王及玛佐夫舍大公的代表，他们在签订和约方面竭力充当中介人。按波兰方面设想，阿尔布雷希特应按照附属国的义务向波兰国王进贡，并提出条件确保以后遵守和履行1466年的《托伦和约》。而大首领则使用拖延战术，并提出了不适当的要求。当他得知丹麦和德国方面的援助已经到来的消息后，他请求国王发给他返回克鲁莱维茨的安全通告证，于是便中断了和谈。7月又开始向波兰军队发起进攻。阿尔布雷希特的背信弃义政策表明，只有用武力才能迫使他履行《托伦和约》的义务。
战争烈火再一次燃烧起来，而且比以前更加激烈。这次是大首领占据了主动权。波兰人用很大兵力徒劳地包围了布拉涅沃，但未能阻止住十字骑士团对瓦尔米亚其他城市的入侵。大首领撕下了对瓦尔米亚主教友好的假面具，第一次直接进攻主教在利兹巴克的官邸。十字骑士团的大炮接连几周对主教区的首府进行轰击。波兰军队在城市居民的大力协助下，英勇地保卫了城市。市民们奋勇扑灭炮击引起的火灾，军队组织了一些夜袭，使包围城市的十字骑士们遭受惨重损失。11月底，敌人放弃了对利兹巴克的包围，向远处开去。这次围城使大首领的部队有大约1600名士兵被击毙。
但在其他一些战场上十字骑士们却在大肆炫耀他们的战绩。11月15日，骑士团占领了良城；11月24日，经过6天激战又夺取了奥尔内塔城。奥尔内塔城的居民本想继续坚守下去，但波兰指挥官在征得市长同意后决定向十字骑士团投降，因为他担心如果城市被攻破后会像良城那样惨遭恐怖镇压。这样一来，就使距离仅有25公里远的奥尔什丁面临了直接威胁。在此之前奥尔什丁市的气氛一直是平静的，并不担心十字骑士团的进攻；但是从奥尔内塔和良城逃到这里来的人很快便在这里形成一股担心和恐惧十字骑士团的气氛。神甫们发出了一封封告急信件，要求加强防御，要求增加援助。告急信寄给了波兰国王，也寄给了波兰首相扬·科纳尔斯基和库雅维主教。神甫们认为，他们的命运取决于利兹巴克是否能击退十字骑士团的进攻。他们提出，奥尔什丁防御工事还不够坚固，这里只有帕维尔·多卢斯基指挥的100名波兰雇佣军士兵。要想击退强大敌人的进攻，奥尔什丁城堡确实是没有做好准备。根据神甫们的建议，帕维尔·多卢斯基向利兹巴克司令官雅库布·森齐格涅夫斯基求援，但利兹巴克正处在被包围之中，森齐格涅夫斯基无力提供援助。埃尔布隆格的居民和所有神甫也都对奥尔什丁的命运感到担忧，因为瓦尔米亚神甫会的金银财宝和各种稀世珍品都寄存在那里。埃尔布隆格人当时曾这样写道：“弗龙堡教堂的全部财产——金银珠宝、玉石以及大量金钱等全都集中在那里。如果阿尔布雷希特得到这大笔财产，再加上他在良城和奥尔内塔已经掠夺到手的财产，天哪！那他就能在我们这里把战争玩个够。”驻普鲁士波军总司令雅努什·希维尔乔夫斯基也对奥尔什丁的命运表示担忧，于是他派雅诺维茨的佩雷克率领100名步兵前去增援。这期间国王从比得哥什向瓦尔米亚派来了很大数量的援军，这支部队由久经考验的老将兹比格涅夫·斯乌佩茨基率领。正是这支部队在沿海地区占胜和赶走了来增援阿尔布雷希特的德国军队。
当瓦尔米亚和奥尔什丁的命运处在最困难和最危险的时刻，即1520年11月8日，扬·克拉皮茨把自己担任的神甫会财产管理人的职务交给了尼古拉·哥白尼。神甫会之所以作出这一易人决定，大概是因为哥白尼迄今在行政管理工作中取得了丰富的经验，并且在同十字骑士团的斗争中表现出了勇敢精神和坚定的立场。哥白尼不仅成了经济管理人，也成了坚守瓦尔米亚南部这个最重要据点的军事指挥员，哥白尼不仅是一位理论家，也愿意把自己所学的理论知识应用于实践。这使他有可能利用自己的力学工作和工艺学知识。他积极组织奥尔什丁全城和城堡加强防御。他请求波兰指挥官提供军事援助和物质援助，因为他知道，没有波兰军队参加，奥尔什丁城堡经不起十字骑士团的长期围困和进攻。1520年11月16日，哥白尼给国王齐格蒙特·斯塔雷写了一封求援信。
但由信使传送的这封信，并没有送到国王的手里，因为信使在途中被十字骑士团的部队俘获，所以至今这封信仍保留在格丁根的十字骑士团文献馆里。这封信使十字骑士团看到，哥白尼是忠诚的波兰公民，始终是骑士团的敌人，同13年战争期间他祖父的立场完全一样。
多数神甫由于担心奥尔什丁要塞一旦被十字骑士团攻破，会遭到残酷镇压，所以都提前离开了奥尔什丁。岗位上只剩下了哥白尼和亨里希·施内伦贝格神甫两人，施内伦贝格神甫也是托伦人。哥白尼同守卫奥尔什丁城堡的波兰指挥官进行了紧密的合作，从未听说过他们之间发生过什么争吵和误解。守住城市和城堡并把敌人驱逐出瓦尔米亚的共同愿望把所有人联系在一起了。
哥白尼在防御工作中表现出了很大的主动精神。他不是消极等待国王增援，也不是仅仅指望职业军人。他一直同为解决奥尔什丁必要防御器材供应问题而呆在埃尔布隆格的扬·斯库尔泰蒂副主教保持书信联系。12月底，哥白尼给副主教发了一封信，这封信经过几周时间才到达收信人之手。在这封信里哥白尼请斯库尔泰蒂寄送一些铸造子弹所需要的铅以及盐和纸来。这期间奥尔什丁已面临十字骑士团的直接威胁。
大首领阿尔布雷希特于11月28日放弃了对利兹巴克的包围，回到克鲁莱维茨搬兵。1521年的新年刚过，他就率领一支由4000名步兵、600名重骑兵和400轻骑兵以及炮兵组成的部队突然出动。经过布拉涅沃和奥尔内塔，于1月11日到达良城附近，然后朝奥尔什丁方向挺进。当时的记载为我们描述了十字骑士团的进军情景：“大首领在耶焦拉内城没有得到任何好处，遂命令把这座可怜的城市焚毁。由于雨下得太大，无法进攻巴尔切沃城，只是试探性地放了一炮，看看该城居民是否愿意投降，结果是枉费心机。离开这里以后，部队朝奥尔什丁方向开拔。花费的努力没有给大首领带来任何好处，有7个村庄被他毁于一炬。”显然，实际破坏远比这大得多，沿途经过的地方都遭到骑士团的洗劫。他们想通过恐怖和恫吓手段来迫使瓦尔米亚投降。阿尔布雷希特从良城给奥尔什丁写了一封信，要求该城立刻投降，并威胁说，不投降就要把它彻底化为灰烬。然而，守卫者不但没有被威胁吓倒，反而加强了防御准备。来自良城的十字骑士团部队于1521年1月26日突然向奥尔什丁发起进攻，妄想用突袭的办法攻占该城。十字骑士团曾一度攻破城墙上的一个角门，但很快又被守卫者击退了。守卫者知道，这是敌人进行的一次试探性战斗，很快就会发起全面攻击。以国王为首的波兰最高司令部，以及主教和为自己财宝安全感到担忧的瓦尔米亚神甫们，都睁大眼睛盯着奥尔什丁。所有人在为奥尔什丁的守卫者们鼓劲。2月初，卢兹扬斯基主教给奥尔什丁的神甫，也就是给哥白尼和施内伦贝格写信，要他们坚守住，不要害怕敌人，如果没人叛变的话，敌人拿不下城市。
哥白尼没有过分相信副主教的乐观合计，为奥尔什丁调进了大批武器弹药和食品，并催促斯库尔泰蒂继续为守卫者收集和提供这些物资。斯库尔泰蒂对哥白尼的勇气真心地表示钦佩，他这样写道：“最后我要对最了不起的您在困难和危险时期所付出的巨大努力表示感谢，您在那里克尽厥职，耐心地经受着困难和危险的考验。我真诚地请求您保持乐观，放宽心地坚持下去。您将得到上帝的报答和人们的赞扬。”对于那些在危险面前放弃工作岗位，把一切都留给坚强的无所畏惧的同事的神甫，斯库尔泰蒂是以讽刺的笔调加以描述的。由于远离弗龙堡的神甫们而感到孤独的哥白尼，只能指望波兰士兵和波兰军队在战场上取得胜利。
哥白尼虽然没有手持武器伫立在城头上，但他是奥尔什丁真正的防御司令。这座城市的命运在很大程度上是取决于他的。他在同波兰军队密切合作的同时，竭力使城堡和整个城市做好防御准备。他对十字骑士团不抱任何幻想，所以他没有同骑士团进行任何谈判，一直坚定地站在反对骑士团的立场上。正是神甫财产管理人的这种坚定态度拯救了奥尔什丁和瓦尔米亚的很大一部分地区，使其免遭十字骑士团的鲸吞。骑士团方面了解哥白尼的态度和奥尔什丁的防御情况，知道想用小的代价夺取城堡和整个城市是办不到的。
在经受了十字骑士团进攻初步考验之后，哥白尼预料敌人还会发动新的进攻。然而哥白尼尚不知道，十字骑士团的部队内部正经历严重的危机。军队损失惨重，但却没取得比较大的胜利，这在骑士团士兵和雇佣军中引起不满，出现骚动，这种骚动随时可能演变为士兵暴动。十字骑士团的士兵谩骂大首领，雇佣士兵要求发放拖欠的军饷，甚至把事先发饷作为开始包围或发起进攻的条件。结果，大首领阿尔布雷希特中途返回了克鲁莱维茨，因为他觉得在那里要比呆在自己的军队中更加安全。1521年3月26日，骑士团停止了战争行动，4月5日达成了所谓托伦妥协，实行4年停火。双方决定，已经占领的土地在停火期间不予调整，波兰和十字骑士团之间的一切争执都将通过外部因素加以解决，这外部因素中包括公开同十字骑士团友好并站在他们一边的德国皇帝卡罗尔五世。
虽然战争行动停止了，但十字骑士们仍不断破坏停火协定，竭力蚕食新的领土。4月5日，布拉涅沃的十字骑士团指挥官彼得·冯·多纳向几个地方发动突袭，并占领了皮耶宁日诺和它周围地区以及托克米茨克县。神甫会其他一些佃户区，如布拉涅沃、奥尔内塔、良城也遭到十字骑士团的侵略，这成了瓦尔米亚主教和神甫会同骑士团之间发生新的冲突的根源。在这种形势下，瓦尔米亚居民及其行政管理人对骑士团的仇恨日益加深。十字骑士团的进攻停止了，大首领把雇佣军派遣到德国去了，因为维持雇佣军的费用已经成为骑士团的重大负担。但这并不意味同骑士团的武装冲突已完全停止，不过哥白尼倒是能够从事比较安静的工作了。当然，对凶残的邻国还不能放松警惕。因为多次实践已经使哥白尼看到，任何条约和协定对十字骑士团都没有约束力。
1521年6月，根据神甫会的意见，哥白尼把自己的行政管理人职务交给了蒂德曼·吉斯神甫，因为他已被选为瓦尔米亚专员，专署设在奥尔什丁，瓦尔米亚神甫会的官邸也设在那里。瓦尔米亚专署是1521年年中临时设立的，主要是为了恢复因战争遭到破坏的经济和社会秩序。毫无疑问，担任专员是哥白尼在行政职务方面的一次晋升，也是对他战前和战争期间所从事的行政组织活动表示赞赏的证明。人们把哥白尼看成是面对十字骑士团毫不妥协的人，甚至在艰难时期，也不退缩。他既没被十字骑士团所吓倒，也不为其所利诱，所以人们相信他能够正确代表神甫会的经济和政治利益。
1521年6月，哥白尼移居到弗龙堡，这里从事天文观测的条件要比在奥尔什丁好得多，因为这里有一些不能带到奥尔什丁城堡去的观测仪器。但哥白尼用于观测天体的时间仍然是不多的，因为有许多负有责任的行政事务占据了他的精力和时间。他参加为调整神甫会和骑士团之间紧张关系而举行的一系列会议，因为，骑士团还占据着神甫会土地和财产，还要对弗龙堡佃户区的森林进行监督。此后的几个月里哥白尼又担任了神甫会财产的视察员，这个职务要求他经常对神甫会财产问题外出视察。接下来的几年中，哥白尼曾多次到奥尔什丁城堡视察工作，也曾担任过“神甫会驻奥尔什丁代表”。战争刚刚结束的几年里，瓦尔米亚神甫会的处境非常艰难。形势要求神甫们表现出更大的政治积极性，同普鲁士各界以及波兰中央政权保持更加密切的关系。为此，哥白尼作为神甫会的代表常常参加普鲁士各界的代表大会，同代表们一道商讨如何制止十字骑士们在瓦尔米亚土地上进行新的颠覆和破坏活动，并想办法迫使他们遵守停火协定。
1521年7月25日，在格鲁琼兹举行了一次普鲁士各界代表大会，波兰国王的代表和大首领的代表参加了这次大会。瓦尔米亚神甫会事先起草了一份指控材料，准备在这次代表大会上对骑士团的罪行提出控诉。神甫会的指控书，很可能是出自哥白尼最忠实的朋友、骑士团不共戴天的仇敌蒂德曼·吉斯之手。指控书最后由神甫会的两名代表：蒂德曼·吉斯和扬·斯库尔泰蒂于1521年7月30日在格鲁琼兹的普鲁士各界代表大会上宣读。这份指控书虽然不是哥白尼亲自撰写的，但它直接反映了哥白尼的观点，很可能就是在哥白尼的影响下起草的。神甫会失掉的土地直到1525年签订克拉科夫协定之后才得以收复，那时大首领阿尔布雷希特已向波兰国王俯首称臣，并把骑士团国家改为世俗的普鲁士王国。这已是后话。
1522年初，神甫会推选哥白尼和蒂德曼·吉斯作代表，前往托伦参加普鲁士各界代表大会，波兰国王的代表也要出席，但国王更改了这次代表大会召开的时间地点。代表大会改在格鲁琼兹举行，瓦尔米亚神甫会的代表不顾恶劣的气候条件和泛滥的洪水，又来到格鲁琼兹，以便能在国王使臣在场的情况下对骑士团提出控告。哥白尼和蒂德曼·吉斯于1522年3月17日至21日参加了这次代表大会，在波兰使臣面前对十字骑士团的压迫和无法无天行为提出了新的指控。当时他们揭露说，大首领迫使瓦尔米亚主教区的臣民在经过骑士团领土运货时使用普鲁士的格利夫那交税。应普鲁士各界的请求，哥白尼在那里宣读了他3年前撰写的一篇关于货币问题的论文。哥白尼的意见深受同年10月21日在特切夫召开的普鲁士各界代表大会代表们的赞赏，入会的王属普鲁士代表最后通过了一个决议，决议中采纳了哥白尼的意见。
1522年1月30日，瓦尔米亚主教法比安·卢兹扬斯基去世。按照当时教区的传统习惯，在新主教产生之前，由一名神甫代表接管教区和神甫会的领导权。这名代表被称为瓦尔米亚主教区行政总管。这是一个政权交替时期负有最高责任的职位，借助它渡过这段“无主时期”。神甫会推举尼古拉·哥白尼在这9个月时间里担任了这一最高职务，甚至在选出新主教以后，哥白尼仍将行使这一职责，直到新主教的选举得到教皇批准为止。上任以后，哥白尼立即采取有力的措施加强各城堡的防御能力，预防十字骑士团的进犯。哥白尼担心十字骑士团有侵略瓦尔米亚的企图。这种警惕性不是没有根据的，因为十字骑士团竭力想利用瓦尔米亚主教法比安之死来攫取瓦尔米亚，如果不能用暴力攫取的话，就通过在罗马教廷的外交手段达此目的。
不久之后，神甫会的使臣前往克拉科夫向国王递交了弗龙堡神甫的名单，请国王择定4名神甫，以使神甫会从中选出一名主教，然后再请教皇批准。1523年3月17日，齐格蒙特·斯塔雷接见了神甫会的使臣。4月4日，确定了主教的4名候选人，他们是：教长帕维尔·普沃托夫斯基、文物保护人莫里齐·费贝尔、副主教扬·斯库尔泰蒂和神甫蒂德曼·吉斯。吉斯当时正作为神甫会的使臣之一来到国王身边。主教选举是4月14日进行的，哥白尼参加了选举。结果得到国王支持的神甫莫里齐·费贝尔当选为主教。费贝尔的当选使十字骑士团十分不满。他们知道，新主教将同波兰密切合作，这无疑将使十字骑士团霸占瓦尔米亚的阴谋遭受严重挫折，甚至化为泡影。
莫里齐·费贝尔主教确实没有辜负国王的信任，他同尼古拉·哥白尼一道努力，大大促进了医治战争创伤和重建瓦尔米亚经济的工作。两个人一起在1525至1528年从事移民工作，有40%的移民是来自玛佐夫舍地区的波兰农民。在密切同波兰的关系方面，两个人都做出了显著的贡献。
哥白尼早在费贝尔未担任主教前许多年就同他很友好，可以推想，选举主教时，哥白尼正是投了费贝尔一票。哥白尼同费贝尔在对内对外政策上观点一致。在当选主教后，费贝尔不仅对波兰国王，也对瓦尔米亚神甫会进行了宣誓。他宣誓尊重神甫会及其特权。在一分包含有神甫会提出的条件的文件上有哥白尼的签名。在新主教获得教皇认可之前，主教区的行政管理权一直掌握在哥白尼手中。据史料记载，1523年9月15日，哥白尼作为行政管理人在利兹巴克城堡办公，这一天他处理了一起骑士团手下人在骑士团所属普鲁士领土上袭击一位神甫的案件。肇事者被带到利兹巴克听取哥白尼宣读自己准备好的受害神甫的指控书。值得指出的是，迫害一名神职人员在当时要比迫害其他人的罪过大得多。
哥白尼在解脱瓦尔米亚行政总管职务后，又两次当选神甫会办公厅主任，一次是1523年，另一次是1525年。他履行自己的义务，领导神甫会办公厅的工作，编辑各种函件和监督神甫会的财务工作。
1525年4月8日签订了波兰——普鲁士条约，几天之后，阿尔布雷希特作为普鲁士公国的统治者，在克拉科夫市政广场上举行了向国王齐格蒙特·斯塔雷进贡的仪式。从此以后的普鲁士王国被称为公国普鲁士。
普鲁士公国的变化给哥白尼增添了不少工作。他必须把十字骑士团占领过的财产整顿好，一方面是恢复行政秩序，另一方面是恢复经济秩序。此外，哥白尼还同阿尔布雷希特大公的代表举行了会谈，讨论瓦尔米亚和普鲁士公国之间全面调整经济和社会关系问题。为了同邻国制定相应的正常关系准则，花去了哥白尼两年的时间。1528年7月6日，这个准则得到批准和签署，哥白尼是签署人之一。1529年，哥白尼最后一次担任神甫会办公厅主任职务。同骑士团结束冲突这件事成了哥白尼生活中的一个转折时刻。保卫瓦尔米亚，抵御十字骑士团侵略，正确领导瓦尔米亚经济发展和医治战争创伤，这段耗费哥白尼很多精力和心血的艰难时期终于宣告结束。
哥白尼对知识和社会生活的各个领域都感兴趣，对经济领域的问题也很精通。他的经济管理知识来自书本的远不如来自亲身实践的多。
哥白尼积极参与的经济改革是同整个共和国里有利于改革的气氛相联系的。这个时期提出了许多改革方案，这些改革方案甚至在波兰之外也有很大影响。各种改革方案都无法回避对经济来说十分重要的国库问题、财政问题和货币问题。哥白尼生活时期通行的货币制度还是中世纪遗留下来的，已经不适应经济变化的需要。不仅在共和国，在普鲁士也同样出现了货币危机。这种危机由于敌对的邻国为谋取暴利不惜假造波兰货币而进一步加剧。通过制造伪币获得的收入，并不比冒险抢掠的收获小。
当时的货币是用金属铸造的，主要是用银加入一些铜来制造，很少用金制造。当时人们还不懂得印纸币。即使发行了新货币，旧货币也照样可以流通，因为它的贵金属含量保证了它的应有价值。虽然法律对货币中贵重金属和其他金属的含量作了规定，但有人为了谋利，常常改变这种比例关系。波兰法律规定，要发行贵重金属信号不断减少的货币。这种货币被称为不足价货币或含量不足的货币，它们表面刻印的价值高于其贵重金属的信号。当时还不知道今天已在全世界普遍实行的这样一个原则，即发行的纸币数额要么同国库中的贵重金属价值相符，要么同市场的商品总值相符。如果货币总的名义价值超过了国库中贵重金属的价值或商品总值，经济就要发生紊乱。
哥白尼生活时期波兰的货币形势迫切要进行一次根本性改革。提出货币改革方案的人中有一位名叫尤斯图斯·德茨尤什，他是国王齐格蒙特·斯塔雷的秘书。据他计算，当时波兰市场上流通的货币有17种之多。除了16世纪亚历山大·雅盖隆奇克和齐格蒙特·斯塔雷时期铸造的波兰本土的货币外，市场上流通的还有波兰早期的货币，以及立陶宛、普鲁士、捷克、匈牙利、意大利、西里西亚和十字骑士团的货币。德茨尤什把其中的一部分称为良币，也就是表面价值同其贵重金属信号相符的货币；而另外一部分则称作劣币。改革初期，哥白尼只是消极地倾听有关货币问题的讨论；不久便作为行政管理人直接接触了这个问题。有了实践经验后，他便成了改革的主要代言人之一，积极发表改革主张。随着时间的推移，各界的改革呼声越来越高涨。1516年5月，应普鲁士各界代表埃尔布隆格大会的请求，瓦尔米亚主教法比安·卢兹扬斯基派使节向骑士团大首领提出交涉，请他停止破坏金融市场，因为这危害了主教、神甫会和整个王属普鲁士的经济。
正是在金融危机最严重的时刻，哥白尼就任了瓦尔米亚神甫会财产管理人的职务。哥白尼经常就神甫会的财政困难和金融损失问题同周围人交换意见，并指出了摆脱货币困境的出路，为此主教和神甫会曾要求他把自己有关现行货币关系的意见写成书面材料。在普鲁士各界代表责成瓦尔米亚主教提出适当的改革方案以后，这个问题便显得更加紧迫。哥白尼很快投入准备工作，1517年8月中旬在奥尔什丁用拉丁文写出了有关货币论文的纲要，题目叫《深思熟虑》。纲要里包含了后来在长篇论著中加以发挥的思想。这篇纲要受到人们赞赏，于是在1519年普鲁士实行货币改革时，有关方面专门征求了哥白尼的意见。后来，哥白尼把这篇纲要稍加修改，又译成了德文，以便使更多的市民了解这一问题。哥白尼为这篇德文译作取的题目是《造币方法》。1519年底在托伦召开的代表大会原计划要讨论货币问题，但因波兰——骑士团战争的爆发和骑士团对瓦尔米亚的侵略，不得不把这件事推迟了两年。签订和约以后，货币问题重新提上了日程。波兰国王也看到了改革的必要性，于是便鼓励，甚至指示普鲁士各界进行货币改革。1522年3月下旬，这个问题正式列入了在格鲁琼兹举行的普鲁士代表大会的议事日程。当时齐格蒙特·斯塔雷国王的使臣、弗沃茨瓦韦克都区主教马切伊·杰维耶茨基提请大会讨论统一波兰货币问题，统一的波兰货币也将在王属普鲁士流通。瓦尔米亚神甫会有两名代表参加了这次代表大会，他们是蒂德曼·吉斯和尼古拉·哥白尼。两位代表对十字骑士团非法占领瓦尔米亚的一些城镇和城堡正式提出了指控。大会还请哥白尼宣读了他3年前撰写的题为《论货币的的信誉》的论文。
哥白尼的货币价值理论是先进的，远远超出了当时的理论水平。中世纪主要流行两种货币理论：唯名论和实在论。两种理论各有自己的货币价值标准，评价的依据也各不相同。唯名论认为货币的价值是由法律确定的，也就是说货币的价值是由货币以外的因素来决定的；而实在论则认为货币价值是由货币本身决定的。根据唯名论观点，货币的价值是由刻压的印记加以表示的，而印记的确定是由政权决定的。这是货币的名义价值，哥白尼称这为货币的信誉。中世纪货币的汇率自由确定，这使一些名义价值相同而金或银的含量不同的货币同时在市场流通。哥白尼认为，货币的价值取决于货币本身贵重金属的含量，不取决于货币的表面印记。由此可见，哥白尼是坚决反对唯名论的，这使他不承认统治者有自由确定货币名义价值的权利。哥白尼说：“最大的犯罪和无法弥补的过错是国家统治者、管理者，或者其他愚昧之人想从造币事业上谋取好处，于是他们就增加正在流通的货币数量，而新增货币的贵重金属含量或重量是不足的……搞这种名堂的人不仅伤害了自己的臣民，也损害了自己，得到的好处只是暂时的，而且是微小的。他的行为就好像一位吝啬的农夫，为了节省良种就播种坏种子，到头来收获得的恶果要比播下去的坏种子还多。由此使货币的信誉遭到破坏，就好像杂草窒息了禾苗一样。”哥白尼严厉地谴责了骑士团普鲁士制造劣币和伪币的行径，充当了小贵族的农民，而首先是市民阶层的经济利益代言人，由于劣币和伪币的流通使这些人蒙受了很大经济损失。
实在论认为货币的价值是由其贵重金属的含量决定的。唯独含有贵重金属的货币才能成为贸易交换的良好手段。随着国际贸易的发展、货款业务的增加，以及金融经济的发展，实在论赢得越来越多的拥护者，尤其是在市民阶层中。实在论反映了当时的主要经济关系；直到出现了以银行支票和票据形式的合同货币和结算货币的时候，实在论才失掉意义。
当看到普鲁士货币不断恶化并不断造成危害的时候，哥白尼又提出了劣币定律：“当原来比较好的货币尚在流通的时候，又发行新的低劣货币，那么这种劣币不仅会影响原来的良币，可以说，还会把良币驱逐出市场。”哥白尼知道，当市场上流通金银含量不同而名义价值相同的货币时，主要是金银匠可从中渔利。哥白尼说：“当这种灾难触及货币，并通过货币触及整个国家的时候，只有金银匠和熟悉金银业务的人才能从国家的不幸中捞到好处。因为他们会从各种各样的货币中挑选出原来的良币，将其中所含的银提炼出来加以出售，同时又总是用它从无意识的平民中买进含在货币中的更多的银。当良币从流通中消失以后，他们又选择相对较好的货币加以收进，而给市场留下最坏的货币。于是人们产生了普遍的和不断的抱怨，抱怨金、银、谷物的价格、雇工费、手工匠的劳务费，以及社会交往中的一切费用都在上涨。其实，这未免太粗心了！他们没有想到，货币的恶化是一切东西涨价的根源。因为价格，首先是金银的价格，是随着货币的情况在相应地上涨或跌落。货币的价值不是由紫铜或黄铜，而是由金或银的含量来决定的。金和银被认为是货币的基础，货币的全部价值都是以金和银为依据的。”
这种现象早在哥白尼之前就被人们普遍认识了，但哥白尼第一个发现了其中的经济规律。这种规律作为一种法则，在不足值货币出现并与良币同时流通时，就会自动作用。长期以来，劣币驱逐良币的定律一直是以晚于哥白尼的一个人——格雷欣的名字来命名的，被称为“格雷欣定律”。托马斯·格雷欣是16世纪后半叶英国的一位经济学家。只是到了上个世纪人们才发现哥白尼关于货币的论著，于是这个劣币法则后来叫：“哥白尼——格雷欣定律。”
货币改革在普鲁士各界引起争论，并对它提出许多疑问。尼古拉·哥白尼作为德茨尤什方案的主要批评者被请到格但斯克参加会议，并代表他在会上发了言。7月18日这一天，普鲁士各界给德茨尤什寄去了一封辩论信，对他的理论提出了不同意见，复述了“劣币定律”，反对把铸造货币看成是国王收入的来源，主张统一波兰主要地区的货币。不过，哥白尼希望能为普鲁士保留谢隆格，因为它是普鲁士具有悠久传统的货币。这封信重复了哥白尼的主张：在每枚货币上都刻印上国王的形象、用拉丁文书写的国王名字和其他各种有关标志。在每枚谢隆格上，建议刻印波兰王国国徽和有关的拉丁文字；在货币的背面刻印普鲁士地区的徽记。通过这种办法强调普鲁士地区从属于波兰国王。在同德茨尤什进行辩论的同时，哥白尼要求他参与讨论普鲁士货币改革问题。
费贝尔主教非常关心的是，1528年5月8日在马尔堡举行的贵族代表大会不能没有最杰出的普鲁士货币事务专家尼古拉·哥白尼参加。3月份瓦尔米亚主教就把哥白尼召到自己在利兹巴克的官邸，同他协商关于这个问题的立场。为了同主教进行这次会见，哥白尼准备了自己《论货币的铸造》一文的第三稿，这一稿包含了同德茨尤什方案的辩论内容，也有对货币改革理论的广泛阐述。这部著作为哥白尼赢得了很大声誉，并作为革新派经济论文的范例载入了史册。瓦尔米亚主教指示神甫会派哥白尼以主教顾问的身份参加马尔堡贵族代表大会。赖希神甫也参加了哥白尼同主教在利兹巴克的会见，他大概想从哥白尼那里获得更多有关新货币理论的解释。后来哥白尼写信向赖希神甫作了解释。哥白尼论文的最后定稿是普鲁士各界代表进行多次讨论，以及同德茨尤什方案进行辩论的结果。在这篇论文中哥白尼复述了以前撰写的关于劣币从市场上驱逐良币，使良币走向炼金炉或金库这一法则的论文中的大部分观点。他几乎是戏剧性地描绘了货币退化所带来的经济后果。他尖税地针砭了那些对自己的祖国漠不关心、无动于衷的人。为了祖国，每个人都应该奉献出自己的最大力量，甚至不惜献出生命；然而，有些人却通过自己每天的失职，使祖国日益严重地衰败下去。
哥白尼积极参加了1528年5月在马尔堡举行的王属普鲁士贵族代表大会。骑士团普鲁士的代表也参加了这次大会。5月14日，哥白尼被选为代表大会专门工作委员会的成员。普鲁士两部分的代表，以及格但斯克和埃尔布隆格的造币匠也参加了这个工作委员会。委员会主要讨论了淘汰老货币的方法，以及按照国王指示铸造新货币的样式和大小问题。经过一周的讨论达成协议，代表大会根据这一协议通过决定，停止使用希维德尼察的劣币，暂时先在普鲁士公国停止流通。哥白尼是否在工作委员会中公布了自己有关货币理论的最新论文，不能肯定。但据估计，他尚未公诸于众。因为哥白尼知道，普鲁士各界代表中有许多人是德茨尤什方案的拥护者。阿尔布雷希特大公的代表肯定是了解哥白尼的论文的，而大公的管事弗里德里希·菲舍尔则把这篇论文复印下来以便呈报普鲁士大公。弗利克斯·赖希神甫也想办法为瓦尔米亚主教搞了一份，虽然他在此之前已经了解了这篇论文。
哥白尼货币改革理论的主要反对者尤斯图斯·德茨尤什于7月下旬来到托伦参加贵族代表大会。应会议参加者的请求，7月22日他对当时的讨论和提出的各种方案情况作了总结。大概对哥白尼改革方案的重要内容也作了介绍，哥白尼的最新改革方案提出：
——在“先进公民”中展开讨论，以便使他们在具有广泛表性的大会上一致通过货币改革决定；
——取缔现有的各种造币厂，代之以一家造币厂为整个地区铸造货币；
——发布禁令，禁止在商业活动中使用老货币，并把它撤出流通领域；
——用每磅纯银铸造20个格利夫那，每个格利夫那等于20个格罗什（旨在使普鲁士货币同波兰货币相平衡）；
——确定发行货币的限额；
——同时发行所有类别的新货币。
哥白尼的方案表达了主张彻底进行货币改革和进行重大经济改造的人们的愿望。投票支持哥白尼方案的大概是那些期望统一普鲁士两部分地区货币制度，并进而与波兰货币相统一的人，他们希望通过统一货币制度来加强同共和国其他地区，尤其是波兰本土的经济联系。哥白尼改革方案的基础是重新调整货币价值，即提高普鲁士货币的价值及其购买力。
哥白尼在确定新货币单位时，想借鉴的是匈牙利金币，即杜卡特，这种货币在波兰也流通。一枚杜卡特等于40个格罗什，即两个普鲁士格利夫那，内含1/10磅银。通过这种方法即可使普鲁士货币同波兰货币达到统一。货币应该成为国家内部的粘合剂，成为普鲁士同其他地区统一的促进因素。哥白尼计划使新的普鲁士货币在全波兰的市场上处于同波兰本土货币及立陶宛货币平等的地位。在设立新造币厂问题上，哥白尼提出了可供选择的两种方案：要么为两部分普鲁士只建一家造币厂，要么每部分各建一个。按照第一种方案，两部分普鲁士地区共有的货币，一面是王属普鲁士的徽记图案，另一面是骑士团普鲁士的徽记图案，而两种徽记的上方都刻印有王冠，象征波兰国王至高无上的权力。按照第二种方案：货币的一面是普鲁士地区的徽记图案，另一面是波兰国王的头像或者波兰国徽。这里清楚说明，哥白尼认为自已既属于波兰，也属于普鲁士。哥白尼写道：“第一个造币厂铸造的货币，要一面是国王陛下的徽记，另一面是普鲁士大地的徽记。第二个造币厂造的货币，要一面是国王的徽记，另一面是大公的徽记。总之，要有一个条件，那就是无论第一种还是第二种货币都要受国王管辖，并按国王陛下的命令在整个王国流通。这将大大促进思想统一和方便贸易往来。”
同哥白尼提出的主张相反，大会认为造币业应该继续为当权者带来收入，为此没有把所有旧币撤出流通领域，但仍可流通的只限于1521年以前铸造的旧币。抛弃了哥白尼提出的保留谢隆格作为普鲁士传统货币的方案，用波兰的格罗什取而代之。后来发现这倒是一项好措施，它使普鲁士的货币制度同波兰本土的货币制度更加紧密地结合起来。
部分失利并未使哥白尼气馁，他仍然为实施改革而努力，尽管改革并未按他的主张进行。1529年2月14日至17日，哥白尼参加了在埃尔布隆格举行的贵族代表大会，会上讨论了撤出旧劣币方式问题。这些旧劣币还需要再流通一段时间，因为托伦造币厂不能立刻造出很大数量的新币加以替补。这次代表大会通过了撤出老的普鲁士迪那里的决议。哥白尼从那时起就不想再使用旧币，他请求费贝尔主教给他寄些新的普鲁士迪那里。主教的突然病倒使哥白尼未能参加在马尔堡举行的下一次贵族代表大会，大概哥白尼为主教治了病。瓦尔米亚主教仍认为哥白尼是最杰出的货币问题专家，在这问题上不听取哥白尼的意见就不作任何决定。1530年10月底，他指派哥白尼为代表参加了在埃尔布隆格召开的王属普鲁士代表会议。国王的秘书和顾问德茨尤什以及阿尔布雷希特大公的使臣参加了这次大会。大会的宗旨是确定金币和银币之间的比率。哥白尼在讨论时发了言，他采取了不同于其他发言者的立场，他建议先考虑一下：用1格利夫那金子能造多少金币，而1格利夫那银子又造多少？然后再探讨两种货币的比价。这样，哥白尼站到了纯科学立场上，这并不是脱离实践的空洞说教，而是符合客观实际的主张。然而，参加讨论的人却未就这一问题达成协议，于是只好将讨论推迟到以后再举行。这样也好，可以避免作出肤浅决定，可以在积累了更多经验之后再来讨论。
此后举行的一些讨论货币问题的代表大会和其他会议，哥白尼没有参加。这些会议讨论的都是同实行普鲁士货币改革有关的具体问题。为筹备改革紧张工作了14年之后，哥白尼亲眼看到了自己所取得的部分胜利。
哥白尼撰写的关于货币问题的论文，表现了哥白尼在经济实践和经济理论方面的广泛兴趣。
作为经济学家，哥白尼是一位很有趣的人。他管理经济的才能使他成为一位好的主人和有能力的组织者，他还善于把这方面的实践经验应用到理论研究中去。他在理论上探讨的问题，不是脱离具体实践的哲学投机，而是同可预见的经济发展密切相关的问题。哥白尼把经济现象看成是客观规律作用的结果，并采用科学研究方法探索经济规律。哥白尼虽然是一位神职人员和法律学者，但在经济研究中，他摆脱了宗教和法学观点的束缚和影响，他考虑的是广大社会阶层的经济利益，而不单纯是封建阶级的利益，因此哥白尼是当时先进的市民阶层利益的代言人，市民阶层反对在经济和社会生活中占据统治地位的封建关系。他的改革设想是针对封建管理理论的，他努力用符合新经济形势的新理论取代那些封建理论。在当时，他的经济模式是先进的和富有革新精神的。在这种模式中没有考虑封建阶级的利益，虽然他本人作为瓦尔米亚的神甫也属于这个阶级。他考虑的首先是手工业者和他常说的创造财富的人们的利益，而这些人正是封建主义所蔑视的劳动者。哥白尼充分评价劳动在创造地租——他本人也享用地租，及人类幸福方面所起的作用。哥白尼没有像他同时代的一些人那样陷入乌托邦的空想之中，他研究了具体的客观条件，并指出了利用和改造这些条件的方法。他代表着主要由封建主组成的改革派，但他的主张不是为巩固封建主义服务的，而是为他出身的那个市民阶层服务的。历史事实告诉我们，贫苦人是尊崇哥白尼的，把他看作是自己的庇护者和代言人。他作为神甫会财产管理人、封建主大人、神职人员和医生，用自己的智慧和力量为贫苦人民服务了一生。
哥白尼在自己的经济著作中没有忘记贫苦人民。无论是在论述货币改革时，还是在确定面包定价时，他都考虑了社会最贫困阶层的利益。他担任财产管理人所从事的活动，体现了他对农民的友善态度。他对遭灾的农民实行减租和减税措施。哥白尼对农民的同情心使人想起了波兰另一位杰出学者：克拉科夫大学教授、卢齐斯科的扬，100年前他曾建议国王废除作为罪恶之源的、农民的奴隶地位。
