陈水扁上台以后，台湾政局发生了重大变化，民进党执政困难重重，短期内多次改组“行政院”。
陈水扁上台后所面临巨大的困难有：
第一，“台独”势力首次成为执政势力，使得执政党的性质出现改变，在“台独意味着战争”的现实面前，在主流民意拒绝“台独”的情况下，新当局不可能主导政局，顺利施政。
第二，国民党下野并非是实力和政绩小于民进党，只是因为李登辉明里暗里实施扶植“台独”势力和毁掉国民党的计划才导致国民党成为在野党。但是国民党的实力犹存，泛国民党阵营民意支持度不减，因此在野阵营的实力和气势不可小视，成为有效制约执政党执政的政治势力。
第三，民进党的实力并不占优势。从得票率来看，陈水扁得票率仅为39.3%，其中比较稳定的支持群体约占2成左右，其余的是不稳定的支持群体，这就意味着他是“弱势总统”，面对的是过半数的不支持民众和实力强大的反对党阵营，这将给他的施政带来困难。
第四，把“台独”作为党纲的民进党和“台独”本质并没有改变的陈水扁上台，会造成两岸关系紧张，增加台湾问题的复杂性，也会对台湾政坛造成一定的压力。
陈水扁上台后台湾政局的基本特点是政争不断，困难重重，短短的两年中两次改组“行政院”。
第一次，2000年10月“全民政府”垮台。
2000年5月，陈水扁正式上台。陈水扁上台后，为了适应“弱势总统”及民进党在“立法院”占有不到三分之一席位的局面，其“延揽”了一批理念相近的国民党党员、学者、工商界人士“组阁”，组成所谓的“全民政府”，企图通过模糊政党界限来保证其施政的顺畅。
新“内阁”主要成员是：“行政院长”唐飞，“副院长”游锡堃（兼“消费者保护委员会”主任委员），“行政院”秘书长魏启林；“政务委员”为林能白（兼“公共工程委员会”主任委员）、黄荣村、陈锦煌、张有惠、蔡清彦、胡锦标；“内政部长”为张博雅（兼台湾省政府主席）、“外交部长”田弘茂、“国防部长”伍世文、“参谋总长”汤曜明、“国安会秘书长”庄铭耀、“国安会副秘书长”邱义仁、“国安局长”丁渝洲、“财政部长”许嘉栋、“教育部长”曾志朗、“法务部长”陈定南、“经济部长”林信义、“交通部长”叶菊兰、“蒙藏委员会委员长”徐正光、“侨务委员会委员长”张富美；“中央银行总裁”彭淮南、“主计长”林全、“人事行政局长”朱武献、“新闻局长”钟琴、“卫生署长”李明亮、“陆委会主任委员”蔡英文、“经建会主任委员”陈博志、“退辅会主任委员”杨德智、“青辅会主任委员”林芳玫、“故宫博物院院长”杜正胜；“原能会主任委员”夏德钰、“国科会主任委员”陈唐山、“研究发展考核委员会主任委员”林嘉诚、“农委会主任委员”陈希煌、“文化建设委员会主任委员”陈郁秀、“劳工委员会主任委员”陈菊、“环保署长”林俊义、“公平会主任委员”赵扬清、“中央选举委员会主任委员”黄石城、“原住民委员会主任委员”尤哈尼、“体委会主任委员”许义雄、“海巡署署长”王郡等。
新的“内阁”成员，大体上由三部分人构成：第一部分来自大专院校、学术研究机构或是工商界人士，如“教育部”、“蒙藏委员会”、“农委会”、“体委会”、“主计处”、“新闻局”、“卫生署”、“环保署”、“经建会”、“青辅会”负责人等；第二部分来自国民党，如“行政院长”及“国防部”、“国安会”、“财政部”等部门负责人，共14位；第三部分来自民进党，大约占三分之一。“行政院长”则由前“国防部长”、国民党员唐飞担任。唐飞以个人名义组阁。陈水扁让唐飞当“行政院长”是一着高明的棋：一是可以拉拢军界；二是安抚了国民党；三是削弱了国民党的军权。
唐飞“组阁”后，很快就遇到了困难：
首先，令不出“行政院”的大门。不管“全民政府”承诺要做什么，开出什么支票，只要不符合在野党的胃口，一送到“立法院”，就会遇到阻力。“行政院”提出的周休2日、缩短工时、老人福利津贴暂行条例等案，都在以国民党为主的在野党的强力主导下不是被推翻，就是被改版，“行政院”成了“立法院”的尾巴。
其次，“全民政府”中“执政党”与新“政府”之间党政关系混乱、定位不明；“总统府”与“行政院”权责不清；各级职能部门指挥不灵、运行不畅。这些都引发了一系列的矛盾。
再次，施政效率不高，各种问题成堆。由于“全民政府”的财经方针不明确，加上各财经部门各吹各调，使各种财经政策朝令夕改，毫无章法，导致经济和金融基本上面临问题成堆，投资者信心受挫，股市一跌再跌。2000年7月25日台股跌破8000点，9月18日跌破7000点。7月22日，台湾发生了“八掌溪事件”。7月22日傍晚，8名工人在嘉义县番咯乡八掌溪下游进行河床固体工程时，突遇山洪暴发，其中3男1女走避不及，被困洪水中长达2个小时，但救援的直升机迟迟未到，而最终被洪流冲走溺死。由于当时电视媒体在场，整个事件“现场直播”至全岛各地，人们亲眼目睹4名工人在急流中挣扎，而人们所盼望的空军海鸥部队和空中警察队却互踢皮球，一个说低空非自己责任区，一个说天气不佳，无法起飞，因而延误了抢救时间。这件事促使人们对当局的不满爆发出来，要求有关官员辞职，陈水扁的施政满意度迅速下滑，“全民政府”的支持度从59%下降至39%。
与此同时，民进党内的不满情绪也在升温。民进党内本来因在新“政府”内所占位置不多而心存不满，公开声称“民进党不是执政党”，新“政府”施政不力更使民进党焦虑不安，以至民进党秘书长吴乃仁几次公开“炮击”“行政院长”唐飞，要唐下台。
2000年10月3日，“行政院长”唐飞被赶下台，“全民政府”仅存在137天就垮了台。
第二次，改组“少数政府”。
“全民政府”垮台后，陈水扁宣布由民进党籍的“行政院”副院长张俊雄接任“行政院长”，任命游锡堃为“总统府”秘书长，邱义仁为“行政院”秘书长，同时对“行政院”进行小幅度改组，组成了由民进党主导的新“内阁”，民进党开始单独执政。陈水扁期望通过这些调整使“总统府”、“行政院”、“立法院党团”和民进党中央整合起来，以改变过去各吹各调、协调不一的状况。
张俊雄，台湾嘉义县人，1938年3月23日出生，1960年台湾大学法律系毕业，1962年起任律师。1980年任“美丽岛事件”案中高俊明、林弘宣等牧师的辩护律师。1983年12月当选增额“立法委员”，1986年12月、1989年12月当选连任。1986年任民进党创党10人秘密小组成员，11月当选该党第一届中央执行委员。1992年12月当选第二届民进党不分区“立法委员”。1993年12月任民进党“中国事务委员会”委员。1995年12月和1998年12月连续当选第三、四届“立法委员”。曾任“立法院内政、交通、司法委员会”召集委员，民进党“立法院”党团干事长、总召集人。1994年获民进党提名竞选高雄市长失败。1996年6月当选民进党中央党部政策委员会执行长。1998年7月当选民进党第八届中常委。2000年任民进党“总统”竞选指挥中心总干事，5月出任“总统府”秘书长、发言人，同年8月转任“行政院副院长”兼“消费者保护委员会”主任委员，10月接替唐飞出任“行政院长”。
张俊雄上台组成“少数政府”后，朝野纷争愈演愈烈，台湾政局动荡加剧。
2000年10月27日，“行政院”不顾“立法院”的决议，强行下令停建已经在建的第四核电厂，引发国民党、亲民党和新党的强烈反弹，他们了酝酿“罢免陈水扁案”。10月30日，三党“立院党团”组成“在野联盟”，并达成了包括“关闭与民进党立院党团协商大门”、就罢免正、副“总统”进行修法等在内的五点共识。11月11日，连战、宋楚瑜、郝龙斌首次举行高峰会，全力营造“团结打扁”的气氛。最终，民进党被迫同意“核四”复工，为追究“核四”停建相关官员的责任，朝野围绕“内阁”改组问题展开了新一轮的较量。迫于在野党的强大压力，陈水扁于2001年3月对几个无关紧要的部门主管进行小幅度调整，因与在野党的期望相去甚远，引起在野势力的极大不满，朝野间的对抗加剧。
台湾政局的动荡加剧了经济的下滑。唐飞下台及停建“核四”重创了岛内民众对民进党执政的信心，以致股市一片“惨绿”。唐飞下台次日台股跌破6000点，12月27日跌至4614点，创下1996年台海危机以来的新低。同时，经济低迷，失业率居高不下，民间投资日减。
在各方面的压力下，民进党执政难度日益加大，2002年2月，“行政院”改组，张俊雄下台，“总统府秘书长”游锡堃“组阁”。
游锡堃，1948年4月出生在宜兰县冬山乡太和村，自幼家境贫困，曾多次辍学，37岁才拿到学士文凭。1981年，他当选台湾省议员，正式踏入政坛。1989—1997年连续当选两届宜兰县长，颇受好评。当时李登辉很看重他，邀请其出任“交通部长”，但被拒绝。后来，游锡堃离开宜兰，加入陈水扁团队，原本安排他担任台北市副市长，不料陈水扁最终落选。1999年，游锡堃担任民进党秘书长。2000年陈水扁担任“总统”后，游锡堃出任“行政院副院长”，但因“八掌溪事件”被迫下台转任“总统府秘书长”。在任内，他的表现让陈水扁很满意，一方面他促成了“扁连会”和“扁宋会”，组织召开了“经发会”；另一方面，游锡堃一向话不多，这一点让陈水扁很放心。2002年他出任“行政院长”，组成了所谓的“战斗内阁”，登上了个人政治生涯的一个高峰。2005年卸任“行政院长”。2006年1月15日，游锡堃当选为民进党主席。后来，游锡堃因“特别费”案遭起诉，2007年9月21日其宣布辞去民进党主席一职。
陈水扁上台后虽然困难重重，但经过一番努力，他逐渐集党政大权于一身，权力基础得到了强化。“行政院”绝大多数“部会”的首长都由“陈水扁嫡系人马”及“挺扁”人士掌控，而那些曾被陈水扁倚重的非民进党人士、学者则由于忠诚度不够而一一被赶下台。2002年4月20日，民进党九届二次“临全会”通过了“总统兼任党主席”等党务改造案后，陈水扁控制了民进党。至此，陈水扁控制了“总统府”、“行政院”、“立法院”、民进党中央等几大权力机构，正如台湾岛内媒体所说，台湾开始进入“陈水扁一人独大”的时代。
