中毒者的人数在增加，但究竟是什么细菌、毒素造成的呢？6月30日，和歌山市卫生研究所宣布，从患者喝剩下的低脂肪奶中，检验出了金黄色葡萄球菌毒素的遗传基因。
金黄色葡萄球菌（staphylococcus aureus）是直径约1微米的球状细菌，是葡萄球菌的一种，呈金黄色。金黄色葡萄球菌是自然界常见的细菌，也存在于人体内中，它在葡萄球菌中，是病原性最强的，在36℃至38℃的温度条件下，这种细菌会大量增殖，同时产生毒素，造成食物中毒。这种毒素叫a型肠毒素（enterotoxin），很顽固，即使100℃、30分钟的加热，也无法破坏它的构造。a型肠毒素被胃、肠吸收后，大约在3小时后会出现呕吐、肚疼、腹泻等轻症状，一般不发高烧。但免疫力低的人感染后，有引起败血症、肺炎等重症的可能性。
为了检查是否还有其他细菌引发中毒的可能性，日本厚生省指示大阪府将检验样本送往名古屋市的卫生研究所，作蜡样芽孢杆菌（bacillus cereus）的检查。名古屋市位于大阪东边约200公里，那里的卫生研究所在蜡样芽孢杆菌的研究方面水平是日本最高的。蜡样芽孢杆菌是存在于土壤、灰尘、水等自然界中的细菌，是引起食品腐坏的原因之一。这种细菌也具有耐热性，能抗御100℃的加温，它的中毒症状分腹泻型、呕吐型两种。
虽然日本各级政府都有公共卫生研究机构，但专业领域、水平上还是有不同的。为了使中毒事件发生的日本西部地区的各级保健所、卫生研究所能对应事态，厚生省特意给他们送去了检查金黄色葡萄球菌的设备。
6月30日，大阪市正式向雪印乳业公司发出了回收商品的命令。同时，通过互联网、书面公告等形式呼吁市民不要饮用雪印乳业公司保质期从6月30日到7月5日的低脂肪奶。
虽然和歌山市卫生研究所检验出了“雪印”牌低脂肪奶中的毒素，但中毒者最多的大阪市至7月1日止还没有能查明引起中毒的细菌的真相。同时，雪印乳业公司对未出厂的产品作了检验，也没有发现金黄色葡萄球菌。
7月1日，厚生省、大阪市联合再次对雪印乳业公司大阪工厂进行了检查。
同一天，雪印乳业公司上午、下午分别举行了两次信息发布会。
信息发布会上，总经理石川哲郎深深地低下了头，表情严肃地说：“请允许我向一贯支持我们的广大顾客表示歉意。本公司确实一直把品质管理当做基本的经营理念，但没想到出现了这样的后果，十分遗憾。”
他接下来的一席话，却让在座的人大吃一惊。“我是29日上午才知道出问题了。如果早点儿知道，说不定会处理得更好些。”
29日上午8点，雪印乳业公司已经开始回收商品，而总经理当时却什么也不知道。
这时，在旁边坐着的专务理事相马弘连忙解释道：“28日接到留守人员的联络时，不巧总经理因股东大会的事出差了，我们几个董事们就先做出了决定……”
在发布会上，雪印乳业公司还发表了对中毒患者喝剩下的低脂肪奶的检验结果，称没有发现金黄色葡萄球菌及其毒素。
而到了下午，雪印乳业公司宣布：在生产设备中发现了金黄色葡萄球菌。雪印乳业公司称低脂肪奶是在一条临时生产线上生产的，而这条生产线与调和奶罐相连。为了防止生产线向调和奶罐的倒流，就在两者之间设置了一个阀门。金黄色葡萄球菌就是在这个阀门中残留下来的固体奶块中发现的。这条生产线只在生产低脂肪奶时才使用，倒流防止阀门已有3个星期没有清洗过。雪印乳业公司称，中毒原因可能与这些菌产生的毒素相关，但因为在之后的工序中还要进行高温杀菌，所以还不能最后断定消费者喝下的奶中的细菌与生产设备中的出于同一源头。
这条消息把寻找毒源的方向引向了生产设备。大阪市立刻对倒流防止阀门的固体奶块进行取样、检验。
暂不论是否真有细菌存在，3个星期没有清洗阀门，作为一个食品企业，这也太不像话了吧？连雪印乳业公司自己也规定每天要对所有阀门进行人工清洗。显然，大阪工厂里的卫生管理存在着明显的漏洞。基层职员的违章操作，当然与高层的管理不力有关。果然，在发表会上出现了总经理与大阪工厂厂长口径不一的场景。
当记者询问阀门中发现金黄色葡萄球菌的细节时，一直坐在总经理石川及董事们身后的大阪工厂厂长下野胜美突然站起身来，大声说道：“阀门里有眼睛可以看到的固体奶块。”并用两个手指头做成一个圆形，说：“是这么大的脏块。”
石川哲郎总经理大声斥责道：“你瞎说什么！”他的脸涨得通红。
主持会议的公关部门职员连忙出来制止大阪工厂厂长的突然发言，说：“你说的是可能性吧？”想诱导厂长改变说法。
但这个厂长却干脆地回应：“不，我说的是事实。”
不知道为什么这个厂长要突然发言，而且说的是总经理、会议主持人都不想在这个场合提起的内容。不管这其中有何缘故，但这把雪印乳业公司在管理上的混乱彻底地揭露了出来。
这次的发布会还承认了两次作假的事实。
首先，生产低脂肪奶的生产线，在提交给大阪市当局的资料中没有标明。大阪市6月28日对雪印乳业公司大阪工厂进行了检查，因为资料中没有这条生产线，所以也就没有对它进行“取样检查”。
其次，就是雪印乳业公司在大阪市检查之前，没有向市政府报告，就擦拭了生产线。上面说过的金黄色葡萄球菌就是那时发现的。
大阪市环境卫生局认为此种行为，破坏了对中毒原因的调查，对石川哲郎总经理提出了口头抗议。对于为什么在检查前擦拭生产线，雪印西日本分公司生产部长回答说：“我们企业有规定，发现异常就要立刻擦拭、取样，尽快找出原因。但我们没有向监管部门说明这个规定，是不太恰当。”
对发表会场上出现的大阪工厂厂长的突然发言、石川哲郎总经理的失态，连厚生省都觉得太不寻常，特意在《雪印低脂肪奶金黄色葡萄球菌中毒事件经过》的文件中作了意味深长的表述：“在信息发布会上，发现了企业内部的不一致。”
只在和歌山发现的金黄色葡萄球菌及其毒素，7月2日在大阪府公共卫生研究所的检验中也被发现了。得到这个证据后，大阪市政府马上认定这次事件为食物中毒事件，对雪印乳业公司大阪工厂作出了禁止营业的处分。
当日下午5时，在大阪市保健所长的办公室里，一纸《依据〈食品卫生法〉对雪印乳业公司的行政处分》的公文，由所长递到了雪印乳业公司代表的手里。下午5时，已是下班时间。但在中毒事件形势严重的这样的非常时期，平日里正点下班的公务员们也不得不加点儿班了。公文中写道：
“对于雪印乳业公司大阪工厂生产的低脂肪奶（加工奶）造成的呕吐、腹泻患者出现一事，本市已于6月29日公开了事实情况，6月30日依据《食品卫生法》第4条第3项下发了回收命令。截止到7月2日10时，大阪周边8个市县已发现6500名消费者出现中毒症状。”
“自6月28日以来，为了查清原因，我们对该工厂进行了检查，对患者的大便、残剩奶等进行了化验。今日，接到来自大阪政府的消息，经大阪府立公共卫生研究所的检验，在残剩奶中发现了金黄色葡萄球菌及其毒素（a型肠毒素）。”
“这表明，'雪印'低脂肪奶在从原料到产品的生产过程中，被金黄色葡萄球菌感染，引起了食物中毒。因此，依据《食品卫生法》第23条，本市决定对雪印乳业公司作出禁止营业处分，禁止其大阪工厂生产加工奶。”
“今后，我们将继续进行调查、检验，努力查清污染原因。”
大阪警察署当天就以“业务过失伤害”的嫌疑，对该工厂进行了搜查。而就在同一天，从名古屋市卫生研究所也传来消息，在送检的5个“雪印”低脂肪奶的样本中，发现了呕吐型蜡样芽孢杆菌及其毒素。
“雪印”低脂肪奶是中毒者共同食用的食品，其中发现了金黄色葡萄球菌和蜡样芽孢杆菌及其毒素。所以，可以确定“雪印”低脂肪奶就是食物中毒的元凶了。接下去要做的，就是查清楚，细菌是在哪个环节中得以大量繁殖、产生毒素的。
雪印商品的品质问题，让政府监管部门警觉了起来。7月3日，厚生省向各地方政府发出通知，要求立刻对所管辖的牛奶加工企业进行检查，防止同类事件的再次发生。
7月4日，雪印乳业公司再次在报纸上登出了商品回收公告，称可疑商品保质期在6月30日至7月2日之间的低脂肪奶。但这又出错了，因为大阪市环境科学研究所通过检验中毒患者饮用的低脂肪奶，已经发现可疑范围还包括保质期为6月28日、29日和7月3日的商品。
雪印乳业公司在同一天又匆忙举行信息发布会，对公告中的错误进行更正和道歉。至于为什么会出现这种错误，雪印乳业公司专务董事赤羽要回答说：“现在公司里一片混乱。老实说，资料、信息都乱套了，职员们的精神状态也都快要崩溃了！”他紧绷着面孔，额头上沁出了汗珠。
就在同一天，雪印乳业公司还承认了另一个错误。就是对7月1日所说的“低脂肪奶是在临时生产线上生产的”的说法进行了更正，说实际上是用常规设备生产的。为什么会出现这样的错误呢？这跟大阪工厂的“食品卫生与安全管理体系”（Hazard Analysis Critical Control Point，HACCP）认证有关。食品卫生与安全管理体系，是世界贸易组织和粮农组织下设的食品规格委员会制定的“判定、评价、管理危及食品安全的危害因素的系统”。在日本，由厚生省对食品企业进行审查，发放认证书。大阪工厂持有这个认证。持有认证的企业，被认为有能力对生产过程实施综合的卫生管理，可以免除《食品卫生法》第7条规定的检查，靠企业的自我管理，保证产品质量。然而，大阪工厂在申报认证时，因为要报批的图纸等资料太多，为了省事，就没有把低脂肪奶的生产设备包括进去。7月1日厚生省官员来检查时，发现了这个漏洞。雪印乳业公司不敢再坚持“临时使用”的说法了。
日本是1998年11月引进HACCP的。1996年，日本发生了病原性大肠菌“O157”的中毒事件。为了加强食品企业的安全、卫生管理，日本把原由美国航空宇航局设计的这套卫生管理系统推广到了食品行业。然而，理论上多么严密的制度，也架不住人在其中弄虚作假。本来应该具有防止有害食品能力的HACCP认证企业，硬是生产出来了有毒产品。
7月4日，雪印乳业公司还宣布，由大阪工厂生产的“每日壮骨”、“钙力”两种奶饮料也可能被污染，因为这些产品的部分生产设备与低脂肪奶是共用的，表示要进行回收。
7月4日晚上，总经理石川哲郎为向社会表示歉意举行了记者会。这个曾在7月1日信息发布会上被大阪工厂长突如其来的发言弄得下不了台的总经理，这次在记者们的执拗的质问下，再次被弄得狼狈不堪，而这些又被电视、报纸等迅速地传播开来，一时间，这位总经理成了上镜率最高的新闻人物。
记者质问：“为什么没有对‘每日壮骨’、‘钙力’两种商品及时进行调查、回收？”
石川支支吾吾地回答：“怎么说呢，只能说是没有注意。光想着低脂肪奶的事了，采取措施是晚了些。”
记者：“既然有顾客投诉，为什么不采取措施？”
石川：“平时也有投诉的。生产几百万件产品，总会出现个把投诉的。”
记者：“你们不是以前向厚生省说设备不共用吗？”
石川含糊地回答：“我听说是共用的，但具体怎么共用不清楚。”
看着在记者们的攻势下几乎招架不住的总经理，一旁的专务董事赤羽要坐不住了，竟呵斥：“你们不能这样提问！”
赤羽要的态度把记者们激怒了，纷纷抗议，会场乱成一团。
记者会已无法正常地进行下去了，雪印乳业公司的主持人便宣布会议结束，记者们当然不愿意，还要提问，便拥上前阻止要离开的石川哲郎总经理。于是，雪印乳业公司的人便与记者推搡起来。石川在护卫下走向电梯口，临上电梯前，对着蜂拥而上的记者们，愤怒地又很委屈地大声说：“我连觉都没有睡！”这一幕被摄像机拍摄到了，各电视台反复播放这个画面，雪印乳业公司总经理成了家喻户晓的人物。
这位当时67岁的总经理为了处理中毒事件，肯定是比平日少睡了不少觉，很辛苦。但对着媒体说这样的话，就太不聪明了。在电视上企业头领道歉的画面是常有的，但像石川哲郎这样表现的确实绝无仅有。媒体抓住了这个“宝物”，当然不会放过大肆利用的机会。
受尽了媒体折腾的石川哲郎，从企业内部那里也没有得到谅解。
那天记者会结束后，石川哲郎来到了顾客服务部，要对连日来被顾客投诉折腾苦了的部下们表示慰劳之意。但他的热脸碰上了冷屁股，员工们不仅没有领情，反而当面对他大加谴责。
石川哲郎发表了简短的慰问讲话，正要转身离开时，从员工中发出了“等一等！”的呼喊声。石川愣住了。就在这时，员工们激烈的言辞就像决堤洪水似的喷射了出来：“你也来接投诉电话试试！”“你们决策太慢了，公司的名声全被搞毁了！”对石川在记者会上的窝囊表现，年轻员工们也没有放过，七嘴八舌地一顿猛批。这场景持续了约20分钟，石川一句话也没有说，呆呆地站着。
石川哲郎，1933年出生，小樽商科大学商学部经济学专业毕业，1957年到雪印乳业公司就职。因为是文科出身，他一直在财务、管理部门工作，当过财务部长、经营企划室长。1997年6月，他从专务董事直接被提拔成了总经理，而当时在他之上还有3个副总经理。他之所以能被破格提拔，就是因为他的“踏实”的性格和财务方面的专长。他当上总经理后，推行多角化经营方针，把雪印乳业公司的经营领域从单一的乳业扩张到了医药等行业。但公司内部有人对他不重视生产现场的做法，颇有微词：“他很会在办公桌上制定业务计划，但缺乏生产现场知识，没有领导能力。他从没有当过厂长这样的负责生产的职务。当上总经理后，就从没有到过生产一线。”
有经营咨询业人士分析说：“他专注于多角化经营，把卫生管理交给了别人，结果出了事。并且，因为他不懂技术，出事之后也不能亲自指挥处理。”
更有人说得刻薄：“雪印乳业公司该垮台了。作为总经理，一出中毒事故，就应该马上公开全部事实，回收商品，看看他干了些什么？是不是傻瓜呀？为了召开记者会，去了大阪，连出事的工厂都不去看，还在会场说什么‘连觉都没有睡’！这种人，剖腹自杀也不为过！”
还有人把石川哲郎不懂生产技术、雪印乳业公司的品质管理混乱上升到国家竞争力的高度，忧国忧民地评价：“日本企业的强项，就是现场的制造能力、技术能力。就像JCO事件一样，目前企业生产现场出现了空洞化，企业里缺乏紧张感、危机感。”
JCO事故，是1999年9月30日发生在核燃料加工企业“JCO”的放射性物质泄漏事件。当时，该企业的东海事业所在进行浓度为18.8%的铀溶液的作业过程中，由于没有按规程操作，一次投放了超过规定量7倍的溶液，引起了核裂变。裂变过程一直持续了20小时，放射出了中子线、伽玛线等，2名操作人员死亡，663名工作人员及周边居民遭受辐射侵害。
雪印乳业公司的中毒事故，归根结底也是没有严格实施品质管理。以产品品质优良而自负的日本社会，无法容忍JCO、雪印在简单操作上犯下的错误。
看着雪印乳业公司决策迟缓、连续失误的样子，大阪市长不客气地发话了：“那么有名的大企业，却不会应对突发事件。雪印也太熊包了吧？”大阪市的上级政府大阪府的女知事（大阪府的最高行政长官）指责雪印乳业公司：“没有丝毫社会责任的觉悟，缺乏作为有名企业应有的危机管理能力。”
政治家们的严厉词语是有理由的。因为雪印乳业公司的应对迟缓，致使事态蔓延、中毒者增多，以至于有人激烈地斥责说：“这简直就是犯罪！”
大阪警方对住院中毒患者进行调查，很多人对雪印乳业公司的做法表示强烈不满，说：“如果他们早点公布食物中毒事实，我们也许就不会遭受这份罪了！”
最倒霉的一名男患者，竟然连续中毒三次。
这名患者45岁，居住在大阪市北区。6月24日，该男子第一次喝了低脂肪奶后，上吐下泻，但他没有联想到是食物中毒。两天后，该男子身体得到恢复。27日，他第二次饮用低脂肪奶，结果又上吐下泻。30日，他从报纸上看到低脂肪奶引起食物中毒的报道，得知自己已两次受害。7月2日，他向雪印乳业公司电话投诉。雪印乳业公司上门道歉，并告之：“请不要再喝低脂肪奶了。但是，我们公司其他产品是绝对没有问题的。”这人喜欢喝牛奶，又听信了雪印乳业公司业务员的话，竟不顾已两次受害的教训，饮用了“每日壮骨”奶饮料，结果，又像前两次那样，上吐下泻。7月4日，大阪市发布了关于回收“每日壮骨”、“钙力”的命令，这时他才知道，自己又中毒了。三次中毒使他元气大伤，治疗花去了近一个月，工作也只好中断下来。
遭受生理、精神折磨的消费者，为了向雪印乳业公司讨说法，纷纷朝雪印乳业公司打电话抗议。据雪印乳业公司统计，总共接到31000个电话。雪印乳业公司方面，则总共派遣了3万人次的员工，向消费者道歉，赔偿医药费。
至于赔偿金额，雪印乳业公司称是按具体情况而定的，不愿公开赔偿标准。究竟是怎么赔偿的呢？有一个互联网上的帖子可作参考：“至今我还记得当时打了一个星期的点滴，端着脸盆钻在厕所里，上吐下泻。医疗费总共用去了约1万日元。从雪印乳业公司拿到了2万日元的赔偿金。我以为赔偿大概也就是这么回事了。但后来听说有人拿到了商品券，还有人把牛奶瓶拿去，立刻就给退了钱。我就觉得太亏了，于是向雪印乳业公司电话投诉。那边倒是很快就派人来道歉了，但是坐着出租车来的，并且车一直开到我家门口。态度太坏了！”在日本人看来，开车到门口才下来，是傲慢的表现。既然是来道歉的，如果是乘车，就要早早地下车，徒步过来，不要在人家门口停车，不应该占路、打扰四邻。
在中毒者中，有抵抗力弱的老人和孕妇。为了防止不测发生，雪印乳业公司专门对102位这样的中毒患者，采取了定期访问的措施。
雪印乳业公司奶制品的品质问题，不仅使消费者中毒、受苦，还使奶牛养殖户的奶无处可销、零售店没有商品可卖，影响到了整个产业链。
日本小、中学校午餐是少不了牛奶的。雪印乳业公司向24个地区的学校每天供应牛奶，占全国学校用量的10％。中毒事件发生后，各地政府相继决定不再从雪印采购牛奶，改从其他企业进货。
雪印乳业公司原来要从各地养殖户购进大量的鲜奶，加工之后供给学校及各零售店，现在到处都不卖雪印的牛奶了，当然雪印也不敢生产了，也就不再采购鲜奶了。中毒事件发生后，雪印采购鲜奶的量比以前减少了85％。原来给雪印提供鲜奶的养殖户们就倒霉了。幸亏有农林水产省在及时调配，指导其他企业加大收购量，才没有造成大的混乱。
雪印牛奶的流通渠道有超市和便利店、代销店。超市和便利店往往是同时卖几家企业的商品，现在虽说不卖雪印的牛奶了，但还有其他品牌的奶可代替，对销售业绩的影响不是太大。而与雪印乳业公司签约的3240家代销店就不同了，这些店铺都是专卖雪印牛奶的，并且大都是家庭式经营，都是先从雪印那里进货，再把货品送到顾客门前。中毒事件发生后，他们首先是担惊受怕，因为看到顾客喝了自己送去的奶，呕吐、腹泻了，不知如何是好。紧接着，他们感到恐慌不安，因为失去了生意。
总经理石川哲郎终于承受不住压力了，7月6日宣布辞职：“我为妥善处理事件竭尽了全力，但还是下定决心以辞职来承担造成如此混乱的责任。大家都那么地信赖雪印品牌，但却出现了如此的结果，真是后悔莫及！”
他把辞职当做对承担责任、处罚自己的手段，大概觉得总经理这个“职位”是个好差事，主动放弃这个好差事，就等于惩罚了自己。然而，不要忘记，目前的困境，是他这个总经理在位时产生的，况且，他本人也因总经理的位置得到了应有的好处，现在出事了，他就立马辞职，难免有“没甜头就溜”的嫌疑。难怪有媒体把他的辞职称作“自己一个人到安全地带避难去了。”
雪印乳业公司在日本全国有20余处生产牛奶等奶饮料的工厂，它的饮用奶产量占全国市场的约20％，居行业第二位。与第一位——明治乳业公司仅差0.8％。就是说雪印的产品被相当大的地域的相当多的人饮用着。如果雪印乳业公司的问题不仅限于大阪工厂，而是所有奶饮料加工厂的话，那么影响范围、影响群体将会急剧增大。为了防止更大的事故发生，监管部门的厚生省在7月3日向各地政府发出通知，要求对其辖区内包括雪印乳业公司工厂在内的所有奶饮料企业进行检查。
果然，在其他地方的雪印工厂的卫生管理上也发现了问题。
东京在对雪印乳业公司日野工厂的检查中发现，该厂的一条生产线的设备更改没有向监管部门报告，其中有的设备没有清洗记录。东京都要求停止使用这条生产线，并把这个情况向社会公开。雪印乳业公司静冈工厂也同样更改了设备而没有向监管部门报告，也没有清洗记录，因此也被勒令停止生产。
然而，在各地政府对雪印20个工厂的检查中，没有发现毒素的存在。
厚生省还不放心，又派官员直接到雪印在各地的工厂检查了一遍，结果虽然发现有些不按规定清洗设备等卫生管理上的漏洞，但没有导致食物中毒的重大问题。
大规模的食物中毒使雪印乳业公司对制造牛奶失去了信心。在大阪工厂、东京日野工厂、静冈工厂被禁止生产后，雪印乳业公司7月11日突然宣布，所有的牛奶加工厂全部停产。这个措施虽然可以杜绝有毒产品的重新出现，但至今已经发现的毒菌究竟从何而来，仍是个谜。
