继在低脂肪奶、“每日壮骨”、“钙力”两种奶饮料中发现金黄色葡萄球菌的毒素后，7月7日，雪印乳业公司又宣布，从大阪工厂生产的“每日壮骨酸奶”的2个检验样本中，发现了金黄色葡萄球菌的毒素。
毒素是从何而来的呢？雪印乳业公司7月1日宣称在大阪工厂的生产线阀门中发现了金黄色葡萄球菌。然而，大阪市环境科学研究所对从阀门剥离下来的细菌做了培养、化验后，7月9日宣布那不是金黄色葡萄球菌。金黄色葡萄球菌的检验，并不是很难的事。为什么有着雄厚技术力量的雪印乳业公司，会在如此简单的检验上出错呢？雪印乳业公司7月1日的公布，把寻找毒素根源的方向引向了大阪工厂的生产线，似乎没有认真清洗就是毒素产生的原因。而现在大阪环境科学研究所的结论，把这些都推翻了。
7月10日，大阪市再次宣布从雪印的“每日壮骨酸奶”、“娜求莱酸奶”中发现了金黄色葡萄球菌的a型肠毒素。对于“每日壮骨酸奶”的问题，雪印乳业公司已在7日发现，这次大阪市从“娜求莱酸奶”中又发现了同样的毒素。为什么在低脂肪奶中发现的毒素会出现在其他产品中呢？由于大阪工厂生产这些产品，用的是同一调兑设备，所以，就怀疑是在生产过程中出现了感染。为了防止中毒范围扩大，大阪市又一次下达回收雪印商品的命令，范围涉及加工牛奶1种，奶饮料3种、发酵奶3种。
当天，大阪市还发表了《关于雪印乳业公司大阪工厂产品引发大规模食物中毒原因的中间调查结果》，指出以下四个原因可能导致了毒素发生：
（1）没有将生产线上的阀门分解、清洗。
（2）生产时没有全部使用设备上原有的不锈钢制的管子，而是间或使用临时性的软管。
（3）原料调兑作业在室外进行。
（4）掺加了剩余产品。
7月11日，雪印乳业公司宣布，停止全国20个工厂的生产，等到彻底查清中毒原因之后再考虑恢复生产。
7月12日，有人向监管部门投诉森永公司生产的学校用奶有异常气味。森永公司在雪印乳业公司出事后，接替雪印乳业公司向中小学校供应牛奶。该公司和明治公司、雪印公司，是日本最大的三家乳业企业，三家的牛奶产量占全国的47%，其中森永公司约占8%。森永公司一接到消息，立刻决定回收产品，当天就收回了222000盒牛奶。结果，并没有发现能引起中毒的物质。森永公司之所以能这么快地采取对应措施，一是有雪印乳业公司的例子在，再者自己也有过食品中毒的沉痛教训，所以不敢怠慢。
7月14日，厚生省宣布取消对雪印乳业公司大阪工厂的“食品卫生与安全管理体系”的认证。得到合格认证的企业的产品，居然会引发大规模的食物中毒，可见这种认证也是有其局限性的。但是，现阶段又不能废除这个认证。因为没有这个认证的话，厚生省的官员们也就无法对企业的复杂的生产过程进行监管了。于是，官员们对认证制度采取了改进措施：一是召集企业人员培训，要企业认真落实认证标准；二是研究如何改革认证方法，避免再被企业蒙骗。
中毒事件发生后，大阪市政府及警方、厚生省以及雪印乳业公司都在寻找毒素的根源。媒体对各方面的举动都盯得很紧，几乎每天都有关于事件调查进展的报道，这对促进事件解决起了不小的作用。但是，媒体毕竟是外行，再加上有夸张的本性，所以有时也会报道出些莫名其妙的东西来。7月27日，《朝日新闻》刊载了这么一条报道，说“大阪市和大阪警方通过实验发现，在低温管理的状态下细菌也会大量增殖”。大阪市立刻致函给朝日新闻社，指责他们的报告与事实不符，因为根本就没有做这种实验。
距首例中毒投诉出现，已经过去了20余天，中毒患者的投诉量在逐渐减少。7月28日，大阪市决定设置“中毒患者鉴定基准研究委员会”，开始着手确定中毒事故的范围，并成立了“原因调查委员会”，进一步寻找毒素根源。经过整理，中毒原因被认为有以下四点：
（1）投罐作业是人工操作，并且在室外进行。
（2）加兑了没有出厂而存放在冷库中的产品或因发货差错退回来的产品。
（3）生产线的卫生管理存在漏洞。
（4）以上3点交互作用，引发感染。
然而，这些解释都是对已经终结了的生产过程的推测，没有确切的证据加以验证。大阪市并不满足，表示要继续调查。实际上，雪印乳业公司是最有能力查清事故原因的，因为谁也没有他们最了解生产过程，但雪印乳业公司一直没有拿出明确的结论。
在追查原因的同时，雪印乳业公司还在忙着回收商品。自2000年6月30日开始回收以来，雪印乳业公司共回收了90830盒的奶制品，总量达72034升。8月18日，大阪市政府命令销毁所有回收商品。
8月18日，寻找毒素发生源的调查也有了新的进展。警方在大阪工厂使用的脱脂奶粉中，发现了金黄色葡萄球菌的a型肠毒素。而这些作为生产低脂肪奶、酸奶的原料的脱脂奶粉，是由雪印乳业公司在北海道的大树工厂生产的。厚生省接到大阪市的报告后，指令大树工厂所在地的北海道政府对该工厂进行调查，同时还对琦玉县、大阪市、神户市、福冈市等地政府发出了调查指示。因为大树工厂生产的脱脂奶粉曾运往那些地方的加工厂。
毒源终于找到了！但自6月底中毒事件发生，已过去了近两个月的时间。为什么经过这么久才查清楚？原来，监管部门、警方被来自雪印乳业公司的错误信息缠住了手脚。
大阪市保健所在6月28日检查雪印大阪工厂时，也抽查了低脂肪奶的原料记录。在6月23~25日的记录上，提供脱脂奶粉的生产厂家，不是大树工厂，而是其他工厂。原料记录中，除了有生产厂家的名称之外，还有生产批号。大阪市保健所的检查人员按着厂名和生产批号，找到了那家工厂，对方却否认向大阪工厂供应过那个批号的脱脂奶粉。于是，检查人员又回过来问大阪工厂，而大阪工厂的回答竟是“不清楚到底是从哪里进的货”。因此，大树工厂一直没有进入调查人员的视线中。后来经过反复核对，才发现大阪工厂的原料及调兑记录搞错了。按《食品卫生法》的规定，填写生产记录是企业必须履行的义务，但这个义务在雪印乳业公司的生产现场却是有名无实、形同虚设！
厚生省在中毒事件发生后，也对雪印乳业公司分布在全国的20家牛奶加工厂进行了检查，但大树工厂主要是生产奶酪的，所以就没有被考虑到检查对象里。大树工厂所在地的北海道政府倒是去检查了该工厂，但检查项目仅是细菌状况，没有涉及毒素，这样，大树工厂的问题就一直没有被发现。
还是警察有办法。既然原料记录不可信了，警方就想到了查进货单的办法。终于在7月末，警方查到了来自大树工厂的脱脂奶粉进货单。8月4日，大阪警方派人千里迢迢地来到大树工厂，收缴了脱脂奶粉的样本，交给大阪府立公共卫生研究所化验。8月18日，大阪府立公共卫生研究所断定，大树工厂生产的脱脂奶粉中含有金黄色葡萄球菌的a型肠毒素。使万余人上吐下泻的祸根终于找到了！
奶制品企业应该有严格的卫生管理措施。为什么会出现这种事态呢？大阪市委托北海道政府对大树工厂进行调查，寻找原因。北海道政府毫不怠慢，尽管8月19日是星期六，是公休日，但还是开始了对大树工厂的调查。调查持续了两天。23日，北海道政府发表了调查结果：原来是停电致使生产线上的原料牛奶温度升高，造成了细菌大量繁殖。
大规模食物中毒的祸根，起自2000年的3月31日。
雪印乳业公司大树工厂位于日本北端的北海道地区，冬季气候寒冷，建筑物顶部常被冰雪覆盖，大树工厂的厂房也不例外。到了3月末，漫长的冬季已近尾声，春天在静静地走近，气温渐渐地升高，屋顶的冰雪结块开始松动、脱落。31日上午10时57分，大树工厂奶粉包装室屋顶上的大冰块突然脱落下来，砸到了7米之下的变电室的屋顶上。变电室的屋顶被砸出了一个大洞，房顶上的雪水便从洞口流进了屋内，落到了变电设备上，引起了短路，上午11时整个工厂停电，一直持续了3个小时。下午6时51分至7时44分，为了对设备进行修理，又停了近1个小时的电。在人们忙着寻找停电原因及修理时，生产线上的设备不制冷了，原料奶的温度在升高，为细菌繁殖提供了理想的条件。
脱脂奶粉的制造，要经过投入鲜奶、分离奶油等工序，分别被放进储存罐及分类罐等装置，进行浓缩、干燥之后，在密封室保存和包装。调查认为，毒素可能在以下两个工序中产生：一个是奶油分离工序，另一个是浓缩奶回收工序。奶油分离是整个生产过程的前方工序，在这里鲜奶被投入分离器，从中分离出奶油。这个工序具有被细菌感染、产生毒素的条件。
按卫生管理的规定，原料奶中是不应该有金黄色葡萄球菌的，但雪印乳业公司以前曾从购进的原料奶中化验出该细菌。所以，这次的原料奶中也可能含有细菌，但没有被检验出来。4月1日，含有细菌的650升原料奶被投放到设备中，加热之后又被送到了分离工序，原本在分离奶油之后马上就要冷却的，但是因为突然停电，这些奶就在加热的状态（20～50℃）中放置了起来。放置的时间总共有3个半小时到4个小时。毒素很可能是在这个时间段产生的。
而浓缩奶回收是属于后方工序。在这里，也有细菌大量增殖的可能性，但对细菌从何处来，最终也没有得出令人信服的结论。之所以说这里有细菌大量增殖的可能性，是因为当天停电时，有800升奶在这里没有得到冷却，而在40℃环境中被放置了9个小时。对于细菌的进入方式，在调查中倒是发现了一个疑点。1999年12月10日，工人在安装冷却器时把隔板的位置搞错了，结果造成了一个死角。而冷却器这个部分是与外界相接触的，容易粘上细菌。在停电那天的清晨，由于工人的操作错误，原料奶曾在冷却器中停留了数小时，很有可能就在这期间，冷却器中死角里的污染物中的细菌进入到了原料奶中。但是，按规定在浓缩奶回收工序，要进行130℃、4秒以上的杀菌处理。如果当时按规定作杀菌处理了，细菌就不可能留下来了。所以，不能完全确定在浓缩奶回收工序中产生了毒素。
雪印乳业公司自己也对大树工厂的生产过程进行了分析，也认为奶油分离工序和浓缩奶回收工序有产生毒素的可能，并且还指出回收奶罐也存在毒素产生可能性。因为在停电当天，约有10个小时回收奶罐温度都没有能得到适当的控制。
对于停电这样的突发事件，大树工厂没有准备过任何应急措施。当电力恢复后，工人们对奶油分离器进行了冲洗，但却没有把水排出来。结果，冲洗水和分离器中的剩奶一起被排到了储存罐中。
