1913年4月26日深夜，袁世凯以全国盐税作担保，同英、法、德、日、俄五国银行团签订了2500万英镑的“善后大借款”，用来购买武器和其他装备。
这时，中华民国第一届国会已经成立，国民党人张继、王正廷当选为参议院的正副议长。按照《临时约法》规定，总统对外借款，需经国会通过，但在袁世凯眼里，国会早已是他手中的玩物了。秘密借款的消息在报纸上披露后，参议院正副议长张继、王正廷，当天夜里就去总统府，面见袁世凯，阻止签订借款合同，袁世凯非常狡猾，说合同已经签字，不能更改，断然拒绝了参议院的抗议。
这时，袁世凯有了经费，购买了武器，军事力量也部署得差不多了，决心用武力解决国民党。5月21日这天，他气势汹汹地叫来梁士诒等亲信，让他转告国民党人：“现在，我已经看透，孙中山和黄兴除了捣乱外，没有别的本领，左又是捣乱，右又是捣乱。我受四万万人民的重托，不能以四万万人的生命财产，听人捣乱。我要清除掉国民党中的不良分子。”梁士诒打算以个人名义转告，袁世凯大声制止说：“不用，就说是袁项城说的，我敢负这个责任！”公开表示要对国民党进行武力镇压，十分猖狂。
“宋案”的鲜血洗亮了革命党人的眼睛，“善后大借款”的横行，则宣告了资产阶级议会政治的破产，在袁世凯咄咄逼人的攻势面前，资产阶级革命派被迫起来还击。
宋教仁被暗杀时，孙中山正在以中华民国铁路督办的身分在日本访问，他参观了日本的铁路、工厂、学校，与日本政界、财界人士广泛接触，争取他们对中华民国给予经济上的援助和支持。正当孙中山准备从长崎启程回国时，忽然传来了宋教仁遇刺的惊人消息，他立即回国，并打电报告诉上海革命党人，一定要把案件查个水落石出。
3月25日上午，孙中山回到了上海。当晚，就在黄兴的寓所召开了紧急会议，商讨对策。
孙中山说：“宋案的发生，是袁世凯消灭国民党的革命势力以便称帝阴谋，我们对此只有趁他还没有准备好的时候，以迅雷不及掩耳之势，先发制人，调集军队消灭袁世凯。”
黄兴接着提出了自己的不同看法，他说：“袁世凯恢复帝制的迹象还没有完全暴露出来，南方的革命军又刚刚裁减，必须经过一段时间准备，才能作战，如果匆忙起兵，不但不能取得胜利，相反却会失败。现在民国已经成立，对于宋案应该冷静，通过法律渠道解决。”
孙中山不同意黄兴的意见，又激动地解释说：“袁世凯是总统，总统指使暗杀，这怎么是法律所能解决的问题。事情已经到了这个地步，只有武力解决了。”
绝大多数革命党人都同意黄兴的意见，因为当时革命党确实无兵可调。会上，一位名叫谭人凤的革命党人曾问孙中山：“武力讨伐袁世凯，需要多少兵力？”孙中山答道：“如果有两个师的兵力，我将亲自统率大军，北上讨袁。”谭人凤当场反驳说：“孙先生所说的不过是句空论，请问两个师的军队从哪里来？”孙中山听后，也无法回答。
正当革命党人喋喋不休地争论是武力讨袁，还是法律解决的时候，袁世凯凶相毕露，杀气腾腾，4月30日在“海宴堂”召开第一次军事秘密会议，准备向国民党人开战。
6月9日，袁世凯下令罢免李烈钧的江西都督的职务。14日和30日，又分别下令将广东都督胡汉民和安徽都督柏文蔚撤职。7月3日，袁世凯以江西湖口革命党叛乱为借口，命令第六师火速向九江推进。
在袁世凯大兵压境，步步进逼的情况下，革命党人被迫起来应战。
袁世凯陵园最先起来做讨袁急先锋的是江西都督李烈钧。李烈钧，字协和，江西武宁县人。1904年被江西武备学堂选送到日本学习陆军，1907年加入同盟会，中华民国成立后出任江西都督。
宋案发生后，李烈钧曾主张起兵反袁，但各省握有军权的都督无人响应，使他也变得悲观起来。一天，一位叫邓汉祥的革命党人问李烈钧：“如果我们起兵反袁，该是什么结果？”李烈钧未加思索，就回答说：“国民党一定失败。”在这种消极悲观的情绪影响下，1913年6月9日，李烈钧接到袁世凯发布的免职命令后，准备筹集一些款项，带一批青年出国留学。随即离开南昌，前往上海。孙中山得知李烈钧离开江西，主动放弃了军权，非常着急，立即从香港赶到上海，和黄兴一起宴请李烈钧，请他回江西率先揭起讨袁大旗，席间，李烈钧自告奋勇，愿意出任讨袁急先锋。事后，李烈钧秘密来到湖口，召集旧部，成立了讨袁军总司令部，与北洋军在德安一带开始交战，二次革命终于爆发了。
江西率先起义后，各省纷纷响应。7月14日夜，黄兴由上海秘密来到南京，准备组织江西讨袁军。15日清晨，黄兴率领部分南京高级将领进入江苏都督程德全的都督府，把他从睡梦中叫起，要他同意起兵反袁。程德全是一个圆滑的老官僚，他从睡梦中醒来，发现黄兴和几位高级将领正在客厅里焦急地等候，多年的官场经验告诉他，这种缺乏准备的仓促起义是难以成功的，但他又不敢断然拒绝这些高级将领的请求，一时竟说不出话来。八师师长陈之骥见程德全闭口不言，扑嗵一声跪在地上，流着眼泪，请求程德全同意发兵讨袁。程德全只好表示同意，众将领才起身连连致谢。当天，革命党人以程德全的名义，宣布江苏独立。从江苏独立的过程可以看出革命党人的软弱，竟然用下跪方式去争取同盟者，二次革命的失败也就不是偶然的了。果然，7月16日夜，程德全就偷偷跑到上海，发表通电，宣布与江苏独立事件没有关系，并与袁世凯勾结，以便等待时机扼杀革命。
继江苏独立后，安徽都督柏文蔚也宣告独立，就任安徽讨袁军总司令。接着，陈其美在上海、陈炯明在广东也宣告独立。一时间，大江南北燃起了讨袁的熊熊战火。由于江西和南京的战斗最为激烈，所以这次反袁起义又被称为“赣宁之役”。
南京的战斗首推为最，9月1日，袁世凯命令张勋率领辫子军攻陷南京，进行野蛮的抢劫和屠杀，美国驻中国大使芮恩施目睹了当时的惨痛景象，他写道：“当我们进入南京的时候，到处看到烧焦了的残垣断壁，老百姓家里的日用品和家具，都遭到毁坏，扔到街头上。居民们愁眉不展，提心吊胆地在街头匆匆走过。这一切构成了一幅令人伤心的悲惨景象。”
可是，由于革命党人没有一个坚强的领导核心，各省的讨袁军各怀心腹事，独立作战，缺乏统一指挥和配合，加上讨袁军在军事上也处于相当大的劣势，所以，讨袁军不久就被优势的北洋军各个击破，安徽、福建、湖南、四川等省先后取消了独立。“二次革命”从起兵不到两个月就以失败告终。
“二次革命”是孙中山发动的一次武装反袁斗争，是保卫辛亥革命的成果，抵抗北洋军阀反革命暴力镇压的正义之战。革命失败后，中国进入了北洋军阀最黑暗的统治时期。
以孙中山和黄兴为代表的资产阶级共和国的缔造者，在中华民国已经没有立足之地，只得又一次乘轮东渡，开始流亡生活。一位叫何遂的革命党人后来在回忆录中详细地描述了“二次革命”失败后，流亡海外时的痛苦心情，他写道：
我们一行人出发东渡了。当轮船缓缓地开出吴淞口外，我回首苦难深重的祖国，依然处于黑暗统治之下。多少年梦寐追求的一次革命，就这样失败了。
袁世凯帝制丑剧
袁世凯并不仅仅满足于大总统这个宝座，他想要彻底催毁“共和”这块招牌，真正登上“皇帝”宝座。在镇压“二次革命”之后，便进一步破坏国会，取消《临时约法》，准备复辟封建帝制。
1913年初，袁世凯就下了一道《整饬伦常令》，鼓吹“中华立国，以孝悌忠信礼义廉耻为人道之大经。”6月，通令学校恢复尊孔读经。1914年9月，袁世凯率百官到孔庙祭孔，12月又到天坛祭天，掀起封建复古的思想逆流，为复辟制之先声。
袁世凯的“皇帝之宝”
和“中华帝国之玺”袁世凯以武力扫除南方几省的反袁势力后，认为由临时大总统变为正式大总统的时机已经成熟。为了当上正式大总统，袁一面收买部分分化的国民党议员，使国民党分裂成各种小集团，另一方面又进一步利用进步党人。1913年7月，他任命进步党人熊希龄组织责任内阁，接着便上演了一场先选总统，后利宪法的丑剧。1913年10月6日，袁世凯派便衣警察、地痞流氓数千人包围国会，并打着“公民团”的旗帜，鼓噪于会外，声称“非将公民所嘱望的总统选出，不许选举人出会场一步！”，从上午8点到晚上10点，国会议员会忍饥挨饿，连续三次投票，袁世凯才获得法定的票数而当选正式大总统。
袁当上正式大总统，认为国会和政党对其已失去作用。11月4日，他借口国民党议员与李烈钧有联系，下令解散国民党，撤销国民党议员的资格。这样，国民党因此被逐出者达半数以上，国会因法定人数不足不能开会。1914年1月，袁世凯干脆下令解散国会。各省的议会也随即被通令取消。这样，象征资产阶级民主制度的国会以及各地有关机构被袁世凯一扫而光。1914年5月1日，袁宣布废除《中华民国临时约法》，并公布了迎合其专利的《中华民国约法》。《约法》中明确规定：取消内阁制，实行总统制，由总统独揽一切大权。撤销国务院，在总统府内设政事堂，作为辅助总统的办事机构。根据这部约法，又成立了代行立法权的参政院，参政全部由袁世凯任命。1915年元旦，袁又公布了新的《总统选举法》，规定总统任期改为10年，连选连任无限制，总统继任人由现任总统推荐。这样，袁世凯不仅可以终身充任总统，还可以由他的子孙后代继任。袁利用自己手中的军事力量，一步步取消了辛亥革命以来所建立的各项民主制度，铲除了资产阶级民主制度，建立起封建军事独裁统治，中华民国只剩下一空块招牌。
袁世凯祭天与此同时，袁世凯又极尽卖国之能事，向帝国主义寻求复辟之靠山。1914年，第一次世界大战爆发，日本趁各帝国主义国家无暇顾及中国，妄想独占中国，并于1915年1月向袁世凯递交了一份旨在灭之中国的“二十一条要求”其主要内容是：德国在山东的特权转让给日本；日本租界旅顺、大连及南满、安奉两条铁路的期限延长至99年；汉冶萍公司改为中日合办，附近矿山也不准他人开采；中国沿海所有的港湾、岛屿不得让与他国；中国政府当聘请日本人作为政治、军事、财政顾问，警政与兵工厂由中日合办。其实际上是要把中国变为日本的殖民地。经过几个月的秘密谈判，日本帝国主义采取软硬兼施的手段，一面以不能阻止革命党人“在中国煽动骚乱”相威胁，一面又以“对袁总统提供援助”，“再高升一步”相利诱。1915年5月9日，袁世凯不顾全国人民的坚决反对，除第五项“容日后协商”外，其余全部接受。
在换取帝国主义的支持后，袁世凯便开始了复辟帝制的行动。1915年8月，他授意其顾问美国人古德诺发表了“共和与君主论”一文，诬蔑中国人民“民智低下”，鼓吹中国复辟帝制。各地袁世凯的死党、爪牙和投机分子一片喧器之声，又是函电，又是进京请愿，“请求”袁世凯当皇帝，复辟之风席卷京城。老谋深算的袁世凯为给帝制披上“民意”与“合法”的外衣，又指使其御用参政院炮制出一个“国民代表大会组织法”，要求各省选出“国民代表”进行投票。12月，参政院宣布全部1993名代表完全一致地主张究行君主制，拥戴书一字不差地写着“恭戴今大总统袁世凯为中华帝国皇帝”。袁世凯就于12日宣布接受“推裁”，承认帝制。1915年12月13日宣布改民国五年为“中华帝国洪宪元年”，改总统府为新华宫。1916年元旦，袁世凯举行登基大典，爬上皇帝宝座，演出了一幕复辟帝制的历史丑剧。
护国运动
袁世凯的黑暗统治和复辟帝制的活动，激起了全国人民的反对，并爆发了全国规模的护国战争。
人民群众是反袁斗争的主力。1913年至1914年间，河南爆发了白郎农民起义。各地的工人、城市贫民和小资产阶级知识分子不断掀起自发的反抗斗争。孙中山等革命党人在日本继续高举反袁旗帜。他在日本成立“中华革命党”，作为开展反袁斗争的领导核心。但它没有明确提出反帝反封建的革命纲领，仍未发动群众，只是单纯地军事冒险，所以没有在这次运动中起到应有的领导作用。但其在上海、山东、江苏、浙江、广东等沿海地区策动一些零散的武装起义，虽以失败而告终，却为护国战争的兴起作了准备。
而以梁启超为首的进步党，原是袁世凯的追随者，后遭到冷落。当袁世凯复辟帝制的野心暴露无遗并日陷困局的时候，他预感到袁氏必然失败的下场，便不甘心“我为牛后”一反过去的主张，抢先举起了反袁旗帜。他利用其学生，受同将领蔡锷的政治影响，同时联络西南立宪派地方军阀势力，秘密在云南集结力量，掀起一场讨袁护国战争的风景。
