在内部管理中，史玉柱是面临问题最多的一个人。珠海巨人的倒下让史玉柱痛改前非。复出之后的史玉柱对公司内部严格管理，同时，为了杜绝人才的流失，史玉柱一手用精神感召，一手用高薪吸引；为了控制内部股权纷争，史玉柱发誓不搞股份制；为了防止再次出现树倒猢狲散的局面，史玉柱逐步加大放权力度，把销售额十几个亿的脑白金交给陈国，把投资上亿美金的《征途》交给纪学锋和刘伟；为了防止企业资金危机再次出现，史玉柱狠抓财务，想方设法降低成本，拿掉分公司只设办事处，杜绝分公司的财务不规范行为，杜绝一切死账烂账。
1.惜才如金，防止人才流失的杀手锏
我认为一个人在一个公司，就是追求两点：一是待遇问题，二是个人的自我价值能够实现。如果后面一点做好了，我相信，可以避免人才流失。
——史玉柱
在史玉柱第一次创业的时候，巨人集团是一个年轻的群体，巨人的员工都有一个共同的爱好足球。绿色的球衣白色的短裤组成了一支朝气焕发的巨人足球队，一到周末便成群结队，广发英雄帖，去别的企业或学校去练兵。巨人足球队的队长是张凯，他属于冲锋型的拼命三郎，用橡皮圈住眼镜架，在球场上呼啸而奔。这支足球队是巨人集团的一支劲旅，活跃了巨人大家庭的气氛。要知道，巨人集团可是年轻人的大本营，这里充满活力、有激情、有梦想，但也有一些负面的东西。因为公司的人员在流失，史玉柱限制不了年轻员工的跳槽。
麻烦终于降临了，那是1993年下半年。一是来自于市场的波动：二是内部的人才流失。树挪死人移活，这是自然和社会规律，同时也是一个人人奉行的流动职业规则，在广东这样的开放城市，更是这样。在讨论管理者用人问题时，史玉柱就专门为此搞过一次专题：巨人为什么留不住人？大家都认为巨人的形象和工作条件足以吸引人才，但具体到每一个人情况就不同了，当留则留该走则走，此时此刻的具体心境连当事者本人也难以说明，讨论的结果不了了之。这并非是巨人独有的现象，而是一个企业发展到一定规模之后不可避免的普遍问题，在巨人只是一种很显著的表现形式而已。巨人的人员都很年轻，而年轻人都有选择的活跃性和定位的不稳定性。在现实生活中，因为巨人的机制灵活，长期大量地地招聘人才，于是巨人常常是年轻人南下发展的第一站，这山望着那山高，他们纷纷为下一站的目标寻找机会。这一点史玉柱很明白也很理解。史玉柱说：“在广东人人都想拥有一份自己的产业，这很容易理解。由于这种大度的理解，巨人的人才经常回流，许多人在外闯荡一番后，又重新选择了巨人，如同出了一趟长差，巨人还为其续上以前的工龄。巨人不是一个不可留恋的地方。”
如果说人员流动使史玉柱还很释然的话，那么，另外一种情况的流动，却使史玉柱非常苦恼。1993年6月26日，史玉柱以巨人M-6403桌面印刷系统荣获珠海市第二届科技大奖，他获得了一辆白色奥迪车、103平方米的住房一套和63万元的奖金。当时史玉柱站在珠海影剧院的广场上，手捧鲜花一直谦虚地笑着，任前来的记者及崇拜者们频频拍照。下海4年的艰辛，化为此刻的荣耀，在同时获奖的3名特等奖获得者中，史玉柱最年轻所以备受关注，那时的史玉柱只有31岁。史玉柱获奖得到100多万元财物，因为公司是他自己的，他并不看重这些，真正使史玉柱激动的是荣誉是社会各界对M-6403汉卡的认可，这是公司业务今后再发展的良好契机。但事情并不是史玉柱想象的那样简单，他不在乎的事情其他人却很在乎，几天后，以桌面印刷系统为开发项目的开发部骨干先后辞职，这种有意识的巧合，使内部对产权问题产生不大不小的争论。M-6403作为M-6401的换代产品，史玉柱是不可置疑的成果拥有者，之所以议论纷纷都是员工心理作祟的结果。因为这种软件开发的技术并不神秘和复杂，当开发人员掌握了系统编程之后，大家都认为是自己开发劳动的成果，理应得到一种“奖励”。由于心理严重不平衡，他们就选择离开巨人，而且还把巨人的技术和经验带走了。刚刚获得科技重奖，只高兴了片刻，史玉柱马上就陷入了无边的苦恼，因为企业多年潜伏的矛盾正在激化。重奖标示着巨人过去的成功，但无法预示未来的成功。
在那批辞职的员工中，有人将技术擅自转让给深圳其他公司，取名为“××超级多窗口桌面办公系统”，该系统与M-6403的升级产品M-6405在技术和程序上完全一致，毫无疑问，员工将巨人成果据为个人成果，利用M-6403的市场影响获得利润。在这种情形下，巨人汉卡被迫降价，史玉柱当然忍无可忍，于是一场广东省首宗计算机软件雇员侵权案开始了。尽管巨人打赢了这场官司，但巨人的损失却无法弥补。
有一位巨人员工在离开公司后，就利用巨人以前的不成功的项目自办产业，后来获得了很大的成功。史玉柱为此痛苦不堪。在特区，人人都想当老板，这是一种青春骚动，这本来是很自然的事情，因为人人都有成功的欲望，谁都希望自身价值得到认可。但巨人集团中掌握职务成果的技术骨干被其他企业挖走，有的员工条件成熟便自立门户。另一方面，企业的新产品迟迟不能面世，只见投入不见产出。是技术不足，是管理的漏洞，还是市场的原因呢？那时候，史玉柱很难有一个合适的选择。
史玉柱为此陷入两难境地，一方面，技术以人为本，而人才在流失；另一方面，技术的最终目的是市场化，市场却没有效益。巨人集团应该偏重于哪一方面呢？史玉柱左右为难无从选择。从那时开始，史玉柱很长一段时间没有使用手机，电话多了说明问题就多，史玉柱想静一下，好静下心来解决一下企业的主要矛盾。他便给自己找了一个清静的理由，开始思考如何带领企业渡过难关。这时候，史玉柱想到了多元化。在现实的竞争挑战面前，企业要想生存，应向多元化方向发展，转化优势，不能困于计算机单一而又复杂难测的局面中，每一个产业都有生命周期，单靠一个产业支撑企业风险太大。因此，史玉柱责无旁贷地脱离了技术，1993年8月他还兼任着计算机软件开发的总工程师，随后他把该职交给了巨人足球队队长张凯。史玉柱说：“我脱离了技术，甚至不懂技术了。之所以这样说，史玉柱实际上是准备把技术创新的机会下放，而我将侧重于市场，巨人的优势要体现在市场上。”张凯推出了他的技术项目——多媒体教育软件。这个项目是继桌面印刷排版系统和手写电脑之后，史玉柱最为看好的一个项目，史玉柱说“这将是中国教育界的一场革命”。要知道，“革命”是史玉柱对一个项目的最好的评价。
史玉柱之所以把张凯作为开发部的“精神领袖”树立起来，史玉柱别有一番用意。张凯有头脑，有气质，人缘好，能够作为今后主要的领导形象和希望来培养。事实上，张凯的带动作用不可低估。巨人软件开发人员有两次大的集体式的人才出走，一次是1993年3月，一批人脱离巨人自成组织，自立门户，结果这些组织不久也再次分解，各奔东西；还有一次是1993年7月和8月，关于出走的原因有很多，有的是理智型的，他们找到更适合自己的工作环境，有的则是“赌气”型的，这是一种典型的年轻人恃才傲物的心态。终于在张凯任总工程师之后，巨人的人才流动稍微得到了改善，史玉柱又对开发部按项目进行股份制改造，给员工一个公平的创业机会和获得利益的机会。
史玉柱本意上也一直不想放弃计算机产业，但在残酷的外来产品的压力下，在研发成果中途流失和市场化转化受阻的现实面前，史玉柱采用“稳”的政策，稳住就是胜利，要寻找另外的应用性的软件成果重新启动市场，蓄势待发适时而动。这是史玉柱当初的动机。
在进入网络游戏领域后的史玉柱对人才流失问题极为重视，因为他知道网络游戏的竞争就是人才的竞争。至于用什么办法防止人才的流失，史玉柱说：“征途这家公司成立到现在，尤其是我开始接手担任CEO，到目前为止我们的研发干部没有走掉一个员工，骨干没有走一个全部留下来了。可能我们是这个行业当中最稳定的，技术人员或者客服员工有流动，但是研发的流动性非常低，至少骨干人员没有走。”那么史玉柱究竟用了什么招数，防止了人才的流失问题的出现呢？总的来说，这得益于史玉柱的两个措施：第一，为了实现员工的自我价值，史玉柱把每个人放在合适的位置，史玉柱了解每一个员工的兴趣在哪里。第二，史玉柱给员工非常优厚的待遇。征途研发骨干的待遇在同行业中是最高的。巨人网络上市的时候亿万富翁是21个，这里面大多是征途的研发骨干。可见史玉柱给员工的待遇非常丰厚。史玉柱认为，管理者只要在这两个方面做好工作，让员工的个人价值得到充分的实现，另外是让员工变富事实证明史玉柱的办法是很灵验的。
史玉柱深知，国内互联网公司对于人才的争夺，更大的压力不在于吸引人才进人公司，而是能留住人才为公司长期服务。不过现状却并不乐观，多个国外调查机构的研究结果显示，在经济快速发展的中国，员工的流动率竟然高达25％以上。每年春节前后，都是员工跳槽的高峰期。史玉柱表示征途网络的人才流失率很低。随着盛大、第九城市、完美时空、网龙、巨人、金山等网游企业登陆全球资本市场，国内网络游戏市场已经进入新一轮大战。游戏公司最缺的不是资金，全行业以平均80％的净利润赚取财富，而推动并保持利润继续增长的是人才。因此，网络游戏人才身价倍增，而高级研发人才更是千金难求。国内市场对网络游戏研发人才的需求总量约为2万人，而缺口则超过1.5万人，事实上，真正能肩负起核心研发任务的顶级人才尚不满3000人。物以稀为贵，市场需求量的激增，大大抬高了游戏人才的身价，相伴而来的结果是，游戏人才跳槽频繁，企业不惜代价互相挖墙脚。2007年年底史玉柱放出豪言：“一个好的游戏策划人才值得给他千万年薪。”同时，史玉柱也指出了网游行业的弊病。他认为，这个行业的员工比其他行业更计较金钱，这给网游企业的管理造成了不便。
用高昂的报酬来吸引人才，把合适的人才放在合适的位置，这是史玉柱成功防止企业内部人才流失的秘密武器，也是史玉柱对企业内部管理的高招。
2.领袖情结，对军事化管理情有独钟
毛泽东的一些军事思想还是科学的。比如集中优势兵力歼灭敌人等等，以及瓦窑堡的十大军事原则，不光是军事上适用，经济上也适用。比如做一个项目前一定要有优势，专于一隅。
——史玉柱
“军事化管理改变了商业思维。”世界上最伟大的经理人杰克·韦尔奇这样描述军队管理与企业管理的关系。早期的珠海巨人，史玉柱实行的也是军事化管理，后来他渐渐明白：“大多数员工的使命是打工挣钱养家糊口。虽然军人有对国家和民族的义务，但员工没有对老板效忠的义务。”史玉柱有时甚至使用着极端的管理方式，比如脑白金战役时，员工们疯狂地工作、疯狂地加班，史玉柱经常会在员工加班的时候动不动就发上几千元的奖金，让人惊喜不已。史玉柱力求让每一个员工明白，评价做事的成果“最终凭的是功劳而不是苦劳”。公司只有一个考核标准，就是量化的结果。不过，如何在保证结果的同时，保证管理的人性，史玉柱的一个管理思路就是：制度无情，人有情。
在1994年的时候，至少在媒体眼中，他已俨然成为“商业领袖级”的人物。在巨人集团内部，这位风云人物的日子却不怎么好过。1994年巨人内部发生了分公司负责人挪用公司钱款和技术人员跳槽把核心技术带到了其他公司人事的危机，这两件事情让史玉柱大为恼火，于是，他决定改变自己的管理方式。
后来史玉柱宣布，请北大方正集团总裁楼滨龙出任巨人集团总裁，公司实行总裁负责制。史玉柱坦承：“我本人有很多缺点，加上是技术出身没有做过管理，因此犯了不少的错误。为了公司进一步的发展，所以请来高人执掌巨人。”
